align_ci.cpp
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上传日期:2007-06-13
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文件大小:8k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: align_ci.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:22:26  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.27
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: align_ci.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:22:26 gouriano Exp $
  10. * ===========================================================================
  11. *
  12. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13. *               National Center for Biotechnology Information
  14. *
  15. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21. *
  22. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28. *  purpose.
  29. *
  30. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31. *
  32. * ===========================================================================
  33. *
  34. * Author: Aleksey Grichenko, Eugene Vasilchenko
  35. *
  36. * File Description:
  37. *   Object manager iterators
  38. *
  39. */
  40. #include <ncbi_pch.hpp>
  41. #include <objmgr/align_ci.hpp>
  42. #include <objects/seqalign/Seq_align.hpp>
  43. #include <objmgr/impl/annot_object.hpp>
  44. #include <objmgr/impl/seq_loc_cvt.hpp>
  45. #include <objmgr/impl/seq_align_mapper.hpp>
  46. BEGIN_NCBI_SCOPE
  47. BEGIN_SCOPE(objects)
  48. CAlign_CI::CAlign_CI(CScope& scope,
  49.                      const CSeq_loc& loc,
  50.                      SAnnotSelector::EOverlapType overlap_type,
  51.                      SAnnotSelector::EResolveMethod resolve)
  52.     : CAnnotTypes_CI(CSeq_annot::C_Data::e_Align,
  53.                      scope, loc,
  54.                      overlap_type,
  55.                      resolve)
  56. {
  57. }
  58. CAlign_CI::CAlign_CI(const CBioseq_Handle& bioseq, TSeqPos start, TSeqPos stop,
  59.                      SAnnotSelector::EOverlapType overlap_type,
  60.                      SAnnotSelector::EResolveMethod resolve)
  61.     : CAnnotTypes_CI(CSeq_annot::C_Data::e_Align,
  62.                      bioseq, start, stop,
  63.                      overlap_type,
  64.                      resolve)
  65. {
  66. }
  67. CAlign_CI::~CAlign_CI(void)
  68. {
  69. }
  70. CAlign_CI& CAlign_CI::operator++ (void)
  71. {
  72.     Next();
  73.     m_MappedAlign.Reset();
  74.     return *this;
  75. }
  76. CAlign_CI& CAlign_CI::operator-- (void)
  77. {
  78.     Prev();
  79.     m_MappedAlign.Reset();
  80.     return *this;
  81. }
  82. const CSeq_align& CAlign_CI::operator* (void) const
  83. {
  84.     const CAnnotObject_Ref& annot = Get();
  85.     _ASSERT(annot.IsAlign());
  86.     if (!m_MappedAlign) {
  87.         if ( annot.IsMapped() ) {
  88.             m_MappedAlign.Reset(&annot.GetMappedSeq_align());
  89.         }
  90.         else {
  91.             m_MappedAlign.Reset(&annot.GetAlign());
  92.         }
  93.     }
  94.     return *m_MappedAlign;
  95. }
  96. const CSeq_align* CAlign_CI::operator-> (void) const
  97. {
  98.     const CAnnotObject_Ref& annot = Get();
  99.     _ASSERT(annot.IsAlign());
  100.     if (!m_MappedAlign) {
  101.         if ( annot.IsMapped() ) {
  102.             m_MappedAlign.Reset(&annot.GetMappedSeq_align());
  103.         }
  104.         else {
  105.             m_MappedAlign.Reset(&annot.GetAlign());
  106.         }
  107.     }
  108.     return m_MappedAlign.GetPointer();
  109. }
  110. const CSeq_align& CAlign_CI::GetOriginalSeq_align(void) const
  111. {
  112.     const CAnnotObject_Ref& annot = Get();
  113.     _ASSERT(annot.IsAlign());
  114.     return annot.GetAlign();
  115. }
  116. CSeq_align_Handle CAlign_CI::GetSeq_align_Handle(void) const
  117. {
  118.     return CSeq_align_Handle(GetScope(),
  119.         GetIterator()->GetSeq_annot_Info(),
  120.         GetIterator()->GetAnnotObjectIndex());
  121. }
  122. END_SCOPE(objects)
  123. END_NCBI_SCOPE
  124. /*
  125. * ---------------------------------------------------------------------------
  126. * $Log: align_ci.cpp,v $
  127. * Revision 1000.2  2004/06/01 19:22:26  gouriano
  128. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.27
  129. *
  130. * Revision 1.27  2004/05/26 14:29:20  grichenk
  131. * Redesigned CSeq_align_Mapper: preserve non-mapping intervals,
  132. * fixed strands handling, improved performance.
  133. *
  134. * Revision 1.26  2004/05/21 21:42:12  gorelenk
  135. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  136. *
  137. * Revision 1.25  2004/05/04 18:08:48  grichenk
  138. * Added CSeq_feat_Handle, CSeq_align_Handle and CSeq_graph_Handle
  139. *
  140. * Revision 1.24  2004/04/05 15:56:14  grichenk
  141. * Redesigned CAnnotTypes_CI: moved all data and data collecting
  142. * functions to CAnnotDataCollector. CAnnotTypes_CI is no more
  143. * inherited from SAnnotSelector.
  144. *
  145. * Revision 1.23  2004/03/30 15:42:33  grichenk
  146. * Moved alignment mapper to separate file, added alignment mapping
  147. * to CSeq_loc_Mapper.
  148. *
  149. * Revision 1.22  2004/03/16 15:47:27  vasilche
  150. * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  151. *
  152. * Revision 1.21  2004/01/29 15:44:46  vasilche
  153. * Fixed mapped align when it's not mapped.
  154. *
  155. * Revision 1.20  2004/01/28 20:54:35  vasilche
  156. * Fixed mapping of annotations.
  157. *
  158. * Revision 1.19  2004/01/23 16:14:47  grichenk
  159. * Implemented alignment mapping
  160. *
  161. * Revision 1.18  2003/08/14 20:05:19  vasilche
  162. * Simple SNP features are stored as table internally.
  163. * They are recreated when needed using CFeat_CI.
  164. *
  165. * Revision 1.17  2003/06/02 16:06:37  dicuccio
  166. * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  167. *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  168. *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  169. *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  170. *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  171. *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  172. *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  173. *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  174. *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  175. * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  176. * replaces the three libmmdb? libs.
  177. *
  178. * Revision 1.16  2003/04/24 16:12:38  vasilche
  179. * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  180. * Removed excessive header dependencies.
  181. *
  182. * Revision 1.15  2003/03/18 21:48:30  grichenk
  183. * Removed obsolete class CAnnot_CI
  184. *
  185. * Revision 1.14  2003/02/24 18:57:22  vasilche
  186. * Make feature gathering in one linear pass using CSeqMap iterator.
  187. * Do not use feture index by sub locations.
  188. * Sort features at the end of gathering in one vector.
  189. * Extracted some internal structures and classes in separate header.
  190. * Delay creation of mapped features.
  191. *
  192. * Revision 1.13  2003/02/13 14:34:34  grichenk
  193. * Renamed CAnnotObject -> CAnnotObject_Info
  194. * + CSeq_annot_Info and CAnnotObject_Ref
  195. * Moved some members of CAnnotObject to CSeq_annot_Info
  196. * and CAnnotObject_Ref.
  197. * Added feat/align/graph to CAnnotObject_Info map
  198. * to CDataSource.
  199. *
  200. * Revision 1.12  2002/12/24 15:42:45  grichenk
  201. * CBioseqHandle argument to annotation iterators made const
  202. *
  203. * Revision 1.11  2002/12/06 15:35:59  grichenk
  204. * Added overlap type for annot-iterators
  205. *
  206. * Revision 1.10  2002/11/04 21:29:11  grichenk
  207. * Fixed usage of const CRef<> and CRef<> constructor
  208. *
  209. * Revision 1.9  2002/07/08 20:51:00  grichenk
  210. * Moved log to the end of file
  211. * Replaced static mutex (in CScope, CDataSource) with the mutex
  212. * pool. Redesigned CDataSource data locking.
  213. *
  214. * Revision 1.8  2002/05/06 03:28:46  vakatov
  215. * OM/OM1 renaming
  216. *
  217. * Revision 1.7  2002/05/03 21:28:08  ucko
  218. * Introduce T(Signed)SeqPos.
  219. *
  220. * Revision 1.6  2002/04/05 21:26:19  grichenk
  221. * Enabled iteration over annotations defined on segments of a
  222. * delta-sequence.
  223. *
  224. * Revision 1.5  2002/03/05 16:08:13  grichenk
  225. * Moved TSE-restriction to new constructors
  226. *
  227. * Revision 1.4  2002/03/04 15:07:47  grichenk
  228. * Added "bioseq" argument to CAnnotTypes_CI constructor to iterate
  229. * annotations from a single TSE.
  230. *
  231. * Revision 1.3  2002/02/21 19:27:04  grichenk
  232. * Rearranged includes. Added scope history. Added searching for the
  233. * best seq-id match in data sources and scopes. Updated tests.
  234. *
  235. * Revision 1.2  2002/01/16 16:25:56  gouriano
  236. * restructured objmgr
  237. *
  238. * Revision 1.1  2002/01/11 19:06:15  gouriano
  239. * restructured objmgr
  240. *
  241. *
  242. * ===========================================================================
  243. */