seq_annot_handle.cpp
上传用户:yhdzpy8989
上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:6k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seq_annot_handle.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:23:49  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.9
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: seq_annot_handle.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:23:49 gouriano Exp $
  10. * ===========================================================================
  11. *
  12. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13. *               National Center for Biotechnology Information
  14. *
  15. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21. *
  22. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28. *  purpose.
  29. *
  30. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31. *
  32. * ===========================================================================
  33. *
  34. * Author: Aleksey Grichenko, Eugene Vasilchenko
  35. *
  36. * File Description:
  37. *
  38. */
  39. #include <ncbi_pch.hpp>
  40. #include <objmgr/seq_annot_handle.hpp>
  41. #include <objmgr/seq_entry_handle.hpp>
  42. #include <objmgr/scope.hpp>
  43. #include <objmgr/impl/scope_impl.hpp>
  44. #include <objmgr/impl/seq_annot_info.hpp>
  45. BEGIN_NCBI_SCOPE
  46. BEGIN_SCOPE(objects)
  47. CSeq_annot_Handle::CSeq_annot_Handle(CScope& scope,
  48.                                      const CSeq_annot_Info& info)
  49.     : m_Scope(&scope), m_Info(&info)
  50. {
  51. }
  52. CConstRef<CSeq_annot> CSeq_annot_Handle::GetCompleteSeq_annot(void) const
  53. {
  54.     return x_GetInfo().GetCompleteSeq_annot();
  55. }
  56. const CSeq_annot& CSeq_annot_Handle::GetSeq_annot(void) const
  57. {
  58.     ERR_POST_ONCE(Warning<<
  59.                   "CSeq_annot_Handle::GetSeq_annot() is deprecated, "
  60.                   "use GetCompleteSeq_annot().");
  61.     return *GetCompleteSeq_annot();
  62. }
  63. CSeq_entry_Handle CSeq_annot_Handle::GetParentEntry(void) const
  64. {
  65.     return CSeq_entry_Handle(m_Scope, x_GetInfo().GetParentSeq_entry_Info());
  66. }
  67. CSeq_entry_Handle CSeq_annot_Handle::GetTopLevelEntry(void) const
  68. {
  69.     CSeq_entry_Handle ret;
  70.     const CSeq_annot_Info& info = x_GetInfo();
  71.     if ( info.HasTSE_Info() ) {
  72.         ret = CSeq_entry_Handle(GetScope(), info.GetTSE_Info());
  73.     }
  74.     return ret;
  75. }
  76. CSeq_annot_EditHandle CSeq_annot_Handle::GetEditHandle(void) const
  77. {
  78.     return m_Scope->GetEditHandle(*this);
  79. }
  80. bool CSeq_annot_Handle::IsNamed(void) const
  81. {
  82.     return x_GetInfo().GetName().IsNamed();
  83. }
  84. const string& CSeq_annot_Handle::GetName(void) const
  85. {
  86.     return x_GetInfo().GetName().GetName();
  87. }
  88. CSeq_annot_Info& CSeq_annot_EditHandle::x_GetInfo(void) const
  89. {
  90.     return const_cast<CSeq_annot_Info&>(CSeq_annot_Handle::x_GetInfo());
  91. }
  92. CSeq_entry_EditHandle CSeq_annot_EditHandle::GetParentEntry(void) const
  93. {
  94.     return CSeq_entry_EditHandle(GetScope(),
  95.                                  x_GetInfo().GetParentSeq_entry_Info());
  96. }
  97. void CSeq_annot_EditHandle::Remove(void) const
  98. {
  99.     m_Scope->RemoveAnnot(*this);
  100. }
  101. END_SCOPE(objects)
  102. END_NCBI_SCOPE
  103. /*
  104. * ---------------------------------------------------------------------------
  105. * $Log: seq_annot_handle.cpp,v $
  106. * Revision 1000.2  2004/06/01 19:23:49  gouriano
  107. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.9
  108. *
  109. * Revision 1.9  2004/05/21 21:42:13  gorelenk
  110. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  111. *
  112. * Revision 1.8  2004/04/29 15:44:30  grichenk
  113. * Added GetTopLevelEntry()
  114. *
  115. * Revision 1.7  2004/03/24 18:30:30  vasilche
  116. * Fixed edit API.
  117. * Every *_Info object has its own shallow copy of original object.
  118. *
  119. * Revision 1.6  2004/03/16 21:01:32  vasilche
  120. * Added methods to move Bioseq withing Seq-entry
  121. *
  122. * Revision 1.5  2004/03/16 15:47:28  vasilche
  123. * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  124. *
  125. * Revision 1.4  2003/10/08 17:55:53  vasilche
  126. * Fixed null initialization of CHeapScope.
  127. *
  128. * Revision 1.3  2003/10/08 14:14:27  vasilche
  129. * Use CHeapScope instead of CRef<CScope> internally.
  130. *
  131. * Revision 1.2  2003/10/07 13:43:23  vasilche
  132. * Added proper handling of named Seq-annots.
  133. * Added feature search from named Seq-annots.
  134. * Added configurable adaptive annotation search (default: gene, cds, mrna).
  135. * Fixed selection of blobs for loading from GenBank.
  136. * Added debug checks to CSeq_id_Mapper for easier finding lost CSeq_id_Handles.
  137. * Fixed leaked split chunks annotation stubs.
  138. * Moved some classes definitions in separate *.cpp files.
  139. *
  140. * Revision 1.1  2003/09/30 16:22:03  vasilche
  141. * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  142. * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  143. * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  144. * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  145. * Optimized bioseq lookup in scope.
  146. * Reduced object allocations in annotation iterators.
  147. * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  148. * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  149. * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  150. * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  151. *
  152. * ===========================================================================
  153. */