开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
bioseq_info.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：20k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

bioseq_info.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: bioseq_info.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.4  2004/06/01 19:22:57  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.22
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: bioseq_info.cpp,v 1000.4 2004/06/01 19:22:57 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author: Aleksey Grichenko, Eugene Vasilchenko
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   Bioseq info for data source
  39. *
  40. */
  43. #include <ncbi_pch.hpp>
  44. #include <objmgr/impl/bioseq_info.hpp>
  45. #include <objmgr/impl/seq_entry_info.hpp>
  46. #include <objmgr/impl/tse_info.hpp>
  47. #include <objmgr/impl/data_source.hpp>
  49. #include <objmgr/seq_id_handle.hpp>
  50. #include <objmgr/seq_id_mapper.hpp>
  52. #include <objmgr/seq_map.hpp>
  54. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  56. #include <objects/seq/Seq_inst.hpp>
  57. #include <objects/seq/Seq_data.hpp>
  58. #include <objects/seq/Seq_hist.hpp>
  59. #include <objects/seq/Seq_ext.hpp>
  60. #include <objects/seq/Seg_ext.hpp>
  61. #include <objects/seq/Delta_ext.hpp>
  62. #include <objects/seq/Delta_seq.hpp>
  63. #include <objects/seq/Seq_literal.hpp>
  64. #include <objects/seq/Ref_ext.hpp>
  66. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  67. #include <objects/seqloc/Packed_seqint.hpp>
  68. #include <objects/seqloc/Seq_loc.hpp>
  69. #include <objects/seqloc/Seq_interval.hpp>
  70. #include <objects/seqloc/Seq_loc_mix.hpp>
  71. #include <objects/seqloc/Seq_loc_equiv.hpp>
  72. #include <objects/general/Int_fuzz.hpp>
  73. #include <algorithm>
  76. BEGIN_NCBI_SCOPE
  77. BEGIN_SCOPE(objects)
  80. ////////////////////////////////////////////////////////////////////
  81. //
  82. //  CBioseq_Info::
  83. //
  84. //    Structure to keep bioseq's parent seq-entry along with the list
  85. //    of seq-id synonyms for the bioseq.
  86. //
  89. CBioseq_Info::CBioseq_Info(CBioseq& seq)
  90. {
  91.     x_SetObject(seq);
  92. }
  95. CBioseq_Info::CBioseq_Info(const CBioseq_Info& info)
  96. {
  97.     x_SetObject(info);
  98. }
  101. CBioseq_Info::~CBioseq_Info(void)
  102. {
  103. }
  106. CConstRef<CBioseq> CBioseq_Info::GetCompleteBioseq(void) const
  107. {
  108.     return m_Object;
  109. }
  112. CConstRef<CBioseq> CBioseq_Info::GetBioseqCore(void) const
  113. {
  114.     x_UpdateObject();
  115.     return m_Object;
  116. }
  119. void CBioseq_Info::x_DSAttachContents(CDataSource& ds)
  120. {
  121.     TParent::x_DSAttachContents(ds);
  122.     x_DSMapObject(m_Object, ds);
  123. }
  126. void CBioseq_Info::x_DSDetachContents(CDataSource& ds)
  127. {
  128.     x_DSUnmapObject(m_Object, ds);
  129.     TParent::x_DSDetachContents(ds);
  130. }
  133. void CBioseq_Info::x_DSMapObject(CConstRef<TObject> obj, CDataSource& ds)
  134. {
  135.     ds.x_Map(obj, this);
  136. }
  139. void CBioseq_Info::x_DSUnmapObject(CConstRef<TObject> obj, CDataSource& ds)
  140. {
  141.     ds.x_Unmap(obj, this);
  142. }
  145. void CBioseq_Info::x_TSEAttachContents(CTSE_Info& tse)
  146. {
  147.     TParent::x_TSEAttachContents(tse);
  148.     ITERATE ( TId, it, m_Id ) {
  149.         tse.x_SetBioseqId(*it, this);
  150.     }
  151. }
  154. void CBioseq_Info::x_TSEDetachContents(CTSE_Info& tse)
  155. {
  156.     ITERATE ( TId, it, m_Id ) {
  157.         tse.x_ResetBioseqId(*it, this);
  158.     }
  159.     TParent::x_TSEDetachContents(tse);
  160. }
  163. void CBioseq_Info::x_ParentAttach(CSeq_entry_Info& parent)
  164. {
  165.     TParent::x_ParentAttach(parent);
  166.     CSeq_entry& entry = parent.x_GetObject();
  167.     entry.ParentizeOneLevel();
  168. #ifdef _DEBUG
  169.     _ASSERT(&entry.GetSeq() == m_Object);
  170.     _ASSERT(m_Object->GetParentEntry() == &entry);
  171. #endif
  172. }
  175. void CBioseq_Info::x_ParentDetach(CSeq_entry_Info& parent)
  176. {
  177.     //m_Object->ResetParentEntry();
  178.     TParent::x_ParentDetach(parent);
  179. }
  182. void CBioseq_Info::x_SetObject(TObject& obj)
  183. {
  184.     _ASSERT(!m_Object);
  186.     m_Object.Reset(&obj);
  187.     if ( obj.IsSetId() ) {
  188.         ITERATE ( TObject::TId, it, obj.GetId() ) {
  189.             m_Id.push_back(CSeq_id_Handle::GetHandle(**it));
  190.         }
  191.     }
  192.     if ( obj.IsSetAnnot() ) {
  193.         x_SetAnnot();
  194.     }
  195. }
  198. void CBioseq_Info::x_SetObject(const CBioseq_Info& info)
  199. {
  200.     _ASSERT(!m_Object);
  202.     m_Object = sx_ShallowCopy(*info.m_Object);
  203.     m_Id = info.m_Id;
  204.     m_SeqMap = info.m_SeqMap;
  205.     if ( info.IsSetAnnot() ) {
  206.         x_SetAnnot(info);
  207.     }
  208. }
  211. CRef<CBioseq> CBioseq_Info::sx_ShallowCopy(const TObject& src)
  212. {        
  213.     CRef<TObject> obj(new TObject);
  214.     if ( src.IsSetId() ) {
  215.         obj->SetId() = src.GetId();
  216.     }
  217.     if ( src.IsSetDescr() ) {
  218.         obj->SetDescr(const_cast<TDescr&>(src.GetDescr()));
  219.     }
  220.     if ( src.IsSetInst() ) {
  221.         CRef<TInst> inst = sx_ShallowCopy(src.GetInst());
  222.         obj->SetInst(*inst);
  223.     }
  224.     if ( src.IsSetAnnot() ) {
  225.         obj->SetAnnot() = src.GetAnnot();
  226.     }
  227.     return obj;
  228. }
  231. CRef<CSeq_inst> CBioseq_Info::sx_ShallowCopy(const TInst& src)
  232. {
  233.     CRef<TInst> obj(new TInst);
  234.     if ( src.IsSetRepr() ) {
  235.         obj->SetRepr(src.GetRepr());
  236.     }
  237.     if ( src.IsSetMol() ) {
  238.         obj->SetMol(src.GetMol());
  239.     }
  240.     if ( src.IsSetLength() ) {
  241.         obj->SetLength(src.GetLength());
  242.     }
  243.     if ( src.IsSetFuzz() ) {
  244.         obj->SetFuzz(const_cast<TInst_Fuzz&>(src.GetFuzz()));
  245.     }
  246.     if ( src.IsSetTopology() ) {
  247.         obj->SetTopology(src.GetTopology());
  248.     }
  249.     if ( src.IsSetStrand() ) {
  250.         obj->SetStrand(src.GetStrand());
  251.     }
  252.     if ( src.IsSetSeq_data() ) {
  253.         obj->SetSeq_data(const_cast<TInst_Seq_data&>(src.GetSeq_data()));
  254.     }
  255.     if ( src.IsSetExt() ) {
  256.         obj->SetExt(const_cast<TInst_Ext&>(src.GetExt()));
  257.     }
  258.     if ( src.IsSetHist() ) {
  259.         obj->SetHist(const_cast<TInst_Hist&>(src.GetHist()));
  260.     }
  261.     return obj;
  262. }
  265. bool CBioseq_Info::IsSetId(void) const
  266. {
  267.     return m_Object->IsSetId();
  268. }
  271. bool CBioseq_Info::CanGetId(void) const
  272. {
  273.     return bool(m_Object)  &&  m_Object->CanGetId();
  274. }
  277. const CBioseq_Info::TId& CBioseq_Info::GetId(void) const
  278. {
  279.     return m_Id;
  280. }
  283. bool CBioseq_Info::HasId(const CSeq_id_Handle& id) const
  284. {
  285.     return find(m_Id.begin(), m_Id.end(), id) != m_Id.end();
  286. }
  289. void CBioseq_Info::AddId(const CSeq_id_Handle& id)
  290. {
  291.     m_Id.push_back(id);
  292. }
  295. void CBioseq_Info::RemoveId(const CSeq_id_Handle& id)
  296. {
  297.     TId::iterator found = find(m_Id.begin(), m_Id.end(), id);
  298.     if(found != m_Id.end()) {
  299.         m_Id.erase(found);
  300.     }
  301. }
  304. bool CBioseq_Info::IsSetDescr(void) const
  305. {
  306.     return m_Object->IsSetDescr();
  307. }
  310. bool CBioseq_Info::CanGetDescr(void) const
  311. {
  312.     return bool(m_Object)  &&  m_Object->CanGetDescr();
  313. }
  316. const CSeq_descr& CBioseq_Info::GetDescr(void) const
  317. {
  318.     return m_Object->GetDescr();
  319. }
  322. void CBioseq_Info::SetDescr(TDescr& v)
  323. {
  324.     m_Object->SetDescr(v);
  325. }
  328. CSeq_descr& CBioseq_Info::x_SetDescr(void)
  329. {
  330.     return m_Object->SetDescr();
  331. }
  334. void CBioseq_Info::ResetDescr(void)
  335. {
  336.     m_Object->ResetDescr();
  337. }
  340. CBioseq::TAnnot& CBioseq_Info::x_SetObjAnnot(void)
  341. {
  342.     return m_Object->SetAnnot();
  343. }
  346. void CBioseq_Info::x_ResetObjAnnot(void)
  347. {
  348.     m_Object->ResetAnnot();
  349. }
  352. bool CBioseq_Info::IsSetInst(void) const
  353. {
  354.     return m_Object->IsSetInst();
  355. }
  358. bool CBioseq_Info::CanGetInst(void) const
  359. {
  360.     return bool(m_Object)  &&  m_Object->CanGetInst();
  361. }
  364. const CBioseq_Info::TInst& CBioseq_Info::GetInst(void) const
  365. {
  366.     return m_Object->GetInst();
  367. }
  370. bool CBioseq_Info::IsSetInst_Repr(void) const
  371. {
  372.     return IsSetInst() && GetInst().IsSetRepr();
  373. }
  376. bool CBioseq_Info::CanGetInst_Repr(void) const
  377. {
  378.     return CanGetInst() && GetInst().CanGetRepr();
  379. }
  382. CBioseq_Info::TInst_Repr CBioseq_Info::GetInst_Repr(void) const
  383. {
  384.     return GetInst().GetRepr();
  385. }
  388. bool CBioseq_Info::IsSetInst_Mol(void) const
  389. {
  390.     return IsSetInst() && GetInst().IsSetMol();
  391. }
  394. bool CBioseq_Info::CanGetInst_Mol(void) const
  395. {
  396.     return CanGetInst() && GetInst().CanGetMol();
  397. }
  400. CBioseq_Info::TInst_Mol CBioseq_Info::GetInst_Mol(void) const
  401. {
  402.     return GetInst().GetMol();
  403. }
  406. bool CBioseq_Info::IsSetInst_Length(void) const
  407. {
  408.     return IsSetInst() && GetInst().IsSetLength();
  409. }
  412. bool CBioseq_Info::CanGetInst_Length(void) const
  413. {
  414.     return CanGetInst() && GetInst().CanGetLength();
  415. }
  418. CBioseq_Info::TInst_Length CBioseq_Info::GetInst_Length(void) const
  419. {
  420.     return GetInst().GetLength();
  421. }
  424. CBioseq_Info::TInst_Length CBioseq_Info::GetBioseqLength(void) const
  425. {
  426.     if ( IsSetInst_Length() ) {
  427.         return GetInst_Length();
  428.     }
  429.     else {
  430.         return x_CalcBioseqLength();
  431.     }
  432. }
  435. bool CBioseq_Info::IsSetInst_Fuzz(void) const
  436. {
  437.     return IsSetInst() && GetInst().IsSetFuzz();
  438. }
  441. bool CBioseq_Info::CanGetInst_Fuzz(void) const
  442. {
  443.     return CanGetInst() && GetInst().CanGetFuzz();
  444. }
  447. const CBioseq_Info::TInst_Fuzz& CBioseq_Info::GetInst_Fuzz(void) const
  448. {
  449.     return GetInst().GetFuzz();
  450. }
  453. bool CBioseq_Info::IsSetInst_Topology(void) const
  454. {
  455.     return IsSetInst() && GetInst().IsSetTopology();
  456. }
  459. bool CBioseq_Info::CanGetInst_Topology(void) const
  460. {
  461.     return CanGetInst() && GetInst().CanGetTopology();
  462. }
  465. CBioseq_Info::TInst_Topology CBioseq_Info::GetInst_Topology(void) const
  466. {
  467.     return GetInst().GetTopology();
  468. }
  471. bool CBioseq_Info::IsSetInst_Strand(void) const
  472. {
  473.     return IsSetInst() && GetInst().IsSetStrand();
  474. }
  477. bool CBioseq_Info::CanGetInst_Strand(void) const
  478. {
  479.     return CanGetInst() && GetInst().CanGetStrand();
  480. }
  483. CBioseq_Info::TInst_Strand CBioseq_Info::GetInst_Strand(void) const
  484. {
  485.     return GetInst().GetStrand();
  486. }
  489. bool CBioseq_Info::IsSetInst_Seq_data(void) const
  490. {
  491.     return IsSetInst() && GetInst().IsSetSeq_data();
  492. }
  495. bool CBioseq_Info::CanGetInst_Seq_data(void) const
  496. {
  497.     return CanGetInst() && GetInst().CanGetSeq_data();
  498. }
  501. const CBioseq_Info::TInst_Seq_data& CBioseq_Info::GetInst_Seq_data(void) const
  502. {
  503.     return GetInst().GetSeq_data();
  504. }
  507. bool CBioseq_Info::IsSetInst_Ext(void) const
  508. {
  509.     return IsSetInst() && GetInst().IsSetExt();
  510. }
  513. bool CBioseq_Info::CanGetInst_Ext(void) const
  514. {
  515.     return CanGetInst() && GetInst().CanGetExt();
  516. }
  519. const CBioseq_Info::TInst_Ext& CBioseq_Info::GetInst_Ext(void) const
  520. {
  521.     return GetInst().GetExt();
  522. }
  525. bool CBioseq_Info::IsSetInst_Hist(void) const
  526. {
  527.     return IsSetInst() && GetInst().IsSetHist();
  528. }
  531. bool CBioseq_Info::CanGetInst_Hist(void) const
  532. {
  533.     return CanGetInst() && GetInst().CanGetHist();
  534. }
  537. const CBioseq_Info::TInst_Hist& CBioseq_Info::GetInst_Hist(void) const
  538. {
  539.     return GetInst().GetHist();
  540. }
  543. void CBioseq_Info::SetInst(TInst& v)
  544. {
  545.     m_Object->SetInst(v);
  546. }
  549. void CBioseq_Info::SetInst_Repr(TInst_Repr v)
  550. {
  551.     m_Object->SetInst().SetRepr(v);;
  552. }
  555. void CBioseq_Info::SetInst_Mol(TInst_Mol v)
  556. {
  557.     m_Object->SetInst().SetMol(v);;
  558. }
  561. void CBioseq_Info::SetInst_Length(TInst_Length v)
  562. {
  563.     m_Object->SetInst().SetLength(v);;
  564. }
  567. void CBioseq_Info::SetInst_Fuzz(TInst_Fuzz& v)
  568. {
  569.     m_Object->SetInst().SetFuzz(v);;
  570. }
  573. void CBioseq_Info::SetInst_Topology(TInst_Topology v)
  574. {
  575.     m_Object->SetInst().SetTopology(v);;
  576. }
  579. void CBioseq_Info::SetInst_Strand(TInst_Strand v)
  580. {
  581.     m_Object->SetInst().SetStrand(v);;
  582. }
  585. void CBioseq_Info::SetInst_Seq_data(TInst_Seq_data& v)
  586. {
  587.     m_Object->SetInst().SetSeq_data(v);;
  588. }
  591. void CBioseq_Info::SetInst_Ext(TInst_Ext& v)
  592. {
  593.     m_Object->SetInst().SetExt(v);
  594. }
  597. void CBioseq_Info::SetInst_Hist(TInst_Hist& v)
  598. {
  599.     m_Object->SetInst().SetHist(v);;
  600. }
  603. TSeqPos CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength(void) const
  604. {
  605.     return x_CalcBioseqLength(GetInst());
  606. }
  609. TSeqPos CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength(const CSeq_inst& inst) const
  610. {
  611.     if ( !inst.IsSetExt() ) {
  612.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eOtherError,
  613.                    "CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength: "
  614.                    "failed: Seq-inst.ext is not set");
  615.     }
  616.     switch ( inst.GetExt().Which() ) {
  617.     case CSeq_ext::e_Seg:
  618.         return x_CalcBioseqLength(inst.GetExt().GetSeg());
  619.     case CSeq_ext::e_Ref:
  620.         return x_CalcBioseqLength(inst.GetExt().GetRef().Get());
  621.     case CSeq_ext::e_Delta:
  622.         return x_CalcBioseqLength(inst.GetExt().GetDelta());
  623.     default:
  624.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eOtherError,
  625.                    "CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength: "
  626.                    "failed: bad Seg-ext type");
  627.     }
  628. }
  631. TSeqPos CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength(const CSeq_id& whole) const
  632. {
  633.     CConstRef<CBioseq_Info> ref =
  634.         GetTSE_Info().FindBioseq(CSeq_id_Handle::GetHandle(whole));
  635.     if ( !ref ) {
  636.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eOtherError,
  637.                    "CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength: "
  638.                    "failed: external whole reference");
  639.     }
  640.     return ref->GetBioseqLength();
  641. }
  644. TSeqPos CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength(const CPacked_seqint& ints) const
  645. {
  646.     TSeqPos ret = 0;
  647.     ITERATE ( CPacked_seqint::Tdata, it, ints.Get() ) {
  648.         ret += (*it)->GetLength();
  649.     }
  650.     return ret;
  651. }
  654. TSeqPos CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength(const CSeq_loc& seq_loc) const
  655. {
  656.     switch ( seq_loc.Which() ) {
  657.     case CSeq_loc::e_not_set:
  658.     case CSeq_loc::e_Null:
  659.     case CSeq_loc::e_Empty:
  660.         return 0;
  661.     case CSeq_loc::e_Whole:
  662.         return x_CalcBioseqLength(seq_loc.GetWhole());
  663.     case CSeq_loc::e_Int:
  664.         return seq_loc.GetInt().GetLength();
  665.     case CSeq_loc::e_Pnt:
  666.         return 1;
  667.     case CSeq_loc::e_Packed_int:
  668.         return x_CalcBioseqLength(seq_loc.GetPacked_int());
  669.     case CSeq_loc::e_Packed_pnt:
  670.         return seq_loc.GetPacked_pnt().GetPoints().size();
  671.     case CSeq_loc::e_Mix:
  672.         return x_CalcBioseqLength(seq_loc.GetMix());
  673.     case CSeq_loc::e_Equiv:
  674.         return x_CalcBioseqLength(seq_loc.GetEquiv());
  675.     default:
  676.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eOtherError,
  677.                    "CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength: "
  678.                    "failed: bad Seq-loc type");
  679.     }
  680. }
  683. TSeqPos CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength(const CSeq_loc_mix& seq_mix) const
  684. {
  685.     TSeqPos ret = 0;
  686.     ITERATE ( CSeq_loc_mix::Tdata, it, seq_mix.Get() ) {
  687.         ret += x_CalcBioseqLength(**it);
  688.     }
  689.     return ret;
  690. }
  693. TSeqPos CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength(const CSeq_loc_equiv& seq_equiv) const
  694. {
  695.     TSeqPos ret = 0;
  696.     ITERATE ( CSeq_loc_equiv::Tdata, it, seq_equiv.Get() ) {
  697.         ret += x_CalcBioseqLength(**it);
  698.     }
  699.     return ret;
  700. }
  703. TSeqPos CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength(const CSeg_ext& seg_ext) const
  704. {
  705.     TSeqPos ret = 0;
  706.     ITERATE ( CSeg_ext::Tdata, it, seg_ext.Get() ) {
  707.         ret += x_CalcBioseqLength(**it);
  708.     }
  709.     return ret;
  710. }
  713. TSeqPos CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength(const CDelta_ext& delta) const
  714. {
  715.     TSeqPos ret = 0;
  716.     ITERATE ( CDelta_ext::Tdata, it, delta.Get() ) {
  717.         ret += x_CalcBioseqLength(**it);
  718.     }
  719.     return ret;
  720. }
  723. TSeqPos CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength(const CDelta_seq& delta_seq) const
  724. {
  725.     switch ( delta_seq.Which() ) {
  726.     case CDelta_seq::e_Loc:
  727.         return x_CalcBioseqLength(delta_seq.GetLoc());
  728.     case CDelta_seq::e_Literal:
  729.         return delta_seq.GetLiteral().GetLength();
  730.     default:
  731.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eOtherError,
  732.                    "CBioseq_Info::x_CalcBioseqLength: "
  733.                    "failed: bad Delta-seq type");
  734.     }
  735. }
  738. string CBioseq_Info::IdString(void) const
  739. {
  740.     CNcbiOstrstream os;
  741.     ITERATE ( TId, it, m_Id ) {
  742.         if ( it != m_Id.begin() )
  743.             os << " | ";
  744.         os << it->AsString();
  745.     }
  746.     return CNcbiOstrstreamToString(os);
  747. }
  750. void CBioseq_Info::x_AttachMap(CSeqMap& seq_map)
  751. {
  752.     CFastMutexGuard guard(m_SeqMap_Mtx);
  753.     if ( m_SeqMap ) {
  754.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eAddDataError,
  755.                      "CBioseq_Info::AttachMap: bioseq already has SeqMap");
  756.     }
  757.     m_SeqMap.Reset(&seq_map);
  758. }
  761. const CSeqMap& CBioseq_Info::GetSeqMap(void) const
  762. {
  763.     const CSeqMap* ret = m_SeqMap.GetPointer();
  764.     if ( !ret ) {
  765.         CFastMutexGuard guard(m_SeqMap_Mtx);
  766.         ret = m_SeqMap.GetPointer();
  767.         if ( !ret ) {
  768.             m_SeqMap = CSeqMap::CreateSeqMapForBioseq(*m_Object);
  769.             ret = m_SeqMap.GetPointer();
  770.             _ASSERT(ret);
  771.         }
  772.     }
  773.     return *ret;
  774. }
  777. END_SCOPE(objects)
  778. END_NCBI_SCOPE
  780. /*
  781. * ---------------------------------------------------------------------------
  782. * $Log: bioseq_info.cpp,v $
  783. * Revision 1000.4  2004/06/01 19:22:57  gouriano
  784. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.22
  785. *
  786. * Revision 1.22  2004/05/21 21:42:12  gorelenk
  787. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  788. *
  789. * Revision 1.21  2004/05/11 18:05:03  grichenk
  790. * include algorithm
  791. *
  792. * Revision 1.20  2004/05/11 17:45:51  grichenk
  793. * Implemented HasId(), AddId() and RemoveId()
  794. *
  795. * Revision 1.19  2004/05/06 17:32:37  grichenk
  796. * Added CanGetXXXX() methods
  797. *
  798. * Revision 1.18  2004/03/31 17:08:07  vasilche
  799. * Implemented ConvertSeqToSet and ConvertSetToSeq.
  800. *
  801. * Revision 1.17  2004/03/24 18:30:29  vasilche
  802. * Fixed edit API.
  803. * Every *_Info object has its own shallow copy of original object.
  804. *
  805. * Revision 1.16  2004/03/16 15:47:27  vasilche
  806. * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  807. *
  808. * Revision 1.15  2003/12/11 17:02:50  grichenk
  809. * Fixed CRef resetting in constructors.
  810. *
  811. * Revision 1.14  2003/11/19 22:18:02  grichenk
  812. * All exceptions are now CException-derived. Catch "exception" rather
  813. * than "runtime_error".
  814. *
  815. * Revision 1.13  2003/11/12 16:53:17  grichenk
  816. * Modified CSeqMap to work with const objects (CBioseq, CSeq_loc etc.)
  817. *
  818. * Revision 1.12  2003/09/30 16:22:02  vasilche
  819. * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  820. * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  821. * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  822. * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  823. * Optimized bioseq lookup in scope.
  824. * Reduced object allocations in annotation iterators.
  825. * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  826. * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  827. * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  828. * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  829. *
  830. * Revision 1.11  2003/06/02 16:06:37  dicuccio
  831. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  832. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  833. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  834. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  835. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  836. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  837. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  838. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  839. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  840. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  841. * replaces the three libmmdb? libs.
  842. *
  843. * Revision 1.10  2003/04/24 16:12:38  vasilche
  844. * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  845. * Removed excessive header dependencies.
  846. *
  847. * Revision 1.9  2003/03/14 19:10:41  grichenk
  848. * + SAnnotSelector::EIdResolving; fixed operator=() for several classes
  849. *
  850. * Revision 1.8  2003/03/11 15:51:06  kuznets
  851. * iterate -> ITERATE
  852. *
  853. * Revision 1.7  2003/02/05 17:59:17  dicuccio
  854. * Moved formerly private headers into include/objects/objmgr/impl
  855. *
  856. * Revision 1.6  2002/12/26 20:55:17  dicuccio
  857. * Moved seq_id_mapper.hpp, tse_info.hpp, and bioseq_info.hpp -> include/ tree
  858. *
  859. * Revision 1.5  2002/11/04 21:29:12  grichenk
  860. * Fixed usage of const CRef<> and CRef<> constructor
  861. *
  862. * Revision 1.4  2002/07/08 20:51:01  grichenk
  863. * Moved log to the end of file
  864. * Replaced static mutex (in CScope, CDataSource) with the mutex
  865. * pool. Redesigned CDataSource data locking.
  866. *
  867. * Revision 1.3  2002/05/29 21:21:13  gouriano
  868. * added debug dump
  869. *
  870. * Revision 1.2  2002/02/21 19:27:05  grichenk
  871. * Rearranged includes. Added scope history. Added searching for the
  872. * best seq-id match in data sources and scopes. Updated tests.
  873. *
  874. * Revision 1.1  2002/02/07 21:25:05  grichenk
  875. * Initial revision
  876. *
  877. *
  878. * ===========================================================================
  879. */