开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
seq_entry_info.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：16k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

seq_entry_info.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seq_entry_info.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/06/01 19:24:00  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.15
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: seq_entry_info.cpp,v 1000.3 2004/06/01 19:24:00 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author: Eugene Vasilchenko
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   CSeq_entry_Info info -- entry for data source information about Seq-entry
  39. *
  40. */
  43. #include <ncbi_pch.hpp>
  44. #include <objmgr/impl/seq_entry_info.hpp>
  45. #include <objmgr/impl/tse_info.hpp>
  46. #include <objmgr/impl/seq_annot_info.hpp>
  47. #include <objmgr/impl/bioseq_info.hpp>
  48. #include <objmgr/impl/bioseq_set_info.hpp>
  49. #include <objmgr/impl/data_source.hpp>
  50. #include <objmgr/objmgr_exception.hpp>
  52. #include <objects/general/Object_id.hpp>
  53. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  54. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  55. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  56. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  57. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  59. BEGIN_NCBI_SCOPE
  60. BEGIN_SCOPE(objects)
  63. CSeq_entry_Info::CSeq_entry_Info(void)
  64.     : m_Which(CSeq_entry::e_not_set)
  65. {
  66. }
  69. CSeq_entry_Info::CSeq_entry_Info(CSeq_entry& entry)
  70.     : m_Which(CSeq_entry::e_not_set)
  71. {
  72.     x_SetObject(entry);
  73. }
  76. CSeq_entry_Info::CSeq_entry_Info(const CSeq_entry_Info& info)
  77.     : m_Which(CSeq_entry::e_not_set)
  78. {
  79.     x_SetObject(info);
  80. }
  83. CSeq_entry_Info::~CSeq_entry_Info(void)
  84. {
  85. }
  88. const CBioseq_set_Info& CSeq_entry_Info::GetParentBioseq_set_Info(void) const
  89. {
  90.     return static_cast<const CBioseq_set_Info&>(GetBaseParent_Info());
  91. }
  94. CBioseq_set_Info& CSeq_entry_Info::GetParentBioseq_set_Info(void)
  95. {
  96.     return static_cast<CBioseq_set_Info&>(GetBaseParent_Info());
  97. }
  100. const CSeq_entry_Info& CSeq_entry_Info::GetParentSeq_entry_Info(void) const
  101. {
  102.     return GetParentBioseq_set_Info().GetParentSeq_entry_Info();
  103. }
  106. CSeq_entry_Info& CSeq_entry_Info::GetParentSeq_entry_Info(void)
  107. {
  108.     return GetParentBioseq_set_Info().GetParentSeq_entry_Info();
  109. }
  112. void CSeq_entry_Info::x_CheckWhich(E_Choice which) const
  113. {
  114.     if ( Which() != which ) {
  115.         NCBI_THROW(CUnassignedMember,eGet,
  116.                    which == CSeq_entry::e_Set?
  117.                    "Seq_entry.set": "Seq_entry.seq");
  118.     }
  119. }
  122. const CBioseq_Info& CSeq_entry_Info::GetSeq(void) const
  123. {
  124.     x_CheckWhich(CSeq_entry::e_Seq);
  125.     const CBioseq_Base_Info& base = *m_Contents;
  126.     return dynamic_cast<const CBioseq_Info&>(base);
  127. }
  130. CBioseq_Info& CSeq_entry_Info::SetSeq(void)
  131. {
  132.     x_CheckWhich(CSeq_entry::e_Seq);
  133.     CBioseq_Base_Info& base = *m_Contents;
  134.     return dynamic_cast<CBioseq_Info&>(base);
  135. }
  138. const CBioseq_set_Info& CSeq_entry_Info::GetSet(void) const
  139. {
  140.     x_CheckWhich(CSeq_entry::e_Set);
  141.     const CBioseq_Base_Info& base = *m_Contents;
  142.     return dynamic_cast<const CBioseq_set_Info&>(base);
  143. }
  146. CBioseq_set_Info& CSeq_entry_Info::SetSet(void)
  147. {
  148.     x_CheckWhich(CSeq_entry::e_Set);
  149.     CBioseq_Base_Info& base = *m_Contents;
  150.     return dynamic_cast<CBioseq_set_Info&>(base);
  151. }
  154. void CSeq_entry_Info::x_Select(CSeq_entry::E_Choice which,
  155.                                CRef<CBioseq_Base_Info> contents)
  156. {
  157.     if ( Which() != which || m_Contents != contents ) {
  158.         if ( m_Contents ) {
  159.             x_DetachContents();
  160.             m_Contents.Reset();
  161.         }
  162.         m_Which = which;
  163.         m_Contents = contents;
  164.         switch ( m_Which ) {
  165.         case CSeq_entry::e_Seq:
  166.             x_AttachObjectVariant(SetSeq().x_GetObject());
  167.             break;
  168.         case CSeq_entry::e_Set:
  169.             x_AttachObjectVariant(SetSet().x_GetObject());
  170.             break;
  171.         default:
  172.             x_DetachObjectVariant();
  173.             break;
  174.         }
  175.         x_AttachContents();
  176.     }
  177. }
  180. inline
  181. void CSeq_entry_Info::x_Select(CSeq_entry::E_Choice which,
  182.                                CBioseq_Base_Info* contents)
  183. {
  184.     x_Select(which, Ref(contents));
  185. }
  188. void CSeq_entry_Info::Reset(void)
  189. {
  190.     x_Select(CSeq_entry::e_not_set, 0);
  191. }
  194. CBioseq_set_Info& CSeq_entry_Info::SelectSet(CBioseq_set_Info& seqset)
  195. {
  196.     if ( Which() != CSeq_entry::e_not_set ) {
  197.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eModifyDataError,
  198.                    "Reset CSeq_entry_Handle before selecting set");
  199.     }
  200.     x_Select(CSeq_entry::e_Set, &seqset);
  201.     return SetSet();
  202. }
  205. CBioseq_set_Info& CSeq_entry_Info::SelectSet(CBioseq_set& seqset)
  206. {
  207.     return SelectSet(*new CBioseq_set_Info(seqset));
  208. }
  211. CBioseq_set_Info& CSeq_entry_Info::SelectSet(void)
  212. {
  213.     if ( !IsSet() ) {
  214.         SelectSet(*new CBioseq_set);
  215.     }
  216.     return SetSet();
  217. }
  220. CBioseq_Info& CSeq_entry_Info::SelectSeq(CBioseq_Info& seq)
  221. {
  222.     if ( Which() != CSeq_entry::e_not_set ) {
  223.         NCBI_THROW(CObjMgrException, eModifyDataError,
  224.                    "Reset CSeq_entry_Handle before selecting seq");
  225.     }
  226.     x_Select(CSeq_entry::e_Seq, &seq);
  227.     return SetSeq();
  228. }
  231. CBioseq_Info& CSeq_entry_Info::SelectSeq(CBioseq& seq)
  232. {
  233.     return SelectSeq(*new CBioseq_Info(seq));
  234. }
  237. void CSeq_entry_Info::x_DoUpdateObject(void)
  238. {
  239.     if ( m_Contents ) {
  240.         m_Contents->x_UpdateObject();
  241.         _ASSERT(!m_Contents->x_NeedUpdateObject());
  242.         _ASSERT(!IsSet() ||
  243.                 GetSet().GetBioseq_setCore() == &m_Object->GetSet());
  244.         _ASSERT(!IsSeq() ||
  245.                 GetSeq().GetBioseqCore() == &m_Object->GetSeq());
  246.     }
  247. }
  250. CConstRef<CSeq_entry> CSeq_entry_Info::GetCompleteSeq_entry(void) const
  251. {
  252.     return GetSeq_entryCore();
  253. }
  256. CConstRef<CSeq_entry> CSeq_entry_Info::GetSeq_entryCore(void) const
  257. {
  258.     x_UpdateObject();
  259.     _ASSERT(!x_NeedUpdateObject());
  260.     return m_Object;
  261. }
  264. void CSeq_entry_Info::x_ParentAttach(CBioseq_set_Info& parent)
  265. {
  266.     x_BaseParentAttach(parent);
  267.     if ( parent.HasParent_Info() ) {
  268.         CSeq_entry& entry = parent.GetParentSeq_entry_Info().x_GetObject();
  269.         if ( m_Object->GetParentEntry() != &entry ) {
  270.             entry.ParentizeOneLevel();
  271.         }
  272.         _ASSERT(m_Object->GetParentEntry() == &entry);
  273.     }
  274. }
  277. void CSeq_entry_Info::x_ParentDetach(CBioseq_set_Info& parent)
  278. {
  279.     m_Object->ResetParentEntry();
  280.     x_BaseParentDetach(parent);
  281. }
  284. void CSeq_entry_Info::x_TSEAttachContents(CTSE_Info& tse)
  285. {
  286.     TParent::x_TSEAttachContents(tse);
  287.     if ( m_Contents ) {
  288.         m_Contents->x_TSEAttach(tse);
  289.     }
  290. }
  293. void CSeq_entry_Info::x_TSEDetachContents(CTSE_Info& tse)
  294. {
  295.     if ( m_Contents ) {
  296.         m_Contents->x_TSEDetach(tse);
  297.     }
  298.     TParent::x_TSEDetachContents(tse);
  299. }
  302. void CSeq_entry_Info::x_DSAttachContents(CDataSource& ds)
  303. {
  304.     TParent::x_DSAttachContents(ds);
  305.     x_DSMapObject(m_Object, ds);
  306.     if ( m_Contents ) {
  307.         m_Contents->x_DSAttach(ds);
  308.     }
  309. }
  312. void CSeq_entry_Info::x_DSDetachContents(CDataSource& ds)
  313. {
  314.     if ( m_Contents ) {
  315.         m_Contents->x_DSDetach(ds);
  316.     }
  317.     x_DSUnmapObject(m_Object, ds);
  318.     TParent::x_DSDetachContents(ds);
  319. }
  322. void CSeq_entry_Info::x_DSMapObject(CConstRef<TObject> obj, CDataSource& ds)
  323. {
  324.     ds.x_Map(obj, this);
  325. }
  328. void CSeq_entry_Info::x_DSUnmapObject(CConstRef<TObject> obj, CDataSource& ds)
  329. {
  330.     ds.x_Unmap(obj, this);
  331. }
  334. void CSeq_entry_Info::x_SetObject(TObject& obj)
  335. {
  336.     x_CheckWhich(CSeq_entry::e_not_set);
  337.     _ASSERT(!m_Object);
  338.     _ASSERT(!m_Contents);
  340.     m_Object.Reset(&obj);
  341.     switch ( (m_Which = obj.Which()) ) {
  342.     case CSeq_entry::e_Seq:
  343.         m_Contents.Reset(new CBioseq_Info(obj.SetSeq()));
  344.         break;
  345.     case CSeq_entry::e_Set:
  346.         m_Contents.Reset(new CBioseq_set_Info(obj.SetSet()));
  347.         break;
  348.     default:
  349.         break;
  350.     }
  351.     x_AttachContents();
  352. }
  355. void CSeq_entry_Info::x_SetObject(const CSeq_entry_Info& info)
  356. {
  357.     x_CheckWhich(CSeq_entry::e_not_set);
  358.     _ASSERT(!m_Object);
  359.     _ASSERT(!m_Contents);
  361.     m_Which = info.m_Which;
  362.     m_Object.Reset(new CSeq_entry);
  363.     switch ( m_Which ) {
  364.     case CSeq_entry::e_Seq:
  365.     {
  366.         CRef<CBioseq_Info> seq(new CBioseq_Info(info.GetSeq()));
  367.         m_Contents.Reset(seq);
  368.         x_AttachObjectVariant(seq->x_GetObject());
  369.         break;
  370.     }
  371.     case CSeq_entry::e_Set:
  372.     {
  373.         CRef<CBioseq_set_Info> seqset(new CBioseq_set_Info(info.GetSet()));
  374.         m_Contents.Reset(seqset);
  375.         x_AttachObjectVariant(seqset->x_GetObject());
  376.         break;
  377.     }
  378.     default:
  379.         break;
  380.     }
  381.     x_AttachContents();
  382. }
  385. void CSeq_entry_Info::x_DetachObjectVariant(void)
  386. {
  387.     m_Object->Reset();
  388. }
  391. void CSeq_entry_Info::x_AttachObjectVariant(CBioseq_set& seqset)
  392. {
  393.     x_DetachObjectVariant();
  394.     m_Object->SetSet(seqset);
  395. }
  398. void CSeq_entry_Info::x_AttachObjectVariant(CBioseq& seq)
  399. {
  400.     x_DetachObjectVariant();
  401.     m_Object->SetSeq(seq);
  402. }
  404. /*
  405. CRef<CSeq_entry> CSeq_entry_Info::x_CreateObject(void) const
  406. {        
  407.     CRef<TObject> obj(new TObject);
  408.     switch ( Which() ) {
  409.     case CSeq_entry::e_Set:
  410.         obj->SetSet(const_cast<CBioseq_set&>
  411.                     (*GetSet().GetCompleteBioseq_set()));
  412.         break;
  413.     case CSeq_entry::e_Seq:
  414.         obj->SetSeq(const_cast<CBioseq&>
  415.                     (*GetSeq().GetCompleteBioseq()));
  416.         break;
  417.     default:
  418.         break;
  419.     }
  420.     return obj;
  421. }
  422. */
  425. void CSeq_entry_Info::x_AttachContents(void)
  426. {
  427.     if ( m_Contents ) {
  428.         m_Contents->x_ParentAttach(*this);
  429.         x_AttachObject(*m_Contents);
  430.     }
  431. }
  434. void CSeq_entry_Info::x_DetachContents(void)
  435. {
  436.     if ( m_Contents ) {
  437.         x_DetachObject(*m_Contents);
  438.         m_Contents->x_ParentDetach(*this);
  439.     }
  440. }
  443. void CSeq_entry_Info::UpdateAnnotIndex(void) const
  444. {
  445.     if ( x_DirtyAnnotIndex() ) {
  446.         GetTSE_Info().UpdateAnnotIndex(*this);
  447.         _ASSERT(!x_DirtyAnnotIndex());
  448.     }
  449. }
  452. void CSeq_entry_Info::x_UpdateAnnotIndexContents(CTSE_Info& tse)
  453. {
  454.     m_Contents->x_UpdateAnnotIndex(tse);
  455.     TParent::x_UpdateAnnotIndexContents(tse);
  456. }
  459. bool CSeq_entry_Info::IsSetDescr(void) const
  460. {
  461.     return bool(m_Contents) && m_Contents->IsSetDescr();
  462. }
  465. const CSeq_descr& CSeq_entry_Info::GetDescr(void) const
  466. {
  467.     return m_Contents->GetDescr();
  468. }
  471. void CSeq_entry_Info::SetDescr(TDescr& v)
  472. {
  473.     m_Contents->SetDescr(v);
  474. }
  477. void CSeq_entry_Info::ResetDescr(void)
  478. {
  479.     m_Contents->ResetDescr();
  480. }
  483. bool CSeq_entry_Info::AddSeqdesc(CSeqdesc& d)
  484. {
  485.     return m_Contents->AddSeqdesc(d);
  486. }
  489. bool CSeq_entry_Info::RemoveSeqdesc(const CSeqdesc& d)
  490. {
  491.     return m_Contents->RemoveSeqdesc(d);
  492. }
  495. void CSeq_entry_Info::AddDescr(CSeq_entry_Info& src)
  496. {
  497.     if ( src.IsSetDescr() ) {
  498.         m_Contents->AddSeq_descr(src.m_Contents->x_SetDescr());
  499.     }
  500. }
  503. CRef<CSeq_annot_Info> CSeq_entry_Info::AddAnnot(const CSeq_annot& annot)
  504. {
  505.     return m_Contents->AddAnnot(annot);
  506. }
  509. void CSeq_entry_Info::AddAnnot(CRef<CSeq_annot_Info> annot)
  510. {
  511.     m_Contents->AddAnnot(annot);
  512. }
  515. void CSeq_entry_Info::RemoveAnnot(CRef<CSeq_annot_Info> annot)
  516. {
  517.     m_Contents->RemoveAnnot(annot);
  518. }
  521. CRef<CSeq_entry_Info> CSeq_entry_Info::AddEntry(CSeq_entry& entry,
  522.                                                   int index)
  523. {
  524.     x_CheckWhich(CSeq_entry::e_Set);
  525.     return SetSet().AddEntry(entry, index);
  526. }
  529. void CSeq_entry_Info::AddEntry(CRef<CSeq_entry_Info> entry, int index)
  530. {
  531.     x_CheckWhich(CSeq_entry::e_Set);
  532.     SetSet().AddEntry(entry, index);
  533. }
  536. void CSeq_entry_Info::RemoveEntry(CRef<CSeq_entry_Info> entry)
  537. {
  538.     x_CheckWhich(CSeq_entry::e_Set);
  539.     SetSet().RemoveEntry(entry);
  540. }
  543. END_SCOPE(objects)
  544. END_NCBI_SCOPE
  546. /*
  547.  * ===========================================================================
  548.  * $Log: seq_entry_info.cpp,v $
  549.  * Revision 1000.3  2004/06/01 19:24:00  gouriano
  550.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.15
  551.  *
  552.  * Revision 1.15  2004/05/21 21:42:13  gorelenk
  553.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  554.  *
  555.  * Revision 1.14  2004/03/31 17:08:07  vasilche
  556.  * Implemented ConvertSeqToSet and ConvertSetToSeq.
  557.  *
  558.  * Revision 1.13  2004/03/25 19:27:44  vasilche
  559.  * Implemented MoveTo and CopyTo methods of handles.
  560.  *
  561.  * Revision 1.12  2004/03/24 18:30:30  vasilche
  562.  * Fixed edit API.
  563.  * Every *_Info object has its own shallow copy of original object.
  564.  *
  565.  * Revision 1.11  2004/03/16 15:47:28  vasilche
  566.  * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  567.  *
  568.  * Revision 1.10  2004/02/03 19:02:18  vasilche
  569.  * Fixed broken 'dirty annot index' state after RemoveEntry().
  570.  *
  571.  * Revision 1.9  2004/02/02 14:46:44  vasilche
  572.  * Several performance fixed - do not iterate whole tse set in CDataSource.
  573.  *
  574.  * Revision 1.8  2004/01/29 19:33:07  vasilche
  575.  * Fixed coredump on WorkShop when invalid Seq-entry is added to CScope.
  576.  *
  577.  * Revision 1.7  2004/01/22 20:10:40  vasilche
  578.  * 1. Splitted ID2 specs to two parts.
  579.  * ID2 now specifies only protocol.
  580.  * Specification of ID2 split data is moved to seqsplit ASN module.
  581.  * For now they are still reside in one resulting library as before - libid2.
  582.  * As the result split specific headers are now in objects/seqsplit.
  583.  * 2. Moved ID2 and ID1 specific code out of object manager.
  584.  * Protocol is processed by corresponding readers.
  585.  * ID2 split parsing is processed by ncbi_xreader library - used by all readers.
  586.  * 3. Updated OBJMGR_LIBS correspondingly.
  587.  *
  588.  * Revision 1.6  2003/12/18 16:38:07  grichenk
  589.  * Added CScope::RemoveEntry()
  590.  *
  591.  * Revision 1.5  2003/12/11 17:02:50  grichenk
  592.  * Fixed CRef resetting in constructors.
  593.  *
  594.  * Revision 1.4  2003/11/19 22:18:03  grichenk
  595.  * All exceptions are now CException-derived. Catch "exception" rather
  596.  * than "runtime_error".
  597.  *
  598.  * Revision 1.3  2003/09/30 16:22:03  vasilche
  599.  * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  600.  * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  601.  * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  602.  * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  603.  * Optimized bioseq lookup in scope.
  604.  * Reduced object allocations in annotation iterators.
  605.  * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  606.  * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  607.  * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  608.  * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  609.  *
  610.  * Revision 1.2  2003/06/02 16:06:38  dicuccio
  611.  * Rearranged src/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  612.  *     - src/objects/asn2asn --> arc/app/asn2asn
  613.  *     - src/objects/testmedline --> src/objects/ncbimime/test
  614.  *     - src/objects/objmgr --> src/objmgr
  615.  *     - src/objects/util --> src/objmgr/util
  616.  *     - src/objects/alnmgr --> src/objtools/alnmgr
  617.  *     - src/objects/flat --> src/objtools/flat
  618.  *     - src/objects/validator --> src/objtools/validator
  619.  *     - src/objects/cddalignview --> src/objtools/cddalignview
  620.  * In addition, libseq now includes six of the objects/seq... libs, and libmmdb
  621.  * replaces the three libmmdb? libs.
  622.  *
  623.  * Revision 1.1  2003/04/24 16:12:38  vasilche
  624.  * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  625.  * Removed excessive header dependencies.
  626.  *
  627.  *
  628.  * ===========================================================================
  629.  */