开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
annot_object.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：21k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

annot_object.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: annot_object.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/06/01 19:22:36  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.39
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: annot_object.cpp,v 1000.3 2004/06/01 19:22:36 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author: Aleksey Grichenko, Eugene Vasilchenko
  36. *
  37. * File Description:
  38. *
  39. */
  41. #include <ncbi_pch.hpp>
  42. #include <objmgr/impl/annot_object.hpp>
  43. #include <objmgr/impl/handle_range_map.hpp>
  44. #include <objmgr/impl/seq_entry_info.hpp>
  45. #include <objmgr/impl/bioseq_base_info.hpp>
  46. #include <objmgr/impl/seq_annot_info.hpp>
  47. #include <objmgr/impl/tse_chunk_info.hpp>
  49. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  50. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  52. #include <objects/seqloc/Seq_interval.hpp>
  53. #include <objects/seqloc/Seq_loc.hpp>
  55. #include <objects/seqalign/Dense_diag.hpp>
  56. #include <objects/seqalign/Dense_seg.hpp>
  57. #include <objects/seqalign/Std_seg.hpp>
  58. #include <objects/seqalign/Packed_seg.hpp>
  59. #include <objects/seqalign/Seq_align_set.hpp>
  60. #include <objects/seqalign/Seq_align.hpp>
  62. #include <objects/seqfeat/Seq_feat.hpp>
  64. #include <objects/seqres/Seq_graph.hpp>
  66. BEGIN_NCBI_SCOPE
  67. BEGIN_SCOPE(objects)
  69. ////////////////////////////////////////////////////////////////////
  70. //
  71. //  CAnnotObject_Info::
  72. //
  75. CAnnotObject_Info::CAnnotObject_Info(void)
  76.     : m_Annot_Info(0),
  77.       m_Object(0),
  78.       m_FeatSubtype(CSeqFeatData::eSubtype_any),
  79.       m_FeatType(CSeqFeatData::e_not_set),
  80.       m_AnnotType(CSeq_annot::C_Data::e_not_set),
  81.       m_MultiId(0)
  82. {
  83. }
  86. CAnnotObject_Info::CAnnotObject_Info(const CSeq_feat& feat,
  87.                                      CSeq_annot_Info& annot)
  88.     : m_Annot_Info(&annot),
  89.       m_Object(&feat),
  90.       m_FeatSubtype(feat.GetData().GetSubtype()),
  91.       m_FeatType(feat.GetData().Which()),
  92.       m_AnnotType(CSeq_annot::C_Data::e_Ftable),
  93.       m_MultiId(0)
  94. {
  95.     _ASSERT(!IsChunkStub());
  96. }
  99. CAnnotObject_Info::CAnnotObject_Info(const CSeq_align& align,
  100.                                      CSeq_annot_Info& annot)
  101.     : m_Annot_Info(&annot),
  102.       m_Object(&align),
  103.       m_FeatSubtype(CSeqFeatData::eSubtype_any),
  104.       m_FeatType(CSeqFeatData::e_not_set),
  105.       m_AnnotType(CSeq_annot::C_Data::e_Align),
  106.       m_MultiId(0)
  107. {
  108.     _ASSERT(!IsChunkStub());
  109. }
  112. CAnnotObject_Info::CAnnotObject_Info(const CSeq_graph& graph,
  113.                                      CSeq_annot_Info& annot)
  114.     : m_Annot_Info(&annot),
  115.       m_Object(&graph),
  116.       m_FeatSubtype(CSeqFeatData::eSubtype_any),
  117.       m_FeatType(CSeqFeatData::e_not_set),
  118.       m_AnnotType(CSeq_annot::C_Data::e_Graph),
  119.       m_MultiId(0)
  120. {
  121.     _ASSERT(!IsChunkStub());
  122. }
  125. CAnnotObject_Info::CAnnotObject_Info(CTSE_Chunk_Info& chunk_info,
  126.                                      const SAnnotTypeSelector& sel)
  127.     : m_Annot_Info(0),
  128.       m_Object(&chunk_info),
  129.       m_FeatSubtype(sel.GetFeatSubtype()),
  130.       m_FeatType(sel.GetFeatType()),
  131.       m_AnnotType(sel.GetAnnotType()),
  132.       m_MultiId(0)
  133. {
  134.     _ASSERT(IsChunkStub());
  135. }
  138. CAnnotObject_Info::~CAnnotObject_Info(void)
  139. {
  140. }
  143. const CTSE_Chunk_Info& CAnnotObject_Info::GetChunk_Info(void) const
  144. {
  145.     _ASSERT(IsChunkStub());
  146.     return *static_cast<const CTSE_Chunk_Info*>(m_Object.GetPointer());
  147. }
  150. void CAnnotObject_Info::GetMaps(vector<CHandleRangeMap>& hrmaps) const
  151. {
  152.     switch ( Which() ) {
  153.     case CSeq_annot::C_Data::e_Ftable:
  154.     {
  155.         const CSeq_feat& feat = *GetFeatFast();
  156.         hrmaps.resize(feat.IsSetProduct()? 2: 1);
  157.         hrmaps[0].clear();
  158.         hrmaps[0].AddLocation(feat.GetLocation());
  159.         if (hrmaps[0].GetMap().size() > 1) {
  160.             m_MultiId |= fMultiId_Location;
  161.         }
  162.         if ( feat.IsSetProduct() ) {
  163.             hrmaps[1].clear();
  164.             hrmaps[1].AddLocation(feat.GetProduct());
  165.             if (hrmaps[1].GetMap().size() > 1) {
  166.                 m_MultiId |= fMultiId_Product;
  167.             }
  168.         }
  169.         break;
  170.     }
  171.     case CSeq_annot::C_Data::e_Graph:
  172.     {
  173.         const CSeq_graph& graph = *GetGraphFast();
  174.         hrmaps.resize(1);
  175.         hrmaps[0].clear();
  176.         hrmaps[0].AddLocation(graph.GetLoc());
  177.         if (hrmaps[0].GetMap().size() > 1) {
  178.             m_MultiId |= fMultiId_Location;
  179.         }
  180.         break;
  181.     }
  182.     case CSeq_annot::C_Data::e_Align:
  183.     {
  184.         const CSeq_align& align = GetAlign();
  185.         // TODO: separate alignment locations
  186.         hrmaps.clear();
  187.         x_ProcessAlign(hrmaps, align, 0);
  188.         break;
  189.     }
  190.     default:
  191.         break;
  192.     }
  193. }
  196. const CSeq_entry_Info& CAnnotObject_Info::GetSeq_entry_Info(void) const
  197. {
  198.     return GetSeq_annot_Info().GetParentSeq_entry_Info();
  199. }
  202. const CTSE_Info& CAnnotObject_Info::GetTSE_Info(void) const
  203. {
  204.     return GetSeq_annot_Info().GetTSE_Info();
  205. }
  208. CTSE_Info& CAnnotObject_Info::GetTSE_Info(void)
  209. {
  210.     return GetSeq_annot_Info().GetTSE_Info();
  211. }
  214. CDataSource& CAnnotObject_Info::GetDataSource(void) const
  215. {
  216.     return GetSeq_annot_Info().GetDataSource();
  217. }
  220. const CSeq_feat& CAnnotObject_Info::GetFeat(void) const
  221. {
  222.     _ASSERT(!IsChunkStub() && IsFeat());
  223.     const CObject& obj = *m_Object;
  224.     return dynamic_cast<const CSeq_feat&>(obj);
  225. }
  228. const CSeq_align& CAnnotObject_Info::GetAlign(void) const
  229. {
  230.     _ASSERT(!IsChunkStub() && IsAlign());
  231.     const CObject& obj = *m_Object;
  232.     return dynamic_cast<const CSeq_align&>(obj);
  233. }
  236. const CSeq_graph& CAnnotObject_Info::GetGraph(void) const
  237. {
  238.     _ASSERT(!IsChunkStub() && IsGraph());
  239.     const CObject& obj = *m_Object;
  240.     return dynamic_cast<const CSeq_graph&>(obj);
  241. }
  244. void CAnnotObject_Info::x_ProcessAlign(vector<CHandleRangeMap>& hrmaps,
  245.                                        const CSeq_align& align,
  246.                                        int loc_index_shift) const
  247. {
  248.     //### Check the implementation.
  249.     switch ( align.GetSegs().Which() ) {
  250.     case CSeq_align::C_Segs::e_not_set:
  251.         {
  252.             break;
  253.         }
  254.     case CSeq_align::C_Segs::e_Dendiag:
  255.         {
  256.             const CSeq_align::C_Segs::TDendiag& dendiag =
  257.                 align.GetSegs().GetDendiag();
  258.             ITERATE ( CSeq_align::C_Segs::TDendiag, it, dendiag ) {
  259.                 const CDense_diag& diag = **it;
  260.                 int dim = diag.GetDim();
  261.                 if (dim != (int)diag.GetIds().size()) {
  262.                     ERR_POST(Warning << "Invalid 'ids' size in dendiag");
  263.                     dim = min(dim, (int)diag.GetIds().size());
  264.                 }
  265.                 if (dim != (int)diag.GetStarts().size()) {
  266.                     ERR_POST(Warning << "Invalid 'starts' size in dendiag");
  267.                     dim = min(dim, (int)diag.GetStarts().size());
  268.                 }
  269.                 if (diag.IsSetStrands()
  270.                     && dim != (int)diag.GetStrands().size()) {
  271.                     ERR_POST(Warning << "Invalid 'strands' size in dendiag");
  272.                     dim = min(dim, (int)diag.GetStrands().size());
  273.                 }
  274.                 if (hrmaps.size() < loc_index_shift + dim) {
  275.                     hrmaps.resize(loc_index_shift + dim);
  276.                 }
  277.                 TSeqPos len = (*it)->GetLen();
  278.                 for (int row = 0; row < dim; ++row) {
  279.                     CSeq_loc loc;
  280.                     loc.SetInt().SetId().Assign(*(*it)->GetIds()[row]);
  281.                     loc.SetInt().SetFrom((*it)->GetStarts()[row]);
  282.                     loc.SetInt().SetTo((*it)->GetStarts()[row] + len - 1);
  283.                     if ( (*it)->IsSetStrands() ) {
  284.                         loc.SetInt().SetStrand((*it)->GetStrands()[row]);
  285.                     }
  286.                     hrmaps[loc_index_shift + row].AddLocation(loc);
  287.                 }
  288.             }
  289.             break;
  290.         }
  291.     case CSeq_align::C_Segs::e_Denseg:
  292.         {
  293.             const CSeq_align::C_Segs::TDenseg& denseg =
  294.                 align.GetSegs().GetDenseg();
  295.             int dim    = denseg.GetDim();
  296.             int numseg = denseg.GetNumseg();
  297.             // claimed dimension may not be accurate :-/
  298.             if (numseg != (int)denseg.GetLens().size()) {
  299.                 ERR_POST(Warning << "Invalid 'lens' size in denseg");
  300.                 numseg = min(numseg, (int)denseg.GetLens().size());
  301.             }
  302.             if (denseg.IsSetScores()
  303.                 && numseg != (int)denseg.GetScores().size()) {
  304.                 ERR_POST(Warning << "Invalid 'scores' size in denseg");
  305.                 numseg = min(numseg, (int)denseg.GetScores().size());
  306.             }
  307.             if (dim != (int)denseg.GetIds().size()) {
  308.                 ERR_POST(Warning << "Invalid 'ids' size in denseg");
  309.                 dim = min(dim, (int)denseg.GetIds().size());
  310.             }
  311.             if (dim*numseg != (int)denseg.GetStarts().size()) {
  312.                 ERR_POST(Warning << "Invalid 'starts' size in denseg");
  313.                 dim = min(dim*numseg, (int)denseg.GetStarts().size()) / numseg;
  314.             }
  315.             if (denseg.IsSetStrands()
  316.                 && dim*numseg != (int)denseg.GetStrands().size()) {
  317.                 ERR_POST(Warning << "Invalid 'strands' size in denseg");
  318.                 dim = min(dim*numseg, (int)denseg.GetStrands().size()) / numseg;
  319.             }
  320.             if (hrmaps.size() < loc_index_shift + dim) {
  321.                 hrmaps.resize(loc_index_shift + dim);
  322.             }
  323.             for (int seg = 0;  seg < numseg;  seg++) {
  324.                 for (int row = 0;  row < dim;  row++) {
  325.                     if (denseg.GetStarts()[seg*dim + row] < 0 ) {
  326.                         continue;
  327.                     }
  328.                     CSeq_loc loc;
  329.                     loc.SetInt().SetId().Assign(*denseg.GetIds()[row]);
  330.                     loc.SetInt().SetFrom(denseg.GetStarts()[seg*dim + row]);
  331.                     loc.SetInt().SetTo(denseg.GetStarts()[seg*dim + row]
  332.                         + denseg.GetLens()[seg] - 1);
  333.                     if ( denseg.IsSetStrands() ) {
  334.                         loc.SetInt().SetStrand(denseg.GetStrands()[seg*dim + row]);
  335.                     }
  336.                     hrmaps[loc_index_shift + row].AddLocation(loc);
  337.                 }
  338.             }
  339.             break;
  340.         }
  341.     case CSeq_align::C_Segs::e_Std:
  342.         {
  343.             const CSeq_align::C_Segs::TStd& std =
  344.                 align.GetSegs().GetStd();
  345.             ITERATE ( CSeq_align::C_Segs::TStd, it, std ) {
  346.                 if (hrmaps.size() < loc_index_shift + (*it)->GetDim()) {
  347.                     hrmaps.resize(loc_index_shift + (*it)->GetDim());
  348.                 }
  349.                 ITERATE ( CStd_seg::TLoc, it_loc, (*it)->GetLoc() ) {
  350.                     CSeq_loc_CI row_it(**it_loc);
  351.                     for (int row = 0; row_it; ++row_it, ++row) {
  352.                         if (loc_index_shift + row >= hrmaps.size()) {
  353.                             hrmaps.resize(loc_index_shift + row + 1);
  354.                         }
  355.                         CSeq_loc loc;
  356.                         loc.SetInt().SetId().Assign(row_it.GetSeq_id());
  357.                         loc.SetInt().SetFrom(row_it.GetRange().GetFrom());
  358.                         loc.SetInt().SetTo(row_it.GetRange().GetTo());
  359.                         if ( row_it.GetStrand() != eNa_strand_unknown ) {
  360.                             loc.SetInt().SetStrand(row_it.GetStrand());
  361.                         }
  362.                         hrmaps[loc_index_shift + row].AddLocation(loc);
  363.                     }
  364.                 }
  365.             }
  366.             break;
  367.         }
  368.     case CSeq_align::C_Segs::e_Packed:
  369.         {
  370.             const CSeq_align::C_Segs::TPacked& packed =
  371.                 align.GetSegs().GetPacked();
  372.             int dim    = packed.GetDim();
  373.             int numseg = packed.GetNumseg();
  374.             // claimed dimension may not be accurate :-/
  375.             if (dim * numseg > (int)packed.GetStarts().size()) {
  376.                 dim = packed.GetStarts().size() / numseg;
  377.             }
  378.             if (dim * numseg > (int)packed.GetPresent().size()) {
  379.                 dim = packed.GetPresent().size() / numseg;
  380.             }
  381.             if (dim > (int)packed.GetLens().size()) {
  382.                 dim = packed.GetLens().size();
  383.             }
  384.             if (hrmaps.size() < loc_index_shift + dim) {
  385.                 hrmaps.resize(loc_index_shift + dim);
  386.             }
  387.             for (int seg = 0;  seg < numseg;  seg++) {
  388.                 for (int row = 0;  row < dim;  row++) {
  389.                     if ( packed.GetPresent()[seg*dim + row] ) {
  390.                         CSeq_loc loc;
  391.                         loc.SetInt().SetId().Assign(*packed.GetIds()[row]);
  392.                         loc.SetInt().SetFrom(packed.GetStarts()[seg*dim + row]);
  393.                         loc.SetInt().SetTo(packed.GetStarts()[seg*dim + row]
  394.                             + packed.GetLens()[seg] - 1);
  395.                         if ( packed.IsSetStrands() ) {
  396.                             loc.SetInt().SetStrand(packed.GetStrands()[seg*dim + row]);
  397.                         }
  398.                         hrmaps[loc_index_shift + row].AddLocation(loc);
  399.                     }
  400.                 }
  401.             }
  402.             break;
  403.         }
  404.     case CSeq_align::C_Segs::e_Disc:
  405.         {
  406.             const CSeq_align::C_Segs::TDisc& disc =
  407.                 align.GetSegs().GetDisc();
  408.             ITERATE ( CSeq_align_set::Tdata, it, disc.Get() ) {
  409.                 x_ProcessAlign(hrmaps, **it, hrmaps.size());
  410.             }
  411.             break;
  412.         }
  413.     }
  414. }
  417. END_SCOPE(objects)
  418. END_NCBI_SCOPE
  420. /*
  421. * ---------------------------------------------------------------------------
  422. * $Log: annot_object.cpp,v $
  423. * Revision 1000.3  2004/06/01 19:22:36  gouriano
  424. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.39
  425. *
  426. * Revision 1.39  2004/05/26 14:29:20  grichenk
  427. * Redesigned CSeq_align_Mapper: preserve non-mapping intervals,
  428. * fixed strands handling, improved performance.
  429. *
  430. * Revision 1.38  2004/05/21 21:42:12  gorelenk
  431. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  432. *
  433. * Revision 1.37  2004/04/01 20:33:58  grichenk
  434. * One more m_MultiId initialization
  435. *
  436. * Revision 1.36  2004/04/01 20:18:12  grichenk
  437. * Added initialization of m_MultiId member.
  438. *
  439. * Revision 1.35  2004/03/31 20:43:29  grichenk
  440. * Fixed mapping of seq-locs containing both master sequence
  441. * and its segments.
  442. *
  443. * Revision 1.34  2004/03/26 19:42:04  vasilche
  444. * Fixed premature deletion of SNP annot info object.
  445. * Removed obsolete references to chunk info.
  446. *
  447. * Revision 1.33  2004/03/16 15:47:27  vasilche
  448. * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  449. *
  450. * Revision 1.32  2004/02/04 18:05:38  grichenk
  451. * Added annotation filtering by set of types/subtypes.
  452. * Renamed *Choice to *Type in SAnnotSelector.
  453. *
  454. * Revision 1.31  2004/01/23 16:14:47  grichenk
  455. * Implemented alignment mapping
  456. *
  457. * Revision 1.30  2004/01/22 20:10:40  vasilche
  458. * 1. Splitted ID2 specs to two parts.
  459. * ID2 now specifies only protocol.
  460. * Specification of ID2 split data is moved to seqsplit ASN module.
  461. * For now they are still reside in one resulting library as before - libid2.
  462. * As the result split specific headers are now in objects/seqsplit.
  463. * 2. Moved ID2 and ID1 specific code out of object manager.
  464. * Protocol is processed by corresponding readers.
  465. * ID2 split parsing is processed by ncbi_xreader library - used by all readers.
  466. * 3. Updated OBJMGR_LIBS correspondingly.
  467. *
  468. * Revision 1.29  2003/11/26 17:55:56  vasilche
  469. * Implemented ID2 split in ID1 cache.
  470. * Fixed loading of splitted annotations.
  471. *
  472. * Revision 1.28  2003/10/07 13:43:23  vasilche
  473. * Added proper handling of named Seq-annots.
  474. * Added feature search from named Seq-annots.
  475. * Added configurable adaptive annotation search (default: gene, cds, mrna).
  476. * Fixed selection of blobs for loading from GenBank.
  477. * Added debug checks to CSeq_id_Mapper for easier finding lost CSeq_id_Handles.
  478. * Fixed leaked split chunks annotation stubs.
  479. * Moved some classes definitions in separate *.cpp files.
  480. *
  481. * Revision 1.27  2003/09/30 16:22:02  vasilche
  482. * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  483. * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  484. * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  485. * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  486. * Optimized bioseq lookup in scope.
  487. * Reduced object allocations in annotation iterators.
  488. * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  489. * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  490. * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  491. * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  492. *
  493. * Revision 1.26  2003/08/27 21:24:51  vasilche
  494. * Reordered member initializers.
  495. *
  496. * Revision 1.25  2003/08/27 14:29:52  vasilche
  497. * Reduce object allocations in feature iterator.
  498. *
  499. * Revision 1.24  2003/08/26 21:28:47  grichenk
  500. * Added seq-align verification
  501. *
  502. * Revision 1.23  2003/07/18 16:58:23  grichenk
  503. * Fixed alignment coordinates
  504. *
  505. * Revision 1.22  2003/07/17 20:07:55  vasilche
  506. * Reduced memory usage by feature indexes.
  507. * SNP data is loaded separately through PUBSEQ_OS.
  508. * String compression for SNP data.
  509. *
  510. * Revision 1.21  2003/06/02 16:06:37  dicuccio
  511. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  512. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  513. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  514. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  515. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  516. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  517. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  518. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  519. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  520. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  521. * replaces the three libmmdb? libs.
  522. *
  523. * Revision 1.20  2003/04/24 16:12:38  vasilche
  524. * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  525. * Removed excessive header dependencies.
  526. *
  527. * Revision 1.19  2003/03/11 15:51:06  kuznets
  528. * iterate -> ITERATE
  529. *
  530. * Revision 1.18  2003/02/24 18:57:22  vasilche
  531. * Make feature gathering in one linear pass using CSeqMap iterator.
  532. * Do not use feture index by sub locations.
  533. * Sort features at the end of gathering in one vector.
  534. * Extracted some internal structures and classes in separate header.
  535. * Delay creation of mapped features.
  536. *
  537. * Revision 1.17  2003/02/13 14:34:34  grichenk
  538. * Renamed CAnnotObject -> CAnnotObject_Info
  539. * + CSeq_annot_Info and CAnnotObject_Ref
  540. * Moved some members of CAnnotObject to CSeq_annot_Info
  541. * and CAnnotObject_Ref.
  542. * Added feat/align/graph to CAnnotObject_Info map
  543. * to CDataSource.
  544. *
  545. * Revision 1.16  2003/02/04 18:53:36  dicuccio
  546. * Include file clean-up
  547. *
  548. * Revision 1.15  2003/01/22 20:11:54  vasilche
  549. * Merged functionality of CSeqMapResolved_CI to CSeqMap_CI.
  550. * CSeqMap_CI now supports resolution and iteration over sequence range.
  551. * Added several caches to CScope.
  552. * Optimized CSeqVector().
  553. * Added serveral variants of CBioseqHandle::GetSeqVector().
  554. * Tried to optimize annotations iterator (not much success).
  555. * Rewritten CHandleRange and CHandleRangeMap classes to avoid sorting of list.
  556. *
  557. * Revision 1.14  2002/09/13 15:20:30  dicuccio
  558. * Fix memory leak (static deleted before termination).
  559. *
  560. * Revision 1.13  2002/09/11 16:08:26  dicuccio
  561. * Fixed memory leak in x_PrepareAlign().
  562. *
  563. * Revision 1.12  2002/09/03 17:45:45  ucko
  564. * Avoid overrunning alignment data when the claimed dimensions are too high.
  565. *
  566. * Revision 1.11  2002/07/25 15:01:51  grichenk
  567. * Replaced non-const GetXXX() with SetXXX()
  568. *
  569. * Revision 1.10  2002/07/08 20:51:00  grichenk
  570. * Moved log to the end of file
  571. * Replaced static mutex (in CScope, CDataSource) with the mutex
  572. * pool. Redesigned CDataSource data locking.
  573. *
  574. * Revision 1.9  2002/07/01 15:31:57  grichenk
  575. * Fixed 'enumeration value e_not_set...' warning
  576. *
  577. * Revision 1.8  2002/05/29 21:21:13  gouriano
  578. * added debug dump
  579. *
  580. * Revision 1.7  2002/05/24 14:57:12  grichenk
  581. * SerialAssign<>() -> CSerialObject::Assign()
  582. *
  583. * Revision 1.6  2002/05/03 21:28:08  ucko
  584. * Introduce T(Signed)SeqPos.
  585. *
  586. * Revision 1.5  2002/04/05 21:26:19  grichenk
  587. * Enabled iteration over annotations defined on segments of a
  588. * delta-sequence.
  589. *
  590. * Revision 1.4  2002/02/21 19:27:04  grichenk
  591. * Rearranged includes. Added scope history. Added searching for the
  592. * best seq-id match in data sources and scopes. Updated tests.
  593. *
  594. * Revision 1.3  2002/01/23 21:59:31  grichenk
  595. * Redesigned seq-id handles and mapper
  596. *
  597. * Revision 1.2  2002/01/16 16:25:56  gouriano
  598. * restructured objmgr
  599. *
  600. * Revision 1.1  2002/01/11 19:06:16  gouriano
  601. * restructured objmgr
  602. *
  603. *
  604. * ===========================================================================
  605. */