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cluster.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：10k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

cluster.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: cluster.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:08:31  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: cluster.cpp,v 1000.2 2004/06/01 18:08:31 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software / database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software / database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Authors:  Mike DiCuccio
  36.  *
  37.  * File Description:
  38.  *
  39.  */
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include "gene_finder.hpp"
  45. BEGIN_NCBI_SCOPE
  47. void AlignVec::Insert(IPair p)
  48. {
  49.     limits.first  = min(limits.first,p.first);
  50.     limits.second = max(limits.second,p.second);
  51.     push_back(p);
  52. }
  55. void AlignVec::Erase(int i)
  56. {
  57.     _ASSERT(i < size());
  59.     erase(begin() + i);
  60.     if ( !empty()  ) {
  61.         limits.first  = front().first;
  62.         limits.second = back().second;
  63.     }
  64. }
  67. void AlignVec::Init()
  68. {
  69.     clear();
  70.     limits.first     = numeric_limits<int>::max();
  71.     limits.second    = 0;
  72.     cds_limits.first = cds_limits.second = -1;
  73. }
  76. void AlignVec::Extend(const AlignVec& a)
  77. {
  78.     AlignVec tmp(*this);
  79.     Init();
  80.     cds_limits.first  = min(tmp.cds_limits.first,a.cds_limits.first);
  81.     cds_limits.second = max(tmp.cds_limits.second,a.cds_limits.second);
  83.     int i;
  84.     for (i = 0;  a[i].second < tmp.front().first;  ++i) {
  85.         Insert(a[i]);
  86.     }
  87.     if (i == 0) {
  88.         tmp.front().first = min(tmp.front().first,a[i].first);
  89.     }
  91.     for (i = 0;  i < tmp.size();  ++i) {
  92.         Insert(tmp[i]);
  93.     }
  95.     for (i = 0;  i < a.size();  ++i) {
  96.         if (a[i].first > tmp.back().second) {
  97.             Insert(a[i]);
  98.         }
  99.     }
  100.     if (back().second == tmp.back().second) {
  101.         back().second = max(back().second,a.back().second);
  102.     }
  103. }
  106. static CNcbiIstream& InputError(CNcbiIstream& s, CT_POS_TYPE pos)
  107. {
  108.     s.clear();
  109.     s.seekg(pos);
  110.     s.setstate(ios::failbit);
  111.     return s;
  112. }
  115. CNcbiIstream& operator>>(CNcbiIstream& s, AlignVec& a)
  116. {
  117.     CT_POS_TYPE pos = s.tellg();
  119.     string strandname;
  120.     int strand;
  121.     s >> strandname;
  122.     if (strandname == "+") {
  123.         strand = Plus;
  124.     } else if (strandname == "-") {
  125.         strand = Minus;
  126.     } else {
  127.         return InputError(s,pos);
  128.     }
  130.     char c;
  131.     s >> c >> c;
  132.     int id;
  133.     if ( !(s >> id)  ) {
  134.         return InputError(s,pos);
  135.     }
  137.     string typenm;
  138.     s >> typenm;
  140.     IPair cds_limits(-1,-1);
  141.     if (typenm == "CDS") {
  142.         if ( !(s >> cds_limits.first)  ) {
  143.             return InputError(s,pos);
  144.         }
  145.         if ( !(s >> cds_limits.second)  ) {
  146.             return InputError(s,pos);
  147.         }
  148.         s >> typenm;
  149.     }
  151.     int type;
  152.     if (typenm == "RefSeqBest") {
  153.         type = AlignVec::RefSeqBest;
  154.     } else if (typenm == "RefSeq") {
  155.         type = AlignVec::RefSeq;
  156.     } else if (typenm == "mRNA") {
  157.         type = AlignVec::mRNA;
  158.     } else if (typenm == "EST") {
  159.         type = AlignVec::EST;
  160.     } else if (typenm == "Prot") {
  161.         type = AlignVec::Prot;
  162.     } else if (typenm == "Wall") {
  163.         type = AlignVec::Wall;
  164.     } else {
  165.         return InputError(s,pos);
  166.     }
  168.     int start, stop;
  169.     s >> start >> stop;
  170.     if ( !s  ) {
  171.         return InputError(s,pos);
  172.     }
  174.     a.Init();
  175.     a.SetStrand(strand);
  176.     a.SetType(type);
  177.     a.SetID(id);
  178.     a.SetCdsLimits(cds_limits);
  179.     a.Insert(IPair(start,stop));
  180.     CT_POS_TYPE lastpos = s.tellg();
  181.     while (s >> start) {
  182.         if ( !(s >> stop)  ) {
  183.             return InputError(s,pos);
  184.         }
  185.         a.Insert(IPair(start,stop));
  186.         lastpos = s.tellg();
  187.     }
  188.     s.clear();
  189.     s.seekg(lastpos);
  191.     return s;
  192. }
  195. CNcbiOstream& operator<<(CNcbiOstream& s, const AlignVec& a)
  196. {
  197.     s << (a.Strand() == Plus ? '+' : '-') << " ID" << a.ID() << ' ';
  199.     if (a.CdsLimits().first >= 0) {
  200.         s << "CDS " << a.CdsLimits().first
  201.             << ' ' << a.CdsLimits().second << ' ';
  202.     }
  204.     switch (a.Type()) {
  205.     case AlignVec::RefSeqBest: s << "RefSeqBest ";  break;
  206.     case AlignVec::RefSeq:     s << "RefSeq ";      break;
  207.     case AlignVec::mRNA:       s << "mRNA ";        break;
  208.     case AlignVec::EST:        s << "EST ";         break;
  209.     case AlignVec::Prot:       s << "Prot ";        break;
  210.     case AlignVec::Wall:       s << "Wall ";        break;
  211.     }
  213.     for (int i = 0;  i < a.size();  ++i) {
  214.         s << a[i].first << ' ' << a[i].second << ' ';
  215.     }
  216.     s << endl;
  218.     return s;
  219. }
  222. void CCluster::Insert(const AlignVec& a)
  223. {
  224.     limits.first  = min(limits.first,a.Limits().first);
  225.     limits.second = max(limits.second,a.Limits().second);
  226.     push_back(a);
  227.     type = max(type,a.Type());
  228. }
  231. void CCluster::Insert(const CCluster& c)
  232. {
  233.     limits.first  = min(limits.first,c.Limits().first);
  234.     limits.second = max(limits.second,c.Limits().second);
  235.     insert(end(),c.begin(),c.end());
  236.     type = max(type,c.Type());
  237. }
  240. void CCluster::Init(int first, int second, int t)
  241. {
  242.     clear();
  243.     limits.first = first;
  244.     limits.second = second;
  245.     type = t;
  246. }
  249. CNcbiIstream& operator>>(CNcbiIstream& s, CCluster& c)
  250. {
  251.     CT_POS_TYPE pos = s.tellg();
  253.     string cluster;
  254.     s >> cluster;
  255.     if ( cluster != "CCluster" ) {
  256.         return InputError(s,pos);
  257.     }
  259.     int first, second, size;
  260.     string typenm;
  261.     if ( !(s >> first >> second >> size >> typenm)  ) {
  262.         return InputError(s,pos);
  263.     }
  265.     int type;
  266.     if (typenm == "RefSeqBest") {
  267.         type = AlignVec::RefSeqBest;
  268.     } else if (typenm == "RefSeq") {
  269.         type = AlignVec::RefSeq;
  270.     } else if (typenm == "mRNA") {
  271.         type = AlignVec::mRNA;
  272.     } else if (typenm == "EST") {
  273.         type = AlignVec::EST;
  274.     } else if (typenm == "Prot") {
  275.         type = AlignVec::Prot;
  276.     } else if (typenm == "Wall") {
  277.         type = AlignVec::Wall;
  278.     } else {
  279.         return InputError(s,pos);
  280.     }
  282.     c.Init(first,second,type);
  283.     for (int i = 0;  i < size;  ++i) {
  284.         AlignVec a;
  285.         if ( !(s >> a)  ) {
  286.             return InputError(s,pos);
  287.         }
  288.         c.Insert(a);
  289.     }   
  291.     return s;
  292. }
  295. CNcbiOstream& operator<<(CNcbiOstream& s, const CCluster& c)
  296. {
  297.     s << "CCluster ";
  298.     s << c.Limits().first << ' ';
  299.     s << c.Limits().second << ' ';
  300.     s << c.size() << ' ';
  301.     switch (c.Type()) {
  302.     case AlignVec::RefSeqBest:  s << "RefSeqBest "; break;
  303.     case AlignVec::RefSeq:      s << "RefSeq ";     break;
  304.     case AlignVec::mRNA:        s << "mRNA ";       break;
  305.     case AlignVec::EST:         s << "EST ";        break;
  306.     case AlignVec::Prot:        s << "Prot ";       break;
  307.     case AlignVec::Wall:        s << "Wall ";       break;
  308.     }
  309.     s << endl;
  311.     for (CCluster::ConstIt it = c.begin();  it != c.end();  ++it) {
  312.         s << *it;
  313.     }
  315.     return s;
  316. }
  319. void CClusterSet::InsertAlignment(const AlignVec& a)
  320. {
  321.     CCluster clust;
  322.     clust.Insert(a);
  323.     InsertCluster(clust);
  324. }
  327. void CClusterSet::InsertCluster(CCluster clust)
  328. {
  329.     pair<It,It> lim = equal_range(clust);
  330.     for (It it = lim.first;  it != lim.second;  ) {
  331.         clust.Insert(*it);
  332.         erase(it++);
  333.     }
  334.     insert(lim.second,clust);
  335. }
  338. void CClusterSet::Init(string cnt)
  339. {
  340.     clear();
  341.     contig = cnt;
  342. }
  345. CNcbiIstream& operator>>(CNcbiIstream& s, CClusterSet& cls)
  346. {
  347.     CT_POS_TYPE pos = s.tellg();
  349.     string contig;
  350.     s >> contig;
  351.     if ( contig != "Contig" ) {
  352.         return InputError(s,pos);
  353.     }
  354.     int num;
  355.     s >> contig >> num;
  357.     cls.Init(contig);
  358.     for (int i = 0;  i < num;  ++i) {
  359.         CCluster c;
  360.         if ( !(s >> c)  ) {
  361.             return InputError(s,pos);
  362.         }
  363.         cls.InsertCluster(c);
  364.     }
  366.     return s;
  367. }
  370. CNcbiOstream& operator<<(CNcbiOstream& s, const CClusterSet& cls)
  371. {
  372.     int num = cls.size();
  373.     if (num) {
  374.         s << "Contig " << cls.Contig() << ' ' << num << endl;
  375.     }
  376.     ITERATE (CClusterSet, it, cls) {
  377.         s << *it;
  378.     }
  380.     return s;
  381. }
  384. END_NCBI_SCOPE
  387. /*
  388.  * ===========================================================================
  389.  * $Log: cluster.cpp,v $
  390.  * Revision 1000.2  2004/06/01 18:08:31  gouriano
  391.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
  392.  *
  393.  * Revision 1.4  2004/05/21 21:41:03  gorelenk
  394.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  395.  *
  396.  * Revision 1.3  2003/11/06 15:02:21  ucko
  397.  * Use iostream interface from ncbistre.hpp for GCC 2.95 compatibility.
  398.  *
  399.  * Revision 1.2  2003/11/06 02:47:22  ucko
  400.  * Fix usage of iterators -- be consistent about constness.
  401.  *
  402.  * Revision 1.1  2003/10/24 15:07:25  dicuccio
  403.  * Initial revision
  404.  *
  405.  * ===========================================================================
  406.  */