开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
seq_entry_handle.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：13k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

seq_entry_handle.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seq_entry_handle.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:23:57  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.11
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: seq_entry_handle.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:23:57 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author: Aleksey Grichenko, Eugene Vasilchenko
  36. *
  37. * File Description:
  38. *    Handle to Seq-entry object
  39. *
  40. */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <objmgr/seq_entry_handle.hpp>
  44. #include <objmgr/seq_entry_ci.hpp>
  45. #include <objmgr/seq_annot_ci.hpp>
  46. #include <objmgr/bioseq_handle.hpp>
  47. #include <objmgr/bioseq_set_handle.hpp>
  48. #include <objmgr/scope.hpp>
  50. #include <objmgr/impl/seq_entry_info.hpp>
  51. #include <objmgr/impl/scope_impl.hpp>
  52. #include <objmgr/impl/bioseq_set_info.hpp>
  53. #include <objmgr/impl/bioseq_info.hpp>
  55. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  58. BEGIN_NCBI_SCOPE
  59. BEGIN_SCOPE(objects)
  62. CSeq_entry_Handle::CSeq_entry_Handle(CScope& scope,
  63.                                      const CSeq_entry_Info& info)
  64.     : m_Scope(&scope), m_Info(&info)
  65. {
  66. }
  69. void CSeq_entry_Handle::Reset(void)
  70. {
  71.     m_Scope.Reset();
  72.     m_Info.Reset();
  73. }
  76. CSeq_entry::E_Choice CSeq_entry_Handle::Which(void) const
  77. {
  78.     return x_GetInfo().Which();
  79. }
  82. CConstRef<CSeq_entry> CSeq_entry_Handle::GetCompleteSeq_entry(void) const
  83. {
  84.     return x_GetInfo().GetCompleteSeq_entry();
  85. }
  88. CConstRef<CSeq_entry> CSeq_entry_Handle::GetSeq_entryCore(void) const
  89. {
  90.     return x_GetInfo().GetSeq_entryCore();
  91. }
  94. bool CSeq_entry_Handle::HasParentEntry(void) const
  95. {
  96.     return bool(m_Info)  &&  x_GetInfo().HasParent_Info();
  97. }
  100. CSeq_entry_Handle CSeq_entry_Handle::GetParentEntry(void) const
  101. {
  102.     CSeq_entry_Handle ret;
  103.     const CSeq_entry_Info& info = x_GetInfo();
  104.     if ( info.HasParent_Info() ) {
  105.         ret = CSeq_entry_Handle(GetScope(), info.GetParentSeq_entry_Info());
  106.     }
  107.     return ret;
  108. }
  111. CSeq_entry_Handle CSeq_entry_Handle::GetTopLevelEntry(void) const
  112. {
  113.     CSeq_entry_Handle ret;
  114.     const CSeq_entry_Info& info = x_GetInfo();
  115.     if ( info.HasTSE_Info() ) {
  116.         ret = CSeq_entry_Handle(GetScope(), info.GetTSE_Info());
  117.     }
  118.     return ret;
  119. }
  122. CSeq_entry_Handle CSeq_entry_Handle::GetSingleSubEntry(void) const
  123. {
  124.     if ( !IsSet() ) {
  125.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eModifyDataError,
  126.                    "CSeq_entry_Handle::GetSingleSubEntry: "
  127.                    "Seq-entry is not Bioseq-set");
  128.     }
  129.     CSeq_entry_CI iter(*this);
  130.     if ( !iter ) {
  131.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eModifyDataError,
  132.                    "CSeq_entry_Handle::GetSingleSubEntry: "
  133.                    "Seq-entry is empty");
  134.     }
  135.     CSeq_entry_Handle entry = *iter;
  136.     if ( ++iter ) {
  137.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eModifyDataError,
  138.                    "CSeq_entry_Handle::GetSingleSubEntry: "
  139.                    "Seq-entry contains more than one sub entry");
  140.     }
  141.     return entry;
  142. }
  145. CSeq_entry_EditHandle CSeq_entry_Handle::GetEditHandle(void) const
  146. {
  147.     return m_Scope->GetEditHandle(*this);
  148. }
  151. CBioseq_set_Handle CSeq_entry_Handle::GetParentBioseq_set(void) const
  152. {
  153.     CBioseq_set_Handle ret;
  154.     const CSeq_entry_Info& info = x_GetInfo();
  155.     if ( info.HasParent_Info() ) {
  156.         ret = CBioseq_set_Handle(GetScope(), info.GetParentBioseq_set_Info());
  157.     }
  158.     return ret;
  159. }
  162. CBioseq_Handle CSeq_entry_Handle::GetSeq(void) const
  163. {
  164.     return m_Scope->GetBioseqHandle(x_GetInfo().GetSeq());
  165. }
  168. CConstRef<CTSE_Info> CSeq_entry_Handle::GetTSE_Info(void) const
  169. {
  170.     CConstRef<CTSE_Info> ret;
  171.     if ( *this ) {
  172.         ret.Reset(&x_GetInfo().GetTSE_Info());
  173.     }
  174.     return ret;
  175. }
  178. CBioseq_set_Handle CSeq_entry_Handle::GetSet(void) const
  179. {
  180.     return CBioseq_set_Handle(GetScope(), x_GetInfo().GetSet());
  181. }
  184. bool CSeq_entry_Handle::IsSetDescr(void) const
  185. {
  186.     return x_GetInfo().IsSetDescr();
  187. }
  190. const CSeq_descr& CSeq_entry_Handle::GetDescr(void) const
  191. {
  192.     return x_GetInfo().GetDescr();
  193. }
  196. CConstRef<CObject> CSeq_entry_Handle::GetBlobId(void) const
  197. {
  198.     return x_GetInfo().GetTSE_Info().GetBlobId();
  199. }
  202. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  203. // CSeq_entry_EditHandle
  206. CSeq_entry_EditHandle CSeq_entry_EditHandle::GetParentEntry(void) const
  207. {
  208.     CSeq_entry_EditHandle ret;
  209.     CSeq_entry_Info& info = x_GetInfo();
  210.     if ( info.HasParent_Info() ) {
  211.         ret = CSeq_entry_EditHandle(GetScope(),
  212.                                     info.GetParentSeq_entry_Info());
  213.     }
  214.     return ret;
  215. }
  218. CSeq_entry_EditHandle CSeq_entry_EditHandle::GetSingleSubEntry(void) const
  219. {
  220.     return CSeq_entry_Handle::GetSingleSubEntry().GetEditHandle();
  221. }
  224. CBioseq_set_EditHandle CSeq_entry_EditHandle::GetParentBioseq_set(void) const
  225. {
  226.     CBioseq_set_EditHandle ret;
  227.     CSeq_entry_Info& info = x_GetInfo();
  228.     if ( info.HasParent_Info() ) {
  229.         ret = CBioseq_set_EditHandle(GetScope(),
  230.                                      info.GetParentBioseq_set_Info());
  231.     }
  232.     return ret;
  233. }
  236. CSeq_entry_Info& CSeq_entry_EditHandle::x_GetInfo(void) const
  237. {
  238.     return const_cast<CSeq_entry_Info&>(CSeq_entry_Handle::x_GetInfo());
  239. }
  242. CBioseq_set_EditHandle CSeq_entry_EditHandle::SetSet(void) const
  243. {
  244.     return CBioseq_set_EditHandle(GetScope(), x_GetInfo().SetSet());
  245. }
  248. CBioseq_EditHandle CSeq_entry_EditHandle::SetSeq(void) const
  249. {
  250.     return m_Scope->GetBioseqHandle(x_GetInfo().SetSeq()).GetEditHandle();
  251. }
  254. void CSeq_entry_EditHandle::SetDescr(TDescr& v) const
  255. {
  256.     x_GetInfo().SetDescr(v);
  257. }
  260. void CSeq_entry_EditHandle::ResetDescr(void) const
  261. {
  262.     x_GetInfo().ResetDescr();
  263. }
  266. bool CSeq_entry_EditHandle::AddSeqdesc(CSeqdesc& v) const
  267. {
  268.     return x_GetInfo().AddSeqdesc(v);
  269. }
  272. bool CSeq_entry_EditHandle::RemoveSeqdesc(const CSeqdesc& v) const
  273. {
  274.     return x_GetInfo().RemoveSeqdesc(v);
  275. }
  278. void CSeq_entry_EditHandle::AddDescr(const CSeq_entry_EditHandle& entry) const
  279. {
  280.     x_GetInfo().AddDescr(entry.x_GetInfo());
  281. }
  284. CBioseq_EditHandle
  285. CSeq_entry_EditHandle::AttachBioseq(CBioseq& seq, int index) const
  286. {
  287.     return SetSet().AttachBioseq(seq, index);
  288. }
  291. CBioseq_EditHandle
  292. CSeq_entry_EditHandle::CopyBioseq(const CBioseq_Handle& seq,
  293.                                   int index) const
  294. {
  295.     return SetSet().CopyBioseq(seq, index);
  296. }
  299. CBioseq_EditHandle
  300. CSeq_entry_EditHandle::TakeBioseq(const CBioseq_EditHandle& seq,
  301.                                   int index) const
  302. {
  303.     return SetSet().TakeBioseq(seq, index);
  304. }
  307. CSeq_entry_EditHandle
  308. CSeq_entry_EditHandle::AttachEntry(CSeq_entry& entry, int index) const
  309. {
  310.     return SetSet().AttachEntry(entry, index);
  311. }
  314. CSeq_entry_EditHandle
  315. CSeq_entry_EditHandle::CopyEntry(const CSeq_entry_Handle& entry,
  316.                                  int index) const
  317. {
  318.     return SetSet().CopyEntry(entry, index);
  319. }
  322. CSeq_entry_EditHandle
  323. CSeq_entry_EditHandle::TakeEntry(const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  324.                                  int index) const
  325. {
  326.     return SetSet().TakeEntry(entry, index);
  327. }
  330. CSeq_annot_EditHandle
  331. CSeq_entry_EditHandle::AttachAnnot(const CSeq_annot& annot) const
  332. {
  333.     return m_Scope->AttachAnnot(*this, annot);
  334. }
  337. CSeq_annot_EditHandle
  338. CSeq_entry_EditHandle::CopyAnnot(const CSeq_annot_Handle& annot) const
  339. {
  340.     return m_Scope->CopyAnnot(*this, annot);
  341. }
  344. CSeq_annot_EditHandle
  345. CSeq_entry_EditHandle::TakeAnnot(const CSeq_annot_EditHandle& annot) const
  346. {
  347.     return m_Scope->TakeAnnot(*this, annot);
  348. }
  351. void
  352. CSeq_entry_EditHandle::TakeAllAnnots(const CSeq_entry_EditHandle& entry) const
  353. {
  354.     vector<CSeq_annot_Handle> annots;
  355.     // we have to copy all handles as moving annots directly could break iter
  356.     for ( CSeq_annot_CI it(entry, CSeq_annot_CI::eSearch_entry); it; ++it ) {
  357.         annots.push_back(*it);
  358.     }
  359.     ITERATE ( vector<CSeq_annot_Handle>, it, annots ) {
  360.         TakeAnnot(it->GetEditHandle());
  361.     }
  362. }
  365. void CSeq_entry_EditHandle::Remove(void) const
  366. {
  367.     m_Scope->RemoveEntry(*this);
  368. }
  371. CBioseq_set_EditHandle CSeq_entry_EditHandle::SelectSet(TClass set_class) const
  372. {
  373.     CBioseq_set_EditHandle seqset = SelectSet(*new CBioseq_set);
  374.     if ( set_class != CBioseq_set::eClass_not_set ) {
  375.         seqset.SetClass(set_class);
  376.     }
  377.     return seqset;
  378. }
  381. void CSeq_entry_EditHandle::SelectNone(void) const
  382. {
  383.     m_Scope->SelectNone(*this);
  384. }
  387. CBioseq_set_EditHandle
  388. CSeq_entry_EditHandle::SelectSet(CBioseq_set& seqset) const
  389. {
  390.     return m_Scope->SelectSet(*this, seqset);
  391. }
  394. CBioseq_set_EditHandle
  395. CSeq_entry_EditHandle::CopySet(const CBioseq_set_Handle& seqset) const
  396. {
  397.     return m_Scope->CopySet(*this, seqset);
  398. }
  401. CBioseq_set_EditHandle
  402. CSeq_entry_EditHandle::TakeSet(const CBioseq_set_EditHandle& seqset) const
  403. {
  404.     return m_Scope->TakeSet(*this, seqset);
  405. }
  408. CBioseq_EditHandle CSeq_entry_EditHandle::SelectSeq(CBioseq& seq) const
  409. {
  410.     return m_Scope->SelectSeq(*this, seq);
  411. }
  414. CBioseq_EditHandle
  415. CSeq_entry_EditHandle::CopySeq(const CBioseq_Handle& seq) const
  416. {
  417.     return m_Scope->CopySeq(*this, seq);
  418. }
  421. CBioseq_EditHandle
  422. CSeq_entry_EditHandle::TakeSeq(const CBioseq_EditHandle& seq) const
  423. {
  424.     return m_Scope->TakeSeq(*this, seq);
  425. }
  428. CBioseq_set_EditHandle
  429. CSeq_entry_EditHandle::ConvertSeqToSet(TClass set_class) const
  430. {
  431.     if ( !IsSeq() ) {
  432.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eModifyDataError,
  433.                    "CSeq_entry_EditHandle::ConvertSeqToSet: "
  434.                    "Seq-entry is not in 'seq' state");
  435.     }
  436.     CRef<CBioseq_Info> seq(&x_GetInfo().SetSeq());
  437.     SetSeq().Remove();
  438.     _ASSERT(Which() == CSeq_entry::e_not_set);
  439.     CBioseq_set_EditHandle seqset = SelectSet(set_class);
  440.     m_Scope->x_SelectSeq(seqset.AddNewEntry(-1), seq);
  441.     return seqset;
  442. }
  445. void CSeq_entry_EditHandle::CollapseSet(void) const
  446. {
  447.     CSeq_entry_EditHandle entry = GetSingleSubEntry();
  448.     if ( entry.Which() == CSeq_entry::e_not_set ) {
  449.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eModifyDataError,
  450.                    "CSeq_entry_EditHandle::CollapseSet: "
  451.                    "sub entry should be non-empty");
  452.     }
  453.     entry.AddDescr(*this);
  454.     entry.TakeAllAnnots(*this);
  455.     if ( entry.IsSet() ) {
  456.         CRef<CBioseq_set_Info> info(&entry.x_GetInfo().SetSet());
  457.         SelectNone();
  458.         m_Scope->x_SelectSet(*this, info);
  459.     }
  460.     else {
  461.         CRef<CBioseq_Info> info(&entry.x_GetInfo().SetSeq());
  462.         SelectNone();
  463.         m_Scope->x_SelectSeq(*this, info);
  464.     }
  465. }
  467. CBioseq_EditHandle
  468. CSeq_entry_EditHandle::ConvertSetToSeq(void) const
  469. {
  470.     CSeq_entry_EditHandle entry = GetSingleSubEntry();
  471.     if ( !entry.IsSeq() ) {
  472.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eModifyDataError,
  473.                    "CSeq_entry_EditHandle::ConvertSetToSeq: "
  474.                    "sub entry should contain Bioseq");
  475.     }
  476.     entry.AddDescr(*this);
  477.     entry.TakeAllAnnots(*this);
  478.     CRef<CBioseq_Info> info(&entry.x_GetInfo().SetSeq());
  479.     SelectNone();
  480.     return m_Scope->x_SelectSeq(*this, info);
  481. }
  484. END_SCOPE(objects)
  485. END_NCBI_SCOPE
  487. /*
  488. * ---------------------------------------------------------------------------
  489. * $Log: seq_entry_handle.cpp,v $
  490. * Revision 1000.2  2004/06/01 19:23:57  gouriano
  491. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.11
  492. *
  493. * Revision 1.11  2004/05/21 21:42:13  gorelenk
  494. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  495. *
  496. * Revision 1.10  2004/05/11 19:26:19  grichenk
  497. * Implemented HasParentSeq_entry()
  498. *
  499. * Revision 1.9  2004/04/29 15:44:30  grichenk
  500. * Added GetTopLevelEntry()
  501. *
  502. * Revision 1.8  2004/03/31 17:08:07  vasilche
  503. * Implemented ConvertSeqToSet and ConvertSetToSeq.
  504. *
  505. * Revision 1.7  2004/03/29 20:13:06  vasilche
  506. * Implemented whole set of methods to modify Seq-entry object tree.
  507. * Added CBioseq_Handle::GetExactComplexityLevel().
  508. *
  509. * Revision 1.6  2004/03/24 18:30:30  vasilche
  510. * Fixed edit API.
  511. * Every *_Info object has its own shallow copy of original object.
  512. *
  513. * Revision 1.5  2004/03/16 21:01:32  vasilche
  514. * Added methods to move Bioseq withing Seq-entry
  515. *
  516. * Revision 1.4  2004/03/16 15:47:28  vasilche
  517. * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  518. *
  519. * Revision 1.3  2004/02/09 22:09:14  grichenk
  520. * Use CConstRef for id
  521. *
  522. * Revision 1.2  2004/02/09 19:18:54  grichenk
  523. * Renamed CDesc_CI to CSeq_descr_CI. Redesigned CSeq_descr_CI
  524. * and CSeqdesc_CI to avoid using data directly.
  525. *
  526. * Revision 1.1  2003/11/28 15:12:31  grichenk
  527. * Initial revision
  528. *
  529. *
  530. * ===========================================================================
  531. */