nwa.hpp
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上传日期:2007-06-13
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文件大小:5k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: nwa.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 18:05:11  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.9
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef ALGO___NWA_APP__HPP
  10. #define ALGO___NWA_APP__HPP
  11. /* $Id: nwa.hpp,v 1000.1 2004/06/01 18:05:11 gouriano Exp $
  12. * ===========================================================================
  13. *
  14. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE                          
  15. *               National Center for Biotechnology Information
  16. *                                                                          
  17. *  This software/database is a "United States Government Work" under the   
  18. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of    
  19. *  the author's official duties as a United States Government employee and 
  20. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available 
  21. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.    
  22. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.  
  23. *                                                                          
  24. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy  
  25. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.          
  26. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that    
  27. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.    
  28. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including       
  29. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30. *  purpose.                                                                
  31. *                                                                          
  32. *  Please cite the author in any work or product based on this material.   
  33. *
  34. * ===========================================================================
  35. *
  36. * Author:  Yuri Kapustin
  37. *
  38. * File Description:  NWA application class definition
  39. *                   
  40. * ===========================================================================
  41. */
  42. #include <corelib/ncbiapp.hpp>
  43. #include <corelib/ncbienv.hpp>
  44. #include <corelib/ncbiargs.hpp>
  45. #include <algo/align/align_exception.hpp>
  46. BEGIN_NCBI_SCOPE
  47. // Exceptions
  48. //
  49. class CAppNWAException : public CException 
  50. {
  51. public:
  52.     enum EErrCode {
  53.         eCannotReadFile,
  54.         eCannotWriteFile,
  55.         eInconsistentParameters,
  56. eNotSupported
  57.     };
  58.     virtual const char* GetErrCodeString(void) const {
  59.         switch ( GetErrCode() ) {
  60.         case eCannotReadFile:
  61.             return "Cannot read from file";
  62.         case eCannotWriteFile:
  63.             return "Cannot write to file";
  64.         case eInconsistentParameters:
  65.             return "Two or more parameters are inconsistent";
  66. case eNotSupported:
  67.     return "Feature not supported";
  68.         default:
  69.             return CException::GetErrCodeString();
  70.         }
  71.     }
  72.     NCBI_EXCEPTION_DEFAULT(CAppNWAException, CException);
  73. };
  74. // application class
  75. //
  76. class CAppNWA : public CNcbiApplication
  77. {
  78. public:
  79.     virtual void Init();
  80.     virtual int  Run();
  81.     virtual void Exit();
  82. private:
  83.     void x_RunOnPair() const
  84.         THROWS((CAppNWAException, CAlgoAlignException));
  85.     bool x_ReadFastaFile(const string& filename,
  86.                          string*       seqname,
  87.                          vector<char>* sequence) const;
  88. };
  89. END_NCBI_SCOPE
  90. /*
  91.  * ===========================================================================
  92.  * $Log: nwa.hpp,v $
  93.  * Revision 1000.1  2004/06/01 18:05:11  gouriano
  94.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.9
  95.  *
  96.  * Revision 1.9  2004/05/17 14:50:57  kapustin
  97.  * Add/remove/rearrange some includes and object declarations
  98.  *
  99.  * Revision 1.8  2004/04/30 12:49:47  kuznets
  100.  * throw -> THROWS (fixes warning in MSVC7)
  101.  *
  102.  * Revision 1.7  2003/09/10 19:11:50  kapustin
  103.  * Add eNotSupported exception for multithreading availability checking
  104.  *
  105.  * Revision 1.6  2003/06/17 17:20:44  kapustin
  106.  * CNWAlignerException -> CAlgoAlignException
  107.  *
  108.  * Revision 1.5  2003/01/24 16:49:36  kapustin
  109.  * Add write file exception type
  110.  *
  111.  * Revision 1.4  2003/01/08 15:58:33  kapustin
  112.  * Read offset parameter from fasta reading routine
  113.  *
  114.  * Revision 1.3  2002/12/12 17:59:30  kapustin
  115.  * Enable spliced alignments
  116.  *
  117.  * Revision 1.2  2002/12/09 15:47:36  kapustin
  118.  * Declare exception class before the application
  119.  *
  120.  * Revision 1.1  2002/12/06 17:44:26  ivanov
  121.  * Initial revision
  122.  *
  123.  * ===========================================================================
  124.  */
  125. #endif