Packed_seqint.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: Packed_seqint.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:34:20  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.6
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /* $Id: Packed_seqint.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:34:20 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Author:  .......
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *   .......
  38.  *
  39.  * Remark:
  40.  *   This code was originally generated by application DATATOOL
  41.  *   using specifications from the ASN data definition file
  42.  *   'seqloc.asn'.
  43.  */
  44. // standard includes
  45. // generated includes
  46. #include <ncbi_pch.hpp>
  47. #include <objects/seqloc/Packed_seqint.hpp>
  48. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  49. #include <objects/seqloc/Seq_interval.hpp>
  50. #include <corelib/ncbiutil.hpp>
  51. // generated classes
  52. BEGIN_NCBI_SCOPE
  53. BEGIN_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  54. // constructor
  55. CPacked_seqint::CPacked_seqint(TId& id, const TRanges& ivals, TStrand strand)
  56. {
  57.     ITERATE(TRanges, ival, ivals) {
  58.         AddInterval(id, ival->GetFrom(), ival->GetTo(), strand);
  59.     }
  60. }
  61. // destructor
  62. CPacked_seqint::~CPacked_seqint(void)
  63. {
  64. }
  65. // length calculator
  66. TSeqPos CPacked_seqint::GetLength(void) const
  67. {
  68. TSeqPos length = 0;
  69.         ITERATE ( Tdata, i, Get() ) {
  70.                 length += (**i).GetLength();
  71.         }
  72. return length;
  73. }
  74. void CPacked_seqint::AddInterval(const CSeq_interval& ival)
  75. {
  76.     CRef<CSeq_interval> new_ival(new CSeq_interval);
  77.     new_ival->Assign(ival);
  78.     Set().push_back(new_ival);
  79. }
  80. void CPacked_seqint::AddInterval(const CSeq_id& id, TSeqPos from, TSeqPos to,
  81.                                  ENa_strand strand)
  82. {
  83.     CSeq_interval ival;
  84.     ival.SetFrom(from);
  85.     ival.SetTo(to);
  86.     ival.SetId().Assign(id);
  87.     if (strand != eNa_strand_unknown) {
  88.         ival.SetStrand(strand);
  89.     }
  90.     AddInterval(ival);
  91. }
  92. void CPacked_seqint::AddIntervals(const CPacked_seqint& ivals)
  93. {
  94.     AddIntervals(ivals.Get());
  95. }
  96. void CPacked_seqint::AddIntervals(const Tdata& ivals)
  97. {
  98.     copy(ivals.begin(), ivals.end(), back_inserter(Set()));
  99. }
  100. END_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  101. END_NCBI_SCOPE
  102. /*
  103.  * ===========================================================================
  104.  *
  105.  * $Log: Packed_seqint.cpp,v $
  106.  * Revision 1000.2  2004/06/01 19:34:20  gouriano
  107.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.6
  108.  *
  109.  * Revision 6.6  2004/05/19 17:26:25  gorelenk
  110.  * Added include of PCH - ncbi_pch.hpp
  111.  *
  112.  * Revision 6.5  2004/01/28 17:18:01  shomrat
  113.  * Added methods to ease the construction of objects
  114.  *
  115.  * Revision 6.4  2003/08/11 14:39:13  ucko
  116.  * +AddInterval; CVS log to end
  117.  *
  118.  * Revision 6.3  2003/03/11 15:55:44  kuznets
  119.  * iterate -> ITERATE
  120.  *
  121.  * Revision 6.2  2002/05/03 21:28:17  ucko
  122.  * Introduce T(Signed)SeqPos.
  123.  *
  124.  * Revision 6.1  2000/11/17 21:35:09  vasilche
  125.  * Added GetLength() method to CSeq_loc class.
  126.  *
  127.  * ===========================================================================
  128.  */