开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
feature.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：24k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

feature.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: feature.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:25:23  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.13
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: feature.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:25:23 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author:  Clifford Clausen
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   Sequence utilities
  39. */
  41. #include <ncbi_pch.hpp>
  42. #include <serial/object.hpp>
  43. #include <serial/objistr.hpp>
  44. #include <serial/serial.hpp>
  45. #include <serial/iterator.hpp>
  46. #include <serial/enumvalues.hpp>
  49. #include <objmgr/object_manager.hpp>
  50. #include <objmgr/scope.hpp>
  51. #include <objmgr/seq_vector.hpp>
  53. #include <objects/seqfeat/Seq_feat.hpp>
  54. #include <objects/seqfeat/SeqFeatXref.hpp>
  55. #include <objects/seqfeat/Imp_feat.hpp>
  56. #include <objects/seqfeat/Prot_ref.hpp>
  57. #include <objects/seqfeat/Gene_ref.hpp>
  58. #include <objects/seqfeat/RNA_ref.hpp>
  59. #include <objects/seqfeat/Org_ref.hpp>
  60. #include <objects/seqfeat/Rsite_ref.hpp>
  61. #include <objects/seqfeat/Trna_ext.hpp>
  62. #include <objects/seqfeat/Cdregion.hpp>
  63. #include <objects/seqfeat/Gb_qual.hpp>
  64. #include <objects/seqfeat/BioSource.hpp>
  66. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  67. #include <objects/seq/seqport_util.hpp>
  68. #include <objects/seq/IUPACaa.hpp>
  69. #include <objects/seq/NCBIstdaa.hpp>
  70. #include <objects/seq/NCBIeaa.hpp>
  71. #include <objects/seq/NCBI8aa.hpp>
  72. #include <objects/seq/Pubdesc.hpp>
  73. #include <objects/seq/Heterogen.hpp>
  75. #include <objects/seqloc/Seq_loc.hpp>
  76. #include <objects/seqloc/Seq_loc_mix.hpp>
  77. #include <objects/seqfeat/SeqFeatData.hpp>
  79. #include <objects/general/Dbtag.hpp>
  80. #include <objects/general/Object_id.hpp>
  81. #include <objects/general/User_object.hpp>
  83. #include <objects/pub/Pub_equiv.hpp>
  84. #include <objects/pub/Pub.hpp>
  85. #include <objects/pub/Pub_set.hpp>
  87. #include <objmgr/util/feature.hpp>
  88. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  90. BEGIN_NCBI_SCOPE
  91. BEGIN_SCOPE(objects)
  92. BEGIN_SCOPE(feature)
  93. USING_SCOPE(sequence);
  96. // Appends a label onto "label" based on the type of feature       
  97. void s_GetTypeLabel(const CSeq_feat& feat, string* label)
  98. {    
  99.     string tlabel;
  100.     
  101.     // Determine typelabel
  102.     CSeqFeatData::ESubtype idx = feat.GetData().GetSubtype();
  103.     if ( idx != CSeqFeatData::eSubtype_bad ) {
  104.         tlabel = feat.GetData().GetKey();
  105.         if (feat.GetData().Which() == CSeqFeatData::e_Imp  && 
  106.             tlabel != "CDS") {
  107.             tlabel = "[" + tlabel + "]";
  108.         } else if (feat.GetData().Which() == CSeqFeatData::e_Region  && 
  109.             feat.GetData().GetRegion() == "Domain"  &&  feat.IsSetComment() ) {
  110.             tlabel = "Domain";
  111.         }
  112.     } else if (feat.GetData().Which() == CSeqFeatData::e_Imp) {
  113.         tlabel = "[" + feat.GetData().GetImp().GetKey() + "]";
  114.     } else {
  115.         tlabel = "Unknown=0";
  116.     }
  117.     *label += tlabel;  
  118. }
  121. // Appends a label onto tlabel for a CSeqFeatData::e_Cdregion
  122. inline
  123. static void s_GetCdregionLabel
  124. (const CSeq_feat& feat, 
  125.  string*          tlabel,
  126.  CScope*          scope)
  127. {
  128.     // Check that tlabel exists and that the feature data is Cdregion
  129.     if (!tlabel  ||  !feat.GetData().IsCdregion()) {
  130.         return;
  131.     }
  132.     
  133.     const CGene_ref* gref = 0;
  134.     const CProt_ref* pref = 0;
  135.     
  136.     // Look for CProt_ref object to create a label from
  137.     if (feat.IsSetXref()) {
  138.         ITERATE ( CSeq_feat::TXref, it, feat.GetXref()) {
  139.             switch ((**it).GetData().Which()) {
  140.             case CSeqFeatData::e_Prot:
  141.                 pref = &(**it).GetData().GetProt();
  142.                 break;
  143.             case CSeqFeatData::e_Gene:
  144.                 gref = &(**it).GetData().GetGene();
  145.                 break;
  146.             default:
  147.                 break;
  148.             }
  149.         }
  150.     }
  151.     
  152.     // Try and create a label from a CProt_ref in CSeqFeatXref in feature
  153.     if (pref) {
  154.         pref->GetLabel(tlabel);
  155.         return;
  156.     }
  157.     
  158.     // Try and create a label from a CProt_ref in the feat product and
  159.     // return if found 
  160.     if (feat.IsSetProduct()  &&  scope) {
  161.         try {
  162.             const CSeq_id& id = GetId(feat.GetProduct(), scope);            
  163.             CBioseq_Handle hnd = scope->GetBioseqHandle(id);
  164.             if (hnd) {
  165.                 const CBioseq& seq = hnd.GetBioseq();
  166.             
  167.                 // Now look for a CProt_ref feature in seq and
  168.                 // if found call GetLabel() on the CProt_ref
  169.                 CTypeConstIterator<CSeqFeatData> it = ConstBegin(seq);
  170.                 for (;it; ++it) {
  171.                     if (it->Which() == CSeqFeatData::e_Prot) {
  172.                         it->GetProt().GetLabel(tlabel);
  173.                         return;
  174.                     }
  175.                 }
  176.             }
  177.         } catch (CNotUnique&) {}
  178.     }
  179.     
  180.     // Try and create a label from a CGene_ref in CSeqFeatXref in feature
  181.     if (gref) {
  182.         gref->GetLabel(tlabel);
  183.     }
  185.     // check to see if the CDregion is just an open reading frame
  186.     if (feat.GetData().GetCdregion().IsSetOrf()  &&
  187.         feat.GetData().GetCdregion().GetOrf()) {
  188.         string str("open reading frame: ");
  189.         switch (feat.GetData().GetCdregion().GetFrame()) {
  190.         case CCdregion::eFrame_not_set:
  191.             str += "frame not set; ";
  192.             break;
  193.         case CCdregion::eFrame_one:
  194.             str += "frame 1; ";
  195.             break;
  196.         case CCdregion::eFrame_two:
  197.             str += "frame 2; ";
  198.             break;
  199.         case CCdregion::eFrame_three:
  200.             str += "frame 3; ";
  201.             break;
  202.         }
  204.         switch (sequence::GetStrand(feat.GetLocation())) {
  205.         case eNa_strand_plus:
  206.             str += "positive strand";
  207.             break;
  208.         case eNa_strand_minus:
  209.             str += "negative strand";
  210.             break;
  211.         case eNa_strand_both:
  212.             str += "both strands";
  213.             break;
  214.         case eNa_strand_both_rev:
  215.             str += "both strands (reverse)";
  216.             break;
  217.         default:
  218.             str += "strand unknown";
  219.             break;
  220.         }
  222.         *tlabel += str;
  223.     }
  226. }
  229. inline
  230. static void s_GetRnaRefLabelFromComment
  231. (const CSeq_feat& feat, 
  232.  string*          label,
  233.  ELabelType       label_type,
  234.  const string*    type_label)
  235. {
  236.     if (feat.IsSetComment()  &&  !feat.GetComment().empty()) {
  237.         if (label_type == eContent  &&  type_label != 0
  238.             &&  feat.GetComment().find(*type_label) == string::npos) {
  239.             *label += *type_label + "-" + feat.GetComment();
  240.         } else {
  241.             *label += feat.GetComment();
  242.         }
  243.     } else if (type_label) {
  244.         *label += *type_label;
  245.     }
  246. }
  249. // Appends a label onto "label" for a CRNA_ref
  250. inline
  251. static void s_GetRnaRefLabel
  252. (const CSeq_feat& feat, 
  253.  string*          label,
  254.  ELabelType       label_type,
  255.  const string*    type_label)
  256. {
  257.     // Check that label exists and that feature data is type RNA-ref
  258.     if (!label  ||  !feat.GetData().IsRna()) {
  259.         return;
  260.     }
  261.     
  262.     const CRNA_ref& rna = feat.GetData().GetRna();
  263.     
  264.     // Append the feature comment, the type label, or both  and return 
  265.     // if Ext is not set
  266.     if (!rna.IsSetExt()) {
  267.         s_GetRnaRefLabelFromComment(feat, label, label_type, type_label);
  268.         return;
  269.     }
  270.     
  271.     // Append a label based on the type of the type of the ext of the
  272.     // CRna_ref
  273.     string tmp_label;
  274.     switch (rna.GetExt().Which()) {
  275.     case CRNA_ref::C_Ext::e_not_set:
  276.         s_GetRnaRefLabelFromComment(feat, label, label_type, type_label);
  277.         break;
  278.     case CRNA_ref::C_Ext::e_Name:
  279.         tmp_label = rna.GetExt().GetName();
  280.         if (label_type == eContent  &&  type_label != 0  &&
  281.                 tmp_label.find(*type_label) == string::npos) {
  282.             *label += *type_label + "-" + tmp_label;
  283.         } else if (!tmp_label.empty()) {
  284.             *label += tmp_label;
  285.         } else if (type_label) {
  286.             *label += *type_label;
  287.         }
  288.         break;
  289.     case CRNA_ref::C_Ext::e_TRNA:
  290.     {
  291.         if ( !rna.GetExt().GetTRNA().IsSetAa() ) {
  292.             s_GetRnaRefLabelFromComment(feat, label, label_type, type_label);
  293.             break;                
  294.         }
  295.         try {
  296.             CTrna_ext::C_Aa::E_Choice aa_code_type = 
  297.                 rna.GetExt().GetTRNA().GetAa().Which();
  298.             int aa_code;
  299.             CSeq_data in_seq, out_seq;
  300.             string str_aa_code;
  301.             switch (aa_code_type) {
  302.             case CTrna_ext::C_Aa::e_Iupacaa:        
  303.                 // Convert an e_Iupacaa code to an Iupacaa3 code for the label
  304.                 aa_code = rna.GetExt().GetTRNA().GetAa().GetIupacaa();
  305.                 str_aa_code = CSeqportUtil::GetCode(CSeq_data::e_Iupacaa,
  306.                                                     aa_code); 
  307.                 in_seq.SetIupacaa().Set() = str_aa_code;
  308.                 CSeqportUtil::Convert(in_seq, &out_seq,
  309.                                       CSeq_data::e_Ncbistdaa);
  310.                 if (out_seq.GetNcbistdaa().Get().size()) {
  311.                     aa_code = out_seq.GetNcbistdaa().Get()[0];
  312.                     tmp_label = CSeqportUtil::GetIupacaa3(aa_code);
  313.                 } else {
  314.                     s_GetRnaRefLabelFromComment(feat, label, label_type,
  315.                                                 type_label);
  316.                 }
  317.                 break;
  318.             case CTrna_ext::C_Aa::e_Ncbieaa:
  319.                 // Convert an e_Ncbieaa code to an Iupacaa3 code for the label
  320.                 aa_code = rna.GetExt().GetTRNA().GetAa().GetNcbieaa();
  321.                 str_aa_code = CSeqportUtil::GetCode(CSeq_data::e_Ncbieaa,
  322.                                                     aa_code);
  323.                 in_seq.SetNcbieaa().Set() = str_aa_code;
  324.                 CSeqportUtil::Convert(in_seq, &out_seq,
  325.                                       CSeq_data::e_Ncbistdaa);
  326.                 if (out_seq.GetNcbistdaa().Get().size()) {
  327.                     aa_code = out_seq.GetNcbistdaa().Get()[0];
  328.                     tmp_label = CSeqportUtil::GetIupacaa3(aa_code);
  329.                 } else {
  330.                     s_GetRnaRefLabelFromComment(feat, label, label_type,
  331.                                                 type_label);
  332.                 }
  333.                 break;
  334.             case CTrna_ext::C_Aa::e_Ncbi8aa:
  335.                 // Convert an e_Ncbi8aa code to an Iupacaa3 code for the label
  336.                 aa_code = rna.GetExt().GetTRNA().GetAa().GetNcbi8aa();
  337.                 tmp_label = CSeqportUtil::GetIupacaa3(aa_code);
  338.                 break;
  339.             case CTrna_ext::C_Aa::e_Ncbistdaa:
  340.                 // Convert an e_Ncbistdaa code to an Iupacaa3 code for the label
  341.                 aa_code = rna.GetExt().GetTRNA().GetAa().GetNcbistdaa();
  342.                 tmp_label = CSeqportUtil::GetIupacaa3(aa_code);
  343.                 break;
  344.             default:
  345.                 break;
  346.             }
  347.         
  348.             // Append to label, depending on ELabelType
  349.             if (label_type == eContent  &&  type_label != 0) {
  350.                 *label += *type_label + "-" + tmp_label;
  351.             } else if (!tmp_label.empty()) {
  352.                 *label += tmp_label;
  353.             } else if (type_label) {
  354.                 *label += *type_label;
  355.             }
  356.         } catch (CSeqportUtil::CBadIndex&) {
  357.             // fall back to comment (if any)
  358.             s_GetRnaRefLabelFromComment(feat, label, label_type, type_label);
  359.         }
  360.         
  361.         break;
  362.     }}       
  363. }
  366. // Appends a label to tlabel for a CImp_feat. A return value of true indicates 
  367. // that the label was created for a CImp_feat key = "Site-ref" 
  368. inline
  369. static bool s_GetImpLabel
  370. (const CSeq_feat&      feat, 
  371.  string*               tlabel,
  372.  ELabelType            label_type,
  373.  const string*         type_label)
  374. {
  375.     // Return if tlablel does not exist or feature data is not Imp-feat
  376.     if (!tlabel  ||  !feat.GetData().IsImp()) {
  377.         return false;
  378.     }
  379.     
  380.     const string& key = feat.GetData().GetImp().GetKey();
  381.     bool empty = true;
  382.     
  383.     // If the key is Site-ref
  384.     if (!NStr::CompareNocase(key, "Site-ref")) {
  385.         if (feat.IsSetCit()) {
  386.             // Create label based on Pub-set
  387.             feat.GetCit().GetLabel(tlabel);
  388.             return true;
  389.         }
  390.     // else if the key is not Site-ref
  391.     } else if (label_type == eContent) {
  392.         // If the key is CDS
  393.         if (!NStr::CompareNocase(key, "CDS")) {
  394.             *tlabel += "[CDS]";
  395.         // else if the key is repeat_unit or repeat_region
  396.         } else if (!NStr::CompareNocase(key, "repeat_unit")  ||
  397.                    !NStr::CompareNocase(key, "repeat_region")) {
  398.             if (feat.IsSetQual()) {
  399.                 // Loop thru the feature qualifiers
  400.                 ITERATE( CSeq_feat::TQual, it, feat.GetQual()) {
  401.                     // If qualifier qual is rpt_family append qualifier val
  402.                     if (!NStr::CompareNocase((*it)->GetQual(),"rpt_family")) { 
  403.                         *tlabel += (*it)->GetVal();
  404.                         empty = false;
  405.                         break;
  406.                     }
  407.                 }
  408.             }
  409.             
  410.             // If nothing has been appended yet
  411.             if (empty) {
  412.                 *tlabel += type_label ? *type_label : string("");
  413.             }
  414.         // else if the key is STS
  415.         } else if (!NStr::CompareNocase(key, "STS")) {
  416.             if (feat.IsSetQual()) {
  417.                 ITERATE( CSeq_feat::TQual, it, feat.GetQual()) {
  418.                     if (!NStr::CompareNocase((*it)->GetQual(),"standard_name"))
  419.                     { 
  420.                            *tlabel = (*it)->GetVal();
  421.                            empty = false;
  422.                            break;
  423.                     }
  424.                 }
  425.             }
  426.             
  427.             // If nothing has been appended yet
  428.             if (empty) {
  429.                 if (feat.IsSetComment()) {
  430.                     size_t pos = feat.GetComment().find(";");
  431.                     if (pos == string::npos) {
  432.                         *tlabel += feat.GetComment();
  433.                     } else {
  434.                         *tlabel += feat.GetComment().substr(0, pos);
  435.                     } 
  436.                 } else {
  437.                     *tlabel += type_label ? *type_label : string("");
  438.                 }
  439.             }
  440.         // else if the key is misc_feature
  441.         } else if (NStr::CompareNocase(key, "misc_feature")) {
  442.             if (feat.IsSetQual()) {
  443.                 // Look for a single qualifier qual in order of preference 
  444.                 // "standard_name", "function", "number", any and
  445.                 // append to tlabel and return if found
  446.                 ITERATE(CSeq_feat::TQual, it, feat.GetQual()) {
  447.                     if (!NStr::CompareNocase((*it)->GetQual(),"standard_name"))
  448.                     {
  449.                          *tlabel += (*it)->GetVal();
  450.                          return false;
  451.                     }
  452.                 }
  453.                 ITERATE(CSeq_feat::TQual, it, feat.GetQual()) {
  454.                     if (!NStr::CompareNocase((*it)->GetQual(), "function")) {
  455.                          *tlabel += (*it)->GetVal();
  456.                          return false;
  457.                     }
  458.                 }
  459.                 ITERATE(CSeq_feat::TQual, it, feat.GetQual()) {
  460.                     if (!NStr::CompareNocase((*it)->GetQual(), "number")) {
  461.                         *tlabel += (*it)->GetVal();
  462.                         return false;
  463.                     }
  464.                 }
  465.                 ITERATE(CSeq_feat::TQual, it, feat.GetQual()) {
  466.                     *tlabel += (*it)->GetVal();
  467.                     return false;
  468.                 }
  469.                 // Append type_label if there is one
  470.                 if (empty) {
  471.                     *tlabel += type_label ? *type_label : string("");
  472.                     return false;
  473.                 }
  474.             }
  475.         }
  476.                 
  477.     } 
  478.     return false;                
  479. }
  481.  
  482. // Return a label based on the content of the feature
  483. void s_GetContentLabel
  484. (const CSeq_feat&      feat,
  485.  string*               label,
  486.  const string*         type_label,
  487.  ELabelType            label_type, 
  488.  CScope*               scope)
  489. {
  490.     string tlabel;
  491.     
  492.     // Get a content label dependent on the type of the feature data
  493.     switch (feat.GetData().Which()) {
  494.     case CSeqFeatData::e_Gene:
  495.         feat.GetData().GetGene().GetLabel(&tlabel);
  496.         break;
  497.     case CSeqFeatData::e_Org:
  498.         feat.GetData().GetOrg().GetLabel(&tlabel);
  499.         break;
  500.     case CSeqFeatData::e_Cdregion:
  501.         s_GetCdregionLabel(feat, &tlabel, scope);
  502.         break;
  503.     case CSeqFeatData::e_Prot:
  504.         feat.GetData().GetProt().GetLabel(&tlabel);
  505.         break;
  506.     case CSeqFeatData::e_Rna:
  507.         s_GetRnaRefLabel(feat, &tlabel, label_type, type_label);
  508.         break;  
  509.     case CSeqFeatData::e_Pub:
  510.         feat.GetData().GetPub().GetPub().GetLabel(&tlabel); 
  511.         break;
  512.     case CSeqFeatData::e_Seq:
  513.         break;
  514.     case CSeqFeatData::e_Imp:
  515.         if (s_GetImpLabel(feat, &tlabel, label_type, type_label)) {
  516.             *label += tlabel;
  517.             return;
  518.         }
  519.         break;
  520.     case CSeqFeatData::e_Region:
  521.         if (feat.GetData().GetRegion().find("Domain") != string::npos  && 
  522.                 feat.IsSetComment()) {
  523.             tlabel += feat.GetComment();
  524.         } else {
  525.             tlabel += feat.GetData().GetRegion();
  526.         }
  527.         break;
  528.     case CSeqFeatData::e_Comment:
  529.         tlabel += feat.IsSetComment() ? feat.GetComment() : string("");
  530.         break;
  531.     case CSeqFeatData::e_Bond:
  532.         // Get the ASN string name for the enumerated EBond type
  533.         tlabel += CSeqFeatData::GetTypeInfo_enum_EBond()
  534.             ->FindName(feat.GetData().GetBond(), true);
  535.         break;
  536.     case CSeqFeatData::e_Site:
  537.         // Get the ASN string name for the enumerated ESite type
  538.         tlabel += CSeqFeatData::GetTypeInfo_enum_ESite()
  539.             ->FindName(feat.GetData().GetSite(), true);
  540.         break;
  541.     case CSeqFeatData::e_Rsite:
  542.         switch (feat.GetData().GetRsite().Which()) {
  543.         case CRsite_ref::e_Str:
  544.             tlabel += feat.GetData().GetRsite().GetStr();
  545.             break;
  546.         case CRsite_ref::e_Db:
  547.             tlabel += feat.GetData().GetRsite().GetDb().GetTag().IsStr() ?
  548.                 feat.GetData().GetRsite().GetDb().GetTag().GetStr() : 
  549.                 string("?");
  550.             break;
  551.         default:
  552.             break;
  553.         }
  554.         break;
  555.     case CSeqFeatData::e_User:
  556.         if (feat.GetData().GetUser().IsSetClass()) {
  557.             tlabel += feat.GetData().GetUser().GetClass();
  558.         } else if (feat.GetData().GetUser().GetType().IsStr()) {
  559.             tlabel += feat.GetData().GetUser().GetType().GetStr();
  560.         }
  561.     case CSeqFeatData::e_Txinit:
  562.         break;
  563.     case CSeqFeatData::e_Num:
  564.         break;
  565.     case CSeqFeatData::e_Psec_str:
  566.         tlabel += CSeqFeatData::GetTypeInfo_enum_EPsec_str()
  567.             ->FindName(feat.GetData().GetPsec_str(), true);
  568.         break;    
  569.     case CSeqFeatData::e_Non_std_residue:
  570.         tlabel += feat.GetData().GetNon_std_residue();
  571.         break;
  572.     case CSeqFeatData::e_Het:
  573.         tlabel += feat.GetData().GetHet().Get();
  574.         break;        
  575.     case CSeqFeatData::e_Biosrc:
  576.         feat.GetData().GetBiosrc().GetOrg().GetLabel(&tlabel);
  577.         break;        
  578.     default:
  579.         break;
  580.     }
  581.     
  582.     // Return if a label has been calculated above
  583.     if (!tlabel.empty()) {
  584.         *label += tlabel;
  585.         return;
  586.     }
  587.     
  588.     // Put Seq-feat qual into label
  589.     if (feat.IsSetQual()) {
  590.         string prefix("/");
  591.         ITERATE(CSeq_feat::TQual, it, feat.GetQual()) {
  592.             tlabel += prefix + (**it).GetQual();
  593.             prefix = " ";
  594.             if (!(**it).GetVal().empty()) {
  595.                 tlabel += "=" + (**it).GetVal();
  596.             }
  597.         }
  598.     }
  599.     
  600.     // Put Seq-feat comment into label
  601.     if (feat.IsSetComment()) {
  602.         if (tlabel.empty()) {
  603.             tlabel = feat.GetComment();
  604.         } else {
  605.             tlabel += "; " + feat.GetComment();
  606.         }
  607.     }
  608.     
  609.     *label += tlabel;
  610. }
  613. void GetLabel
  614. (const CSeq_feat&    feat,
  615.  string*             label,
  616.  ELabelType          label_type,
  617.  CScope*             scope)
  618. {
  619.  
  620.     // Ensure that label exists
  621.     if (!label) {
  622.         return;
  623.     }
  624.     
  625.     // Get the type label
  626.     string type_label;
  627.     s_GetTypeLabel(feat, &type_label);
  628.     
  629.     // Append the type label and return if content label not required
  630.     if (label_type == eBoth) {
  631.         *label += type_label + ": ";
  632.     } else if (label_type == eType) {
  633.         *label += type_label;
  634.         return;
  635.     }
  636.     
  637.     // Append the content label
  638.     size_t label_len = label->size();
  639.     s_GetContentLabel(feat, label, &type_label, label_type, scope);
  640.     
  641.     // If there is no content label, append the type label
  642.     if (label->size() == label_len  &&  label_type == eContent) {
  643.         *label += type_label;
  644.     }
  645. }
  648. END_SCOPE(feature)
  649. END_SCOPE(objects)
  650. END_NCBI_SCOPE
  652. /*
  653. * ===========================================================================
  654. * $Log: feature.cpp,v $
  655. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:25:23  gouriano
  656. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.13
  657. *
  658. * Revision 1.13  2004/05/21 21:42:14  gorelenk
  659. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  660. *
  661. * Revision 1.12  2003/08/21 12:09:08  dicuccio
  662. * Added processing of CDS in case the CDS is just an open reading frame
  663. *
  664. * Revision 1.11  2003/08/08 18:12:19  dicuccio
  665. * Fixed bug in s_GetRnaRefLabel(): inadverted '&' instead of '&&'
  666. *
  667. * Revision 1.10  2003/07/22 21:48:26  vasilche
  668. * Use typedef for member access.
  669. *
  670. * Revision 1.9  2003/06/02 16:06:39  dicuccio
  671. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  672. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  673. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  674. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  675. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  676. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  677. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  678. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  679. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  680. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  681. * replaces the three libmmdb? libs.
  682. *
  683. * Revision 1.8  2003/03/11 16:00:58  kuznets
  684. * iterate -> ITERATE
  685. *
  686. * Revision 1.7  2002/12/31 15:09:58  dicuccio
  687. * Removed unneeded headers for Featdef classes
  688. *
  689. * Revision 1.6  2002/12/26 21:17:06  dicuccio
  690. * Minor tweaks to avoid compiler warnings in MSVC (remove unused variables)
  691. *
  692. * Revision 1.5  2002/08/26 16:29:41  ucko
  693. * Be even more careful with TRNA extensions.
  694. *
  695. * Revision 1.4  2002/08/21 15:30:30  ucko
  696. * Handle empty tRNA extensions.
  697. *
  698. * Revision 1.3  2002/08/20 20:01:50  ucko
  699. * s_GetRnaRefLabel: factor out code to look at comments, and fall back
  700. * on it for bogus TRNA extensions.
  701. *
  702. * Revision 1.2  2002/06/07 16:11:21  ucko
  703. * Move everything into the "feature" namespace.
  704. *
  705. * Revision 1.1  2002/06/06 18:45:03  clausen
  706. * Initial version
  707. *
  708. * ===========================================================================
  709. */