开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
id_range.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：10k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

id_range.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: id_range.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:25:01  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.6
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: id_range.cpp,v 1000.2 2004/06/01 19:25:01 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author:  Eugene Vasilchenko
  36. *
  37. * File Description:
  38. *   Utility class for collecting ranges of sequences
  39. *
  40. * ===========================================================================
  41. */
  43. #include <ncbi_pch.hpp>
  44. #include <objmgr/split/id_range.hpp>
  46. #include <objects/seqloc/seqloc__.hpp>
  47. #include <objects/seqfeat/Seq_feat.hpp>
  48. #include <objects/seqalign/Seq_align.hpp>
  49. #include <objects/seqalign/Std_seg.hpp>
  50. #include <objects/seqalign/Seq_align_set.hpp>
  51. #include <objects/seqalign/Dense_diag.hpp>
  52. #include <objects/seqalign/Dense_seg.hpp>
  53. #include <objects/seqalign/Packed_seg.hpp>
  54. #include <objects/seqres/Seq_graph.hpp>
  56. BEGIN_NCBI_SCOPE
  57. BEGIN_SCOPE(objects)
  60. void COneSeqRange::Add(const COneSeqRange& range)
  61. {
  62.     Add(range.GetTotalRange());
  63. }
  66. void COneSeqRange::Add(const TRange& range)
  67. {
  68.     m_TotalRange += range;
  69. }
  72. void COneSeqRange::Add(TSeqPos start, TSeqPos stop_exclusive)
  73. {
  74.     Add(COpenRange<TSeqPos>(start, stop_exclusive));
  75. }
  78. CSeqsRange::CSeqsRange(void)
  79. {
  80. }
  83. CSeqsRange::~CSeqsRange(void)
  84. {
  85. }
  88. CNcbiOstream& CSeqsRange::Print(CNcbiOstream& out) const
  89. {
  90.     ITERATE ( TRanges, it, m_Ranges ) {
  91.         if ( it != m_Ranges.begin() ) {
  92.             out << ',';
  93.         }
  94.         TRange range = it->second.GetTotalRange();
  95.         out << it->first.AsString();
  96.         if ( range != TRange::GetWhole() ) {
  97.             out << "(" << range.GetFrom() << "-" << range.GetTo() << ")";
  98.         }
  99.     }
  100.     return out;
  101. }
  104. CSeq_id_Handle CSeqsRange::GetSingleId(void) const
  105. {
  106.     CSeq_id_Handle ret;
  107.     if ( m_Ranges.size() == 1 ) {
  108.         ret = m_Ranges.begin()->first;
  109.     }
  110.     return ret;
  111. }
  114. void CSeqsRange::Add(const CSeq_id_Handle& id, const COneSeqRange& loc)
  115. {
  116.     m_Ranges[id].Add(loc);
  117. }
  120. void CSeqsRange::Add(const CSeqsRange& range)
  121. {
  122.     ITERATE ( CSeqsRange, it, range ) {
  123.         m_Ranges[it->first].Add(it->second);
  124.     }
  125. }
  128. void CSeqsRange::Add(const CSeq_loc& loc)
  129. {
  130.     switch ( loc.Which() ) {
  131.     case CSeq_loc::e_Whole:
  132.         Add(loc.GetWhole());
  133.         break;
  134.     case CSeq_loc::e_Int:
  135.         Add(loc.GetInt());
  136.         break;
  137.     case CSeq_loc::e_Pnt:
  138.         Add(loc.GetPnt());
  139.         break;
  140.     case CSeq_loc::e_Packed_int:
  141.         ITERATE( CPacked_seqint::Tdata, ii, loc.GetPacked_int().Get() ) {
  142.             Add(**ii);
  143.         }
  144.         break;
  145.     case CSeq_loc::e_Packed_pnt:
  146.         Add(loc.GetPacked_pnt());
  147.         break;
  148.     case CSeq_loc::e_Mix:
  149.         // extract sub-locations
  150.         ITERATE ( CSeq_loc_mix::Tdata, li, loc.GetMix().Get() ) {
  151.             Add(**li);
  152.         }
  153.         break;
  154.     case CSeq_loc::e_Equiv:
  155.         // extract sub-locations
  156.         ITERATE ( CSeq_loc_equiv::Tdata, li, loc.GetEquiv().Get() ) {
  157.             Add(**li);
  158.         }
  159.         break;
  160.     case CSeq_loc::e_Bond:
  161.         Add(loc.GetBond().GetA());
  162.         if ( loc.GetBond().IsSetB() ) {
  163.             Add(loc.GetBond().GetB());
  164.         }
  165.         break;
  166.     }
  167. }
  170. void CSeqsRange::Add(const CSeq_id& id)
  171. {
  172.     CSeq_id_Handle idh = CSeq_id_Handle::GetHandle(id);
  173.     m_Ranges[idh].Add(TRange::GetWhole());
  174. }
  177. void CSeqsRange::Add(const CSeq_point& p)
  178. {
  179.     CSeq_id_Handle idh = CSeq_id_Handle::GetHandle(p.GetId());
  180.     m_Ranges[idh].Add(p.GetPoint(), p.GetPoint()+1);
  181. }
  184. void CSeqsRange::Add(const CSeq_interval& i)
  185. {
  186.     CSeq_id_Handle idh = CSeq_id_Handle::GetHandle(i.GetId());
  187.     m_Ranges[idh].Add(i.GetFrom(), i.GetTo()+1);
  188. }
  191. void CSeqsRange::Add(const CPacked_seqpnt& pp)
  192. {
  193.     CSeq_id_Handle idh = CSeq_id_Handle::GetHandle(pp.GetId());
  194.     COneSeqRange& range = m_Ranges[idh];
  195.     ITERATE ( CPacked_seqpnt::TPoints, pi, pp.GetPoints() ) {
  196.         range.Add(*pi, *pi+1);
  197.     }
  198. }
  201. void CSeqsRange::Add(const CSeq_feat& obj)
  202. {
  203.     Add(obj.GetLocation());
  204.     if ( obj.IsSetProduct() ) {
  205.         Add(obj.GetProduct());
  206.     }
  207. }
  210. void CSeqsRange::Add(const CSeq_align& obj)
  211. {
  212.     const CSeq_align::C_Segs& segs = obj.GetSegs();
  213.     switch ( segs.Which() ) {
  214.     case CSeq_align::C_Segs::e_Dendiag:
  215.         ITERATE ( CSeq_align::C_Segs::TDendiag, it, segs.GetDendiag() ) {
  216.             Add(**it);
  217.         }
  218.         break;
  219.     case CSeq_align::C_Segs::e_Denseg:
  220.         Add(segs.GetDenseg());
  221.         break;
  222.     case CSeq_align::C_Segs::e_Std:
  223.         ITERATE ( CSeq_align::C_Segs::TStd, it, segs.GetStd() ) {
  224.             ITERATE ( CStd_seg::TLoc, it_loc, (*it)->GetLoc() ) {
  225.                 Add(**it_loc);
  226.             }
  227.         }
  228.         break;
  229.     case CSeq_align::C_Segs::e_Packed:
  230.         Add(segs.GetPacked());
  231.         break;
  232.     case CSeq_align::C_Segs::e_Disc:
  233.         ITERATE ( CSeq_align_set::Tdata, it, segs.GetDisc().Get() ) {
  234.             Add(**it);
  235.         }
  236.         break;
  237.     }
  238. }
  241. void CSeqsRange::Add(const CDense_seg& denseg)
  242. {
  243.     size_t dim    = denseg.GetDim();
  244.     size_t numseg = denseg.GetNumseg();
  245.     // claimed dimension may not be accurate :-/
  246.     if ( numseg != denseg.GetLens().size() ) {
  247.         ERR_POST(Warning << "Invalid 'lens' size in denseg");
  248.         numseg = min(numseg, denseg.GetLens().size());
  249.     }
  250.     if ( dim != denseg.GetIds().size() ) {
  251.         ERR_POST(Warning << "Invalid 'ids' size in denseg");
  252.         dim = min(dim, denseg.GetIds().size());
  253.     }
  254.     if ( dim*numseg != denseg.GetStarts().size() ) {
  255.         ERR_POST(Warning << "Invalid 'starts' size in denseg");
  256.         dim = min(dim*numseg, denseg.GetStarts().size()) / numseg;
  257.     }
  258.     CDense_seg::TStarts::const_iterator it_start = denseg.GetStarts().begin();
  259.     CDense_seg::TLens::const_iterator it_len = denseg.GetLens().begin();
  260.     for ( size_t seg = 0;  seg < numseg;  seg++, ++it_len) {
  261.         CDense_seg::TIds::const_iterator it_id = denseg.GetIds().begin();
  262.         for ( size_t seq = 0;  seq < dim;  seq++, ++it_start, ++it_id) {
  263.             if ( *it_start >= 0 ) {
  264.                 CSeq_id_Handle idh = CSeq_id_Handle::GetHandle(**it_id);
  265.                 m_Ranges[idh].Add(*it_start, *it_start + *it_len);
  266.             }
  267.         }
  268.     }
  269. }
  272. void CSeqsRange::Add(const CDense_diag& diag)
  273. {
  274.     size_t dim = diag.GetDim();
  275.     if ( dim != diag.GetIds().size() ) {
  276.         ERR_POST(Warning << "Invalid 'ids' size in dendiag");
  277.         dim = min(dim, diag.GetIds().size());
  278.     }
  279.     if ( dim != diag.GetStarts().size() ) {
  280.         ERR_POST(Warning << "Invalid 'starts' size in dendiag");
  281.         dim = min(dim, diag.GetStarts().size());
  282.     }
  283.     TSeqPos len = diag.GetLen();
  284.     CDense_diag::TStarts::const_iterator it_start = diag.GetStarts().begin();
  285.     ITERATE ( CDense_diag::TIds, it_id, diag.GetIds() ) {
  286.         CSeq_id_Handle idh = CSeq_id_Handle::GetHandle(**it_id);
  287.         m_Ranges[idh].Add(*it_start, *it_start + len);
  288.         ++it_start;
  289.     }
  290. }
  293. void CSeqsRange::Add(const CPacked_seg& packed)
  294. {
  295.     size_t dim    = packed.GetDim();
  296.     size_t numseg = packed.GetNumseg();
  297.     // claimed dimension may not be accurate :-/
  298.     if ( dim * numseg > packed.GetStarts().size() ) {
  299.         dim = packed.GetStarts().size() / numseg;
  300.     }
  301.     if ( dim * numseg > packed.GetPresent().size() ) {
  302.         dim = packed.GetPresent().size() / numseg;
  303.     }
  304.     if ( dim > packed.GetLens().size() ) {
  305.         dim = packed.GetLens().size();
  306.     }
  307.     CPacked_seg::TStarts::const_iterator it_start = packed.GetStarts().begin();
  308.     CPacked_seg::TLens::const_iterator it_len = packed.GetLens().begin();
  309.     CPacked_seg::TPresent::const_iterator it_pres= packed.GetPresent().begin();
  310.     for ( size_t seg = 0;  seg < numseg;  seg++, ++it_len ) {
  311.         CPacked_seg::TIds::const_iterator it_id = packed.GetIds().begin();
  312.         for ( size_t seq = 0;  seq < dim;  seq++, ++it_pres) {
  313.             if ( *it_pres ) {
  314.                 CSeq_id_Handle idh = CSeq_id_Handle::GetHandle(**it_id);
  315.                 m_Ranges[idh].Add(*it_start, *it_start + *it_len);
  316.                 ++it_id;
  317.                 ++it_start;
  318.             }
  319.         }
  320.     }
  321. }
  324. void CSeqsRange::Add(const CSeq_graph& obj)
  325. {
  326.     Add(obj.GetLoc());
  327. }
  330. END_SCOPE(objects)
  331. END_NCBI_SCOPE
  333. /*
  334. * ---------------------------------------------------------------------------
  335. * $Log: id_range.cpp,v $
  336. * Revision 1000.2  2004/06/01 19:25:01  gouriano
  337. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.6
  338. *
  339. * Revision 1.6  2004/05/21 21:42:14  gorelenk
  340. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  341. *
  342. * Revision 1.5  2004/01/07 17:36:27  vasilche
  343. * Moved id2_split headers to include/objmgr/split.
  344. * Fixed include path to genbank.
  345. *
  346. * Revision 1.4  2003/12/01 18:37:10  vasilche
  347. * Separate different annotation types in split info to reduce memory usage.
  348. *
  349. * Revision 1.3  2003/11/26 23:04:59  vasilche
  350. * Removed extra semicolons after BEGIN_SCOPE and END_SCOPE.
  351. *
  352. * Revision 1.2  2003/11/26 17:56:02  vasilche
  353. * Implemented ID2 split in ID1 cache.
  354. * Fixed loading of splitted annotations.
  355. *
  356. * Revision 1.1  2003/11/12 16:18:30  vasilche
  357. * First implementation of ID2 blob splitter withing cache.
  358. *
  359. * ===========================================================================
  360. */