Textseq_id.cpp
上传用户:yhdzpy8989
上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:9k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: Textseq_id.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:34:48  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.8
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /* $Id: Textseq_id.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:34:48 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Author:  Jim Ostell
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *   .......
  38.  *
  39.  * Remark:
  40.  *   This code was originally generated by application DATATOOL
  41.  *   using specifications from the ASN data definition file
  42.  *   'seqloc.asn'.
  43.  *
  44.  * ---------------------------------------------------------------------------
  45.  * $Log: Textseq_id.cpp,v $
  46.  * Revision 1000.1  2004/06/01 19:34:48  gouriano
  47.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R6.8
  48.  *
  49.  * Revision 6.8  2004/05/19 17:26:25  gorelenk
  50.  * Added include of PCH - ncbi_pch.hpp
  51.  *
  52.  * Revision 6.7  2003/02/06 22:23:29  vasilche
  53.  * Added CSeq_id::Assign(), CSeq_loc::Assign().
  54.  * Added int CSeq_id::Compare() (not safe).
  55.  * Added caching of CSeq_loc::GetTotalRange().
  56.  *
  57.  * Revision 6.6  2001/08/31 20:05:45  ucko
  58.  * Fix ICC build.
  59.  *
  60.  * Revision 6.5  2001/08/31 16:02:43  clausen
  61.  * Added new constructors for Fasta.
  62.  *
  63.  * Revision 6.4  2000/12/15 19:30:32  ostell
  64.  * Used Upcase() in AsFastaString() and changed to PNocase().Equals() style
  65.  *
  66.  * Revision 6.3  2000/12/08 22:19:45  ostell
  67.  * changed MakeFastString to AsFastaString and to use ostream instead of string
  68.  *
  69.  * Revision 6.2  2000/12/08 20:45:14  ostell
  70.  * added MakeFastaString()
  71.  *
  72.  * Revision 6.1  2000/11/30 18:39:27  ostell
  73.  * added Textseq_id.Match
  74.  *
  75.  *
  76.  * ===========================================================================
  77.  */
  78. // standard includes
  79. // generated includes
  80. #include <ncbi_pch.hpp>
  81. #include <objects/seqloc/Textseq_id.hpp>
  82. // generated classes
  83. BEGIN_NCBI_SCOPE
  84. BEGIN_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  85. // destructor
  86. CTextseq_id::~CTextseq_id(void)
  87. {
  88.     return;
  89. }
  90. // Error/throw function for CTextseq_id:: constructors
  91. static void s_InitThrow
  92. (const string&  message,
  93.  const string&  acc,
  94.  const string&  name,
  95.  int            version,
  96.  const string&  release,
  97.  bool           allow_dot_version)
  98. {
  99.     THROW1_TRACE(invalid_argument,
  100.                  "CTextseq_id:: " + message +
  101.                  "nacc = "       + acc +
  102.                  "nname = "      + name +
  103.                  "nversion: "    + NStr::IntToString(version) +
  104.                  "nrelease = "   + release +
  105.                  "nallow_dot_version = " +
  106.                  NStr::BoolToString(allow_dot_version));
  107. }
  108. // Constructor helper function
  109. void CTextseq_id::x_Init
  110. (const string&  acc,
  111.  const string&  name,
  112.  int            version,
  113.  const string&  release,
  114.  bool           allow_dot_version)
  115. {
  116.     if ( ! acc.empty() ) {
  117.         string::size_type idx = string::npos;
  118.         if (allow_dot_version) {
  119.             idx = acc.find('.');
  120.         }
  121.         if (idx == string::npos) {
  122.             // no version within acc
  123.             SetAccession (acc.c_str());
  124.             // standalone version ok, here
  125.             if ( version > 0) {
  126.                 SetVersion(version);
  127.  
  128.             } else if ( version < 0 ) {
  129.                 s_InitThrow("Unexpected negative version.",
  130.                             acc, name, version, release, allow_dot_version);
  131.             }
  132.         }
  133.         else {
  134.             //accession.version
  135.             string accession = acc.substr(0,idx);
  136.             string acc_ver = acc.substr(idx+1);
  137.             int ver = NStr::StringToNumeric(acc_ver);
  138.  
  139.             //If there is a non-zero version and it differs
  140.             //from ver (the accession version), then throw an error
  141.             if( version > 0 && ver != version) {
  142.                 s_InitThrow("Incompatible version information supplied.",
  143.                             acc, name, version, release, allow_dot_version);
  144.             }
  145.  
  146.             SetAccession (accession.c_str());
  147.             if ( ver >  0 ) {
  148.                 SetVersion(ver);
  149.             } else if( ver < 0 ) {
  150.                 s_InitThrow("Unexpected non-numeric version in accession.",
  151.                             acc, name, version, release, allow_dot_version);
  152.             }   
  153.         }
  154.     }
  155.     if (! name.empty()) {
  156.         SetName(name.c_str());
  157.     }
  158.     if ( (! name.empty()) || (! acc.empty()) ) {
  159.         if (! release.empty()){
  160.             SetRelease(release);
  161.         }
  162.     } else {
  163.         s_InitThrow("Name or accession missing.",
  164.                     acc, name, version, release, allow_dot_version);
  165.     }
  166. }
  167. // Alternative constructors start here Karl Sirotkin 4/23/01
  168. CTextseq_id::CTextseq_id
  169. ( const string& acc,
  170.   const string& name,
  171.   const string& version,
  172.   const string& release,
  173.   bool    allow_dot_version )
  174. {
  175.     int ver = 0;
  176.     if ( !version.empty() ) {
  177.         ver = NStr::StringToNumeric(version);
  178.         if (ver < 0 ) {
  179.             THROW1_TRACE(invalid_argument,
  180.                          "Unexpected non-numeric version. "
  181.                          "naccession = " + acc +
  182.                          "nname = "      + name +
  183.                          "nversion = "   + version +
  184.                          "nrelease = "   + release +
  185.                          "nallow_dot_version = " +
  186.                          NStr::BoolToString(allow_dot_version));
  187.         }
  188.     }
  189.     x_Init(acc, name, ver, release, allow_dot_version);
  190. }
  191. CTextseq_id::CTextseq_id
  192. ( const string& acc,
  193.   const string& name,
  194.   int           version,
  195.   const string& release,
  196.   bool    allow_dot_version )
  197. {
  198.     x_Init(acc, name, version, release, allow_dot_version);
  199. }
  200. // comparison function
  201. bool CTextseq_id::Match(const CTextseq_id& tsip2) const
  202. {
  203.     // Check Accessions first
  204.     if (IsSetAccession()  &&  tsip2.IsSetAccession()) {
  205.         if ( PNocase().Equals(GetAccession(), tsip2.GetAccession()) ) {
  206.             if (IsSetVersion()  &&  tsip2.IsSetVersion()) {
  207.                 return GetVersion() == tsip2.GetVersion();
  208.             } else {
  209.                 return true;
  210.             }
  211.         } else {
  212.             return false;
  213.         }
  214.     }
  215.     // then try name
  216.     if (IsSetName()  &&  tsip2.IsSetName()) {
  217.         if ( PNocase().Equals(GetName(), tsip2.GetName()) ) {
  218.             if (IsSetVersion()  &&  tsip2.IsSetVersion()) {
  219.                 return GetVersion() == tsip2.GetVersion();
  220.             }
  221.             else {
  222.                 return true;
  223.             }
  224.         } else {
  225.             return false;
  226.         }
  227.     }
  228.     //nothing to compare
  229.     return false;
  230. }
  231. // comparison function
  232. int CTextseq_id::Compare(const CTextseq_id& tsip2) const
  233. {
  234.     // Check Accessions first
  235.     if (IsSetAccession()  &&  tsip2.IsSetAccession()) {
  236.         int ret = PNocase().Compare(GetAccession(), tsip2.GetAccession());
  237.         if ( ret == 0 && IsSetVersion()  &&  tsip2.IsSetVersion() ) {
  238.             ret = GetVersion() - tsip2.GetVersion();
  239.         }
  240.         return ret;
  241.     }
  242.     // then try name
  243.     if (IsSetName()  &&  tsip2.IsSetName()) {
  244.         int ret = PNocase().Compare(GetName(), tsip2.GetName());
  245.         if ( ret == 0 && IsSetVersion()  &&  tsip2.IsSetVersion() ) {
  246.             ret = GetVersion() - tsip2.GetVersion();
  247.         }
  248.         return ret;
  249.     }
  250.     int ret = IsSetAccession() - tsip2.IsSetAccession();
  251.     if ( ret == 0 ) {
  252.         ret = IsSetName() - tsip2.IsSetName();
  253.         if ( ret == 0 ) {
  254.             ret = IsSetVersion() - tsip2.IsSetVersion();
  255.             if ( ret == 0 )
  256.                 ret = this == &tsip2? 0: this < &tsip2? -1: 1;
  257.         }
  258.     }
  259.     return ret;
  260. }
  261. // format the contents FASTA string style
  262. ostream& CTextseq_id::AsFastaString(ostream& s) const
  263. {
  264.     if (IsSetAccession()) {
  265.         s << GetAccession(); // no Upcase per Ostell - Karl 7/2001
  266.         if ( IsSetVersion() ) {
  267.             int version = GetVersion();
  268.             if (version) {
  269.                 s << '.' << version;
  270.             }
  271.         }
  272.     }
  273.     s << '|';
  274.     if ( IsSetName() ) {
  275.         s << GetName();  // no Upcase per Ostell - Karl 7/2001
  276.     }
  277.     return s;
  278. }
  279. END_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  280. END_NCBI_SCOPE