开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
mm_aligner_threads.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：4k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

mm_aligner_threads.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: mm_aligner_threads.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 19:30:11  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef ALGO___MM_ALIGNER_THREADS__HPP
  11. #define ALGO___MM_ALIGNER_THREADS__HPP
  13. /* $Id: mm_aligner_threads.hpp,v 1000.0 2003/10/29 19:30:11 gouriano Exp $
  14. * ===========================================================================
  15. *
  16. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE                          
  17. *               National Center for Biotechnology Information
  18. *                                                                          
  19. *  This software/database is a "United States Government Work" under the   
  20. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of    
  21. *  the author's official duties as a United States Government employee and 
  22. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available 
  23. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.    
  24. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.  
  25. *                                                                          
  26. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy  
  27. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.          
  28. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that    
  29. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.    
  30. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including       
  31. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32. *  purpose.                                                                
  33. *                                                                          
  34. *  Please cite the author in any work or product based on this material.   
  35. *
  36. * ===========================================================================
  37. *
  38. * Author:  Yuri Kapustin
  39. *
  40. * File Description:  CMMAligner thread classes
  41. *
  42. */
  44. #include <algo/align/mm_aligner.hpp>
  45. #include <corelib/ncbithr.hpp>
  47. BEGIN_NCBI_SCOPE
  50. class CThreadRunOnTop: public CThread
  51. {
  52. public:
  53.     
  54.     CThreadRunOnTop(const CMMAligner* aligner, const SCoordRect* rect,
  55.                     vector<CNWAligner::TScore>* e,
  56.                     vector<CNWAligner::TScore>* f,
  57.                     vector<CNWAligner::TScore>* g,
  58.                     vector<unsigned char>* trace, bool free_corner_fgap );
  59.     
  60.     virtual void* Main();
  61.     virtual void  OnExit();
  63. protected:
  64.         
  65.     virtual ~CThreadRunOnTop() {}
  66.     
  67.     const CMMAligner           *m_aligner;
  68.     const SCoordRect           *m_rect;
  69.     vector<CNWAligner::TScore> *m_E, *m_F, *m_G;
  70.     vector<unsigned char>      *m_trace;
  71.     bool                       m_free_corner_fgap;
  72. };
  76. class CThreadDoSM: public CThread
  77. {
  78. public:
  79.     
  80.     CThreadDoSM(CMMAligner* aligner, const SCoordRect* rect,
  81.                 list<CNWAligner::ETranscriptSymbol>::iterator translist_pos,
  82.                 bool free_lt_fgap, bool free_rb_fgap );
  83.     
  84.     virtual void* Main();
  85.     virtual void  OnExit();
  87. protected:
  88.         
  89.     virtual ~CThreadDoSM() {}
  90.     
  91.     CMMAligner                        *m_aligner;
  92.     const SCoordRect                  *m_rect;
  93.     list<CNWAligner::ETranscriptSymbol>::iterator m_translist_pos;
  94.     bool                              m_free_lt_fgap;
  95.     bool                              m_free_rb_fgap;
  96. };
  99. bool MM_RequestNewThread(const unsigned int max_threads);
  102. END_NCBI_SCOPE
  105. /*
  106.  * ===========================================================================
  107.  * $Log: mm_aligner_threads.hpp,v $
  108.  * Revision 1000.0  2003/10/29 19:30:11  gouriano
  109.  * PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.3
  110.  *
  111.  * Revision 1.3  2003/09/03 17:29:20  kapustin
  112.  * Fix cvs id heading tag
  113.  *
  114.  * Revision 1.2  2003/06/17 14:51:04  dicuccio
  115.  * Fixed after algo/ rearragnement
  116.  *
  117.  * Revision 1.1  2003/01/22 13:31:33  kapustin
  118.  * Initial revision
  119.  *
  120.  * ===========================================================================
  121.  */
  123. #endif  /* ALGO___MM_ALIGNER_THREADS_HPP */