开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
bioseq_set_info.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：14k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

bioseq_set_info.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: bioseq_set_info.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:23:03  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: bioseq_set_info.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:23:03 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author: Eugene Vasilchenko
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   CSeq_entry_Info info -- entry for data source information about Seq-entry
  39. *
  40. */
  43. #include <ncbi_pch.hpp>
  44. #include <objmgr/impl/seq_entry_info.hpp>
  45. #include <objmgr/impl/tse_info.hpp>
  46. #include <objmgr/impl/seq_annot_info.hpp>
  47. #include <objmgr/impl/bioseq_set_info.hpp>
  48. #include <objmgr/impl/data_source.hpp>
  49. #include <objmgr/objmgr_exception.hpp>
  51. #include <objects/general/Object_id.hpp>
  52. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  53. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  54. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  55. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  56. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  58. #include <algorithm>
  60. BEGIN_NCBI_SCOPE
  61. BEGIN_SCOPE(objects)
  64. CBioseq_set_Info::CBioseq_set_Info(void)
  65.     : m_Bioseq_set_Id(-1)
  66. {
  67. }
  70. CBioseq_set_Info::CBioseq_set_Info(TObject& seqset)
  71.     : m_Bioseq_set_Id(-1)
  72. {
  73.     x_SetObject(seqset);
  74. }
  77. CBioseq_set_Info::CBioseq_set_Info(const CBioseq_set_Info& info)
  78.     : m_Bioseq_set_Id(-1)
  79. {
  80.     x_SetObject(info);
  81. }
  84. CBioseq_set_Info::~CBioseq_set_Info(void)
  85. {
  86. }
  89. CConstRef<CBioseq_set> CBioseq_set_Info::GetCompleteBioseq_set(void) const
  90. {
  91.     return GetBioseq_setCore();
  92. }
  95. CConstRef<CBioseq_set> CBioseq_set_Info::GetBioseq_setCore(void) const
  96. {
  97.     x_UpdateObject();
  98.     _ASSERT(!x_NeedUpdateObject());
  99.     return m_Object;
  100. }
  103. void CBioseq_set_Info::x_DSAttachContents(CDataSource& ds)
  104. {
  105.     TParent::x_DSAttachContents(ds);
  106.     //ds.x_MapSeq_entry(*this);
  107.     // members
  108.     NON_CONST_ITERATE ( TSeq_set, it, m_Seq_set ) {
  109.         (*it)->x_DSAttach(ds);
  110.     }
  111. }
  114. void CBioseq_set_Info::x_DSDetachContents(CDataSource& ds)
  115. {
  116.     // members
  117.     NON_CONST_ITERATE ( TSeq_set, it, m_Seq_set ) {
  118.         (*it)->x_DSDetach(ds);
  119.     }
  120.     //ds.x_UnmapSeq_entry(*this);
  121.     TParent::x_DSDetachContents(ds);
  122. }
  125. void CBioseq_set_Info::x_TSEAttachContents(CTSE_Info& tse)
  126. {
  127.     TParent::x_TSEAttachContents(tse);
  128.     _ASSERT(m_Bioseq_set_Id < 0);
  129.     if ( IsSetId() ) {
  130.         m_Bioseq_set_Id = x_GetBioseq_set_Id(GetId());
  131.         if ( m_Bioseq_set_Id >= 0 ) {
  132.             tse.x_SetBioseq_setId(m_Bioseq_set_Id, this);
  133.         }
  134.     }
  135.     // members
  136.     NON_CONST_ITERATE ( TSeq_set, it, m_Seq_set ) {
  137.         (*it)->x_TSEAttach(tse);
  138.     }
  139. }
  142. void CBioseq_set_Info::x_TSEDetachContents(CTSE_Info& tse)
  143. {
  144.     // members
  145.     NON_CONST_ITERATE ( TSeq_set, it, m_Seq_set ) {
  146.         (*it)->x_TSEDetach(tse);
  147.     }
  148.     if ( m_Bioseq_set_Id >= 0 ) {
  149.         tse.x_ResetBioseq_setId(m_Bioseq_set_Id, this);
  150.         m_Bioseq_set_Id = -1;
  151.     }
  152.     TParent::x_TSEDetachContents(tse);
  153. }
  156. void CBioseq_set_Info::x_ParentAttach(CSeq_entry_Info& parent)
  157. {
  158.     TParent::x_ParentAttach(parent);
  159.     CSeq_entry& entry = parent.x_GetObject();
  160.     _ASSERT(entry.IsSet() && &entry.GetSet() == m_Object);
  161.     NON_CONST_ITERATE ( TSeq_set, it, m_Seq_set ) {
  162.         if ( (*it)->x_GetObject().GetParentEntry() != &entry ) {
  163.             entry.ParentizeOneLevel();
  164.             break;
  165.         }
  166.     }
  167. #ifdef _DEBUG
  168.     TSeq_set::const_iterator it2 = m_Seq_set.begin();
  169.     NON_CONST_ITERATE ( CBioseq_set::TSeq_set, it,
  170.                         entry.SetSet().SetSeq_set() ) {
  171.         _ASSERT(it2 != m_Seq_set.end());
  172.         _ASSERT(&(*it2)->x_GetObject() == *it);
  173.         _ASSERT((*it)->GetParentEntry() == &entry);
  174.         ++it2;
  175.     }
  176.     _ASSERT(it2 == m_Seq_set.end());
  177. #endif
  178. }
  181. void CBioseq_set_Info::x_ParentDetach(CSeq_entry_Info& parent)
  182. {
  183.     NON_CONST_ITERATE ( TSeq_set, it, m_Seq_set ) {
  184.         (*it)->x_GetObject().ResetParentEntry();
  185.     }
  186.     TParent::x_ParentDetach(parent);
  187. }
  190. void CBioseq_set_Info::x_DoUpdateObject(void)
  191. {
  192.     if ( !m_Seq_set.empty() ) {
  193.         const CBioseq_set::TSeq_set& seq_set = m_Object->GetSeq_set();
  194.         _ASSERT(seq_set.size() == m_Seq_set.size());
  195.         CBioseq_set::TSeq_set::const_iterator it2 = seq_set.begin();
  196.         NON_CONST_ITERATE ( TSeq_set, it, m_Seq_set ) {
  197.             (*it)->x_UpdateObject();
  198.             _ASSERT(it2->GetPointer() == &(*it)->x_GetObject());
  199.             ++it2;
  200.         }
  201.     }
  202.     TParent::x_DoUpdateObject();
  203. }
  206. void CBioseq_set_Info::x_SetObject(TObject& obj)
  207. {
  208.     _ASSERT(!m_Object);
  209.     m_Object.Reset(&obj);
  210.     if ( obj.IsSetSeq_set() ) {
  211.         NON_CONST_ITERATE ( TObject::TSeq_set, it, obj.SetSeq_set() ) {
  212.             CRef<CSeq_entry_Info> info(new CSeq_entry_Info(**it));
  213.             m_Seq_set.push_back(info);
  214.             x_AttachEntry(info);
  215.         }
  216.     }
  217.     if ( obj.IsSetAnnot() ) {
  218.         x_SetAnnot();
  219.     }
  220. }
  223. void CBioseq_set_Info::x_SetObject(const CBioseq_set_Info& info)
  224. {
  225.     _ASSERT(!m_Object);
  226.     m_Object = sx_ShallowCopy(info.x_GetObject());
  227.     if ( info.IsSetSeq_set() ) {
  228.         _ASSERT(m_Object->GetSeq_set().size() == info.m_Seq_set.size());
  229.         ITERATE ( TSeq_set, it, info.m_Seq_set ) {
  230.             CRef<CSeq_entry_Info> info2(new CSeq_entry_Info(**it));
  231.             m_Seq_set.push_back(info2);
  232.             x_AttachEntry(info2);
  233.         }
  234.     }
  235.     if ( info.IsSetAnnot() ) {
  236.         x_SetAnnot(info);
  237.     }
  238. }
  241. CRef<CBioseq_set> CBioseq_set_Info::sx_ShallowCopy(const CBioseq_set& src)
  242. {
  243.     CRef<TObject> obj(new TObject);
  244.     if ( src.IsSetId() ) {
  245.         obj->SetId(const_cast<TId&>(src.GetId()));
  246.     }
  247.     if ( src.IsSetColl() ) {
  248.         obj->SetColl(const_cast<TColl&>(src.GetColl()));
  249.     }
  250.     if ( src.IsSetLevel() ) {
  251.         obj->SetLevel(src.GetLevel());
  252.     }
  253.     if ( src.IsSetClass() ) {
  254.         obj->SetClass(src.GetClass());
  255.     }
  256.     if ( src.IsSetRelease() ) {
  257.         obj->SetRelease(src.GetRelease());
  258.     }
  259.     if ( src.IsSetDate() ) {
  260.         obj->SetDate(const_cast<TDate&>(src.GetDate()));
  261.     }
  262.     if ( src.IsSetDescr() ) {
  263.         obj->SetDescr(const_cast<TDescr&>(src.GetDescr()));
  264.     }
  265.     if ( src.IsSetSeq_set() ) {
  266.         obj->SetSeq_set() = src.GetSeq_set();
  267.     }
  268.     if ( src.IsSetAnnot() ) {
  269.         obj->SetAnnot() = src.GetAnnot();
  270.     }
  271.     return obj;
  272. }
  275. int CBioseq_set_Info::x_GetBioseq_set_Id(const CObject_id& object_id)
  276. {
  277.     int ret = -1;
  278.     if ( object_id.Which() == object_id.e_Id ) {
  279.         ret = object_id.GetId();
  280.     }
  281.     return ret;
  282. }
  285. bool CBioseq_set_Info::IsSetDescr(void) const
  286. {
  287.     return m_Object->IsSetDescr();
  288. }
  291. bool CBioseq_set_Info::CanGetDescr(void) const
  292. {
  293.     return bool(m_Object)  &&  m_Object->CanGetDescr();
  294. }
  297. const CSeq_descr& CBioseq_set_Info::GetDescr(void) const
  298. {
  299.     return m_Object->GetDescr();
  300. }
  303. void CBioseq_set_Info::SetDescr(TDescr& v)
  304. {
  305.     m_Object->SetDescr(v);
  306. }
  309. CSeq_descr& CBioseq_set_Info::x_SetDescr(void)
  310. {
  311.     return m_Object->SetDescr();
  312. }
  315. void CBioseq_set_Info::ResetDescr(void)
  316. {
  317.     m_Object->ResetDescr();
  318. }
  321. CBioseq_set::TAnnot& CBioseq_set_Info::x_SetObjAnnot(void)
  322. {
  323.     return m_Object->SetAnnot();
  324. }
  327. void CBioseq_set_Info::x_ResetObjAnnot(void)
  328. {
  329.     m_Object->ResetAnnot();
  330. }
  333. CRef<CSeq_entry_Info> CBioseq_set_Info::AddEntry(CSeq_entry& entry,
  334.                                                    int index)
  335. {
  336.     CRef<CSeq_entry_Info> info(new CSeq_entry_Info(entry));
  337.     AddEntry(info, index);
  338.     return info;
  339. }
  342. void CBioseq_set_Info::AddEntry(CRef<CSeq_entry_Info> info, int index)
  343. {
  344.     _ASSERT(!info->HasParent_Info());
  345.     CBioseq_set::TSeq_set& obj_seq_set = m_Object->SetSeq_set();
  347.     CRef<CSeq_entry> obj(&info->x_GetObject());
  349.     _ASSERT(obj_seq_set.size() == m_Seq_set.size());
  350.     if ( size_t(index) >= m_Seq_set.size() ) {
  351.         obj_seq_set.push_back(obj);
  352.         m_Seq_set.push_back(info);
  353.     }
  354.     else {
  355.         CBioseq_set::TSeq_set::iterator obj_it = obj_seq_set.begin();
  356.         for ( int i = 0; i < index; ++i ) {
  357.             ++obj_it;
  358.         }
  359.         obj_seq_set.insert(obj_it, obj);
  360.         m_Seq_set.insert(m_Seq_set.begin()+index, info);
  361.     }
  363.     x_AttachEntry(info);
  364. }
  367. void CBioseq_set_Info::RemoveEntry(CRef<CSeq_entry_Info> info)
  368. {
  369.     if ( &info->GetParentBioseq_set_Info() != this ) {
  370.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eAddDataError,
  371.                    "CBioseq_set_Info::x_RemoveEntry: "
  372.                    "not a parent");
  373.     }
  375.     CRef<CSeq_entry> obj(const_cast<CSeq_entry*>(&info->x_GetObject()));
  376.     CBioseq_set::TSeq_set& obj_seq_set = m_Object->SetSeq_set();
  377.     TSeq_set::iterator info_it =
  378.         find(m_Seq_set.begin(), m_Seq_set.end(), info);
  379.     CBioseq_set::TSeq_set::iterator obj_it =
  380.         find(obj_seq_set.begin(), obj_seq_set.end(), obj);
  382.     _ASSERT(info_it != m_Seq_set.end());
  383.     _ASSERT(obj_it != obj_seq_set.end());
  385.     x_DetachEntry(info);
  387.     m_Seq_set.erase(info_it);
  388.     obj_seq_set.erase(obj_it);
  389. }
  392. void CBioseq_set_Info::x_AttachEntry(CRef<CSeq_entry_Info> entry)
  393. {
  394.     _ASSERT(!entry->HasParent_Info());
  395.     entry->x_ParentAttach(*this);
  396.     _ASSERT(&entry->GetParentBioseq_set_Info() == this);
  397.     x_AttachObject(*entry);
  398. }
  401. void CBioseq_set_Info::x_DetachEntry(CRef<CSeq_entry_Info> entry)
  402. {
  403.     _ASSERT(&entry->GetParentBioseq_set_Info() == this);
  404.     x_DetachObject(*entry);
  405.     entry->x_ParentDetach(*this);
  406.     _ASSERT(!entry->HasParent_Info());
  407. }
  410. void CBioseq_set_Info::UpdateAnnotIndex(void) const
  411. {
  412.     if ( x_DirtyAnnotIndex() ) {
  413.         GetTSE_Info().UpdateAnnotIndex(*this);
  414.         _ASSERT(!x_DirtyAnnotIndex());
  415.     }
  416. }
  419. void CBioseq_set_Info::x_UpdateAnnotIndexContents(CTSE_Info& tse)
  420. {
  421.     TParent::x_UpdateAnnotIndexContents(tse);
  422.     NON_CONST_ITERATE ( TSeq_set, it, m_Seq_set ) {
  423.         (*it)->x_UpdateAnnotIndex(tse);
  424.     }
  425. }
  428. END_SCOPE(objects)
  429. END_NCBI_SCOPE
  431. /*
  432.  * ===========================================================================
  433.  * $Log: bioseq_set_info.cpp,v $
  434.  * Revision 1000.1  2004/06/01 19:23:03  gouriano
  435.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
  436.  *
  437.  * Revision 1.7  2004/05/21 21:42:12  gorelenk
  438.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  439.  *
  440.  * Revision 1.6  2004/05/06 17:32:37  grichenk
  441.  * Added CanGetXXXX() methods
  442.  *
  443.  * Revision 1.5  2004/03/31 17:08:07  vasilche
  444.  * Implemented ConvertSeqToSet and ConvertSetToSeq.
  445.  *
  446.  * Revision 1.4  2004/03/24 20:05:17  vasilche
  447.  * Fixed compilation error on Sun.
  448.  *
  449.  * Revision 1.3  2004/03/24 18:57:35  vasilche
  450.  * Added include <algorithm> for find().
  451.  *
  452.  * Revision 1.2  2004/03/24 18:30:29  vasilche
  453.  * Fixed edit API.
  454.  * Every *_Info object has its own shallow copy of original object.
  455.  *
  456.  * Revision 1.1  2004/03/16 15:47:27  vasilche
  457.  * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  458.  *
  459.  * Revision 1.10  2004/02/03 19:02:18  vasilche
  460.  * Fixed broken 'dirty annot index' state after RemoveEntry().
  461.  *
  462.  * Revision 1.9  2004/02/02 14:46:44  vasilche
  463.  * Several performance fixed - do not iterate whole tse set in CDataSource.
  464.  *
  465.  * Revision 1.8  2004/01/29 19:33:07  vasilche
  466.  * Fixed coredump on WorkShop when invalid Seq-entry is added to CScope.
  467.  *
  468.  * Revision 1.7  2004/01/22 20:10:40  vasilche
  469.  * 1. Splitted ID2 specs to two parts.
  470.  * ID2 now specifies only protocol.
  471.  * Specification of ID2 split data is moved to seqsplit ASN module.
  472.  * For now they are still reside in one resulting library as before - libid2.
  473.  * As the result split specific headers are now in objects/seqsplit.
  474.  * 2. Moved ID2 and ID1 specific code out of object manager.
  475.  * Protocol is processed by corresponding readers.
  476.  * ID2 split parsing is processed by ncbi_xreader library - used by all readers.
  477.  * 3. Updated OBJMGR_LIBS correspondingly.
  478.  *
  479.  * Revision 1.6  2003/12/18 16:38:07  grichenk
  480.  * Added CScope::RemoveEntry()
  481.  *
  482.  * Revision 1.5  2003/12/11 17:02:50  grichenk
  483.  * Fixed CRef resetting in constructors.
  484.  *
  485.  * Revision 1.4  2003/11/19 22:18:03  grichenk
  486.  * All exceptions are now CException-derived. Catch "exception" rather
  487.  * than "runtime_error".
  488.  *
  489.  * Revision 1.3  2003/09/30 16:22:03  vasilche
  490.  * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  491.  * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  492.  * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  493.  * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  494.  * Optimized bioseq lookup in scope.
  495.  * Reduced object allocations in annotation iterators.
  496.  * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  497.  * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  498.  * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  499.  * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  500.  *
  501.  * Revision 1.2  2003/06/02 16:06:38  dicuccio
  502.  * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  503.  *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  504.  *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  505.  *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  506.  *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  507.  *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  508.  *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  509.  *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  510.  *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  511.  * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  512.  * replaces the three libmmdb? libs.
  513.  *
  514.  * Revision 1.1  2003/04/24 16:12:38  vasilche
  515.  * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  516.  * Removed excessive header dependencies.
  517.  *
  518.  *
  519.  * ===========================================================================
  520.  */