生物技术

开发平台：
C/C++

su_sequence_set.hpp：源码内容
							/*
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 * PRODUCTION $Log: su_sequence_set.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 18:14:48  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
/*  $Id: su_sequence_set.hpp,v 1000.0 2004/06/01 18:14:48 gouriano Exp $
* ===========================================================================
*
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
*               National Center for Biotechnology Information
*
*  This software/database is a "United States Government Work" under the
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*  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
*
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*  Government do not and cannot warrant the performance or results that
*  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
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*  purpose.
*
*  Please cite the author in any work or product based on this material.
*
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*
* Authors:  Paul Thiessen
*
* File Description:
*      Classes to hold sets of sequences
*
* ===========================================================================
*/
#ifndef SU_SEQUENCE_SET__HPP
#define SU_SEQUENCE_SET__HPP
#include <corelib/ncbistd.hpp>
#include <corelib/ncbistl.hpp>
#include <corelib/ncbiobj.hpp>
#include <string>
#include <list>
#include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
#include <objects/seq/Bioseq.hpp>
#include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
BEGIN_SCOPE(struct_util)
class Sequence : public ncbi::CObject
{
public:
    Sequence(ncbi::objects::CBioseq& bioseq);
    ~Sequence(void);
    ncbi::CRef < ncbi::objects::CBioseq > m_bioseqASN;
    std::string m_sequenceString, m_description;
    bool m_isProtein;
    unsigned int Length(void) const { return m_sequenceString.size(); }
    // Seq-id stuff
	const ncbi::objects::CSeq_id& GetPreferredIdentifier(void) const;
    const ncbi::objects::CBioseq::TId& GetAllIdentifiers(void) const { return m_bioseqASN->GetId(); }
	bool MatchesSeqId(const ncbi::objects::CSeq_id& seqID) const;
    std::string IdentifierString(void) const;
};
class SequenceSet : public ncbi::CObject
{
public:
    typedef std::list < ncbi::CRef < ncbi::objects::CSeq_entry > > SeqEntryList;
    SequenceSet(SeqEntryList& seqEntries);
    typedef std::list < ncbi::CRef < Sequence > > SequenceList;
    SequenceList m_sequences;
};
END_SCOPE(struct_util)
#endif // SU_SEQUENCE_SET__HPP
/*
* ---------------------------------------------------------------------------
* $Log: su_sequence_set.hpp,v $
* Revision 1000.0  2004/06/01 18:14:48  gouriano
* PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
*
* Revision 1.5  2004/05/28 09:46:57  thiessen
* restructure C-toolkit header usage ; move C Bioseq storage into su_sequence_set
*
* Revision 1.4  2004/05/27 21:34:08  thiessen
* add PSSM calculation (requires C-toolkit)
*
* Revision 1.3  2004/05/25 16:12:30  thiessen
* fix GCC warnings
*
* Revision 1.2  2004/05/25 15:52:18  thiessen
* add BlockMultipleAlignment, IBM algorithm
*
* Revision 1.1  2004/05/24 23:04:05  thiessen
* initial checkin
*
*/

						