生物技术

开发平台：
C/C++

msladder.hpp：源码内容
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 * PRODUCTION $Log: msladder.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/06/01 18:09:00  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
 * PRODUCTION
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 */
/* $Id: msladder.hpp,v 1000.3 2004/06/01 18:09:00 gouriano Exp $
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 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *
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 *
 * ===========================================================================
 *
 * Authors:  Lewis Y. Geer
 *
 * File Description:
 *    Classes to deal with ladders of m/z values
 *
 * ===========================================================================
 */
#ifndef MSLADDER__HPP
#define MSLADDER__HPP
#include <corelib/ncbimisc.hpp>
#include <objects/omssa/omssa__.hpp>
#include <set>
#include <iostream>
#include <vector>
#include "msms.hpp"
BEGIN_NCBI_SCOPE
BEGIN_SCOPE(objects)
BEGIN_SCOPE(omssa)
// container for mass ladders
typedef int THit;
// max size of ladder
const int kMSLadderMax = 10000;
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
//
//  CLadder::
//
//  Contains a theoretical m/z ladder
//
class NCBI_XOMSSA_EXPORT CLadder {
public:
    // 'tor's
    ~CLadder();
    CLadder(void);
    CLadder(int SizeIn);
    CLadder(const CLadder& Old);
    // vector operations on the ladder
    int& operator [] (int n);
    unsigned size(void);
    void push_back(int val);
    void clear(void);
    // make a ladder
    bool CreateLadder(int IonType, int Charge, char *Sequence, int SeqIndex,
		      int start, int stop, int mass,
		      CMassArray& MassArray, CAA &AA,
		      unsigned ModMask,
		      const char **Site,
		      int *DeltaMass,
		      int NumMod);
    // check if modification mask position is set
    bool MaskSet(unsigned ModMask, int ModIndex);
    // getter setters
    THit * GetHit(void);
    int GetStart(void);
    int GetStop(void);
    int GetSeqIndex(void);
    int GetType(void);
    int GetMass(void);
    int GetCharge(void);
    // sees if ladder contains the given mass value
    bool Contains(int MassIndex, int Tolerance);
    bool ContainsFast(int MassIndex, int Tolerance);
    // or's hitlist with hitlist from other ladder
    // takes into account direction
    void Or(CLadder& LadderIn);
    // count the number of matches
    int HitCount(void);
    // clear the Hitlist
    void ClearHits(void);
private:
    int LadderIndex; // current end of the ladder
    AutoPtr <int, ArrayDeleter<int> > Ladder;
    AutoPtr <THit, ArrayDeleter<THit> > Hit;
    unsigned LadderSize;  // size of allocated buffer
    int Start, Stop;  // inclusive start and stop position in sequence
    int Index;  // gi or position in blastdb
    int Type;  // ion type
    int Mass;  // *neutral* precursor mass (Mr)
    int Charge;
};
/////////////////// CLadder inline methods
inline int& CLadder::operator [] (int n) 
{ 
    return *(Ladder.get() + n); 
}
inline unsigned CLadder::size(void) 
{ 
    return LadderIndex; 
}
inline void CLadder::push_back(int val) 
{ 
    *(Ladder.get() + LadderIndex) = val; 
    LadderIndex++;
}
inline void CLadder::clear(void) 
{ 
    LadderIndex = 0; 
}
inline THit * CLadder::GetHit(void) 
{ 
    return Hit.get(); 
}
inline int CLadder::GetStart(void) 
{ 
    return Start; 
}
inline int CLadder::GetStop(void) 
{ 
    return Stop;
}
inline int CLadder::GetSeqIndex(void) 
{ 
    return Index; 
}
inline int CLadder::GetType(void) 
{ 
    return Type; 
}
inline int CLadder::GetMass(void) 
{ 
    return Mass;
}
inline int CLadder::GetCharge(void) 
{ 
    return Charge;
}
// count the number of matches
inline int CLadder::HitCount(void)
{
    int i, retval(0);
    for(i = 0; i < LadderIndex; i++)
	retval += *(Hit.get() + i);
    return retval;
}
// clear the Hitlist
inline void CLadder::ClearHits(void)
{
    int i;
    for(i = 0; i < LadderIndex; i++)
	*(Hit.get() + i) = 0;
}
inline bool CLadder::MaskSet(unsigned ModMask, int ModIndex)
{
    return (bool) (ModMask & (1 << ModIndex));
}
/////////////////// end of CLadder inline methods
END_SCOPE(omssa)
END_SCOPE(objects)
END_NCBI_SCOPE
#endif
/*
  $Log: msladder.hpp,v $
  Revision 1000.3  2004/06/01 18:09:00  gouriano
  PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
  Revision 1.8  2004/05/27 20:52:15  lewisg
  better exception checking, use of AutoPtr, command line parsing
  Revision 1.7  2004/03/30 19:36:59  lewisg
  multiple mod code
  Revision 1.6  2004/03/16 20:18:54  gorelenk
  Changed includes of private headers.
  Revision 1.5  2003/12/22 21:57:59  lewisg
  top hit code and variable mod fixes
  Revision 1.4  2003/11/18 18:16:03  lewisg
  perf enhancements, ROCn adjusted params made default
  Revision 1.3  2003/10/24 21:28:41  lewisg
  add omssa, xomssa, omssacl to win32 build, including dll
  Revision 1.2  2003/10/21 21:12:16  lewisg
  reorder headers
  Revision 1.1  2003/10/20 21:32:13  lewisg
  ommsa toolkit version
  Revision 1.10  2003/10/07 18:02:28  lewisg
  prep for toolkit
  Revision 1.9  2003/10/06 18:14:17  lewisg
  threshold vary
  Revision 1.8  2003/08/14 23:49:22  lewisg
  first pass at variable mod
  Revision 1.7  2003/07/17 18:45:49  lewisg
  multi dta support
  Revision 1.6  2003/07/07 16:17:51  lewisg
  new poisson distribution and turn off histogram
  Revision 1.5  2003/05/01 14:52:10  lewisg
  fixes to scoring
  Revision 1.4  2003/04/24 18:45:55  lewisg
  performance enhancements to ladder creation and peak compare
  Revision 1.3  2003/04/18 20:46:52  lewisg
  add graphing to omssa
  Revision 1.2  2003/04/02 18:49:50  lewisg
  improved score, architectural changes
  Revision 1.1  2003/03/21 21:14:40  lewisg
  merge ming's code, other stuff
*/

						