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seq_match.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：4k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

seq_match.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seq_match.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 18:10:53  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: seq_match.cpp,v 1000.1 2004/06/01 18:10:53 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Authors:  Josh Cherry
  36.  *
  37.  * File Description:  Simple pattern matching for sequences
  38.  *
  39.  */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  44. #include <algo/sequence/seq_match.hpp>
  46. #include <algorithm>
  48. BEGIN_NCBI_SCOPE
  52. char CSeqMatch::IupacToNcbi8na(char in)
  53. {
  54.     char A = 1, C = 2, G = 4, T = 8;
  55.     char out;
  56.     switch (in) {
  57.     case 'A':
  58.         out = A;
  59.         break;
  60.     case 'G':
  61.         out = G;
  62.         break;
  63.     case 'C':
  64.         out = C;
  65.         break;
  66.     case 'T':
  67.         out = T;
  68.         break;
  69.     case 'R':
  70.         out = A | G;
  71.         break;
  72.     case 'Y':
  73.         out = T | C;
  74.         break;
  75.     case 'S':
  76.         out = G | C;
  77.         break;
  78.     case 'W':
  79.         out = A | T;
  80.         break;
  81.     case 'M':
  82.         out = A | C;
  83.         break;
  84.     case 'K':
  85.         out = G | T;
  86.         break;
  87.     case 'B':
  88.         out = G | C | T;
  89.         break;
  90.     case 'D':
  91.         out = A | G | T;
  92.         break;
  93.     case 'H':
  94.         out = A | C | T;
  95.         break;
  96.     case 'V':
  97.         out = A | G | C;
  98.         break;
  99.     case 'N':
  100.         out = A | G | C | T;
  101.         break;
  102.     default:
  103.         throw runtime_error(string("couldn't covert ") + in +
  104.                             " to ncbi8na: invalid IUPAC code ");
  105.         break;
  106.     }
  107.     return out;
  108. }        
  111. void CSeqMatch::IupacToNcbi8na(const string& in, string& out)
  112. {
  113.     out.resize(in.size());
  114.     for (unsigned int i = 0;  i < in.length();  i++) {
  115.         out[i] = IupacToNcbi8na(in[i]);
  116.     }
  117. }
  120. char CSeqMatch::CompNcbi8na(char in)
  121. {
  122.     static const char sc_table[16] = {
  123.         0x00, 0x08, 0x04, 0x06, 0x02, 0x0a, 0x06, 0x0e,
  124.         0x01, 0x09, 0x05, 0x0d, 0x03, 0x0b, 0x07, 0x0f
  125.     };
  126.     return sc_table[ in & 0x0f ];
  127. }        
  130. void CSeqMatch::CompNcbi8na(string& seq)
  131. {
  132.     reverse(seq.begin(), seq.end());
  133.     NON_CONST_ITERATE (string, base, seq) {
  134.         *base = CompNcbi8na(*base);
  135.     }
  136. }
  138. END_NCBI_SCOPE
  141. /*
  142.  * ===========================================================================
  143.  * $Log: seq_match.cpp,v $
  144.  * Revision 1000.1  2004/06/01 18:10:53  gouriano
  145.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  146.  *
  147.  * Revision 1.5  2004/05/21 21:41:04  gorelenk
  148.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  149.  *
  150.  * Revision 1.4  2003/08/18 19:23:33  jcherry
  151.  * Moved seq_match to algo/sequence
  152.  *
  153.  * Revision 1.3  2003/08/13 17:40:26  dicuccio
  154.  * Formatting fixes.  Changes some pass-by-val to pass-by-reference.  Fixed
  155.  * complement table
  156.  *
  157.  * Revision 1.2  2003/08/13 16:42:11  dicuccio
  158.  * Compilation fixes for MSVC
  159.  *
  160.  * Revision 1.1  2003/08/12 18:52:58  jcherry
  161.  * Initial version
  162.  *
  163.  * ===========================================================================
  164.  */