Std_seg.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:5k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: Std_seg.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:33:42  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /* $Id: Std_seg.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:33:42 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Author:  .......
  35.  *
  36.  * File Description:
  37.  *   .......
  38.  *
  39.  * Remark:
  40.  *   This code was originally generated by application DATATOOL
  41.  *   using specifications from the data definition file
  42.  *   'seqalign.asn'.
  43.  */
  44. // standard includes
  45. // generated includes
  46. #include <ncbi_pch.hpp>
  47. #include <objects/seqalign/Std_seg.hpp>
  48. // generated classes
  49. BEGIN_NCBI_SCOPE
  50. BEGIN_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  51. // destructor
  52. CStd_seg::~CStd_seg(void)
  53. {
  54. }
  55. CStd_seg::TDim CStd_seg::CheckNumRows() const
  56. {
  57.     const size_t& dim = GetDim();
  58.     if (dim != GetLoc().size()) {
  59.         NCBI_THROW(CSeqalignException, eInvalidAlignment,
  60.                    "CStd_seg::CheckNumRows():"
  61.                    " loc.size is inconsistent with dim");
  62.     }
  63.     if (IsSetIds()  &&  dim != GetIds().size()) {
  64.         NCBI_THROW(CSeqalignException, eInvalidAlignment,
  65.                    "CStd_seg::CheckNumRows():"
  66.                    " ids.size is inconsistent with dim");
  67.     }
  68.     return dim;
  69. }
  70. TSignedSeqPos CStd_seg::GetSeqStart(TDim row) const
  71. {
  72.     TDim row_i = 0;
  73.     ITERATE (CStd_seg::TLoc, i, GetLoc()) {
  74.         if (row_i++ == row) {
  75.             if ((*i)->IsInt()) {
  76.                 return (*i)->GetInt().GetFrom();
  77.             } else {
  78.                 return -1;
  79.             }
  80.         }
  81.     }
  82.     if (row < 0  ||  row >= GetDim()) {
  83.         NCBI_THROW(CSeqalignException, eInvalidRowNumber,
  84.                    "CStd_seg::GetSeqStart():"
  85.                    " Invalid row number");
  86.     }
  87.     NCBI_THROW(CSeqalignException, eInvalidAlignment,
  88.                "CStd_seg::GetSeqStart():"
  89.                " loc.size is inconsistent with dim");
  90. }
  91. TSignedSeqPos CStd_seg::GetSeqStop(TDim row) const
  92. {
  93.     TDim dim = 0;
  94.     ITERATE (CStd_seg::TLoc, i, GetLoc()) {
  95.         if (dim++ == row) {
  96.             if ((*i)->IsInt()) {
  97.                 return (*i)->GetInt().GetTo();
  98.             } else {
  99.                 return -1;
  100.             }
  101.         }
  102.     }
  103.     if (row < 0  ||  row >= GetDim()) {
  104.         NCBI_THROW(CSeqalignException, eInvalidRowNumber,
  105.                    "CStd_seg::GetSeqStop():"
  106.                    " Invalid row number");
  107.     }
  108.     NCBI_THROW(CSeqalignException, eInvalidAlignment,
  109.                "CStd_seg::GetSeqStop():"
  110.                " loc.size is inconsistent with dim");
  111. }
  112. void CStd_seg::Validate(bool full_test) const
  113. {
  114.     CheckNumRows();
  115. }
  116. CRange<TSignedSeqPos> CStd_seg::GetSeqRange(TDim row) const
  117. {
  118.     TDim dim = 0;
  119.     ITERATE (CStd_seg::TLoc, i, GetLoc()) {
  120.         if (dim++ == row) {
  121.             if ((*i)->IsInt()) {
  122.                 const CSeq_interval& interval = (*i)->GetInt();
  123.                 return CRange<TSignedSeqPos>
  124.                     (interval.GetFrom(), interval.GetTo());
  125.             } else {
  126.                 return CRange<TSignedSeqPos>(-1, -1);
  127.             }
  128.         }
  129.     }
  130.     if (row < 0  ||  row >= GetDim()) {
  131.         NCBI_THROW(CSeqalignException, eInvalidRowNumber,
  132.                    "CStd_seg::GetSeqRange():"
  133.                    " Invalid row number");
  134.     }
  135.     NCBI_THROW(CSeqalignException, eInvalidAlignment,
  136.                "CStd_seg::GetSeqRange():"
  137.                " loc.size is inconsistent with dim");
  138. }
  139. END_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
  140. END_NCBI_SCOPE
  141. /*
  142. * ===========================================================================
  143. *
  144. * $Log: Std_seg.cpp,v $
  145. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:33:42  gouriano
  146. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  147. *
  148. * Revision 1.2  2004/05/19 17:25:43  gorelenk
  149. * Added include of PCH - ncbi_pch.hpp
  150. *
  151. * Revision 1.1  2003/09/16 16:17:12  todorov
  152. * Added validation methods. Added seq range methods
  153. *
  154. *
  155. * ===========================================================================
  156. */
  157. /* Original file checksum: lines: 64, chars: 1879, CRC32: d01e569e */