生物技术

开发平台：
C/C++

splign_util.hpp：源码内容
							/*
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 * PRODUCTION $Log: splign_util.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 18:13:13  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
#ifndef ALGO_ALIGN_SPLIGN_UTIL__HPP
#define ALGO_ALIGN_SPLIGN_UTIL__HPP
/* $Id: splign_util.hpp,v 1000.0 2004/06/01 18:13:13 gouriano Exp $
* ===========================================================================
*
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE                          
*               National Center for Biotechnology Information
*                                                                          
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*  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.  
*                                                                          
*  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy  
*  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.          
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*  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.    
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*  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
*  purpose.                                                                
*                                                                          
*  Please cite the author in any work or product based on this material.   
*
* ===========================================================================
*
* Author:  Yuri Kapustin
*
* File Description:  Helper functions
*                   
* ===========================================================================
*/
#include <algo/align/nw_aligner.hpp>
#include <algo/align/splign/splign_hit.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
#ifdef GENOME_PIPELINE
//////////////////////////////////////
// INF file readers and parsers
class CInfTable
{
public:
  CInfTable(size_t cols);
  virtual ~CInfTable() {}
  size_t Load(const string& filename);
  struct SInfo {
    enum EStrand {
      eUnknown,
      ePlus,
      eMinus
    } m_strand;
    int m_polya_start;
    int m_polya_end;
    size_t m_size;
    SInfo(): m_strand(eUnknown),
	     m_polya_start(-1), m_polya_end(-1), m_size(0) {}
  };
  bool GetInfo(const string& id, SInfo& info);
protected:
  size_t m_cols; // number of columns
  map<string, SInfo>  m_map;
  vector<const char*> m_data;
  const char*  x_GetCol(size_t col) {
    return col < m_cols? m_data[col]: 0;
  }
  virtual bool x_ParseLine (const char* line,
			    string& accession, SInfo& info) = 0;
private:
  bool x_ReadColumns(char* line);
};
class CInf_mRna: public CInfTable
{
public:
  CInf_mRna(): CInfTable(11) {}
  virtual ~CInf_mRna() {}
protected:
  virtual bool x_ParseLine (const char* line,
			    string& accession, SInfo& info);
};
class CInf_EST: public CInfTable
{
public:
  CInf_EST(): CInfTable(9) {}
  virtual ~CInf_EST() {}
protected:
  virtual bool x_ParseLine (const char* line,
			    string& accession, SInfo& info);
};
#endif // GENOME_PIPELINE
/////////////////////
// helpers
void   CleaveOffByTail(vector<CHit>* hits, size_t polya_start);
void   GetHitsMinMax(const vector<CHit>& hits,
		     size_t* qmin, size_t* qmax,
		     size_t* smin, size_t* smax);
string RLE(const string& in);
void   XFilter(vector<CHit>* hits);
CNWAligner::TScore ScoreByTranscript(const CNWAligner& aligner,
                                     const char* transcript);
bool   IsConsensus(const char* donor, const char* acceptor);
struct SCompliment
{
    char operator() (char c) {
        switch(c) {
        case 'A': return 'T';
        case 'G': return 'C';
        case 'T': return 'A';
        case 'C': return 'G';
        }
        return c;
    }
};
END_NCBI_SCOPE
/*
 * ===========================================================================
 *
 * $Log: splign_util.hpp,v $
 * Revision 1000.0  2004/06/01 18:13:13  gouriano
 * PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
 *
 * Revision 1.4  2004/05/04 15:23:45  ucko
 * Split splign code out of xalgoalign into new xalgosplign.
 *
 * Revision 1.3  2004/04/23 14:37:44  kapustin
 * *** empty log message ***
 *
 *
 * ===========================================================================
 */
#endif

						