生物技术

开发平台：
C/C++

splign_hitparser.hpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: splign_hitparser.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 18:12:58  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
#ifndef ALGO_ALIGN_SPLIGN_HF_HITPARSER__HPP
#define ALGO_ALIGN_SPLIGN_HF_HITPARSER__HPP
/* $Id: splign_hitparser.hpp,v 1000.0 2004/06/01 18:12:58 gouriano Exp $
* ===========================================================================
*
*                            public DOMAIN NOTICE                          
*               National Center for Biotechnology Information
*                                                                          
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*                                                                          
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*  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.          
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*  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
*  purpose.                                                                
*                                                                          
*  Please cite the author in any work or product based on this material.   
*
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*
* Author:  Yuri Kapustin
*
* File Description:
*   Temporary code - will be included with the hit filtering library
*
*/
#include <algo/align/splign/splign_hit.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
class CHitParser  
{
public:
    CHitParser();
    CHitParser(const vector<CHit>& hits, int& GroupID);
    virtual ~CHitParser();
    void Init(const vector<CHit>& hits, int& GroupID);
    enum EMode {
      eMode_Combine,
      eMode_GroupSelect,
      eMode_Normal };
 
    int Run(EMode);
    enum {
      eMethod_MaxScore,
      eMethod_MaxScore_GroupSelect
    }
    m_Method;
    
    enum { 
      eSplitMode_MaxScore,
      eSplitMode_Clear
    }
    m_SplitQuery, m_SplitSubject;
    static int CalcCoverage(vector<CHit>::const_iterator ib,
                            vector<CHit>::const_iterator ie,
                            char where);
    static int GetCollisionCount(int& query, int& subj, const vector<CHit>& hits);
    size_t     GetSeqLength(const string& accession);
    vector<CHit> m_Out;          // output vector
    bool         m_SameOrder;    // true if hits in alignment must go
                                 // in same order
    enum {
      eStrand_Plus = 0,
      eStrand_Minus,
      eStrand_Both,
      eStrand_Auto
    }
    m_Strand;
    // combine-proximity (max dist btw two hits suitable for combining)
    double       m_CombinationProximity_pre;
    double       m_CombinationProximity_post;
    int          m_MaxHitDistQ; // max dist btw hits on query
    int          m_MaxHitDistS; // max dist btw hits on subject
    bool         m_Prot2Nucl;   // assume protein to nucleotide alignment
    
    enum EGroupIdentificationMethod {
        eNone,
        eQueryCoverage,
        eSubjectCoverage
    };
    
    EGroupIdentificationMethod   m_group_identification_method;
    
    
    double       m_CovStep;             // min sensible coverage raise
    double       m_MinQueryCoverage;    // min query coverage filter threshold
    double       m_MinSubjCoverage;     // min subj coverage filter threshold
    bool         m_OutputAllGroups;     // only max score groups otherwise
    string       m_Query, m_Subj;  // accessions
private:
    int                     m_ange[4];      // global envelop
    int                     m_Origin[2];  // leftmost point in original coordinates
                                            // [0] - q, [1] - s
    int*                    m_GroupID;
    int                     m_ngid;
    
    map<string, size_t>     m_seqsizes;          //  sizes indexed by accession
    void     x_Set2Defaults();
    int      x_CheckParameters() const;
    double   x_CalculateProximity(const CHit&, const CHit&) const;
    void     x_GroupsIdentifyByCoverage(int Start, int Stop, int& GroupId,
                                      double dCovCurrent, char where);
    void     x_CalcGlobalEnvelop();
    void     x_Combine(double dProximity); // search for close hits and combine them
    int      x_RunMaxScore();  // max score
    bool     x_RunAltSplitMode(char, CHit&, CHit&);
    bool     x_DetectInclusion(const CHit& h1, const CHit& h2) const;
    // max score group selection
    int      x_RunMSGS(bool SelectGroupsOnly, int& GroupId);
    void     x_TransformCoordinates(bool Dir);
    void     x_IdentifyMaxDistGroups();
    void     x_FilterByMaxDist();
    void     x_SyncGroupsByMaxDist(int&);
    void     x_FilterByOrder(size_t offset = 0, bool use_chainfilter = true);
    size_t   x_RemoveEqual(); // removes equal hits from m_vOut
};
END_NCBI_SCOPE
#endif

						