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tse_info_object.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：10k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

tse_info_object.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: tse_info_object.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:24:38  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: tse_info_object.cpp,v 1000.1 2004/06/01 19:24:38 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author: Eugene Vasilchenko
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   CTSE_Info_Object
  39. *
  40. */
  43. #include <ncbi_pch.hpp>
  44. #include <objmgr/impl/tse_info_object.hpp>
  45. #include <objmgr/impl/tse_info.hpp>
  47. BEGIN_NCBI_SCOPE
  48. BEGIN_SCOPE(objects)
  51. CTSE_Info_Object::CTSE_Info_Object(void)
  52.     : m_TSE_Info(0),
  53.       m_Parent_Info(0),
  54.       m_DirtyAnnotIndex(true),
  55.       m_NeedUpdateObject(false)
  56. {
  57. }
  60. CTSE_Info_Object::~CTSE_Info_Object(void)
  61. {
  62. }
  65. bool CTSE_Info_Object::HasDataSource(void) const
  66. {
  67.     return HasTSE_Info() && GetTSE_Info().HasDataSource();
  68. }
  71. const CTSE_Info& CTSE_Info_Object::GetTSE_Info(void) const
  72. {
  73.     _ASSERT(m_TSE_Info);
  74.     return *m_TSE_Info;
  75. }
  78. CTSE_Info& CTSE_Info_Object::GetTSE_Info(void)
  79. {
  80.     _ASSERT(m_TSE_Info);
  81.     return *m_TSE_Info;
  82. }
  85. CDataSource& CTSE_Info_Object::GetDataSource(void) const
  86. {
  87.     return GetTSE_Info().GetDataSource();
  88. }
  91. const CTSE_Info_Object& CTSE_Info_Object::GetBaseParent_Info(void) const
  92. {
  93.     _ASSERT(m_Parent_Info);
  94.     return *m_Parent_Info;
  95. }
  98. CTSE_Info_Object& CTSE_Info_Object::GetBaseParent_Info(void)
  99. {
  100.     _ASSERT(m_Parent_Info);
  101.     return *m_Parent_Info;
  102. }
  105. void CTSE_Info_Object::x_TSEAttach(CTSE_Info& tse)
  106. {
  107.     _ASSERT(!m_TSE_Info);
  108.     _ASSERT(m_Parent_Info || &tse == this);
  109.     x_TSEAttachContents(tse);
  110.     _ASSERT(m_TSE_Info == &tse);
  111. }
  114. void CTSE_Info_Object::x_TSEDetach(CTSE_Info& tse)
  115. {
  116.     _ASSERT(m_TSE_Info == &tse);
  117.     _ASSERT(m_Parent_Info || &tse == this);
  118.     x_TSEDetachContents(tse);
  119.     _ASSERT(!m_TSE_Info);
  120. }
  123. void CTSE_Info_Object::x_TSEAttachContents(CTSE_Info& tse)
  124. {
  125.     _ASSERT(!m_TSE_Info);
  126.     m_TSE_Info = &tse;
  127. }
  130. void CTSE_Info_Object::x_TSEDetachContents(CTSE_Info& _DEBUG_ARG(tse))
  131. {
  132.     _ASSERT(m_TSE_Info == &tse);
  133.     m_TSE_Info = 0;
  134. }
  137. void CTSE_Info_Object::x_DSAttach(CDataSource& ds)
  138. {
  139.     _ASSERT(m_TSE_Info);
  140.     _ASSERT(m_Parent_Info || m_TSE_Info == this);
  141.     _ASSERT(!m_Parent_Info || &ds == &GetDataSource());
  142.     x_DSAttachContents(ds);
  143. }
  146. void CTSE_Info_Object::x_DSDetach(CDataSource& ds)
  147. {
  148.     _ASSERT(m_TSE_Info);
  149.     _ASSERT(m_Parent_Info || m_TSE_Info == this);
  150.     _ASSERT(!m_Parent_Info || &ds == &GetDataSource());
  151.     x_DSDetachContents(ds);
  152. }
  155. void CTSE_Info_Object::x_DSAttachContents(CDataSource& _DEBUG_ARG(ds))
  156. {
  157.     _ASSERT(&ds == &GetDataSource());
  158. }
  161. void CTSE_Info_Object::x_DSDetachContents(CDataSource& _DEBUG_ARG(ds))
  162. {
  163.     _ASSERT(&ds == &GetDataSource());
  164. }
  167. void CTSE_Info_Object::x_BaseParentAttach(CTSE_Info_Object& parent)
  168. {
  169.     _ASSERT(!m_Parent_Info);
  170.     _ASSERT(!m_TSE_Info);
  171.     m_Parent_Info = &parent;
  172.     if ( x_DirtyAnnotIndex() ) {
  173.         x_SetParentDirtyAnnotIndex();
  174.     }
  175.     if ( x_NeedUpdateObject() ) {
  176.         parent.x_SetNeedUpdateObject();
  177.     }
  178. }
  181. void CTSE_Info_Object::x_BaseParentDetach(CTSE_Info_Object& _DEBUG_ARG(parent))
  182. {
  183.     _ASSERT(m_Parent_Info == &parent);
  184.     _ASSERT(!m_TSE_Info);
  185.     m_Parent_Info = 0;
  186. }
  189. void CTSE_Info_Object::x_AttachObject(CTSE_Info_Object& object)
  190. {
  191.     _ASSERT(&object.GetBaseParent_Info() == this);
  192.     if ( HasTSE_Info() ) {
  193.         object.x_TSEAttach(GetTSE_Info());
  194.     }
  195.     if ( HasDataSource() ) {
  196.         object.x_DSAttach(GetDataSource());
  197.     }
  198. }
  201. void CTSE_Info_Object::x_DetachObject(CTSE_Info_Object& object)
  202. {
  203.     _ASSERT(&object.GetBaseParent_Info() == this);
  204.     if ( HasDataSource() ) {
  205.         object.x_DSDetach(GetDataSource());
  206.     }
  207.     if ( HasTSE_Info() ) {
  208.         object.x_TSEDetach(GetTSE_Info());
  209.     }
  210. }
  213. void CTSE_Info_Object::x_SetDirtyAnnotIndex(void)
  214. {
  215.     if ( !x_DirtyAnnotIndex() ) {
  216.         m_DirtyAnnotIndex = true;
  217.         x_SetParentDirtyAnnotIndex();
  218.     }
  219. }
  222. void CTSE_Info_Object::x_SetParentDirtyAnnotIndex(void)
  223. {
  224.     if ( HasParent_Info() ) {
  225.         GetBaseParent_Info().x_SetDirtyAnnotIndex();
  226.     }
  227.     else {
  228.         x_SetDirtyAnnotIndexNoParent();
  229.     }
  230. }
  233. void CTSE_Info_Object::x_SetDirtyAnnotIndexNoParent(void)
  234. {
  235. }
  238. void CTSE_Info_Object::x_ResetDirtyAnnotIndex(void)
  239. {
  240.     if ( x_DirtyAnnotIndex() ) {
  241.         m_DirtyAnnotIndex = false;
  242.         if ( !HasParent_Info() ) {
  243.             x_ResetDirtyAnnotIndexNoParent();
  244.         }
  245.     }
  246. }
  249. void CTSE_Info_Object::x_ResetDirtyAnnotIndexNoParent(void)
  250. {
  251. }
  254. void CTSE_Info_Object::x_UpdateAnnotIndex(CTSE_Info& tse)
  255. {
  256.     if ( x_DirtyAnnotIndex() ) {
  257.         x_UpdateAnnotIndexContents(tse);
  258.         x_ResetDirtyAnnotIndex();
  259.     }
  260. }
  263. void CTSE_Info_Object::x_UpdateAnnotIndexContents(CTSE_Info& /*tse*/)
  264. {
  265. }
  268. void CTSE_Info_Object::x_SetNeedUpdateObject(void)
  269. {
  270.     if ( !x_NeedUpdateObject() ) {
  271.         m_NeedUpdateObject = true;
  272.         if ( HasParent_Info() ) {
  273.             GetBaseParent_Info().x_SetNeedUpdateObject();
  274.         }
  275.     }
  276. }
  279. void CTSE_Info_Object::x_ResetNeedUpdateObject(void)
  280. {
  281.     m_NeedUpdateObject = false;
  282. }
  285. void CTSE_Info_Object::x_UpdateObject(void) const
  286. {
  287.     if ( x_NeedUpdateObject() ) {
  288.         const_cast<CTSE_Info_Object*>(this)->x_DoUpdateObject();
  289.         _ASSERT(!x_NeedUpdateObject());
  290.     }
  291. }
  294. void CTSE_Info_Object::x_DoUpdateObject(void)
  295. {
  296.     m_NeedUpdateObject = false;
  297. }
  300. END_SCOPE(objects)
  301. END_NCBI_SCOPE
  303. /*
  304.  * ===========================================================================
  305.  * $Log: tse_info_object.cpp,v $
  306.  * Revision 1000.1  2004/06/01 19:24:38  gouriano
  307.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  308.  *
  309.  * Revision 1.3  2004/05/21 21:42:13  gorelenk
  310.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  311.  *
  312.  * Revision 1.2  2004/03/24 18:30:30  vasilche
  313.  * Fixed edit API.
  314.  * Every *_Info object has its own shallow copy of original object.
  315.  *
  316.  * Revision 1.1  2004/03/16 15:47:28  vasilche
  317.  * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  318.  *
  319.  * Revision 1.10  2004/02/03 19:02:18  vasilche
  320.  * Fixed broken 'dirty annot index' state after RemoveEntry().
  321.  *
  322.  * Revision 1.9  2004/02/02 14:46:44  vasilche
  323.  * Several performance fixed - do not iterate whole tse set in CDataSource.
  324.  *
  325.  * Revision 1.8  2004/01/29 19:33:07  vasilche
  326.  * Fixed coredump on WorkShop when invalid Seq-entry is added to CScope.
  327.  *
  328.  * Revision 1.7  2004/01/22 20:10:40  vasilche
  329.  * 1. Splitted ID2 specs to two parts.
  330.  * ID2 now specifies only protocol.
  331.  * Specification of ID2 split data is moved to seqsplit ASN module.
  332.  * For now they are still reside in one resulting library as before - libid2.
  333.  * As the result split specific headers are now in objects/seqsplit.
  334.  * 2. Moved ID2 and ID1 specific code out of object manager.
  335.  * Protocol is processed by corresponding readers.
  336.  * ID2 split parsing is processed by ncbi_xreader library - used by all readers.
  337.  * 3. Updated OBJMGR_LIBS correspondingly.
  338.  *
  339.  * Revision 1.6  2003/12/18 16:38:07  grichenk
  340.  * Added CScope::RemoveEntry()
  341.  *
  342.  * Revision 1.5  2003/12/11 17:02:50  grichenk
  343.  * Fixed CRef resetting in constructors.
  344.  *
  345.  * Revision 1.4  2003/11/19 22:18:03  grichenk
  346.  * All exceptions are now CException-derived. Catch "exception" rather
  347.  * than "runtime_error".
  348.  *
  349.  * Revision 1.3  2003/09/30 16:22:03  vasilche
  350.  * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  351.  * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  352.  * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  353.  * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  354.  * Optimized bioseq lookup in scope.
  355.  * Reduced object allocations in annotation iterators.
  356.  * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  357.  * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  358.  * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  359.  * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  360.  *
  361.  * Revision 1.2  2003/06/02 16:06:38  dicuccio
  362.  * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  363.  *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  364.  *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  365.  *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  366.  *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  367.  *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  368.  *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  369.  *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  370.  *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  371.  * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  372.  * replaces the three libmmdb? libs.
  373.  *
  374.  * Revision 1.1  2003/04/24 16:12:38  vasilche
  375.  * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  376.  * Removed excessive header dependencies.
  377.  *
  378.  *
  379.  * ===========================================================================
  380.  */