开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
seqtitle.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：39k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

seqtitle.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seqtitle.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/06/01 19:25:27  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.37
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: seqtitle.cpp,v 1000.3 2004/06/01 19:25:27 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author:  Aaron Ucko
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   Obtains or constructs a sequence's title.  (Corresponds to
  39. *   CreateDefLine in the C toolkit.)
  40. */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <serial/iterator.hpp>
  45. #include <objects/biblio/Id_pat.hpp>
  46. #include <objects/general/Dbtag.hpp>
  47. #include <objects/general/Object_id.hpp>
  48. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  49. #include <objects/seq/Delta_ext.hpp>
  50. #include <objects/seq/Delta_seq.hpp>
  51. #include <objects/seq/MolInfo.hpp>
  52. #include <objects/seq/Seg_ext.hpp>
  53. #include <objects/seq/Seq_descr.hpp>
  54. #include <objects/seq/Seq_ext.hpp>
  55. #include <objects/seq/Seq_inst.hpp>
  56. #include <objects/seq/Seq_literal.hpp>
  57. #include <objects/seqblock/EMBL_block.hpp>
  58. #include <objects/seqblock/GB_block.hpp>
  59. #include <objects/seqblock/PDB_block.hpp>
  60. #include <objects/seqfeat/BioSource.hpp>
  61. #include <objects/seqfeat/Gene_ref.hpp>
  62. #include <objects/seqfeat/OrgMod.hpp>
  63. #include <objects/seqfeat/OrgName.hpp>
  64. #include <objects/seqfeat/Org_ref.hpp>
  65. #include <objects/seqfeat/Prot_ref.hpp>
  66. #include <objects/seqfeat/Seq_feat.hpp>
  67. #include <objects/seqfeat/SubSource.hpp>
  68. #include <objects/seqloc/PDB_seq_id.hpp>
  69. #include <objects/seqloc/PDB_seq_id.hpp>
  70. #include <objects/seqloc/Patent_seq_id.hpp>
  71. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  72. #include <objects/seqloc/Seq_loc.hpp>
  73. #include <objects/seqloc/Seq_loc_mix.hpp>
  74. #include <objects/seqloc/Textseq_id.hpp>
  75. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  77. #include <objmgr/scope.hpp>
  78. #include <objmgr/seqdesc_ci.hpp>
  79. #include <objmgr/feat_ci.hpp>
  80. #include <objmgr/util/feature.hpp>
  81. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  83. BEGIN_NCBI_SCOPE
  84. BEGIN_SCOPE(objects)
  85. BEGIN_SCOPE(sequence)
  87. static string s_TitleFromBioSource (const CBioSource&    source,
  88.                                     const string&        suffix = kEmptyStr);
  91. static string s_TitleFromChromosome(const CBioSource&    source,
  92.                                     const CMolInfo&      mol_info);
  95. static string s_TitleFromProtein   (const CBioseq_Handle& handle,
  96.                                           CScope&        scope,
  97.                                           string&        organism);
  98. static string s_TitleFromSegment   (const CBioseq_Handle& handle,
  99.                                           CScope&        scope);
  100.                                           
  102. string GetTitle(const CBioseq_Handle& hnd, TGetTitleFlags flags)
  103. {
  104.     string                    prefix, title, suffix;
  105.     string                    organism;
  106.     CBioseq_Handle::TBioseqCore core        = hnd.GetBioseqCore();
  107.     CConstRef<CTextseq_id>    tsid(NULL);
  108.     CConstRef<CPDB_seq_id>    pdb_id(NULL);
  109.     CConstRef<CPatent_seq_id> pat_id(NULL);
  110.     CConstRef<CDbtag>         general_id(NULL);
  111.     CConstRef<CBioSource>     source(NULL);
  112.     CConstRef<CMolInfo>       mol_info(NULL);
  113.     bool                      third_party = false;
  114.     bool                      is_nc       = false;
  115.     bool                      is_nm       = false;
  116.     bool                      is_nr       = false;
  117.     bool                      wgs_master  = false;
  118.     CMolInfo::TTech           tech        = CMolInfo::eTech_unknown;
  119.     bool                      htg_tech    = false;
  120.     bool                      use_biosrc  = false;
  122.     ITERATE (CBioseq::TId, id, core->GetId()) {
  123.         if ( !tsid ) {
  124.             tsid = (*id)->GetTextseq_Id();
  125.         }
  126.         switch ((*id)->Which()) {
  127.         case CSeq_id::e_Other:
  128.         case CSeq_id::e_Genbank:
  129.         case CSeq_id::e_Embl:
  130.         case CSeq_id::e_Ddbj:
  131.         {
  132.             const CTextseq_id& t = *(*id)->GetTextseq_Id();
  133.             if (t.IsSetAccession()) {
  134.                 const string& acc = t.GetAccession();
  135.                 CSeq_id::EAccessionInfo type = CSeq_id::IdentifyAccession(acc);
  136.                 if ((type & CSeq_id::eAcc_division_mask) == CSeq_id::eAcc_wgs
  137.                     &&  NStr::EndsWith(acc, "000000")) {
  138.                     wgs_master = true;
  139.                 } else if (type == CSeq_id::eAcc_refseq_chromosome) {
  140.                     is_nc = true;
  141.                 } else if (type == CSeq_id::eAcc_refseq_mrna) {
  142.                     is_nm = true;
  143.                 } else if (type == CSeq_id::eAcc_refseq_ncrna) {
  144.                     is_nr = true;
  145.                 }
  146.             }
  147.             break;
  148.         }
  149.         case CSeq_id::e_General:
  150.             general_id = &(*id)->GetGeneral();
  151.             break;
  152.         case CSeq_id::e_Tpg:
  153.         case CSeq_id::e_Tpe:
  154.         case CSeq_id::e_Tpd:
  155.             third_party = true;
  156.             break;
  157.         case CSeq_id::e_Pdb:
  158.             pdb_id = &(*id)->GetPdb();
  159.             break;
  160.         case CSeq_id::e_Patent:
  161.             pat_id = &(*id)->GetPatent();
  162.             break;
  163.         default:
  164.             break;
  165.         }
  166.     }
  167.     
  168.     {
  169.         CSeqdesc_CI it(hnd, CSeqdesc::e_Source);
  170.         if (it) {
  171.             source = &it->GetSource();
  172.         }
  173.     }
  174.     {
  175.         CSeqdesc_CI it(hnd, CSeqdesc::e_Molinfo);
  176.         if (it) {
  177.             mol_info = &it->GetMolinfo();
  178.             tech = mol_info->GetTech();
  179.         }
  180.     }
  181.     switch (tech) {
  182.     case CMolInfo::eTech_htgs_0:
  183.     case CMolInfo::eTech_htgs_1:
  184.     case CMolInfo::eTech_htgs_2:
  185.         // manufacture all titles for unfinished HTG sequences
  186.         flags |= fGetTitle_Reconstruct;
  187.         // fall through
  188.     case CMolInfo::eTech_htgs_3:
  189.         htg_tech = true;
  190.         // fall through
  191.     case CMolInfo::eTech_est:
  192.     case CMolInfo::eTech_sts:
  193.     case CMolInfo::eTech_survey:
  194.     case CMolInfo::eTech_wgs:
  195.         use_biosrc = true;
  196.     default:
  197.         break;
  198.     }
  200.     if (!(flags & fGetTitle_Reconstruct)) {
  201.         // Ignore parents' titles for non-PDB proteins.
  202.         if (core->GetInst().GetMol() == CSeq_inst::eMol_aa
  203.             &&  pdb_id.IsNull()) {
  204.             // Sun Workshop compiler does not call destructors of objects
  205.             // created in for-loop initializers in case we use break to exit the loop
  206.             // (08-apr-2002)
  207.             CTypeConstIterator<CSeqdesc> it = ConstBegin(*core);
  208.             for (; it;  ++it) {
  209.                 if (it->IsTitle()) {
  210.                     title = it->GetTitle();
  211.                     BREAK(it);
  212.                 }
  213.             }
  214.         } else {
  215.             {
  216.                 CSeqdesc_CI it(hnd, CSeqdesc::e_Title);
  217.                 if (it) {
  218.                     title = it->GetTitle();
  219.                 }
  220.             }
  221.         }
  222.     }
  224.     if (title.empty()  &&  use_biosrc  &&  source.NotEmpty()) {
  225.         if (tech == CMolInfo::eTech_wgs  &&  !wgs_master
  226.             &&  general_id.NotEmpty()  &&  general_id->GetTag().IsStr()) {
  227.             title = s_TitleFromBioSource(*source,
  228.                                          general_id->GetTag().GetStr());
  229.         } else {
  230.             title = s_TitleFromBioSource(*source);
  231.         }
  232.         flags &= ~fGetTitle_Organism;
  233.     }
  235.     if (title.empty()  &&  is_nc  &&  source.NotEmpty()) {
  236.         switch (mol_info->GetBiomol()) {
  237.         case CMolInfo::eBiomol_genomic:
  238.         case CMolInfo::eBiomol_other_genetic:
  239.             title = s_TitleFromChromosome(*source, *mol_info);
  240.             if (!title.empty()) {
  241.                 flags &= ~fGetTitle_Organism;
  242.             }
  243.             break;
  244.         }
  245.     } else if (title.empty()  &&  is_nm  &&  source.NotEmpty()) {
  246.         unsigned int         genes = 0, cdregions = 0, prots = 0;
  247.         CConstRef<CSeq_feat> gene(0),   cdregion(0);
  248.         for (CFeat_CI it(hnd, 0, 0, CSeqFeatData::e_not_set);
  249.              it;  ++it) {
  250.             switch (it->GetData().Which()) {
  251.             case CSeqFeatData::e_Gene:
  252.                 ++genes;
  253.                 gene.Reset(&it->GetMappedFeature());
  254.                 break;
  255.             case CSeqFeatData::e_Cdregion:
  256.                 ++cdregions;
  257.                 cdregion.Reset(&it->GetMappedFeature());
  258.                 break;
  259.             case CSeqFeatData::e_Prot:
  260.                 ++prots;
  261.                 break;
  262.             default:
  263.                 break;
  264.             }
  265.         }
  266.         if (genes == 1  &&  cdregions == 1  // &&  prots >= 1
  267.             &&  source->GetOrg().IsSetTaxname()) {
  268.             title = source->GetOrg().GetTaxname() + ' ';
  269.             feature::GetLabel(*cdregion, &title, feature::eContent,
  270.                               &hnd.GetScope());
  271.             title += " (";
  272.             feature::GetLabel(*gene, &title, feature::eContent,
  273.                               &hnd.GetScope());
  274.             title += "), mRNA";
  275.         }
  276.     } else if (title.empty()  &&  is_nr  &&  source.NotEmpty()
  277.                &&  source->GetOrg().IsSetTaxname()) {
  278.         for (CTypeConstIterator<CSeq_feat> it(hnd.GetTopLevelSeqEntry());
  279.              it;  ++it) {
  280.             if (it->GetData().IsGene()) {
  281.                 title = source->GetOrg().GetTaxname() + ' ';
  282.                 feature::GetLabel(*it, &title, feature::eContent);
  283.                 title += ", ";
  284.                 switch (mol_info->GetBiomol()) {
  285.                 case CMolInfo::eBiomol_pre_RNA: title += "precursorRNA"; break;
  286.                 case CMolInfo::eBiomol_mRNA:    title += "mRNA";         break;
  287.                 case CMolInfo::eBiomol_rRNA:    title += "rRNA";         break;
  288.                 case CMolInfo::eBiomol_tRNA:    title += "tRNA";         break;
  289.                 case CMolInfo::eBiomol_snRNA:   title += "snRNA";        break;
  290.                 case CMolInfo::eBiomol_scRNA:   title += "scRNA";        break;
  291.                 case CMolInfo::eBiomol_cRNA:    title += "cRNA";         break;
  292.                 case CMolInfo::eBiomol_snoRNA:  title += "snoRNA";       break;
  293.                 default:                        title += "miscRNA";      break;
  294.                 }
  295.                 BREAK(it);
  296.             }
  297.         }
  298.     }
  300.     // originally further down, but moved up to match the C version
  301.     while (NStr::EndsWith(title, ".")  ||  NStr::EndsWith(title, " ")) {
  302.         title.erase(title.end() - 1);
  303.     }
  305.     if (title.empty()  &&  pdb_id.NotEmpty()) {
  306.         CSeqdesc_CI it(hnd, CSeqdesc::e_Pdb);
  307.         for (;  it;  ++it) {
  308.             if ( !it->GetPdb().GetCompound().empty() ) {
  309.                 if (isprint(pdb_id->GetChain())) {
  310.                     title = string("Chain ") + (char)pdb_id->GetChain() + ", ";
  311.                 }
  312.                 title += it->GetPdb().GetCompound().front();
  313.                 BREAK(it);
  314.             }
  315.         }
  316.     }
  318.     if (title.empty()  &&  pat_id.NotEmpty()) {
  319.         title = "Sequence " + NStr::IntToString(pat_id->GetSeqid())
  320.             + " from Patent " + pat_id->GetCit().GetCountry()
  321.             + ' ' + pat_id->GetCit().GetId().GetNumber();
  322.     }
  324.     if (title.empty()  &&  core->GetInst().GetMol() == CSeq_inst::eMol_aa) {
  325.         title = s_TitleFromProtein(hnd, hnd.GetScope(), organism);
  326.         if ( !title.empty() ) {
  327.             flags |= fGetTitle_Organism;
  328.         }
  329.     }
  331.     if (title.empty()  &&  !htg_tech
  332.         &&  core->GetInst().GetRepr() == CSeq_inst::eRepr_seg) {
  333.         title = s_TitleFromSegment(hnd, hnd.GetScope());
  334.     }
  336.     if (title.empty()  &&  !htg_tech  &&  source.NotEmpty()) {
  337.         title = s_TitleFromBioSource(*source);
  338.         if (title.empty()) {
  339.             title = "No definition line found";
  340.         }
  341.     }
  343.     if (third_party  &&  !title.empty()
  344.         &&  !NStr::StartsWith(title, "TPA: ", NStr::eNocase)) {
  345.         prefix += "TPA: ";
  346.     }
  348.     switch (tech) {
  349.     case CMolInfo::eTech_htgs_0:
  350.         if (title.find("LOW-PASS") == NPOS) {
  351.             suffix = ", LOW-PASS SEQUENCE SAMPLING";
  352.         }
  353.         break;
  354.     case CMolInfo::eTech_htgs_1:
  355.     case CMolInfo::eTech_htgs_2:
  356.     {
  357.         bool is_draft  = false;
  358.         bool cancelled = false;
  359.         const CGB_block::TKeywords* keywords = 0;
  360.         for (CSeqdesc_CI gb(hnd, CSeqdesc::e_Genbank);  gb;  ++gb) {
  361.             if (gb->GetGenbank().IsSetKeywords()) {
  362.                 keywords = &gb->GetGenbank().GetKeywords();
  363.             }
  364.             BREAK(gb);
  365.         }
  366.         if ( !keywords ) {
  367.             for (CSeqdesc_CI embl(hnd, CSeqdesc::e_Embl);  embl;  ++embl) {
  368.                 if (embl->GetEmbl().IsSetKeywords()) {
  369.                     keywords = &embl->GetEmbl().GetKeywords();
  370.                 }
  371.                 BREAK(embl);
  372.             }
  373.         }
  374.         if (keywords) {
  375.             ITERATE (CGB_block::TKeywords, it, *keywords) {
  376.                 if (NStr::Compare(*it, "HTGS_DRAFT", NStr::eNocase) == 0) {
  377.                     is_draft = true;
  378.                     break;
  379.                 } else if (NStr::Compare(*it, "HTGS_CANCELLED", NStr::eNocase)
  380.                            == 0) {
  381.                     cancelled = true;
  382.                     break;
  383.                 }
  384.             }
  385.         }
  386.         if (is_draft  &&  title.find("WORKING DRAFT") == NPOS) {
  387.             suffix = ", WORKING DRAFT SEQUENCE";
  388.         } else if (!is_draft  &&  !cancelled
  389.                    &&  title.find("SEQUENCING IN") == NPOS) {
  390.             suffix = ", *** SEQUENCING IN PROGRESS ***";
  391.         }
  392.         
  393.         string un;
  394.         if (tech == CMolInfo::eTech_htgs_1) {
  395.             un = "un";
  396.         }
  397.         if (core->GetInst().GetRepr() == CSeq_inst::eRepr_delta) {
  398.             // We need the full bioseq here...
  399.             const CBioseq& seq = hnd.GetBioseq();
  400.             unsigned int pieces = 1;
  401.             ITERATE (CDelta_ext::Tdata, it,
  402.                      seq.GetInst().GetExt().GetDelta().Get()) {
  403.                 switch ((*it)->Which()) {
  404.                 case CDelta_seq::e_Loc:
  405.                     if ( (*it)->GetLoc().IsNull() ) {
  406.                         pieces++;
  407.                     }
  408.                     break;
  409.                 case CDelta_seq::e_Literal:
  410.                     if ( !(*it)->GetLiteral().IsSetSeq_data() ) {
  411.                         pieces++;
  412.                     }
  413.                     break;
  414.                 default:
  415.                     break;
  416.                 }
  417.             }
  418.             if (pieces == 1) {
  419.                 // suffix += (", 1 " + un + "ordered piece");
  420.             } else {
  421.                 suffix += (", " + NStr::IntToString(pieces)
  422.                            + ' ' + un + "ordered pieces");
  423.             }
  424.         } else {
  425.             // suffix += ", in " + un + "ordered pieces";
  426.         }
  427.         break;
  428.     }
  429.     case CMolInfo::eTech_htgs_3:
  430.         if (title.find("complete sequence") == NPOS) {
  431.             suffix = ", complete sequence";
  432.         }
  433.         break;
  435.     case CMolInfo::eTech_est:
  436.         if (title.find("mRNA sequence") == NPOS) {
  437.             suffix = ", mRNA sequence";
  438.         }
  439.         break;
  441.     case CMolInfo::eTech_sts:
  442.         if (title.find("sequence tagged site") == NPOS) {
  443.             suffix = ", sequence tagged site";
  444.         }
  445.         break;
  447.     case CMolInfo::eTech_survey:
  448.         if (title.find("genomic survey sequence") == NPOS) {
  449.             suffix = ", genomic survey sequence";
  450.         }
  451.         break;
  453.     case CMolInfo::eTech_wgs:
  454.         if (wgs_master) {
  455.             if (title.find("whole genome shotgun sequencing project") == NPOS){
  456.                 suffix = ", whole genome shotgun sequencing project";
  457.             }            
  458.         } else {
  459.             if (title.find("whole genome shotgun sequence") == NPOS) {
  460.                 suffix = ", whole genome shotgun sequence";
  461.             }
  462.         }
  463.         break;
  464.     }
  466.     if (flags & fGetTitle_Organism) {
  467.         CConstRef<COrg_ref> org;
  468.         if (source) {
  469.             org = &source->GetOrg();
  470.         } else {
  471.             CSeqdesc_CI it(hnd, CSeqdesc::e_Org);
  472.             for (;  it;  ++it) {
  473.                 org = &it->GetOrg();
  474.                 BREAK(it);
  475.             }
  476.         }
  478.         if (organism.empty()  &&  org.NotEmpty()  &&  org->IsSetTaxname()) {
  479.             organism = org->GetTaxname();
  480.         }
  481.         if ( !organism.empty()  &&  title.find(organism) == NPOS) {
  482.             suffix += " [" + organism + ']';
  483.         }
  484.     }
  486.     return prefix + title + suffix;
  487. }
  490. static string s_DescribeClones(const string& clone)
  491. {
  492.     SIZE_TYPE count = 1;
  493.     for (SIZE_TYPE pos = clone.find(';');  pos != NPOS;
  494.          pos = clone.find(';', pos + 1)) {
  495.         ++count;
  496.     }
  497.     if (count > 3) {
  498.         return ", " + NStr::IntToString(count) + " clones,";
  499.     } else {
  500.         return " clone " + clone;
  501.     }
  502. }
  505. static string s_TitleFromBioSource(const CBioSource& source,
  506.                                    const string&     suffix)
  507. {
  508.     string          name, chromosome, clone, map_, strain, sfx;
  509.     const COrg_ref& org = source.GetOrg();
  511.     if (org.IsSetTaxname()) {
  512.         name = org.GetTaxname();
  513.     }
  515.     if (source.IsSetSubtype()) {
  516.         ITERATE (CBioSource::TSubtype, it, source.GetSubtype()) {
  517.             switch ((*it)->GetSubtype()) {
  518.             case CSubSource::eSubtype_chromosome:
  519.                 chromosome = " chromosome " + (*it)->GetName();
  520.                 break;
  521.             case CSubSource::eSubtype_clone:
  522.                 clone = s_DescribeClones((*it)->GetName());
  523.                 break;
  524.             case CSubSource::eSubtype_map:
  525.                 map_ = " map " + (*it)->GetName();
  526.                 break;
  527.             }
  528.         }
  529.     }
  531.     if (org.IsSetOrgname()  &&  org.GetOrgname().IsSetMod()) {
  532.         ITERATE (COrgName::TMod, it, org.GetOrgname().GetMod()) {
  533.             if ((*it)->GetSubtype() == COrgMod::eSubtype_strain
  534.                 &&  !NStr::EndsWith(name, 
  535.                 (*it)->GetSubname(), NStr::eNocase)) {
  536.                 strain = " strain " + (*it)->GetSubname();
  537.             }
  538.         }
  539.     }
  541.     if (suffix.size() > 0) {
  542.         sfx = ' ' + suffix;
  543.     }
  545.     string title = NStr::TruncateSpaces(name + chromosome + clone + map_
  546.                                         + strain + sfx);
  547.     if (islower(title[0])) {
  548.         title[0] = toupper(title[0]);
  549.     }
  551.     return title;
  552. }
  555. static string x_TitleFromChromosome(const CBioSource& source,
  556.                                     const CMolInfo&   mol_info)
  557. {
  558.     string name, chromosome, segment, plasmid_name, orgnl;
  559.     string seq_tag, gen_tag;
  560.     bool   is_plasmid = false, is_virus = false;
  562.     if (source.GetOrg().IsSetTaxname()) {
  563.         name = source.GetOrg().GetTaxname();
  564.     } else {
  565.         return kEmptyStr;
  566.     }
  568.     string lc_name = name;
  569.     NStr::ToLower(lc_name);
  571.     if (lc_name.find("virus") != NPOS) {
  572.         is_virus = true;
  573.     }
  575.     if (source.IsSetSubtype()) {
  576.         ITERATE (CBioSource::TSubtype, it, source.GetSubtype()) {
  577.             switch ((*it)->GetSubtype()) {
  578.             case CSubSource::eSubtype_chromosome:
  579.                 chromosome = (*it)->GetName();
  580.                 break;
  581.             case CSubSource::eSubtype_segment:
  582.                 segment = (*it)->GetName();
  583.                 break;
  584.             case CSubSource::eSubtype_plasmid_name:
  585.             {
  586.                 plasmid_name = (*it)->GetName();
  587.                 string lc_plasmid = plasmid_name;
  588.                 NStr::ToLower(lc_plasmid);
  589.                 if (lc_plasmid.find("plasmid") == NPOS
  590.                     &&  lc_plasmid.find("element") == NPOS) {
  591.                     plasmid_name = "plasmid " + plasmid_name;
  592.                 }
  593.                 break;
  594.             }
  595.             }
  596.         }
  597.     }
  599.     switch (source.GetGenome()) {
  600.         // unknown, genomic
  601.     case CBioSource::eGenome_chloroplast:  orgnl = "chloroplast";   break;
  602.     case CBioSource::eGenome_chromoplast:  orgnl = "chromoplast";   break;
  603.     case CBioSource::eGenome_kinetoplast:  orgnl = "kinetoplast";   break;
  604.     case CBioSource::eGenome_mitochondrion:
  605.         orgnl = plasmid_name.empty() ? "mitochondrion" : "mitochondrial";
  606.         break;
  607.     case CBioSource::eGenome_plastid:      orgnl = "plastid";       break;
  608.     case CBioSource::eGenome_macronuclear: orgnl = "macronuclear";  break;
  609.     case CBioSource::eGenome_extrachrom:   orgnl = "extrachromosomal"; break;
  610.     case CBioSource::eGenome_plasmid:
  611.         orgnl = "plasmid";
  612.         is_plasmid = true;
  613.         break;
  614.         // transposon, insertion-seq
  615.     case CBioSource::eGenome_cyanelle:     orgnl = "cyanelle";      break;
  616.     case CBioSource::eGenome_proviral:
  617.         if (!is_virus) {
  618.             orgnl = plasmid_name.empty() ? "provirus" : "proviral";
  619.         }
  620.         break;
  621.     case CBioSource::eGenome_virion:
  622.         if (!is_virus) {
  623.             orgnl = "virion";
  624.         }
  625.         break;
  626.     case CBioSource::eGenome_nucleomorph:  orgnl = "nucleomorph";   break;
  627.     case CBioSource::eGenome_apicoplast:   orgnl = "apicoplast";    break;
  628.     case CBioSource::eGenome_leucoplast:   orgnl = "leucoplast";    break;
  629.     case CBioSource::eGenome_proplastid:   orgnl = "protoplast";    break;
  630.         // endogenous-virus
  631.     }
  633.     switch (mol_info.GetCompleteness()) {
  634.     case CMolInfo::eCompleteness_partial:
  635.     case CMolInfo::eCompleteness_no_left:
  636.     case CMolInfo::eCompleteness_no_right:
  637.     case CMolInfo::eCompleteness_no_ends:
  638.         seq_tag = ", partial sequence";
  639.         gen_tag = ", genome";
  640.         break;
  641.     default:
  642.         seq_tag = ", complete sequence";
  643.         gen_tag = ", complete genome";
  644.         break;
  645.     }
  647.     if (lc_name.find("plasmid") != NPOS) {
  648.         return name + seq_tag;        
  649.     } else if (is_plasmid) {
  650.         if (plasmid_name.empty()) {
  651.             return name + " unnamed plasmid" + seq_tag;
  652.         } else {
  653.             return name + ' ' + plasmid_name + seq_tag;
  654.         }
  655.     } else if ( !plasmid_name.empty() ) {
  656.         if (orgnl.empty()) {
  657.             return name + ' ' + plasmid_name + seq_tag;
  658.         } else {
  659.             return name + ' ' + orgnl + ' ' + plasmid_name + seq_tag;
  660.         }
  661.     } else if ( !orgnl.empty() ) {
  662.         if ( chromosome.empty() ) {
  663.             return name + ' ' + orgnl + gen_tag;
  664.         } else {
  665.             return name + ' ' + orgnl + " chromosome " + chromosome + seq_tag;
  666.         }
  667.     } else if ( !segment.empty() ) {
  668.         if (segment.find("DNA") == NPOS  &&  segment.find("RNA") == NPOS
  669.             &&  segment.find("segment") == NPOS
  670.             &&  segment.find("Segment") == NPOS) {
  671.             return name + " segment " + segment + seq_tag;
  672.         } else {
  673.             return name + ' ' + segment + seq_tag;
  674.         }
  675.     } else if ( !chromosome.empty() ) {
  676.         return name + " chromosome " + chromosome + seq_tag;
  677.     } else {
  678.         return name + gen_tag;
  679.     }
  680. }
  683. static string s_TitleFromChromosome(const CBioSource& source,
  684.                                     const CMolInfo&   mol_info)
  685. {
  686.     string result = x_TitleFromChromosome(source, mol_info);
  687.     result = NStr::Replace(result, "Plasmid", "plasmid");
  688.     result = NStr::Replace(result, "Element", "element");
  689.     if (!result.empty()) {
  690.         result[0] = toupper(result[0]);
  691.     }
  692.     return result;
  693. }
  696. static CConstRef<CSeq_feat> s_FindLongestFeature(const CSeq_loc& location,
  697.                                                  CScope& scope,
  698.                                                  CSeqFeatData::E_Choice type,
  699.                                                  CFeat_CI::EFeat_Location lt
  700.                                                    = CFeat_CI::e_Location)
  701. {
  702.     CConstRef<CSeq_feat> result;
  703.     TSeqPos best_length = 0;
  704.     CFeat_CI it(scope, location, type, SAnnotSelector::eOverlap_Intervals,
  705.                 SAnnotSelector::eResolve_TSE, lt);
  706.     for (;  it;  ++it) {
  707.         if (it->GetLocation().IsWhole()) {
  708.             // kludge; length only works on a Seq-loc of type "whole"
  709.             // if its Seq-id points to an object manager, which may not
  710.             // be the case here.
  711.             result = &it->GetMappedFeature();
  712.             BREAK(it);
  713.         } else if (GetLength(it->GetLocation(), &scope) > best_length) {
  714.             best_length = GetLength(it->GetLocation(), &scope);
  715.             result = &it->GetMappedFeature();
  716.         }
  717.     }
  718.     return result;
  719. }
  722. static string s_TitleFromProtein(const CBioseq_Handle& handle, CScope& scope,
  723.                                  string& organism)
  724. {
  725.     CConstRef<CProt_ref> prot;
  726.     CConstRef<CSeq_loc>  cds_loc;
  727.     CConstRef<CGene_ref> gene;
  728.     CBioseq_Handle::TBioseqCore  core = handle.GetBioseqCore();
  729.     string               result;
  731.     CSeq_loc everywhere;
  732.     everywhere.SetWhole().Assign(*core->GetId().front());
  734.     {{
  735.         CConstRef<CSeq_feat> prot_feat
  736.             = s_FindLongestFeature(everywhere, scope, CSeqFeatData::e_Prot);
  737.         if (prot_feat) {
  738.             prot = &prot_feat->GetData().GetProt();
  739.         }
  740.     }}
  742.     {{
  743.         CConstRef<CSeq_feat> cds_feat
  744.             = s_FindLongestFeature(everywhere, scope, CSeqFeatData::e_Cdregion,
  745.                                    CFeat_CI::e_Product);
  746.         if (cds_feat) {
  747.             cds_loc = &cds_feat->GetLocation();
  748.         }
  749.     }}
  751.     if (cds_loc) {
  752.         CConstRef<CSeq_feat> gene_feat
  753.             = s_FindLongestFeature(*cds_loc, scope, CSeqFeatData::e_Gene);
  754.         if (gene_feat) {
  755.             gene = &gene_feat->GetData().GetGene();
  756.         }
  757.     }
  759.     if (prot.NotEmpty()  &&  prot->IsSetName()  &&  !prot->GetName().empty()) {
  760.         bool first = true;
  761.         ITERATE (CProt_ref::TName, it, prot->GetName()) {
  762.             if (!first) {
  763.                 result += "; ";
  764.             }
  765.             result += *it;
  766.             first = false;
  767.         }
  768.         if (NStr::CompareNocase(result, "hypothetical protein") == 0) {
  769.             // XXX - gene_feat might not always be exactly what we want
  770.             if (bool(gene) && gene->IsSetLocus_tag()) {
  771.                 result += ' ' + gene->GetLocus_tag();
  772.             }
  773.         }
  774.     } else if (prot.NotEmpty()  &&  prot->IsSetDesc()
  775.                &&  !prot->GetDesc().empty()) {
  776.         result = prot->GetDesc();
  777.     } else if (prot.NotEmpty()  &&  prot->IsSetActivity()
  778.                &&  !prot->GetActivity().empty()) {
  779.         result = prot->GetActivity().front();
  780.     } else if (gene) {
  781.         string gene_name;
  782.         if (gene->IsSetLocus()  &&  !gene->GetLocus().empty()) {
  783.             gene_name = gene->GetLocus();
  784.         } else if (gene->IsSetSyn()  &&  !gene->GetSyn().empty()) {
  785.             gene_name = *gene->GetSyn().begin();
  786.         } else if (gene->IsSetDesc()  &&  !gene->GetDesc().empty()) {
  787.             gene_name = gene->GetDesc();
  788.         }
  789.         if ( !gene_name.empty() ) {
  790.             result = gene_name + " gene product";
  791.         }
  792.     } else {
  793.         result = "unnamed protein product";
  794.     }
  796.     {{ // Find organism name 
  797.         CConstRef<COrg_ref> org;
  798.         if (core->CanGetDescr()) {
  799.             // Don't go up(!)
  800.             ITERATE(CSeq_descr::Tdata, it, core->GetDescr().Get()) {
  801.                 if ((*it)->IsSource()) {
  802.                     org = &(*it)->GetSource().GetOrg();
  803.                     break;
  804.                 }
  805.             }
  806.         }
  807.         if (org.Empty()  &&  cds_loc.NotEmpty()) {
  808.             for (CFeat_CI it(scope, *cds_loc, CSeqFeatData::e_Biosrc);
  809.                  it;  ++it) {
  810.                 org = &it->GetData().GetBiosrc().GetOrg();
  811.                 BREAK(it);
  812.             }
  813.         }
  814.         if (org.NotEmpty()  &&  org->IsSetTaxname()) {
  815.             organism = org->GetTaxname();
  816.         }
  817.     }}
  819.     return result;
  820. }
  823. static string s_TitleFromSegment(const CBioseq_Handle& handle, CScope& scope)
  824. {
  825.     string              organism, product, locus, strain, clone, isolate;
  826.     string              completeness = "complete";
  827.     bool                cds_found = false;
  828.     CBioseq_Handle::TBioseqCore core = handle.GetBioseqCore();
  830.     CSeq_loc everywhere;
  831.     everywhere.SetMix().Set() = core->GetInst().GetExt().GetSeg();
  833.     {
  834.         CSeqdesc_CI it(handle, CSeqdesc::e_Source);
  835.         const CBioSource& src = it->GetSource();
  836.         for (;  it;  ++it) {
  837.             const COrg_ref& org = src.GetOrg();
  838.             if (org.IsSetTaxname()) {
  839.                 organism = org.GetTaxname();
  840.                 if (org.IsSetOrgname()) {
  841.                     const COrgName& orgname = org.GetOrgname();
  842.                     if (orgname.IsSetMod()) {
  843.                         ITERATE (COrgName::TMod, mod, orgname.GetMod()) {
  844.                             COrgMod::TSubtype subtype = (*mod)->GetSubtype();
  845.                             const string&     subname = (*mod)->GetSubname();
  846.                             if (subtype == COrgMod::eSubtype_strain) {
  847.                                 if ( !NStr::EndsWith(organism, subname) ) {
  848.                                     strain = subname;
  849.                                 }
  850.                                 break;
  851.                             } else if (subtype == COrgMod::eSubtype_isolate) {
  852.                                 isolate = subname;
  853.                                 break;
  854.                             }
  855.                         }
  856.                     }
  857.                 }
  858.             }
  859.             if (src.IsSetSubtype()) {
  860.                 ITERATE (CBioSource::TSubtype, ssrc, src.GetSubtype()) {
  861.                     if ((*ssrc)->GetSubtype() == CSubSource::eSubtype_clone) {
  862.                         clone = s_DescribeClones((*ssrc)->GetName());
  863.                     }
  864.                 }
  865.             }
  866.             BREAK(it);
  867.         }
  868.     }
  870.     if (organism.empty()) {
  871.         organism = "Unknown";
  872.     }
  874.     CFeat_CI it(scope, everywhere, CSeqFeatData::e_Cdregion);
  875.     for (; it;  ++it) {
  876.         cds_found = true;
  877.         if ( !it->IsSetProduct() ) {
  878.             continue;
  879.         }
  880.         const CSeq_loc&      product_loc = it->GetProduct();
  882.         if (it->IsSetPartial()) {
  883.             completeness = "partial";
  884.         }
  886.         CConstRef<CSeq_feat> prot_feat
  887.             = s_FindLongestFeature(product_loc, scope, CSeqFeatData::e_Prot);
  888.         if (product.empty()  &&  prot_feat.NotEmpty()
  889.             &&  prot_feat->GetData().GetProt().IsSetName()) {
  890.             product = *prot_feat->GetData().GetProt().GetName().begin();
  891.         }
  892.         
  893.         CConstRef<CSeq_feat> gene_feat
  894.             = s_FindLongestFeature(it->GetLocation(), scope,
  895.                                    CSeqFeatData::e_Gene);
  896.         if (locus.empty()  &&  gene_feat.NotEmpty()) {
  897.             if (gene_feat->GetData().GetGene().IsSetLocus()) {
  898.                 locus = gene_feat->GetData().GetGene().GetLocus();
  899.             } else if (gene_feat->GetData().GetGene().IsSetSyn()) {
  900.                 locus = *gene_feat->GetData().GetGene().GetSyn().begin();
  901.             }
  902.         }
  904.         BREAK(it);
  905.     }
  907.     string result = organism;
  908.     if ( !cds_found) {
  909.         if ( !strain.empty() ) {
  910.             result += " strain " + strain;
  911.         } else if ( !clone.empty()  &&  clone.find(" clone ") != NPOS) {
  912.             result += clone;
  913.         } else if ( !isolate.empty() ) {
  914.             result += " isolate " + isolate;
  915.         }
  916.     }
  917.     if ( !product.empty() ) {
  918.         result += ' ' + product;
  919.     }
  920.     if ( !locus.empty() ) {
  921.         result += " (" + locus + ')';
  922.     }
  923.     if ( !product.empty()  ||  !locus.empty() ) {
  924.         result += " gene, " + completeness + " cds";
  925.     }
  926.     return NStr::TruncateSpaces(result);
  927. }
  930. END_SCOPE(sequence)
  931. END_SCOPE(objects)
  932. END_NCBI_SCOPE
  934. /*
  935. * ===========================================================================
  936. * $Log: seqtitle.cpp,v $
  937. * Revision 1000.3  2004/06/01 19:25:27  gouriano
  938. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.37
  939. *
  940. * Revision 1.37  2004/05/21 21:42:14  gorelenk
  941. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  942. *
  943. * Revision 1.36  2004/05/10 21:25:17  ucko
  944. * x_TitleFromChromosome: handle organelles with multiple chromosomes,
  945. * such as Guillardia theta nucleomorph (per C toolkit)
  946. *
  947. * Revision 1.35  2004/04/21 15:45:11  ucko
  948. * s_TitleFromSegment: collect strain/clone/isolate information from source
  949. * to use in lieu of information from a CDS (per C version, as usual).
  950. *
  951. * Revision 1.34  2004/04/07 20:02:49  ucko
  952. * x_TitleFromChromosome: spell out "extrachromosomal" per the C Toolkit.
  953. *
  954. * Revision 1.33  2004/04/05 15:56:14  grichenk
  955. * Redesigned CAnnotTypes_CI: moved all data and data collecting
  956. * functions to CAnnotDataCollector. CAnnotTypes_CI is no more
  957. * inherited from SAnnotSelector.
  958. *
  959. * Revision 1.32  2004/03/18 21:08:03  lkhotoml
  960. * Fixed letter case in title MRNA -> mRNA
  961. *
  962. * Revision 1.31  2004/01/22 20:37:20  vasilche
  963. * Added missing return statement.
  964. *
  965. * Revision 1.30  2004/01/22 19:57:33  ucko
  966. * s_TitleFromBioSource: trim trailing spaces and capitalize first letter
  967. * of title [per C Toolkit].
  968. *
  969. * Revision 1.29  2003/12/29 22:16:19  ucko
  970. * s_TitleFromProtein: consult activity if name and desc are both empty.
  971. *
  972. * Revision 1.28  2003/08/20 20:28:12  vasilche
  973. * Fixed null pointer exception when there is no gene in s_TitleFromSegment().
  974. *
  975. * Revision 1.27  2003/08/04 21:17:31  ucko
  976. * For complete chromosome title, if > 3 clones (by counting semicolons)
  977. * then just display count, not full text of clones
  978. *
  979. * Revision 1.26  2003/07/25 17:45:05  ucko
  980. * Add locus tags to hypothetical proteins' titles, per the C Toolkit.
  981. *
  982. * Revision 1.25  2003/07/24 16:36:57  ucko
  983. * As in the C version, check both GenBank and EMBL blocks for keywords
  984. * indicating HTGS sequencing progress.
  985. *
  986. * Revision 1.24  2003/06/23 15:35:03  kuznets
  987. * Fixed problem with calling CBioseq_Handle::TBioseqCore::GetDescr()
  988. * for descriptionless protein molecules (can come from hand made fasta files)
  989. * Added CanGetDescr() guard call.
  990. *
  991. * Revision 1.23  2003/06/02 16:06:39  dicuccio
  992. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  993. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  994. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  995. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  996. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  997. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  998. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  999. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  1000. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  1001. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  1002. * replaces the three libmmdb? libs.
  1003. *
  1004. * Revision 1.22  2003/05/23 14:16:00  ucko
  1005. * Adjust s_TitleFromProtein's orgname-extraction code to match the C
  1006. * version: only look at source descriptors directly on the protein, and
  1007. * look at features rather than descriptors when falling back on nucleotides.
  1008. *
  1009. * Revision 1.21  2003/05/02 20:52:22  ucko
  1010. * Sort #include directives to ease maintainability.
  1011. * Add support for constructing NR_ titles.
  1012. *
  1013. * Revision 1.20  2003/04/24 16:15:58  vasilche
  1014. * Added missing includes and forward class declarations.
  1015. *
  1016. * Revision 1.19  2003/03/26 18:57:56  ucko
  1017. * Limit HTGS suffix to deltas containing actual gaps.
  1018. *
  1019. * Revision 1.18  2003/03/18 21:48:35  grichenk
  1020. * Removed obsolete class CAnnot_CI
  1021. *
  1022. * Revision 1.17  2003/03/11 16:00:58  kuznets
  1023. * iterate -> ITERATE
  1024. *
  1025. * Revision 1.16  2003/02/10 18:33:48  ucko
  1026. * Don't append organism names that are already present.
  1027. *
  1028. * Revision 1.15  2003/02/10 15:54:01  grichenk
  1029. * Use CFeat_CI->GetMappedFeature() and GetOriginalFeature()
  1030. *
  1031. * Revision 1.14  2003/01/30 20:01:38  ucko
  1032. * Move dot-stripping code up to match the C Toolkit's (arguably broken)
  1033. * behavior; extend it to handle spaces too.
  1034. *
  1035. * Revision 1.13  2002/12/24 16:11:29  ucko
  1036. * Simplify slightly now that CFeat_CI takes a const handle.
  1037. *
  1038. * Revision 1.12  2002/12/20 21:47:07  ucko
  1039. * Add an argument of type CFeat_CI::EFeat_Location to
  1040. * s_FindLongestFeature, and use it for coding regions in s_TitleFromProtein.
  1041. *
  1042. * Revision 1.11  2002/12/02 16:22:14  ucko
  1043. * s_TitleFromProtein: fall back to "unnamed protein product" if nothing
  1044. * better is present.
  1045. *
  1046. * Revision 1.10  2002/11/18 19:48:44  grichenk
  1047. * Removed "const" from datatool-generated setters
  1048. *
  1049. * Revision 1.9  2002/11/15 17:39:59  ucko
  1050. * Make better titles for NM sequences
  1051. *
  1052. * Revision 1.8  2002/11/08 19:43:38  grichenk
  1053. * CConstRef<> constructor made explicit
  1054. *
  1055. * Revision 1.7  2002/08/27 15:25:20  ucko
  1056. * Use CSeq_id::IdentifyAccession to improve accession-based tests.
  1057. *
  1058. * Revision 1.6  2002/08/22 15:36:14  ucko
  1059. * Fix stupid MSVC build error by adding yet another redundant .NotEmpty().
  1060. *
  1061. * Revision 1.5  2002/08/21 15:30:00  ucko
  1062. * s_TitleFromProtein: when looking for the organism name, start with the
  1063. * actual product, and deal with references to absent sequences.
  1064. *
  1065. * Revision 1.4  2002/06/28 18:39:20  ucko
  1066. * htgs_cancelled keyword suppresses sequencing in progress phrase in defline
  1067. *
  1068. * Revision 1.3  2002/06/07 16:13:01  ucko
  1069. * Move everything into the "sequence" namespace.
  1070. *
  1071. * Revision 1.2  2002/06/07 13:22:09  clausen
  1072. * Removed commented out include for object_manager
  1073. *
  1074. * Revision 1.1  2002/06/06 18:49:45  clausen
  1075. * Initial version
  1076. *
  1077. * ***  Revisions below are from src/objects/objmgr/bioseq_handle2.cpp ***
  1078. * Revision 1.13  2002/05/14 18:36:55  ucko
  1079. * More HTG title fixes: avoid "1 ... pieces"; phase 3 = "complete sequence"
  1080. *
  1081. * Revision 1.12  2002/05/08 19:26:53  ucko
  1082. * More changes from C version: give more info about WGS sequences,
  1083. * fix count of segments to use #gaps + 1 rather than # non-gap pieces.
  1084. *
  1085. * Revision 1.11  2002/05/06 03:28:46  vakatov
  1086. * OM/OM1 renaming
  1087. *
  1088. * Revision 1.10  2002/05/03 21:28:09  ucko
  1089. * Introduce T(Signed)SeqPos.
  1090. *
  1091. * Revision 1.9  2002/04/22 19:16:13  ucko
  1092. * Fixed problem that could occur when no title descriptors were present.
  1093. *
  1094. * Revision 1.8  2002/04/10 20:59:41  gouriano
  1095. * moved construction of iterators out of "for" loop initialization:
  1096. * Sun Workshop compiler does not call destructors of such objects
  1097. * in case we use break to exit the loop
  1098. *
  1099. * Revision 1.7  2002/03/21 22:22:46  ucko
  1100. * Adjust today's fixes for new objmgr API
  1101. *
  1102. * Revision 1.6  2002/03/21 20:37:16  ucko
  1103. * Pull in full bioseq when counting HTG pieces [also in objmgr]
  1104. *
  1105. * Revision 1.5  2002/03/21 20:09:06  ucko
  1106. * Look at parents' title descriptors in some cases.
  1107. * Incorporate recent changes from the C version (CreateDefLineEx):
  1108. *  * honor wgs (whole genome shotgun) technology.
  1109. *  * don't add strain if already present in organism name.
  1110. * [Also fixed in old objmgr.]
  1111. *
  1112. * Revision 1.4  2002/03/21 17:01:20  ucko
  1113. * Fix stupid bug in s_FindLongestFeature (also fixed in old objmgr).
  1114. *
  1115. * Revision 1.3  2002/03/19 19:16:28  gouriano
  1116. * added const qualifier to GetTitle and GetSeqVector
  1117. *
  1118. * Revision 1.2  2002/02/21 19:27:05  grichenk
  1119. * Rearranged includes. Added scope history. Added searching for the
  1120. * best seq-id match in data sources and scopes. Updated tests.
  1121. *
  1122. * Revision 1.1  2002/01/28 19:44:49  gouriano
  1123. * changed the interface of BioseqHandle: two functions moved from Scope
  1124. *
  1125. *
  1126. * Revision 1.4  2002/01/23 21:59:32  grichenk
  1127. * Redesigned seq-id handles and mapper
  1128. *
  1129. * Revision 1.3  2002/01/16 18:56:28  grichenk
  1130. * Removed CRef<> argument from choice variant setter, updated sources to
  1131. * use references instead of CRef<>s
  1132. *
  1133. * Revision 1.2  2002/01/16 16:25:56  gouriano
  1134. * restructured objmgr
  1135. *
  1136. * Revision 1.1  2002/01/11 19:06:22  gouriano
  1137. * restructured objmgr
  1138. *
  1139. * ===========================================================================
  1140. */