开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
annot_types_ci.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：23k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

annot_types_ci.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: annot_types_ci.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.5  2004/06/01 19:22:48  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.121
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: annot_types_ci.cpp,v 1000.5 2004/06/01 19:22:48 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author: Aleksey Grichenko, Eugene Vasilchenko
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   Object manager iterators
  39. *
  40. */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <objmgr/annot_types_ci.hpp>
  44. #include <objmgr/impl/handle_range_map.hpp>
  45. #include <objmgr/impl/snp_annot_info.hpp>
  47. BEGIN_NCBI_SCOPE
  48. BEGIN_SCOPE(objects)
  51. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  52. // CAnnotTypes_CI
  53. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  56. CAnnotTypes_CI::CAnnotTypes_CI(void)
  57.     : m_DataCollector(0)
  58. {
  59.     return;
  60. }
  63. CAnnotTypes_CI::CAnnotTypes_CI(TAnnotType type,
  64.                                CScope& scope,
  65.                                const CSeq_loc& loc,
  66.                                const SAnnotSelector& params)
  67.     : m_DataCollector(new CAnnot_Collector(params, scope))
  68. {
  69.     m_DataCollector->GetSelector().CheckAnnotType(type);
  70.     CHandleRangeMap master_loc;
  71.     master_loc.AddLocation(loc);
  72.     m_DataCollector->x_Initialize(master_loc);
  73.     Rewind();
  74. }
  77. CAnnotTypes_CI::CAnnotTypes_CI(TAnnotType type,
  78.                                const CBioseq_Handle& bioseq,
  79.                                TSeqPos start, TSeqPos stop,
  80.                                const SAnnotSelector& params)
  81.     : m_DataCollector(new CAnnot_Collector(params, bioseq.GetScope()))
  82. {
  83.     m_DataCollector->GetSelector().CheckAnnotType(type);
  84.     m_DataCollector->x_Initialize(bioseq, start, stop);
  85.     Rewind();
  86. }
  89. CAnnotTypes_CI::CAnnotTypes_CI(TAnnotType type,
  90.                                const CSeq_annot_Handle& annot)
  91.     : m_DataCollector(new CAnnot_Collector(SAnnotSelector(type),
  92.                                               annot.GetScope()))
  93. {
  94.     m_DataCollector->GetSelector()
  95.         .SetResolveNone() // nothing to resolve
  96.         .SetLimitSeqAnnot(annot);
  97.     m_DataCollector->x_Initialize();
  98.     Rewind();
  99. }
  102. CAnnotTypes_CI::CAnnotTypes_CI(TAnnotType type,
  103.                                const CSeq_annot_Handle& annot,
  104.                                const SAnnotSelector& params)
  105.     : m_DataCollector(new CAnnot_Collector(params, annot.GetScope()))
  106. {
  107.     m_DataCollector->GetSelector()
  108.         .CheckAnnotType(type)
  109.         .SetResolveNone() // nothing to resolve
  110.         .SetLimitSeqAnnot(annot);
  111.     m_DataCollector->x_Initialize();
  112.     Rewind();
  113. }
  116. CAnnotTypes_CI::CAnnotTypes_CI(TAnnotType type,
  117.                                const CSeq_entry_Handle& entry)
  118.     : m_DataCollector(new CAnnot_Collector(SAnnotSelector(type),
  119.                                               entry.GetScope()))
  120. {
  121.     m_DataCollector->GetSelector()
  122.         .SetResolveNone() // nothing to resolve
  123.         .SetSortOrder(SAnnotSelector::eSortOrder_None)
  124.         .SetLimitSeqEntry(entry);
  125.     m_DataCollector->x_Initialize();
  126.     Rewind();
  127. }
  130. CAnnotTypes_CI::CAnnotTypes_CI(TAnnotType type,
  131.                                const CSeq_entry_Handle& entry,
  132.                                const SAnnotSelector& params)
  133.     : m_DataCollector(new CAnnot_Collector(params, entry.GetScope()))
  134. {
  135.     m_DataCollector->GetSelector()
  136.         .CheckAnnotType(type)
  137.         .SetResolveNone() // nothing to resolve
  138.         .SetSortOrder(SAnnotSelector::eSortOrder_None)
  139.         .SetLimitSeqEntry(entry);
  140.     m_DataCollector->x_Initialize();
  141.     Rewind();
  142. }
  145. CAnnotTypes_CI::CAnnotTypes_CI(TAnnotType type,
  146.                                CScope& scope,
  147.                                const CSeq_loc& loc,
  148.                                //const SAnnotSelector& selector,
  149.                                SAnnotSelector::EOverlapType overlap_type,
  150.                                SAnnotSelector::EResolveMethod resolve_method)
  151.     : m_DataCollector(new CAnnot_Collector(SAnnotSelector(), scope))
  152. {
  153.     m_DataCollector->GetSelector()
  154.         .CheckAnnotType(type)
  155.         .SetOverlapType(overlap_type)
  156.         .SetResolveMethod(resolve_method);
  157.     CHandleRangeMap master_loc;
  158.     master_loc.AddLocation(loc);
  159.     m_DataCollector->x_Initialize(master_loc);
  160.     Rewind();
  161. }
  164. CAnnotTypes_CI::CAnnotTypes_CI(TAnnotType type,
  165.                                const CBioseq_Handle& bioseq,
  166.                                TSeqPos start, TSeqPos stop,
  167.                                //const SAnnotSelector& selector,
  168.                                SAnnotSelector::EOverlapType overlap_type,
  169.                                SAnnotSelector::EResolveMethod resolve_method)
  170.     : m_DataCollector(new CAnnot_Collector(SAnnotSelector(),
  171.                                               bioseq.GetScope()))
  172. {
  173.     m_DataCollector->GetSelector()
  174.         .CheckAnnotType(type)
  175.         .SetOverlapType(overlap_type)
  176.         .SetResolveMethod(resolve_method);
  177.     m_DataCollector->x_Initialize(bioseq, start, stop);
  178.     Rewind();
  179. }
  182. CSeq_annot_Handle CAnnotTypes_CI::GetAnnot(void) const
  183. {
  184.     const CAnnotObject_Ref& ref = Get();
  185.     const CSeq_annot_Info* info;
  186.     if ( ref.GetObjectType() == ref.eType_Seq_annot_SNP_Info ) {
  187.         info = &ref.GetSeq_annot_SNP_Info().GetParentSeq_annot_Info();
  188.     }
  189.     else {
  190.         info = &ref.GetSeq_annot_Info();
  191.     }
  192.     return CSeq_annot_Handle(GetScope(), *info);
  193. }
  196. const CSeq_annot& CAnnotTypes_CI::GetSeq_annot(void) const
  197. {
  198.     ERR_POST_ONCE(Warning<<
  199.                   "CAnnotTypes_CI::GetSeq_annot() is deprecated, "
  200.                   "use GetAnnot()");
  201.     return *GetAnnot().GetCompleteSeq_annot();
  202. }
  205. CAnnotTypes_CI::~CAnnotTypes_CI(void)
  206. {
  207.     return;
  208. }
  211. END_SCOPE(objects)
  212. END_NCBI_SCOPE
  214. /*
  215. * ---------------------------------------------------------------------------
  216. * $Log: annot_types_ci.cpp,v $
  217. * Revision 1000.5  2004/06/01 19:22:48  gouriano
  218. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.121
  219. *
  220. * Revision 1.121  2004/05/21 21:42:12  gorelenk
  221. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  222. *
  223. * Revision 1.120  2004/04/05 15:56:14  grichenk
  224. * Redesigned CAnnotTypes_CI: moved all data and data collecting
  225. * functions to CAnnotDataCollector. CAnnotTypes_CI is no more
  226. * inherited from SAnnotSelector.
  227. *
  228. * Revision 1.119  2004/04/01 20:18:12  grichenk
  229. * Added initialization of m_MultiId member.
  230. *
  231. * Revision 1.118  2004/03/31 20:43:29  grichenk
  232. * Fixed mapping of seq-locs containing both master sequence
  233. * and its segments.
  234. *
  235. * Revision 1.117  2004/03/30 15:42:33  grichenk
  236. * Moved alignment mapper to separate file, added alignment mapping
  237. * to CSeq_loc_Mapper.
  238. *
  239. * Revision 1.116  2004/03/24 18:30:29  vasilche
  240. * Fixed edit API.
  241. * Every *_Info object has its own shallow copy of original object.
  242. *
  243. * Revision 1.115  2004/03/16 15:47:27  vasilche
  244. * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  245. *
  246. * Revision 1.114  2004/02/26 14:41:41  grichenk
  247. * Fixed types excluding in SAnnotSelector and multiple types search
  248. * in CAnnotTypes_CI.
  249. *
  250. * Revision 1.113  2004/02/19 19:25:08  vasilche
  251. * Hidded implementation of CAnnotObject_Ref.
  252. * Added necessary access methods.
  253. *
  254. * Revision 1.112  2004/02/09 14:48:37  vasilche
  255. * Got rid of performance warning on MSVC.
  256. *
  257. * Revision 1.111  2004/02/06 18:31:54  vasilche
  258. * Fixed annot sorting class - deal with different annot types (graph align feat).
  259. *
  260. * Revision 1.110  2004/02/05 19:53:40  grichenk
  261. * Fixed type matching in SAnnotSelector. Added IncludeAnnotType().
  262. *
  263. * Revision 1.109  2004/02/04 18:05:38  grichenk
  264. * Added annotation filtering by set of types/subtypes.
  265. * Renamed *Choice to *Type in SAnnotSelector.
  266. *
  267. * Revision 1.108  2004/01/30 15:25:45  grichenk
  268. * Fixed alignments mapping and sorting
  269. *
  270. * Revision 1.107  2004/01/28 20:54:36  vasilche
  271. * Fixed mapping of annotations.
  272. *
  273. * Revision 1.106  2004/01/26 17:50:55  vasilche
  274. * Do assert check only when object is non-null.
  275. *
  276. * Revision 1.105  2004/01/23 16:14:47  grichenk
  277. * Implemented alignment mapping
  278. *
  279. * Revision 1.104  2004/01/22 20:10:40  vasilche
  280. * 1. Splitted ID2 specs to two parts.
  281. * ID2 now specifies only protocol.
  282. * Specification of ID2 split data is moved to seqsplit ASN module.
  283. * For now they are still reside in one resulting library as before - libid2.
  284. * As the result split specific headers are now in objects/seqsplit.
  285. * 2. Moved ID2 and ID1 specific code out of object manager.
  286. * Protocol is processed by corresponding readers.
  287. * ID2 split parsing is processed by ncbi_xreader library - used by all readers.
  288. * 3. Updated OBJMGR_LIBS correspondingly.
  289. *
  290. * Revision 1.103  2003/11/26 17:55:56  vasilche
  291. * Implemented ID2 split in ID1 cache.
  292. * Fixed loading of splitted annotations.
  293. *
  294. * Revision 1.102  2003/11/13 19:12:53  grichenk
  295. * Added possibility to exclude TSEs from annotations request.
  296. *
  297. * Revision 1.101  2003/11/10 18:11:03  grichenk
  298. * Moved CSeq_loc_Conversion_Set to seq_loc_cvt
  299. *
  300. * Revision 1.100  2003/11/05 00:33:53  ucko
  301. * Un-inline CSeq_loc_Conversion_Set::Add due to use before definition.
  302. *
  303. * Revision 1.99  2003/11/04 21:10:01  grichenk
  304. * Optimized feature mapping through multiple segments.
  305. * Fixed problem with CAnnotTypes_CI not releasing scope
  306. * when exception is thrown from constructor.
  307. *
  308. * Revision 1.98  2003/11/04 16:21:37  grichenk
  309. * Updated CAnnotTypes_CI to map whole features instead of splitting
  310. * them by sequence segments.
  311. *
  312. * Revision 1.97  2003/10/28 14:46:29  vasilche
  313. * Fixed wrong _ASSERT().
  314. *
  315. * Revision 1.96  2003/10/27 20:07:10  vasilche
  316. * Started implementation of full annotations' mapping.
  317. *
  318. * Revision 1.95  2003/10/10 12:47:24  dicuccio
  319. * Fixed off-by-one error in x_Search() - allocate correct size for array
  320. *
  321. * Revision 1.94  2003/10/09 20:20:58  vasilche
  322. * Added possibility to include and exclude Seq-annot names to annot iterator.
  323. * Fixed adaptive search. It looked only on selected set of annot names before.
  324. *
  325. * Revision 1.93  2003/10/07 13:43:23  vasilche
  326. * Added proper handling of named Seq-annots.
  327. * Added feature search from named Seq-annots.
  328. * Added configurable adaptive annotation search (default: gene, cds, mrna).
  329. * Fixed selection of blobs for loading from GenBank.
  330. * Added debug checks to CSeq_id_Mapper for easier finding lost CSeq_id_Handles.
  331. * Fixed leaked split chunks annotation stubs.
  332. * Moved some classes definitions in separate *.cpp files.
  333. *
  334. * Revision 1.92  2003/09/30 16:22:02  vasilche
  335. * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  336. * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  337. * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  338. * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  339. * Optimized bioseq lookup in scope.
  340. * Reduced object allocations in annotation iterators.
  341. * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  342. * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  343. * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  344. * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  345. *
  346. * Revision 1.91  2003/09/16 14:21:47  grichenk
  347. * Added feature indexing and searching by subtype.
  348. *
  349. * Revision 1.90  2003/09/12 17:43:15  dicuccio
  350. * Replace _ASSERT() with handled check in x_Search() (again...)
  351. *
  352. * Revision 1.89  2003/09/12 16:57:52  dicuccio
  353. * Revert previous change
  354. *
  355. * Revision 1.88  2003/09/12 16:55:31  dicuccio
  356. * Temporarily disable assertion in CAnnotTypes_CI::x_Search()
  357. *
  358. * Revision 1.87  2003/09/12 15:50:10  grichenk
  359. * Updated adaptive-depth triggering
  360. *
  361. * Revision 1.86  2003/09/11 17:45:07  grichenk
  362. * Added adaptive-depth option to annot-iterators.
  363. *
  364. * Revision 1.85  2003/09/05 17:29:40  grichenk
  365. * Structurized Object Manager exceptions
  366. *
  367. * Revision 1.84  2003/09/03 19:59:01  grichenk
  368. * Initialize m_MappedIndex to 0
  369. *
  370. * Revision 1.83  2003/08/27 14:29:52  vasilche
  371. * Reduce object allocations in feature iterator.
  372. *
  373. * Revision 1.82  2003/08/22 14:58:57  grichenk
  374. * Added NoMapping flag (to be used by CAnnot_CI for faster fetching).
  375. * Added GetScope().
  376. *
  377. * Revision 1.81  2003/08/15 19:19:16  vasilche
  378. * Fixed memory leak in string packing hooks.
  379. * Fixed processing of 'partial' flag of features.
  380. * Allow table packing of non-point SNP.
  381. * Allow table packing of SNP with long alleles.
  382. *
  383. * Revision 1.80  2003/08/14 20:05:19  vasilche
  384. * Simple SNP features are stored as table internally.
  385. * They are recreated when needed using CFeat_CI.
  386. *
  387. * Revision 1.79  2003/08/04 17:03:01  grichenk
  388. * Added constructors to iterate all annotations from a
  389. * seq-entry or seq-annot.
  390. *
  391. * Revision 1.78  2003/07/29 15:55:16  vasilche
  392. * Catch exceptions when sorting features.
  393. *
  394. * Revision 1.77  2003/07/18 19:32:30  vasilche
  395. * Workaround for GCC 3.0.4 bug.
  396. *
  397. * Revision 1.76  2003/07/17 20:07:55  vasilche
  398. * Reduced memory usage by feature indexes.
  399. * SNP data is loaded separately through PUBSEQ_OS.
  400. * String compression for SNP data.
  401. *
  402. * Revision 1.75  2003/07/08 15:09:22  vasilche
  403. * Annotations iterator erroneously was resolving one level of segments
  404. * deeper than requested.
  405. *
  406. * Revision 1.74  2003/07/01 18:00:13  vasilche
  407. * Fixed unsigned/signed comparison.
  408. *
  409. * Revision 1.73  2003/06/25 20:56:30  grichenk
  410. * Added max number of annotations to annot-selector, updated demo.
  411. *
  412. * Revision 1.72  2003/06/24 14:25:18  vasilche
  413. * Removed obsolete CTSE_Guard class.
  414. * Used separate mutexes for bioseq and annot maps.
  415. *
  416. * Revision 1.71  2003/06/19 18:23:45  vasilche
  417. * Added several CXxx_ScopeInfo classes for CScope related information.
  418. * CBioseq_Handle now uses reference to CBioseq_ScopeInfo.
  419. * Some fine tuning of locking in CScope.
  420. *
  421. * Revision 1.70  2003/06/17 20:34:04  grichenk
  422. * Added flag to ignore sorting
  423. *
  424. * Revision 1.69  2003/06/13 17:22:54  grichenk
  425. * Protected against multi-ID seq-locs
  426. *
  427. * Revision 1.68  2003/06/02 16:06:37  dicuccio
  428. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  429. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  430. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  431. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  432. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  433. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  434. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  435. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  436. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  437. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  438. * replaces the three libmmdb? libs.
  439. *
  440. * Revision 1.67  2003/05/12 19:18:29  vasilche
  441. * Fixed locking of object manager classes in multi-threaded application.
  442. *
  443. * Revision 1.66  2003/04/29 19:51:13  vasilche
  444. * Fixed interaction of Data Loader garbage collector and TSE locking mechanism.
  445. * Made some typedefs more consistent.
  446. *
  447. * Revision 1.65  2003/04/28 15:00:46  vasilche
  448. * Workaround for ICC bug with dynamic_cast<>.
  449. *
  450. * Revision 1.64  2003/04/24 16:12:38  vasilche
  451. * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  452. * Removed excessive header dependencies.
  453. *
  454. * Revision 1.63  2003/03/31 21:48:29  grichenk
  455. * Added possibility to select feature subtype through SAnnotSelector.
  456. *
  457. * Revision 1.62  2003/03/27 19:40:11  vasilche
  458. * Implemented sorting in CGraph_CI.
  459. * Added Rewind() method to feature/graph/align iterators.
  460. *
  461. * Revision 1.61  2003/03/26 21:00:19  grichenk
  462. * Added seq-id -> tse with annotation cache to CScope
  463. *
  464. * Revision 1.60  2003/03/26 17:11:19  vasilche
  465. * Added reverse feature traversal.
  466. *
  467. * Revision 1.59  2003/03/21 19:22:51  grichenk
  468. * Redesigned TSE locking, replaced CTSE_Lock with CRef<CTSE_Info>.
  469. *
  470. * Revision 1.58  2003/03/20 20:36:06  vasilche
  471. * Fixed mapping of mix Seq-loc.
  472. *
  473. * Revision 1.57  2003/03/18 14:52:59  grichenk
  474. * Removed obsolete methods, replaced seq-id with seq-id handle
  475. * where possible. Added argument to limit annotations update to
  476. * a single seq-entry.
  477. *
  478. * Revision 1.56  2003/03/14 19:10:41  grichenk
  479. * + SAnnotSelector::EIdResolving; fixed operator=() for several classes
  480. *
  481. * Revision 1.55  2003/03/13 21:49:58  vasilche
  482. * Fixed mapping of Mix location.
  483. *
  484. * Revision 1.54  2003/03/11 20:42:53  grichenk
  485. * Skip unresolvable IDs and synonym
  486. *
  487. * Revision 1.53  2003/03/11 15:51:06  kuznets
  488. * iterate -> ITERATE
  489. *
  490. * Revision 1.52  2003/03/10 16:55:17  vasilche
  491. * Cleaned SAnnotSelector structure.
  492. * Added shortcut when features are limited to one TSE.
  493. *
  494. * Revision 1.51  2003/03/05 20:56:43  vasilche
  495. * SAnnotSelector now holds all parameters of annotation iterators.
  496. *
  497. * Revision 1.50  2003/03/03 20:32:24  vasilche
  498. * Use cached synonyms.
  499. *
  500. * Revision 1.49  2003/02/28 19:27:19  vasilche
  501. * Cleaned Seq_loc conversion class.
  502. *
  503. * Revision 1.48  2003/02/27 20:56:51  vasilche
  504. * Use one method for lookup on main sequence and segments.
  505. *
  506. * Revision 1.47  2003/02/27 16:29:27  vasilche
  507. * Fixed lost features from first segment.
  508. *
  509. * Revision 1.46  2003/02/27 14:35:32  vasilche
  510. * Splitted PopulateTSESet() by logically independent parts.
  511. *
  512. * Revision 1.45  2003/02/26 17:54:14  vasilche
  513. * Added cached total range of mapped location.
  514. *
  515. * Revision 1.44  2003/02/25 20:10:40  grichenk
  516. * Reverted to single total-range index for annotations
  517. *
  518. * Revision 1.43  2003/02/24 21:35:22  vasilche
  519. * Reduce checks in CAnnotObject_Ref comparison.
  520. * Fixed compilation errors on MS Windows.
  521. * Removed obsolete file src/objects/objmgr/annot_object.hpp.
  522. *
  523. * Revision 1.42  2003/02/24 18:57:22  vasilche
  524. * Make feature gathering in one linear pass using CSeqMap iterator.
  525. * Do not use feture index by sub locations.
  526. * Sort features at the end of gathering in one vector.
  527. * Extracted some internal structures and classes in separate header.
  528. * Delay creation of mapped features.
  529. *
  530. * Revision 1.41  2003/02/13 14:34:34  grichenk
  531. * Renamed CAnnotObject -> CAnnotObject_Info
  532. * + CSeq_annot_Info and CAnnotObject_Ref
  533. * Moved some members of CAnnotObject to CSeq_annot_Info
  534. * and CAnnotObject_Ref.
  535. * Added feat/align/graph to CAnnotObject_Info map
  536. * to CDataSource.
  537. *
  538. * Revision 1.40  2003/02/12 19:17:31  vasilche
  539. * Fixed GetInt() when CSeq_loc is Whole.
  540. *
  541. * Revision 1.39  2003/02/10 15:53:24  grichenk
  542. * Sort features by mapped location
  543. *
  544. * Revision 1.38  2003/02/06 22:31:02  vasilche
  545. * Use CSeq_feat::Compare().
  546. *
  547. * Revision 1.37  2003/02/05 17:59:16  dicuccio
  548. * Moved formerly private headers into include/objects/objmgr/impl
  549. *
  550. * Revision 1.36  2003/02/04 21:44:11  grichenk
  551. * Convert seq-loc instead of seq-annot to the master coordinates
  552. *
  553. * Revision 1.35  2003/01/29 22:03:46  grichenk
  554. * Use single static CSeq_id_Mapper instead of per-OM model.
  555. *
  556. * Revision 1.34  2003/01/29 17:45:02  vasilche
  557. * Annotaions index is split by annotation/feature type.
  558. *
  559. * Revision 1.33  2003/01/22 20:11:54  vasilche
  560. * Merged functionality of CSeqMapResolved_CI to CSeqMap_CI.
  561. * CSeqMap_CI now supports resolution and iteration over sequence range.
  562. * Added several caches to CScope.
  563. * Optimized CSeqVector().
  564. * Added serveral variants of CBioseqHandle::GetSeqVector().
  565. * Tried to optimize annotations iterator (not much success).
  566. * Rewritten CHandleRange and CHandleRangeMap classes to avoid sorting of list.
  567. *
  568. * Revision 1.32  2002/12/26 20:55:17  dicuccio
  569. * Moved seq_id_mapper.hpp, tse_info.hpp, and bioseq_info.hpp -> include/ tree
  570. *
  571. * Revision 1.31  2002/12/26 16:39:23  vasilche
  572. * Object manager class CSeqMap rewritten.
  573. *
  574. * Revision 1.30  2002/12/24 15:42:45  grichenk
  575. * CBioseqHandle argument to annotation iterators made const
  576. *
  577. * Revision 1.29  2002/12/19 20:15:28  grichenk
  578. * Fixed code formatting
  579. *
  580. * Revision 1.28  2002/12/06 15:36:00  grichenk
  581. * Added overlap type for annot-iterators
  582. *
  583. * Revision 1.27  2002/12/05 19:28:32  grichenk
  584. * Prohibited postfix operator ++()
  585. *
  586. * Revision 1.26  2002/11/04 21:29:11  grichenk
  587. * Fixed usage of const CRef<> and CRef<> constructor
  588. *
  589. * Revision 1.25  2002/10/08 18:57:30  grichenk
  590. * Added feature sorting to the iterator class.
  591. *
  592. * Revision 1.24  2002/07/08 20:51:01  grichenk
  593. * Moved log to the end of file
  594. * Replaced static mutex (in CScope, CDataSource) with the mutex
  595. * pool. Redesigned CDataSource data locking.
  596. *
  597. * Revision 1.23  2002/05/31 17:53:00  grichenk
  598. * Optimized for better performance (CTSE_Info uses atomic counter,
  599. * delayed annotations indexing, no location convertions in
  600. * CAnnot_Types_CI if no references resolution is required etc.)
  601. *
  602. * Revision 1.22  2002/05/24 14:58:55  grichenk
  603. * Fixed Empty() for unsigned intervals
  604. * SerialAssign<>() -> CSerialObject::Assign()
  605. * Improved performance for eResolve_None case
  606. *
  607. * Revision 1.21  2002/05/09 14:17:22  grichenk
  608. * Added unresolved references checking
  609. *
  610. * Revision 1.20  2002/05/06 03:28:46  vakatov
  611. * OM/OM1 renaming
  612. *
  613. * Revision 1.19  2002/05/03 21:28:08  ucko
  614. * Introduce T(Signed)SeqPos.
  615. *
  616. * Revision 1.18  2002/05/02 20:43:15  grichenk
  617. * Improved strand processing, throw -> THROW1_TRACE
  618. *
  619. * Revision 1.17  2002/04/30 14:30:44  grichenk
  620. * Added eResolve_TSE flag in CAnnot_Types_CI, made it default
  621. *
  622. * Revision 1.16  2002/04/23 15:18:33  grichenk
  623. * Fixed: missing features on segments and packed-int convertions
  624. *
  625. * Revision 1.15  2002/04/22 20:06:17  grichenk
  626. * Minor changes in private interface
  627. *
  628. * Revision 1.14  2002/04/17 21:11:59  grichenk
  629. * Fixed annotations loading
  630. * Set "partial" flag in features if necessary
  631. * Implemented most seq-loc types in reference resolving methods
  632. * Fixed searching for annotations within a signle TSE
  633. *
  634. * Revision 1.13  2002/04/12 19:32:20  grichenk
  635. * Removed temp. patch for SerialAssign<>()
  636. *
  637. * Revision 1.12  2002/04/11 12:07:29  grichenk
  638. * Redesigned CAnnotTypes_CI to resolve segmented sequences correctly.
  639. *
  640. * Revision 1.11  2002/04/05 21:26:19  grichenk
  641. * Enabled iteration over annotations defined on segments of a
  642. * delta-sequence.
  643. *
  644. * Revision 1.10  2002/03/07 21:25:33  grichenk
  645. * +GetSeq_annot() in annotation iterators
  646. *
  647. * Revision 1.9  2002/03/05 16:08:14  grichenk
  648. * Moved TSE-restriction to new constructors
  649. *
  650. * Revision 1.8  2002/03/04 15:07:48  grichenk
  651. * Added "bioseq" argument to CAnnotTypes_CI constructor to iterate
  652. * annotations from a single TSE.
  653. *
  654. * Revision 1.7  2002/02/21 19:27:05  grichenk
  655. * Rearranged includes. Added scope history. Added searching for the
  656. * best seq-id match in data sources and scopes. Updated tests.
  657. *
  658. * Revision 1.6  2002/02/15 20:35:38  gouriano
  659. * changed implementation of HandleRangeMap
  660. *
  661. * Revision 1.5  2002/02/07 21:27:35  grichenk
  662. * Redesigned CDataSource indexing: seq-id handle -> TSE -> seq/annot
  663. *
  664. * Revision 1.4  2002/01/23 21:59:31  grichenk
  665. * Redesigned seq-id handles and mapper
  666. *
  667. * Revision 1.3  2002/01/18 15:51:18  gouriano
  668. * *** empty log message ***
  669. *
  670. * Revision 1.2  2002/01/16 16:25:57  gouriano
  671. * restructured objmgr
  672. *
  673. * Revision 1.1  2002/01/11 19:06:17  gouriano
  674. * restructured objmgr
  675. *
  676. *
  677. * ===========================================================================
  678. */