开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
scope.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：22k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

scope.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: scope.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.5  2004/06/01 19:23:36  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.107
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: scope.cpp,v 1000.5 2004/06/01 19:23:36 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Authors:
  36. *           Andrei Gourianov
  37. *           Aleksey Grichenko
  38. *           Michael Kimelman
  39. *           Denis Vakatov
  40. *           Eugene Vasilchenko
  41. *
  42. * File Description:
  43. *           Scope is top-level object available to a client.
  44. *           Its purpose is to define a scope of visibility and reference
  45. *           resolution and provide access to the bio sequence data
  46. *
  47. */
  49. #include <ncbi_pch.hpp>
  50. #include <objmgr/scope.hpp>
  51. #include <objmgr/bioseq_handle.hpp>
  52. #include <objmgr/seq_entry_handle.hpp>
  53. #include <objmgr/seq_annot_handle.hpp>
  54. #include <objmgr/bioseq_set_handle.hpp>
  55. #include <objmgr/impl/scope_impl.hpp>
  56. #include <objmgr/impl/synonyms.hpp>
  58. BEGIN_NCBI_SCOPE
  59. BEGIN_SCOPE(objects)
  62. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  63. //
  64. // CScope
  65. //
  66. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  69. CScope::CScope(CObjectManager& objmgr)
  70. {
  71.     if ( CanBeDeleted() ) {
  72.         // this CScope object is allocated in heap
  73.         m_Impl.Reset(new CScope_Impl(objmgr));
  74.         m_Impl->m_HeapScope = this;
  75.     }
  76.     else {
  77.         // allocate heap CScope object
  78.         m_HeapScope.Reset(new CScope(objmgr));
  79.         _ASSERT(m_HeapScope->CanBeDeleted());
  80.         m_Impl = m_HeapScope->m_Impl;
  81.         _ASSERT(m_Impl);
  82.     }
  83. }
  86. CScope::~CScope(void)
  87. {
  88.     if ( bool(m_Impl) && m_Impl->m_HeapScope == this ) {
  89.         m_Impl->m_HeapScope = 0;
  90.     }
  91. }
  94. CBioseq_Handle CScope::GetBioseqHandle(const CSeq_id& id)
  95. {
  96.     return m_Impl->GetBioseqHandle(id, eGetBioseq_All);
  97. }
  100. CBioseq_Handle CScope::GetBioseqHandle(const CSeq_id_Handle& id)
  101. {
  102.     return m_Impl->GetBioseqHandle(id, eGetBioseq_All);
  103. }
  106. CBioseq_Handle CScope::GetBioseqHandle(const CSeq_loc& loc)
  107. {
  108.     return m_Impl->GetBioseqHandle(loc, eGetBioseq_All);
  109. }
  112. CBioseq_Handle CScope::GetBioseqHandle(const CBioseq& seq)
  113. {
  114.     //ERR_POST_ONCE(Warning<<"CScope::GetBioseqHandle(CBioseq&) is deprecated");
  115.     return m_Impl->GetBioseqHandle(seq);
  116. }
  119. CBioseq_Handle CScope::GetBioseqHandle(const CSeq_id& id,
  120.                                        EGetBioseqFlag get_flag)
  121. {
  122.     return m_Impl->GetBioseqHandle(id, get_flag);
  123. }
  126. CBioseq_Handle CScope::GetBioseqHandle(const CSeq_id_Handle& id,
  127.                                        EGetBioseqFlag get_flag)
  128. {
  129.     return m_Impl->GetBioseqHandle(id, get_flag);
  130. }
  133. CSeq_entry_Handle CScope::GetSeq_entryHandle(const CSeq_entry& entry)
  134. {
  135.     //ERR_POST_ONCE(Warning<<"CScope::GetSeq_entryHandle(CSeq_entry&) is deprecated.");
  136.     return m_Impl->GetSeq_entryHandle(entry);
  137. }
  140. CSeq_annot_Handle CScope::GetSeq_annotHandle(const CSeq_annot& annot)
  141. {
  142.     //ERR_POST_ONCE(Warning<<"CScope::GetSeq_annotHandle(CSeq_annot&) is deprecated.");
  143.     return m_Impl->GetSeq_annotHandle(annot);
  144. }
  147. CBioseq_Handle CScope::GetBioseqHandleFromTSE(const CSeq_id& id,
  148.                                               const CBioseq_Handle& bh)
  149. {
  150.     return m_Impl->GetBioseqHandleFromTSE(id, bh);
  151. }
  154. CBioseq_Handle CScope::GetBioseqHandleFromTSE(const CSeq_id& id,
  155.                                               const CSeq_entry_Handle& seh)
  156. {
  157.     return m_Impl->GetBioseqHandleFromTSE(id, seh);
  158. }
  161. CBioseq_Handle CScope::GetBioseqHandleFromTSE(const CSeq_id_Handle& id,
  162.                                               const CBioseq_Handle& bh)
  163. {
  164.     return m_Impl->GetBioseqHandleFromTSE(id, bh);
  165. }
  168. CBioseq_Handle CScope::GetBioseqHandleFromTSE(const CSeq_id_Handle& id,
  169.                                               const CSeq_entry_Handle& seh)
  170. {
  171.     return m_Impl->GetBioseqHandleFromTSE(id, seh);
  172. }
  175. void CScope::GetAllTSEs(TTSE_Handles& tses, enum ETSEKind kind)
  176. {
  177.     m_Impl->GetAllTSEs(tses, int(kind));
  178. }
  181. CBioseq_EditHandle CScope::GetEditHandle(const CBioseq_Handle& seq)
  182. {
  183.     return m_Impl->GetEditHandle(seq);
  184. }
  187. CSeq_entry_EditHandle CScope::GetEditHandle(const CSeq_entry_Handle& entry)
  188. {
  189.     return m_Impl->GetEditHandle(entry);
  190. }
  193. CSeq_annot_EditHandle CScope::GetEditHandle(const CSeq_annot_Handle& annot)
  194. {
  195.     return m_Impl->GetEditHandle(annot);
  196. }
  199. CBioseq_set_EditHandle CScope::GetEditHandle(const CBioseq_set_Handle& seqset)
  200. {
  201.     return m_Impl->GetEditHandle(seqset);
  202. }
  205. void CScope::ResetHistory(void)
  206. {
  207.     m_Impl->ResetHistory();
  208. }
  211. CConstRef<CSynonymsSet> CScope::GetSynonyms(const CSeq_id& id)
  212. {
  213.     return m_Impl->GetSynonyms(id);
  214. }
  217. CConstRef<CSynonymsSet> CScope::GetSynonyms(const CSeq_id_Handle& id)
  218. {
  219.     return m_Impl->GetSynonyms(id);
  220. }
  223. CConstRef<CSynonymsSet> CScope::GetSynonyms(const CBioseq_Handle& bh)
  224. {
  225.     return m_Impl->GetSynonyms(bh);
  226. }
  229. void CScope::AddDefaults(TPriority priority)
  230. {
  231.     m_Impl->AddDefaults(priority);
  232. }
  235. void CScope::AddDataLoader(const string& loader_name, TPriority priority)
  236. {
  237.     m_Impl->AddDataLoader(loader_name, priority);
  238. }
  241. void CScope::AddScope(CScope& scope, TPriority priority)
  242. {
  243.     m_Impl->AddScope(*scope.m_Impl, priority);
  244. }
  247. CSeq_entry_Handle CScope::AddTopLevelSeqEntry(CSeq_entry& top_entry,
  248.                                               TPriority priority)
  249. {
  250.     return m_Impl->AddTopLevelSeqEntry(top_entry, priority);
  251. }
  254. CBioseq_Handle CScope::AddBioseq(CBioseq& bioseq, TPriority priority)
  255. {
  256.     return m_Impl->AddBioseq(bioseq, priority);
  257. }
  260. CBioseq_Handle CScope::GetBioseqHandleFromTSE(const CSeq_id& id,
  261.                                               const CSeq_entry& tse)
  262. {
  263.     //ERR_POST_ONCE(Warning<<"GetBioseqHandleFromTSE(CSeq_entry) is deprecated: use handles.");
  264.     return GetBioseqHandleFromTSE(id, GetSeq_entryHandle(tse));
  265. }
  268. CBioseq_Handle CScope::GetBioseqHandleFromTSE(const CSeq_id_Handle& id,
  269.                                               const CSeq_entry& tse)
  270. {
  271.     //ERR_POST_ONCE(Warning<<"GetBioseqHandleFromTSE(CSeq_entry) is deprecated: use handles.");
  272.     return GetBioseqHandleFromTSE(id, GetSeq_entryHandle(tse));
  273. }
  276. void CScope::AttachEntry(CSeq_entry& parent, CSeq_entry& entry)
  277. {
  278.     //ERR_POST_ONCE(Warning<<"CScope::AttachEntry() is deprecated: use class CSeq_entry_EditHandle.");
  279.     GetSeq_entryHandle(parent).GetSet().GetEditHandle().AttachEntry(entry);
  280. }
  283. void CScope::RemoveEntry(CSeq_entry& entry)
  284. {
  285.     //ERR_POST_ONCE(Warning<<"CScope::RemoveEntry() is deprecated: use class CSeq_entry_EditHandle.");
  286.     GetSeq_entryHandle(entry).GetEditHandle().Remove();
  287. }
  290. void CScope::AttachAnnot(CSeq_entry& parent, CSeq_annot& annot)
  291. {
  292.     //ERR_POST_ONCE(Warning<<"CScope::AttachAnnot() is deprecated: use class CSeq_annot_EditHandle.");
  293.     GetSeq_entryHandle(parent).GetEditHandle().AttachAnnot(annot);
  294. }
  297. void CScope::RemoveAnnot(CSeq_entry& parent, CSeq_annot& annot)
  298. {
  299.     //ERR_POST_ONCE(Warning<<"CScope::RemoveAnnot() is deprecated: use class CSeq_annot_EditHandle.");
  300.     CSeq_entry_EditHandle eh = GetSeq_entryHandle(parent).GetEditHandle();
  301.     CSeq_annot_EditHandle ah = GetSeq_annotHandle(annot).GetEditHandle();
  302.     if ( ah.GetParentEntry() != eh ) {
  303.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eModifyDataError,
  304.                    "CScope::RemoveAnnot: parent doesn't contain annot");
  305.     }
  306.     ah.Remove();
  307. }
  310. void CScope::ReplaceAnnot(CSeq_entry& parent,
  311.                           CSeq_annot& old_annot, CSeq_annot& new_annot)
  312. {
  313.     //ERR_POST_ONCE(Warning<<"CScope::RemoveAnnot() is deprecated: use class CSeq_annot_EditHandle.");
  314.     CSeq_entry_EditHandle eh = GetSeq_entryHandle(parent).GetEditHandle();
  315.     CSeq_annot_EditHandle ah = GetSeq_annotHandle(old_annot).GetEditHandle();
  316.     if ( ah.GetParentEntry() != eh ) {
  317.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eModifyDataError,
  318.                    "CScope::ReplaceAnnot: parent doesn't contain old_annot");
  319.     }
  320.     ah.Remove();
  321.     eh.AttachAnnot(new_annot);
  322. }
  325. END_SCOPE(objects)
  326. END_NCBI_SCOPE
  328. /*
  329. * ---------------------------------------------------------------------------
  330. * $Log: scope.cpp,v $
  331. * Revision 1000.5  2004/06/01 19:23:36  gouriano
  332. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.107
  333. *
  334. * Revision 1.107  2004/05/21 21:42:12  gorelenk
  335. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  336. *
  337. * Revision 1.106  2004/04/13 15:59:35  grichenk
  338. * Added CScope::GetBioseqHandle() with id resolving flag.
  339. *
  340. * Revision 1.105  2004/04/12 18:40:24  grichenk
  341. * Added GetAllTSEs()
  342. *
  343. * Revision 1.104  2004/03/24 18:30:30  vasilche
  344. * Fixed edit API.
  345. * Every *_Info object has its own shallow copy of original object.
  346. *
  347. * Revision 1.103  2004/03/16 21:01:32  vasilche
  348. * Added methods to move Bioseq withing Seq-entry
  349. *
  350. * Revision 1.102  2004/03/16 15:47:28  vasilche
  351. * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  352. *
  353. * Revision 1.101  2004/02/19 17:23:01  vasilche
  354. * Changed order of deletion of heap scope and scope impl objects.
  355. * Reduce number of calls to x_ResetHistory().
  356. *
  357. * Revision 1.100  2004/02/10 21:15:16  grichenk
  358. * Added reverse ID matching.
  359. *
  360. * Revision 1.99  2004/02/09 14:42:46  vasilche
  361. * Temporary fix in GetSynonyms() to get accession without version.
  362. *
  363. * Revision 1.98  2004/02/02 14:46:43  vasilche
  364. * Several performance fixed - do not iterate whole tse set in CDataSource.
  365. *
  366. * Revision 1.97  2004/01/29 20:33:28  vasilche
  367. * Do not resolve any Seq-ids in CScope::GetSynonyms() -
  368. * assume all not resolved Seq-id as synonym.
  369. * Seq-id conflict messages made clearer.
  370. *
  371. * Revision 1.96  2004/01/28 20:50:49  vasilche
  372. * Fixed NULL pointer exception in GetSynonyms() when matching Seq-id w/o version.
  373. *
  374. * Revision 1.95  2004/01/07 20:42:01  grichenk
  375. * Fixed matching of accession to accession.version
  376. *
  377. * Revision 1.94  2003/12/18 16:38:07  grichenk
  378. * Added CScope::RemoveEntry()
  379. *
  380. * Revision 1.93  2003/12/12 16:59:51  grichenk
  381. * Fixed conflicts resolving (ask data source).
  382. *
  383. * Revision 1.92  2003/12/03 20:55:12  grichenk
  384. * Check value returned by x_GetBioseq_Info()
  385. *
  386. * Revision 1.91  2003/11/21 20:33:03  grichenk
  387. * Added GetBioseqHandleFromTSE(CSeq_id, CSeq_entry)
  388. *
  389. * Revision 1.90  2003/11/19 22:18:03  grichenk
  390. * All exceptions are now CException-derived. Catch "exception" rather
  391. * than "runtime_error".
  392. *
  393. * Revision 1.89  2003/11/12 15:49:39  vasilche
  394. * Added loading annotations on non gi Seq-id.
  395. *
  396. * Revision 1.88  2003/10/23 13:47:27  vasilche
  397. * Check CSeq_id_Handle for null in CScope::GetBioseqHandle().
  398. *
  399. * Revision 1.87  2003/10/22 14:08:15  vasilche
  400. * Detach all CBbioseq_Handle objects from scope in CScope::ResetHistory().
  401. *
  402. * Revision 1.86  2003/10/22 13:54:36  vasilche
  403. * All CScope::GetBioseqHandle() methods return 'null' CBioseq_Handle object
  404. * instead of throwing an exception.
  405. *
  406. * Revision 1.85  2003/10/20 18:23:54  vasilche
  407. * Make CScope::GetSynonyms() to skip conflicting ids.
  408. *
  409. * Revision 1.84  2003/10/09 13:58:21  vasilche
  410. * Fixed conflict when the same datasource appears twice with equal priorities.
  411. *
  412. * Revision 1.83  2003/10/07 13:43:23  vasilche
  413. * Added proper handling of named Seq-annots.
  414. * Added feature search from named Seq-annots.
  415. * Added configurable adaptive annotation search (default: gene, cds, mrna).
  416. * Fixed selection of blobs for loading from GenBank.
  417. * Added debug checks to CSeq_id_Mapper for easier finding lost CSeq_id_Handles.
  418. * Fixed leaked split chunks annotation stubs.
  419. * Moved some classes definitions in separate *.cpp files.
  420. *
  421. * Revision 1.82  2003/09/30 16:22:03  vasilche
  422. * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  423. * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  424. * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  425. * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  426. * Optimized bioseq lookup in scope.
  427. * Reduced object allocations in annotation iterators.
  428. * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  429. * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  430. * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  431. * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  432. *
  433. * Revision 1.81  2003/09/05 20:50:26  grichenk
  434. * +AddBioseq(CBioseq&)
  435. *
  436. * Revision 1.80  2003/09/05 17:29:40  grichenk
  437. * Structurized Object Manager exceptions
  438. *
  439. * Revision 1.79  2003/09/03 20:00:02  grichenk
  440. * Added sequence filtering by level (mains/parts/all)
  441. *
  442. * Revision 1.78  2003/08/04 17:03:01  grichenk
  443. * Added constructors to iterate all annotations from a
  444. * seq-entry or seq-annot.
  445. *
  446. * Revision 1.77  2003/07/25 15:25:25  grichenk
  447. * Added CSeq_annot_CI class
  448. *
  449. * Revision 1.76  2003/07/17 20:07:56  vasilche
  450. * Reduced memory usage by feature indexes.
  451. * SNP data is loaded separately through PUBSEQ_OS.
  452. * String compression for SNP data.
  453. *
  454. * Revision 1.75  2003/07/14 21:13:59  grichenk
  455. * Added seq-loc dump in GetBioseqHandle(CSeqLoc)
  456. *
  457. * Revision 1.74  2003/06/30 18:42:10  vasilche
  458. * CPriority_I made to use less memory allocations/deallocations.
  459. *
  460. * Revision 1.73  2003/06/24 14:25:18  vasilche
  461. * Removed obsolete CTSE_Guard class.
  462. * Used separate mutexes for bioseq and annot maps.
  463. *
  464. * Revision 1.72  2003/06/19 18:23:46  vasilche
  465. * Added several CXxx_ScopeInfo classes for CScope related information.
  466. * CBioseq_Handle now uses reference to CBioseq_ScopeInfo.
  467. * Some fine tuning of locking in CScope.
  468. *
  469. * Revision 1.69  2003/05/27 19:44:06  grichenk
  470. * Added CSeqVector_CI class
  471. *
  472. * Revision 1.68  2003/05/20 15:44:37  vasilche
  473. * Fixed interaction of CDataSource and CDataLoader in multithreaded app.
  474. * Fixed some warnings on WorkShop.
  475. * Added workaround for memory leak on WorkShop.
  476. *
  477. * Revision 1.67  2003/05/14 18:39:28  grichenk
  478. * Simplified TSE caching and filtering in CScope, removed
  479. * some obsolete members and functions.
  480. *
  481. * Revision 1.66  2003/05/13 18:33:01  vasilche
  482. * Fixed CScope::GetTSESetWithAnnots() conflict resolution.
  483. *
  484. * Revision 1.65  2003/05/12 19:18:29  vasilche
  485. * Fixed locking of object manager classes in multi-threaded application.
  486. *
  487. * Revision 1.64  2003/05/09 20:28:03  grichenk
  488. * Changed warnings to info
  489. *
  490. * Revision 1.63  2003/05/06 18:54:09  grichenk
  491. * Moved TSE filtering from CDataSource to CScope, changed
  492. * some filtering rules (e.g. priority is now more important
  493. * than scope history). Added more caches to CScope.
  494. *
  495. * Revision 1.62  2003/04/29 19:51:13  vasilche
  496. * Fixed interaction of Data Loader garbage collector and TSE locking mechanism.
  497. * Made some typedefs more consistent.
  498. *
  499. * Revision 1.61  2003/04/24 16:12:38  vasilche
  500. * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  501. * Removed excessive header dependencies.
  502. *
  503. * Revision 1.60  2003/04/15 14:21:52  vasilche
  504. * Removed unnecessary assignment.
  505. *
  506. * Revision 1.59  2003/04/14 21:32:18  grichenk
  507. * Avoid passing CScope as an argument to CDataSource methods
  508. *
  509. * Revision 1.58  2003/04/09 16:04:32  grichenk
  510. * SDataSourceRec replaced with CPriorityNode
  511. * Added CScope::AddScope(scope, priority) to allow scope nesting
  512. *
  513. * Revision 1.57  2003/04/03 14:18:09  vasilche
  514. * Added public GetSynonyms() method.
  515. *
  516. * Revision 1.56  2003/03/26 21:00:19  grichenk
  517. * Added seq-id -> tse with annotation cache to CScope
  518. *
  519. * Revision 1.55  2003/03/24 21:26:45  grichenk
  520. * Added support for CTSE_CI
  521. *
  522. * Revision 1.54  2003/03/21 19:22:51  grichenk
  523. * Redesigned TSE locking, replaced CTSE_Lock with CRef<CTSE_Info>.
  524. *
  525. * Revision 1.53  2003/03/19 21:55:50  grichenk
  526. * Avoid re-mapping TSEs in x_AddToHistory() if already indexed
  527. *
  528. * Revision 1.52  2003/03/18 14:52:59  grichenk
  529. * Removed obsolete methods, replaced seq-id with seq-id handle
  530. * where possible. Added argument to limit annotations update to
  531. * a single seq-entry.
  532. *
  533. * Revision 1.51  2003/03/12 20:09:34  grichenk
  534. * Redistributed members between CBioseq_Handle, CBioseq_Info and CTSE_Info
  535. *
  536. * Revision 1.50  2003/03/11 15:51:06  kuznets
  537. * iterate -> ITERATE
  538. *
  539. * Revision 1.49  2003/03/11 14:15:52  grichenk
  540. * +Data-source priority
  541. *
  542. * Revision 1.48  2003/03/10 16:55:17  vasilche
  543. * Cleaned SAnnotSelector structure.
  544. * Added shortcut when features are limited to one TSE.
  545. *
  546. * Revision 1.47  2003/03/05 20:55:29  vasilche
  547. * Added cache cleaning in CScope::ResetHistory().
  548. *
  549. * Revision 1.46  2003/03/03 20:32:47  vasilche
  550. * Removed obsolete method GetSynonyms().
  551. *
  552. * Revision 1.45  2003/02/28 21:54:18  grichenk
  553. * +CSynonymsSet::empty(), removed _ASSERT() in CScope::GetSynonyms()
  554. *
  555. * Revision 1.44  2003/02/28 20:02:37  grichenk
  556. * Added synonyms cache and x_GetSynonyms()
  557. *
  558. * Revision 1.43  2003/02/27 14:35:31  vasilche
  559. * Splitted PopulateTSESet() by logically independent parts.
  560. *
  561. * Revision 1.42  2003/02/24 18:57:22  vasilche
  562. * Make feature gathering in one linear pass using CSeqMap iterator.
  563. * Do not use feture index by sub locations.
  564. * Sort features at the end of gathering in one vector.
  565. * Extracted some internal structures and classes in separate header.
  566. * Delay creation of mapped features.
  567. *
  568. * Revision 1.41  2003/02/05 17:59:17  dicuccio
  569. * Moved formerly private headers into include/objects/objmgr/impl
  570. *
  571. * Revision 1.40  2003/01/29 22:03:46  grichenk
  572. * Use single static CSeq_id_Mapper instead of per-OM model.
  573. *
  574. * Revision 1.39  2003/01/22 20:11:54  vasilche
  575. * Merged functionality of CSeqMapResolved_CI to CSeqMap_CI.
  576. * CSeqMap_CI now supports resolution and iteration over sequence range.
  577. * Added several caches to CScope.
  578. * Optimized CSeqVector().
  579. * Added serveral variants of CBioseqHandle::GetSeqVector().
  580. * Tried to optimize annotations iterator (not much success).
  581. * Rewritten CHandleRange and CHandleRangeMap classes to avoid sorting of list.
  582. *
  583. * Revision 1.38  2002/12/26 20:55:18  dicuccio
  584. * Moved seq_id_mapper.hpp, tse_info.hpp, and bioseq_info.hpp -> include/ tree
  585. *
  586. * Revision 1.37  2002/12/26 16:39:24  vasilche
  587. * Object manager class CSeqMap rewritten.
  588. *
  589. * Revision 1.36  2002/11/08 22:15:51  grichenk
  590. * Added methods for removing/replacing annotations
  591. *
  592. * Revision 1.35  2002/11/08 19:43:35  grichenk
  593. * CConstRef<> constructor made explicit
  594. *
  595. * Revision 1.34  2002/11/04 21:29:12  grichenk
  596. * Fixed usage of const CRef<> and CRef<> constructor
  597. *
  598. * Revision 1.33  2002/11/01 05:34:32  kans
  599. * added GetBioseqHandle taking CBioseq parameter
  600. *
  601. * Revision 1.32  2002/10/31 22:25:42  kans
  602. * added GetBioseqHandle taking CSeq_loc parameter
  603. *
  604. * Revision 1.31  2002/10/18 19:12:40  grichenk
  605. * Removed mutex pools, converted most static mutexes to non-static.
  606. * Protected CSeqMap::x_Resolve() with mutex. Modified code to prevent
  607. * dead-locks.
  608. *
  609. * Revision 1.30  2002/10/16 20:44:29  ucko
  610. * *** empty log message ***
  611. *
  612. * Revision 1.29  2002/10/02 17:58:23  grichenk
  613. * Added sequence type filter to CBioseq_CI
  614. *
  615. * Revision 1.28  2002/09/30 20:01:19  grichenk
  616. * Added methods to support CBioseq_CI
  617. *
  618. * Revision 1.27  2002/08/09 14:59:00  ucko
  619. * Restrict template <> to MIPSpro for now, as it also leads to link
  620. * errors with Compaq's compiler.  (Sigh.)
  621. *
  622. * Revision 1.26  2002/08/08 19:51:24  ucko
  623. * Omit EMPTY_TEMPLATE for GCC and KCC, as it evidently leads to link errors(!)
  624. *
  625. * Revision 1.25  2002/08/08 14:28:00  ucko
  626. * Add EMPTY_TEMPLATE to explicit instantiations.
  627. *
  628. * Revision 1.24  2002/08/07 18:21:57  ucko
  629. * Explicitly instantiate CMutexPool_Base<CScope>::sm_Pool
  630. *
  631. * Revision 1.23  2002/07/08 20:51:02  grichenk
  632. * Moved log to the end of file
  633. * Replaced static mutex (in CScope, CDataSource) with the mutex
  634. * pool. Redesigned CDataSource data locking.
  635. *
  636. * Revision 1.22  2002/06/04 17:18:33  kimelman
  637. * memory cleanup :  new/delete/Cref rearrangements
  638. *
  639. * Revision 1.21  2002/05/28 18:00:43  gouriano
  640. * DebugDump added
  641. *
  642. * Revision 1.20  2002/05/14 20:06:26  grichenk
  643. * Improved CTSE_Info locking by CDataSource and CDataLoader
  644. *
  645. * Revision 1.19  2002/05/06 03:28:47  vakatov
  646. * OM/OM1 renaming
  647. *
  648. * Revision 1.18  2002/04/22 20:04:39  grichenk
  649. * Fixed TSE dropping, removed commented code
  650. *
  651. * Revision 1.17  2002/04/17 21:09:40  grichenk
  652. * Fixed annotations loading
  653. *
  654. * Revision 1.16  2002/03/28 14:02:31  grichenk
  655. * Added scope history checks to CDataSource::x_FindBestTSE()
  656. *
  657. * Revision 1.15  2002/03/27 18:45:44  gouriano
  658. * three functions made public
  659. *
  660. * Revision 1.14  2002/03/20 21:20:39  grichenk
  661. * +CScope::ResetHistory()
  662. *
  663. * Revision 1.13  2002/02/28 20:53:32  grichenk
  664. * Implemented attaching segmented sequence data. Fixed minor bugs.
  665. *
  666. * Revision 1.12  2002/02/25 21:05:29  grichenk
  667. * Removed seq-data references caching. Increased MT-safety. Fixed typos.
  668. *
  669. * Revision 1.11  2002/02/21 19:27:06  grichenk
  670. * Rearranged includes. Added scope history. Added searching for the
  671. * best seq-id match in data sources and scopes. Updated tests.
  672. *
  673. * Revision 1.10  2002/02/07 21:27:35  grichenk
  674. * Redesigned CDataSource indexing: seq-id handle -> TSE -> seq/annot
  675. *
  676. * Revision 1.9  2002/02/06 21:46:11  gouriano
  677. * *** empty log message ***
  678. *
  679. * Revision 1.8  2002/02/05 21:46:28  gouriano
  680. * added FindSeqid function, minor tuneup in CSeq_id_mapper
  681. *
  682. * Revision 1.7  2002/01/29 17:45:34  grichenk
  683. * Removed debug output
  684. *
  685. * Revision 1.6  2002/01/28 19:44:49  gouriano
  686. * changed the interface of BioseqHandle: two functions moved from Scope
  687. *
  688. * Revision 1.5  2002/01/23 21:59:31  grichenk
  689. * Redesigned seq-id handles and mapper
  690. *
  691. * Revision 1.4  2002/01/18 17:06:29  gouriano
  692. * renamed CScope::GetSequence to CScope::GetSeqVector
  693. *
  694. * Revision 1.3  2002/01/18 15:54:14  gouriano
  695. * changed DropTopLevelSeqEntry()
  696. *
  697. * Revision 1.2  2002/01/16 16:25:57  gouriano
  698. * restructured objmgr
  699. *
  700. * Revision 1.1  2002/01/11 19:06:22  gouriano
  701. * restructured objmgr
  702. *
  703. *
  704. * ===========================================================================
  705. */