seq_align_handle.cpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seq_align_handle.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 19:25:52  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: seq_align_handle.cpp,v 1000.0 2004/06/01 19:25:52 gouriano Exp $
  10. * ===========================================================================
  11. *
  12. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13. *               National Center for Biotechnology Information
  14. *
  15. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21. *
  22. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28. *  purpose.
  29. *
  30. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31. *
  32. * ===========================================================================
  33. *
  34. * Author: Aleksey Grichenko, Eugene Vasilchenko
  35. *
  36. * File Description:
  37. *   Seq-align handle
  38. *
  39. */
  40. #include <ncbi_pch.hpp>
  41. #include <objmgr/seq_align_handle.hpp>
  42. #include <objmgr/scope.hpp>
  43. #include <objmgr/impl/seq_annot_info.hpp>
  44. BEGIN_NCBI_SCOPE
  45. BEGIN_SCOPE(objects)
  46. CSeq_align_Handle::CSeq_align_Handle(void)
  47. {
  48.     return;
  49. }
  50. CSeq_align_Handle::CSeq_align_Handle(CScope& scope,
  51.                                      const CSeq_annot_Info& annot_info,
  52.                                      size_t index)
  53.     : m_Scope(scope),
  54.       m_Annot(&annot_info),
  55.       m_Index(index)
  56. {
  57.     return;
  58. }
  59. CSeq_align_Handle::~CSeq_align_Handle(void)
  60. {
  61.     return;
  62. }
  63. const CSeq_align& CSeq_align_Handle::x_GetSeq_align(void) const
  64. {
  65.     _ASSERT(m_Annot);
  66.     return m_Annot->GetAnnotObject_Info(m_Index).GetAlign();
  67. }
  68. CConstRef<CSeq_align> CSeq_align_Handle::GetSeq_align(void) const
  69. {
  70.     return ConstRef(&x_GetSeq_align());
  71. }
  72. CSeq_annot_Handle CSeq_align_Handle::GetAnnot(void) const
  73. {
  74.     if ( m_Annot ) {
  75.         return CSeq_annot_Handle(m_Scope.GetScope(), *m_Annot);
  76.     }
  77.     return CSeq_annot_Handle();
  78. }
  79. END_SCOPE(objects)
  80. END_NCBI_SCOPE
  81. /*
  82.  * ===========================================================================
  83.  * $Log: seq_align_handle.cpp,v $
  84.  * Revision 1000.0  2004/06/01 19:25:52  gouriano
  85.  * PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  86.  *
  87.  * Revision 1.2  2004/05/21 21:42:12  gorelenk
  88.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  89.  *
  90.  * Revision 1.1  2004/05/04 18:06:06  grichenk
  91.  * Initial revision
  92.  *
  93.  *
  94.  * ===========================================================================
  95.  */