生物技术

开发平台：
C/C++

regexp_loc.cpp：源码内容
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 * PRODUCTION $Log: regexp_loc.cpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 18:10:48  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
 * PRODUCTION
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 */
/*  $Id: regexp_loc.cpp,v 1000.1 2004/06/01 18:10:48 gouriano Exp $
* ===========================================================================
*
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
*               National Center for Biotechnology Information
*
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*  purpose.
*
*  Please cite the author in any work or product based on this material.
*
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*
* Author: Clifford Clausen
*
* File Description: Functions for creating CSeq_locs from CRegexps
*
* ===========================================================================*/
#include <ncbi_pch.hpp>
#include <algo/sequence/regexp_loc.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
USING_SCOPE(objects);
CRegexp_loc::CRegexp_loc (const string &pat, CRegexp::TCompile flags)
    : m_regexp(new CRegexp(pat, flags))
{
}
CRegexp_loc::~CRegexp_loc()
{
}
void CRegexp_loc::Set(const string &pat, CRegexp::TCompile flags)
{
    m_regexp->Set(pat, flags);
}
TSeqPos CRegexp_loc::GetLoc
(const char *seq,
 CSeq_loc *loc,
 TSeqPos offset,
 CRegexp::TMatch flags)
{
    // Reset loc to type CPacked_seqint
    CSeq_loc::TPacked_int &packed = loc->SetPacked_int();
    // Get list of CSeq_interval
    CPacked_seqint::Tdata &lst = packed.Set();
    lst.clear();
    // Match the regular expression to the sequence
    m_regexp->GetMatch(seq, offset, 0, flags, true);
    // Create a CSeq_interval for whole pattern match
    // and each sub-pattern match and push into list
    for (int i = 0; i < m_regexp->NumFound(); i++) {
        CRef<CSeq_interval> si(new CSeq_interval);
        si->SetFrom(m_regexp->GetResults(i)[0]);
        si->SetTo(m_regexp->GetResults(i)[1] - 1);
        lst.push_back(si);
    }
    if (m_regexp->NumFound() > 0) {
        return m_regexp->GetResults(0)[0];
    } else {
        return kMax_ULong;
    }
}
END_NCBI_SCOPE
/*===========================================================================
* $Log: regexp_loc.cpp,v $
* Revision 1000.1  2004/06/01 18:10:48  gouriano
* PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
*
* Revision 1.2  2004/05/21 21:41:04  gorelenk
* Added PCH ncbi_pch.hpp
*
* Revision 1.1  2003/07/16 19:18:53  clausen
* Initial version
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*/

						