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源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
newick.tab.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：33k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

newick.tab.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: newick.tab.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 18:09:32  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #include <ncbi_pch.hpp>
  12. /* A Bison parser, made from newick.ypp
  13.    by GNU bison 1.35.  */
  15. #define YYBISON 1  /* Identify Bison output.  */
  17. #define yyparse newickparse
  18. #define yylex newicklex
  19. #define yyerror newickerror
  20. #define yylval newicklval
  21. #define yychar newickchar
  22. #define yydebug newickdebug
  23. #define yynerrs newicknerrs
  24. # define LABEL 257
  25. # define NUM 258
  27. #line 1 "newick.ypp"
  29. /*  $Id: newick.tab.cpp,v 1000.1 2004/06/01 18:09:32 gouriano Exp $
  30.  * ===========================================================================
  31.  *
  32.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  33.  *               National Center for Biotechnology Information
  34.  *
  35.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  36.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  37.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  38.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  39.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  40.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  41.  *
  42.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  43.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  44.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  45.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  46.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  47.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  48.  *  purpose.
  49.  *
  50.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  51.  *
  52.  * ===========================================================================
  53.  *
  54.  * Authors:  Josh Cherry
  55.  *
  56.  * File Description:  bison parser for Newick format phylogenetic trees
  57.  *
  58.  */
  61. /*
  62.  * Meant to be used in conjunction with flex lexer defined
  63.  * by newick.lpp.  Generate code using (essentially)
  64.  *   flex -olex.newick.cpp newick.lpp
  65.  *   bison -d -p newick newick.ypp
  66.  * The line '#include <unistd.h>' must be removed from the flex-generated
  67.  * code for it to compile on some platforms.
  68.  */
  71. #include <algo/phy_tree/phy_node.hpp>
  72. USING_SCOPE(ncbi);
  73. static int nodecount = 0;
  74. static TPhyTreeNode *g_Tree = 0;
  75. void yyerror(const char *error);
  76. int yylex(void);
  77. CNcbiIstream *g_NewickIstr;
  78. // a list of all allocated nodes so they can be deleted on error
  79. vector<TPhyTreeNode*> g_NodeList;
  81. #line 55 "newick.ypp"
  82. #ifndef YYSTYPE
  83. typedef union {
  84.     char *strval;
  85.     double dblval;
  86.     TPhyTreeNode *nodeval;
  87. } yystype;
  88. # define YYSTYPE yystype
  89. # define YYSTYPE_IS_TRIVIAL 1
  90. #endif
  91. #ifndef YYDEBUG
  92. # define YYDEBUG 0
  93. #endif
  97. #define YYFINAL 16
  98. #define YYFLAG -32768
  99. #define YYNTBASE 10
  101. /* YYTRANSLATE(YYLEX) -- Bison token number corresponding to YYLEX. */
  102. #define YYTRANSLATE(x) ((unsigned)(x) <= 258 ? yytranslate[x] : 13)
  104. /* YYTRANSLATE[YYLEX] -- Bison token number corresponding to YYLEX. */
  105. static const char yytranslate[] =
  106. {
  107.        0,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  108.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  109.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  110.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  111.        6,     7,     2,     2,     9,     2,     2,     2,     2,     2,
  112.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     8,     5,
  113.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  114.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  115.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  116.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  117.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  118.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  119.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  120.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  121.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  122.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  123.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  124.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  125.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  126.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  127.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  128.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  129.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  130.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  131.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,     2,
  132.        2,     2,     2,     2,     2,     2,     1,     3,     4
  133. };
  135. #if YYDEBUG
  136. static const short yyprhs[] =
  137. {
  138.        0,     0,     3,     9,    13,    17,    19,    21
  139. };
  140. static const short yyrhs[] =
  141. {
  142.       11,     5,     0,     6,    12,     7,     8,     4,     0,     6,
  143.       12,     7,     0,     3,     8,     4,     0,     3,     0,    11,
  144.        0,    12,     9,    11,     0
  145. };
  147. #endif
  149. #if YYDEBUG
  150. /* YYRLINE[YYN] -- source line where rule number YYN was defined. */
  151. static const short yyrline[] =
  152. {
  153.        0,    69,    75,    82,    88,    96,   105,   110
  154. };
  155. #endif
  158. #if (YYDEBUG) || defined YYERROR_VERBOSE
  160. /* YYTNAME[TOKEN_NUM] -- String name of the token TOKEN_NUM. */
  161. static const char *const yytname[] =
  162. {
  163.   "$", "error", "$undefined.", "LABEL", "NUM", "';'", "'('", "')'", "':'", 
  164.   "','", "tree", "node", "nodelist", 0
  165. };
  166. #endif
  168. /* YYR1[YYN] -- Symbol number of symbol that rule YYN derives. */
  169. static const short yyr1[] =
  170. {
  171.        0,    10,    11,    11,    11,    11,    12,    12
  172. };
  174. /* YYR2[YYN] -- Number of symbols composing right hand side of rule YYN. */
  175. static const short yyr2[] =
  176. {
  177.        0,     2,     5,     3,     3,     1,     1,     3
  178. };
  180. /* YYDEFACT[S] -- default rule to reduce with in state S when YYTABLE
  181.    doesn't specify something else to do.  Zero means the default is an
  182.    error. */
  183. static const short yydefact[] =
  184. {
  185.        0,     5,     0,     0,     0,     6,     0,     1,     4,     3,
  186.        0,     0,     7,     2,     0,     0,     0
  187. };
  189. static const short yydefgoto[] =
  190. {
  191.       14,     3,     6
  192. };
  194. static const short yypact[] =
  195. {
  196.       -1,    -4,    -1,     1,     3,-32768,    -6,-32768,-32768,     2,
  197.       -1,     5,-32768,-32768,    11,    12,-32768
  198. };
  200. static const short yypgoto[] =
  201. {
  202.   -32768,    -2,-32768
  203. };
  206. #define YYLAST 12
  209. static const short yytable[] =
  210. {
  211.        5,     9,     1,    10,     4,     2,     7,     8,    12,    13,
  212.       11,    15,    16
  213. };
  215. static const short yycheck[] =
  216. {
  217.        2,     7,     3,     9,     8,     6,     5,     4,    10,     4,
  218.        8,     0,     0
  219. };
  220. /* -*-C-*-  Note some compilers choke on comments on `#line' lines.  */
  221. #line 3 "/usr/share/bison/bison.simple"
  223. /* Skeleton output parser for bison,
  225.    Copyright (C) 1984, 1989, 1990, 2000, 2001, 2002 Free Software
  226.    Foundation, Inc.
  228.    This program is free software; you can redistribute it and/or modify
  229.    it under the terms of the GNU General Public License as published by
  230.    the Free Software Foundation; either version 2, or (at your option)
  231.    any later version.
  233.    This program is distributed in the hope that it will be useful,
  234.    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  235.    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  236.    GNU General Public License for more details.
  238.    You should have received a copy of the GNU General Public License
  239.    along with this program; if not, write to the Free Software
  240.    Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  241.    Boston, MA 02111-1307, USA.  */
  243. /* As a special exception, when this file is copied by Bison into a
  244.    Bison output file, you may use that output file without restriction.
  245.    This special exception was added by the Free Software Foundation
  246.    in version 1.24 of Bison.  */
  248. /* This is the parser code that is written into each bison parser when
  249.    the %semantic_parser declaration is not specified in the grammar.
  250.    It was written by Richard Stallman by simplifying the hairy parser
  251.    used when %semantic_parser is specified.  */
  253. /* All symbols defined below should begin with yy or YY, to avoid
  254.    infringing on user name space.  This should be done even for local
  255.    variables, as they might otherwise be expanded by user macros.
  256.    There are some unavoidable exceptions within include files to
  257.    define necessary library symbols; they are noted "INFRINGES ON
  258.    USER NAME SPACE" below.  */
  260. #if ! defined (yyoverflow) || defined (YYERROR_VERBOSE)
  262. /* The parser invokes alloca or malloc; define the necessary symbols.  */
  264. # if YYSTACK_USE_ALLOCA
  265. #  define YYSTACK_ALLOC alloca
  266. # else
  267. #  ifndef YYSTACK_USE_ALLOCA
  268. #   if defined (alloca) || defined (_ALLOCA_H)
  269. #    define YYSTACK_ALLOC alloca
  270. #   else
  271. #    ifdef __GNUC__
  272. #     define YYSTACK_ALLOC __builtin_alloca
  273. #    endif
  274. #   endif
  275. #  endif
  276. # endif
  278. # ifdef YYSTACK_ALLOC
  279.    /* Pacify GCC's `empty if-body' warning. */
  280. #  define YYSTACK_FREE(Ptr) do { /* empty */; } while (0)
  281. # else
  282. #  if defined (__STDC__) || defined (__cplusplus)
  283. #   include <stdlib.h> /* INFRINGES ON USER NAME SPACE */
  284. #   define YYSIZE_T size_t
  285. #  endif
  286. #  define YYSTACK_ALLOC malloc
  287. #  define YYSTACK_FREE free
  288. # endif
  289. #endif /* ! defined (yyoverflow) || defined (YYERROR_VERBOSE) */
  292. #if (! defined (yyoverflow) 
  293.      && (! defined (__cplusplus) 
  294.  || (YYLTYPE_IS_TRIVIAL && YYSTYPE_IS_TRIVIAL)))
  296. /* A type that is properly aligned for any stack member.  */
  297. union yyalloc
  298. {
  299.   short yyss;
  300.   YYSTYPE yyvs;
  301. # if YYLSP_NEEDED
  302.   YYLTYPE yyls;
  303. # endif
  304. };
  306. /* The size of the maximum gap between one aligned stack and the next.  */
  307. # define YYSTACK_GAP_MAX (sizeof (union yyalloc) - 1)
  309. /* The size of an array large to enough to hold all stacks, each with
  310.    N elements.  */
  311. # if YYLSP_NEEDED
  312. #  define YYSTACK_BYTES(N) 
  313.      ((N) * (sizeof (short) + sizeof (YYSTYPE) + sizeof (YYLTYPE))
  314.       + 2 * YYSTACK_GAP_MAX)
  315. # else
  316. #  define YYSTACK_BYTES(N) 
  317.      ((N) * (sizeof (short) + sizeof (YYSTYPE))
  318.       + YYSTACK_GAP_MAX)
  319. # endif
  321. /* Copy COUNT objects from FROM to TO.  The source and destination do
  322.    not overlap.  */
  323. # ifndef YYCOPY
  324. #  if 1 < __GNUC__
  325. #   define YYCOPY(To, From, Count) 
  326.       __builtin_memcpy (To, From, (Count) * sizeof (*(From)))
  327. #  else
  328. #   define YYCOPY(To, From, Count)
  329.       do
  330. {
  331.   register YYSIZE_T yyi;
  332.   for (yyi = 0; yyi < (Count); yyi++)
  333.     (To)[yyi] = (From)[yyi];
  334. }
  335.       while (0)
  336. #  endif
  337. # endif
  339. /* Relocate STACK from its old location to the new one.  The
  340.    local variables YYSIZE and YYSTACKSIZE give the old and new number of
  341.    elements in the stack, and YYPTR gives the new location of the
  342.    stack.  Advance YYPTR to a properly aligned location for the next
  343.    stack.  */
  344. # define YYSTACK_RELOCATE(Stack)
  345.     do
  346.       {
  347. YYSIZE_T yynewbytes;
  348. YYCOPY (&yyptr->Stack, Stack, yysize);
  349. Stack = &yyptr->Stack;
  350. yynewbytes = yystacksize * sizeof (*Stack) + YYSTACK_GAP_MAX;
  351. yyptr += yynewbytes / sizeof (*yyptr);
  352.       }
  353.     while (0)
  355. #endif
  358. #if ! defined (YYSIZE_T) && defined (__SIZE_TYPE__)
  359. # define YYSIZE_T __SIZE_TYPE__
  360. #endif
  361. #if ! defined (YYSIZE_T) && defined (size_t)
  362. # define YYSIZE_T size_t
  363. #endif
  364. #if ! defined (YYSIZE_T)
  365. # if defined (__STDC__) || defined (__cplusplus)
  366. #  include <stddef.h> /* INFRINGES ON USER NAME SPACE */
  367. #  define YYSIZE_T size_t
  368. # endif
  369. #endif
  370. #if ! defined (YYSIZE_T)
  371. # define YYSIZE_T unsigned int
  372. #endif
  374. #define yyerrok (yyerrstatus = 0)
  375. #define yyclearin (yychar = YYEMPTY)
  376. #define YYEMPTY -2
  377. #define YYEOF 0
  378. #define YYACCEPT goto yyacceptlab
  379. #define YYABORT  goto yyabortlab
  380. #define YYERROR goto yyerrlab1
  381. /* Like YYERROR except do call yyerror.  This remains here temporarily
  382.    to ease the transition to the new meaning of YYERROR, for GCC.
  383.    Once GCC version 2 has supplanted version 1, this can go.  */
  384. #define YYFAIL goto yyerrlab
  385. #define YYRECOVERING()  (!!yyerrstatus)
  386. #define YYBACKUP(Token, Value)
  387. do
  388.   if (yychar == YYEMPTY && yylen == 1)
  389.     {
  390.       yychar = (Token);
  391.       yylval = (Value);
  392.       yychar1 = YYTRANSLATE (yychar);
  393.       YYPOPSTACK;
  394.       goto yybackup;
  395.     }
  396.   else
  397.     { 
  398.       yyerror ("syntax error: cannot back up");
  399.       YYERROR;
  400.     }
  401. while (0)
  403. #define YYTERROR 1
  404. #define YYERRCODE 256
  407. /* YYLLOC_DEFAULT -- Compute the default location (before the actions
  408.    are run).
  410.    When YYLLOC_DEFAULT is run, CURRENT is set the location of the
  411.    first token.  By default, to implement support for ranges, extend
  412.    its range to the last symbol.  */
  414. #ifndef YYLLOC_DEFAULT
  415. # define YYLLOC_DEFAULT(Current, Rhs, N)       
  416.    Current.last_line   = Rhs[N].last_line;
  417.    Current.last_column = Rhs[N].last_column;
  418. #endif
  421. /* YYLEX -- calling `yylex' with the right arguments.  */
  423. #if YYPURE
  424. # if YYLSP_NEEDED
  425. #  ifdef YYLEX_PARAM
  426. #   define YYLEX yylex (&yylval, &yylloc, YYLEX_PARAM)
  427. #  else
  428. #   define YYLEX yylex (&yylval, &yylloc)
  429. #  endif
  430. # else /* !YYLSP_NEEDED */
  431. #  ifdef YYLEX_PARAM
  432. #   define YYLEX yylex (&yylval, YYLEX_PARAM)
  433. #  else
  434. #   define YYLEX yylex (&yylval)
  435. #  endif
  436. # endif /* !YYLSP_NEEDED */
  437. #else /* !YYPURE */
  438. # define YYLEX yylex ()
  439. #endif /* !YYPURE */
  442. /* Enable debugging if requested.  */
  443. #if YYDEBUG
  445. # ifndef YYFPRINTF
  446. #  include <stdio.h> /* INFRINGES ON USER NAME SPACE */
  447. #  define YYFPRINTF fprintf
  448. # endif
  450. # define YYDPRINTF(Args)
  451. do {
  452.   if (yydebug)
  453.     YYFPRINTF Args;
  454. } while (0)
  455. /* Nonzero means print parse trace.  It is left uninitialized so that
  456.    multiple parsers can coexist.  */
  457. int yydebug;
  458. #else /* !YYDEBUG */
  459. # define YYDPRINTF(Args)
  460. #endif /* !YYDEBUG */
  462. /* YYINITDEPTH -- initial size of the parser's stacks.  */
  463. #ifndef YYINITDEPTH
  464. # define YYINITDEPTH 200
  465. #endif
  467. /* YYMAXDEPTH -- maximum size the stacks can grow to (effective only
  468.    if the built-in stack extension method is used).
  470.    Do not make this value too large; the results are undefined if
  471.    SIZE_MAX < YYSTACK_BYTES (YYMAXDEPTH)
  472.    evaluated with infinite-precision integer arithmetic.  */
  474. #if YYMAXDEPTH == 0
  475. # undef YYMAXDEPTH
  476. #endif
  478. #ifndef YYMAXDEPTH
  479. # define YYMAXDEPTH 10000
  480. #endif
  482. #ifdef YYERROR_VERBOSE
  484. # ifndef yystrlen
  485. #  if defined (__GLIBC__) && defined (_STRING_H)
  486. #   define yystrlen strlen
  487. #  else
  488. /* Return the length of YYSTR.  */
  489. static YYSIZE_T
  490. #   if defined (__STDC__) || defined (__cplusplus)
  491. yystrlen (const char *yystr)
  492. #   else
  493. yystrlen (yystr)
  494.      const char *yystr;
  495. #   endif
  496. {
  497.   register const char *yys = yystr;
  499.   while (*yys++ != '')
  500.     continue;
  502.   return yys - yystr - 1;
  503. }
  504. #  endif
  505. # endif
  507. # ifndef yystpcpy
  508. #  if defined (__GLIBC__) && defined (_STRING_H) && defined (_GNU_SOURCE)
  509. #   define yystpcpy stpcpy
  510. #  else
  511. /* Copy YYSRC to YYDEST, returning the address of the terminating '' in
  512.    YYDEST.  */
  513. static char *
  514. #   if defined (__STDC__) || defined (__cplusplus)
  515. yystpcpy (char *yydest, const char *yysrc)
  516. #   else
  517. yystpcpy (yydest, yysrc)
  518.      char *yydest;
  519.      const char *yysrc;
  520. #   endif
  521. {
  522.   register char *yyd = yydest;
  523.   register const char *yys = yysrc;
  525.   while ((*yyd++ = *yys++) != '')
  526.     continue;
  528.   return yyd - 1;
  529. }
  530. #  endif
  531. # endif
  532. #endif
  534. #line 315 "/usr/share/bison/bison.simple"
  537. /* The user can define YYPARSE_PARAM as the name of an argument to be passed
  538.    into yyparse.  The argument should have type void *.
  539.    It should actually point to an object.
  540.    Grammar actions can access the variable by casting it
  541.    to the proper pointer type.  */
  543. #ifdef YYPARSE_PARAM
  544. # if defined (__STDC__) || defined (__cplusplus)
  545. #  define YYPARSE_PARAM_ARG void *YYPARSE_PARAM
  546. #  define YYPARSE_PARAM_DECL
  547. # else
  548. #  define YYPARSE_PARAM_ARG YYPARSE_PARAM
  549. #  define YYPARSE_PARAM_DECL void *YYPARSE_PARAM;
  550. # endif
  551. #else /* !YYPARSE_PARAM */
  552. # define YYPARSE_PARAM_ARG
  553. # define YYPARSE_PARAM_DECL
  554. #endif /* !YYPARSE_PARAM */
  556. /* Prevent warning if -Wstrict-prototypes.  */
  557. #ifdef __GNUC__
  558. # ifdef YYPARSE_PARAM
  559. int yyparse (void *);
  560. # else
  561. int yyparse (void);
  562. # endif
  563. #endif
  565. /* YY_DECL_VARIABLES -- depending whether we use a pure parser,
  566.    variables are global, or local to YYPARSE.  */
  568. #define YY_DECL_NON_LSP_VARIABLES
  569. /* The lookahead symbol.  */
  570. int yychar;
  572. /* The semantic value of the lookahead symbol. */
  573. YYSTYPE yylval;
  575. /* Number of parse errors so far.  */
  576. int yynerrs;
  578. #if YYLSP_NEEDED
  579. # define YY_DECL_VARIABLES
  580. YY_DECL_NON_LSP_VARIABLES
  582. /* Location data for the lookahead symbol.  */
  583. YYLTYPE yylloc;
  584. #else
  585. # define YY_DECL_VARIABLES
  586. YY_DECL_NON_LSP_VARIABLES
  587. #endif
  590. /* If nonreentrant, generate the variables here. */
  592. #if !YYPURE
  593. YY_DECL_VARIABLES
  594. #endif  /* !YYPURE */
  596. int
  597. yyparse (YYPARSE_PARAM_ARG)
  598.      YYPARSE_PARAM_DECL
  599. {
  600.   /* If reentrant, generate the variables here. */
  601. #if YYPURE
  602.   YY_DECL_VARIABLES
  603. #endif  /* !YYPURE */
  605.   register int yystate;
  606.   register int yyn;
  607.   int yyresult;
  608.   /* Number of tokens to shift before error messages enabled.  */
  609.   int yyerrstatus;
  610.   /* Lookahead token as an internal (translated) token number.  */
  611.   int yychar1 = 0;
  613.   /* Three stacks and their tools:
  614.      `yyss': related to states,
  615.      `yyvs': related to semantic values,
  616.      `yyls': related to locations.
  618.      Refer to the stacks thru separate pointers, to allow yyoverflow
  619.      to reallocate them elsewhere.  */
  621.   /* The state stack. */
  622.   short yyssa[YYINITDEPTH];
  623.   short *yyss = yyssa;
  624.   register short *yyssp;
  626.   /* The semantic value stack.  */
  627.   YYSTYPE yyvsa[YYINITDEPTH];
  628.   YYSTYPE *yyvs = yyvsa;
  629.   register YYSTYPE *yyvsp;
  631. #if YYLSP_NEEDED
  632.   /* The location stack.  */
  633.   YYLTYPE yylsa[YYINITDEPTH];
  634.   YYLTYPE *yyls = yylsa;
  635.   YYLTYPE *yylsp;
  636. #endif
  638. #if YYLSP_NEEDED
  639. # define YYPOPSTACK   (yyvsp--, yyssp--, yylsp--)
  640. #else
  641. # define YYPOPSTACK   (yyvsp--, yyssp--)
  642. #endif
  644.   YYSIZE_T yystacksize = YYINITDEPTH;
  647.   /* The variables used to return semantic value and location from the
  648.      action routines.  */
  649.   YYSTYPE yyval;
  650. #if YYLSP_NEEDED
  651.   YYLTYPE yyloc;
  652. #endif
  654.   /* When reducing, the number of symbols on the RHS of the reduced
  655.      rule. */
  656.   int yylen;
  658.   YYDPRINTF ((stderr, "Starting parsen"));
  660.   yystate = 0;
  661.   yyerrstatus = 0;
  662.   yynerrs = 0;
  663.   yychar = YYEMPTY; /* Cause a token to be read.  */
  665.   /* Initialize stack pointers.
  666.      Waste one element of value and location stack
  667.      so that they stay on the same level as the state stack.
  668.      The wasted elements are never initialized.  */
  670.   yyssp = yyss;
  671.   yyvsp = yyvs;
  672. #if YYLSP_NEEDED
  673.   yylsp = yyls;
  674. #endif
  675.   goto yysetstate;
  677. /*------------------------------------------------------------.
  678. | yynewstate -- Push a new state, which is found in yystate.  |
  679. `------------------------------------------------------------*/
  680.  yynewstate:
  681.   /* In all cases, when you get here, the value and location stacks
  682.      have just been pushed. so pushing a state here evens the stacks.
  683.      */
  684.   yyssp++;
  686.  yysetstate:
  687.   *yyssp = yystate;
  689.   if (yyssp >= yyss + yystacksize - 1)
  690.     {
  691.       /* Get the current used size of the three stacks, in elements.  */
  692.       YYSIZE_T yysize = yyssp - yyss + 1;
  694. #ifdef yyoverflow
  695.       {
  696. /* Give user a chance to reallocate the stack. Use copies of
  697.    these so that the &'s don't force the real ones into
  698.    memory.  */
  699. YYSTYPE *yyvs1 = yyvs;
  700. short *yyss1 = yyss;
  702. /* Each stack pointer address is followed by the size of the
  703.    data in use in that stack, in bytes.  */
  704. # if YYLSP_NEEDED
  705. YYLTYPE *yyls1 = yyls;
  706. /* This used to be a conditional around just the two extra args,
  707.    but that might be undefined if yyoverflow is a macro.  */
  708. yyoverflow ("parser stack overflow",
  709.     &yyss1, yysize * sizeof (*yyssp),
  710.     &yyvs1, yysize * sizeof (*yyvsp),
  711.     &yyls1, yysize * sizeof (*yylsp),
  712.     &yystacksize);
  713. yyls = yyls1;
  714. # else
  715. yyoverflow ("parser stack overflow",
  716.     &yyss1, yysize * sizeof (*yyssp),
  717.     &yyvs1, yysize * sizeof (*yyvsp),
  718.     &yystacksize);
  719. # endif
  720. yyss = yyss1;
  721. yyvs = yyvs1;
  722.       }
  723. #else /* no yyoverflow */
  724. # ifndef YYSTACK_RELOCATE
  725.       goto yyoverflowlab;
  726. # else
  727.       /* Extend the stack our own way.  */
  728.       if (yystacksize >= YYMAXDEPTH)
  729. goto yyoverflowlab;
  730.       yystacksize *= 2;
  731.       if (yystacksize > YYMAXDEPTH)
  732. yystacksize = YYMAXDEPTH;
  734.       {
  735. short *yyss1 = yyss;
  736. union yyalloc *yyptr =
  737.   (union yyalloc *) YYSTACK_ALLOC (YYSTACK_BYTES (yystacksize));
  738. if (! yyptr)
  739.   goto yyoverflowlab;
  740. YYSTACK_RELOCATE (yyss);
  741. YYSTACK_RELOCATE (yyvs);
  742. # if YYLSP_NEEDED
  743. YYSTACK_RELOCATE (yyls);
  744. # endif
  745. # undef YYSTACK_RELOCATE
  746. if (yyss1 != yyssa)
  747.   YYSTACK_FREE (yyss1);
  748.       }
  749. # endif
  750. #endif /* no yyoverflow */
  752.       yyssp = yyss + yysize - 1;
  753.       yyvsp = yyvs + yysize - 1;
  754. #if YYLSP_NEEDED
  755.       yylsp = yyls + yysize - 1;
  756. #endif
  758.       YYDPRINTF ((stderr, "Stack size increased to %lun",
  759.   (unsigned long int) yystacksize));
  761.       if (yyssp >= yyss + yystacksize - 1)
  762. YYABORT;
  763.     }
  765.   YYDPRINTF ((stderr, "Entering state %dn", yystate));
  767.   goto yybackup;
  770. /*-----------.
  771. | yybackup.  |
  772. `-----------*/
  773. yybackup:
  775. /* Do appropriate processing given the current state.  */
  776. /* Read a lookahead token if we need one and don't already have one.  */
  777. /* yyresume: */
  779.   /* First try to decide what to do without reference to lookahead token.  */
  781.   yyn = yypact[yystate];
  782.   if (yyn == YYFLAG)
  783.     goto yydefault;
  785.   /* Not known => get a lookahead token if don't already have one.  */
  787.   /* yychar is either YYEMPTY or YYEOF
  788.      or a valid token in external form.  */
  790.   if (yychar == YYEMPTY)
  791.     {
  792.       YYDPRINTF ((stderr, "Reading a token: "));
  793.       yychar = YYLEX;
  794.     }
  796.   /* Convert token to internal form (in yychar1) for indexing tables with */
  798.   if (yychar <= 0) /* This means end of input. */
  799.     {
  800.       yychar1 = 0;
  801.       yychar = YYEOF; /* Don't call YYLEX any more */
  803.       YYDPRINTF ((stderr, "Now at end of input.n"));
  804.     }
  805.   else
  806.     {
  807.       yychar1 = YYTRANSLATE (yychar);
  809. #if YYDEBUG
  810.      /* We have to keep this `#if YYDEBUG', since we use variables
  811. which are defined only if `YYDEBUG' is set.  */
  812.       if (yydebug)
  813. {
  814.   YYFPRINTF (stderr, "Next token is %d (%s",
  815.      yychar, yytname[yychar1]);
  816.   /* Give the individual parser a way to print the precise
  817.      meaning of a token, for further debugging info.  */
  818. # ifdef YYPRINT
  819.   YYPRINT (stderr, yychar, yylval);
  820. # endif
  821.   YYFPRINTF (stderr, ")n");
  822. }
  823. #endif
  824.     }
  826.   yyn += yychar1;
  827.   if (yyn < 0 || yyn > YYLAST || yycheck[yyn] != yychar1)
  828.     goto yydefault;
  830.   yyn = yytable[yyn];
  832.   /* yyn is what to do for this token type in this state.
  833.      Negative => reduce, -yyn is rule number.
  834.      Positive => shift, yyn is new state.
  835.        New state is final state => don't bother to shift,
  836.        just return success.
  837.      0, or most negative number => error.  */
  839.   if (yyn < 0)
  840.     {
  841.       if (yyn == YYFLAG)
  842. goto yyerrlab;
  843.       yyn = -yyn;
  844.       goto yyreduce;
  845.     }
  846.   else if (yyn == 0)
  847.     goto yyerrlab;
  849.   if (yyn == YYFINAL)
  850.     YYACCEPT;
  852.   /* Shift the lookahead token.  */
  853.   YYDPRINTF ((stderr, "Shifting token %d (%s), ",
  854.       yychar, yytname[yychar1]));
  856.   /* Discard the token being shifted unless it is eof.  */
  857.   if (yychar != YYEOF)
  858.     yychar = YYEMPTY;
  860.   *++yyvsp = yylval;
  861. #if YYLSP_NEEDED
  862.   *++yylsp = yylloc;
  863. #endif
  865.   /* Count tokens shifted since error; after three, turn off error
  866.      status.  */
  867.   if (yyerrstatus)
  868.     yyerrstatus--;
  870.   yystate = yyn;
  871.   goto yynewstate;
  874. /*-----------------------------------------------------------.
  875. | yydefault -- do the default action for the current state.  |
  876. `-----------------------------------------------------------*/
  877. yydefault:
  878.   yyn = yydefact[yystate];
  879.   if (yyn == 0)
  880.     goto yyerrlab;
  881.   goto yyreduce;
  884. /*-----------------------------.
  885. | yyreduce -- Do a reduction.  |
  886. `-----------------------------*/
  887. yyreduce:
  888.   /* yyn is the number of a rule to reduce with.  */
  889.   yylen = yyr2[yyn];
  891.   /* If YYLEN is nonzero, implement the default value of the action:
  892.      `$$ = $1'.
  894.      Otherwise, the following line sets YYVAL to the semantic value of
  895.      the lookahead token.  This behavior is undocumented and Bison
  896.      users should not rely upon it.  Assigning to YYVAL
  897.      unconditionally makes the parser a bit smaller, and it avoids a
  898.      GCC warning that YYVAL may be used uninitialized.  */
  899.   yyval = yyvsp[1-yylen];
  901. #if YYLSP_NEEDED
  902.   /* Similarly for the default location.  Let the user run additional
  903.      commands if for instance locations are ranges.  */
  904.   yyloc = yylsp[1-yylen];
  905.   YYLLOC_DEFAULT (yyloc, (yylsp - yylen), yylen);
  906. #endif
  908. #if YYDEBUG
  909.   /* We have to keep this `#if YYDEBUG', since we use variables which
  910.      are defined only if `YYDEBUG' is set.  */
  911.   if (yydebug)
  912.     {
  913.       int yyi;
  915.       YYFPRINTF (stderr, "Reducing via rule %d (line %d), ",
  916.  yyn, yyrline[yyn]);
  918.       /* Print the symbols being reduced, and their result.  */
  919.       for (yyi = yyprhs[yyn]; yyrhs[yyi] > 0; yyi++)
  920. YYFPRINTF (stderr, "%s ", yytname[yyrhs[yyi]]);
  921.       YYFPRINTF (stderr, " -> %sn", yytname[yyr1[yyn]]);
  922.     }
  923. #endif
  925.   switch (yyn) {
  927. case 1:
  928. #line 69 "newick.ypp"
  929. { 
  930.     g_Tree = yyvsp[-1].nodeval;
  931. ;
  932.     break;}
  933. case 2:
  934. #line 75 "newick.ypp"
  935. { 
  936.     yyval.nodeval = yyvsp[-3].nodeval;
  937.     yyval.nodeval->GetValue().SetDist(yyvsp[0].dblval);
  938.     yyval.nodeval->GetValue().SetId(nodecount);
  939.     nodecount++; 
  940. ;
  941.     break;}
  942. case 3:
  943. #line 82 "newick.ypp"
  944. { 
  945.     yyval.nodeval = yyvsp[-1].nodeval;
  946.     yyval.nodeval->GetValue().SetId(nodecount);
  947.     nodecount++; 
  948. ;
  949.     break;}
  950. case 4:
  951. #line 88 "newick.ypp"
  952. { 
  953.     yyval.nodeval = new TPhyTreeNode;
  954.     yyval.nodeval->GetValue().SetLabel(yyvsp[-2].strval);
  955.     yyval.nodeval->GetValue().SetDist(yyvsp[0].dblval);
  956.     yyval.nodeval->GetValue().SetId(nodecount);
  957.     nodecount++; 
  958. ;
  959.     break;}
  960. case 5:
  961. #line 96 "newick.ypp"
  962. { 
  963.     yyval.nodeval = new TPhyTreeNode;
  964.     yyval.nodeval->GetValue().SetLabel(yyvsp[0].strval);
  965.     yyval.nodeval->GetValue().SetId(nodecount);
  966.     nodecount++; 
  967. ;
  968.     break;}
  969. case 6:
  970. #line 105 "newick.ypp"
  971. {
  972.     yyval.nodeval = new TPhyTreeNode;
  973.     yyval.nodeval->AddNode(yyvsp[0].nodeval);
  974. ;
  975.     break;}
  976. case 7:
  977. #line 110 "newick.ypp"
  978. {
  979.     yyval.nodeval = yyvsp[-2].nodeval;
  980.     yyval.nodeval->AddNode(yyvsp[0].nodeval);
  981. ;
  982.     break;}
  983. }
  985. #line 705 "/usr/share/bison/bison.simple"
  988.   yyvsp -= yylen;
  989.   yyssp -= yylen;
  990. #if YYLSP_NEEDED
  991.   yylsp -= yylen;
  992. #endif
  994. #if YYDEBUG
  995.   if (yydebug)
  996.     {
  997.       short *yyssp1 = yyss - 1;
  998.       YYFPRINTF (stderr, "state stack now");
  999.       while (yyssp1 != yyssp)
  1000. YYFPRINTF (stderr, " %d", *++yyssp1);
  1001.       YYFPRINTF (stderr, "n");
  1002.     }
  1003. #endif
  1005.   *++yyvsp = yyval;
  1006. #if YYLSP_NEEDED
  1007.   *++yylsp = yyloc;
  1008. #endif
  1010.   /* Now `shift' the result of the reduction.  Determine what state
  1011.      that goes to, based on the state we popped back to and the rule
  1012.      number reduced by.  */
  1014.   yyn = yyr1[yyn];
  1016.   yystate = yypgoto[yyn - YYNTBASE] + *yyssp;
  1017.   if (yystate >= 0 && yystate <= YYLAST && yycheck[yystate] == *yyssp)
  1018.     yystate = yytable[yystate];
  1019.   else
  1020.     yystate = yydefgoto[yyn - YYNTBASE];
  1022.   goto yynewstate;
  1025. /*------------------------------------.
  1026. | yyerrlab -- here on detecting error |
  1027. `------------------------------------*/
  1028. yyerrlab:
  1029.   /* If not already recovering from an error, report this error.  */
  1030.   if (!yyerrstatus)
  1031.     {
  1032.       ++yynerrs;
  1034. #ifdef YYERROR_VERBOSE
  1035.       yyn = yypact[yystate];
  1037.       if (yyn > YYFLAG && yyn < YYLAST)
  1038. {
  1039.   YYSIZE_T yysize = 0;
  1040.   char *yymsg;
  1041.   int yyx, yycount;
  1043.   yycount = 0;
  1044.   /* Start YYX at -YYN if negative to avoid negative indexes in
  1045.      YYCHECK.  */
  1046.   for (yyx = yyn < 0 ? -yyn : 0;
  1047.        yyx < (int) (sizeof (yytname) / sizeof (char *)); yyx++)
  1048.     if (yycheck[yyx + yyn] == yyx)
  1049.       yysize += yystrlen (yytname[yyx]) + 15, yycount++;
  1050.   yysize += yystrlen ("parse error, unexpected ") + 1;
  1051.   yysize += yystrlen (yytname[YYTRANSLATE (yychar)]);
  1052.   yymsg = (char *) YYSTACK_ALLOC (yysize);
  1053.   if (yymsg != 0)
  1054.     {
  1055.       char *yyp = yystpcpy (yymsg, "parse error, unexpected ");
  1056.       yyp = yystpcpy (yyp, yytname[YYTRANSLATE (yychar)]);
  1058.       if (yycount < 5)
  1059. {
  1060.   yycount = 0;
  1061.   for (yyx = yyn < 0 ? -yyn : 0;
  1062.        yyx < (int) (sizeof (yytname) / sizeof (char *));
  1063.        yyx++)
  1064.     if (yycheck[yyx + yyn] == yyx)
  1065.       {
  1066. const char *yyq = ! yycount ? ", expecting " : " or ";
  1067. yyp = yystpcpy (yyp, yyq);
  1068. yyp = yystpcpy (yyp, yytname[yyx]);
  1069. yycount++;
  1070.       }
  1071. }
  1072.       yyerror (yymsg);
  1073.       YYSTACK_FREE (yymsg);
  1074.     }
  1075.   else
  1076.     yyerror ("parse error; also virtual memory exhausted");
  1077. }
  1078.       else
  1079. #endif /* defined (YYERROR_VERBOSE) */
  1080. yyerror ("parse error");
  1081.     }
  1082.   goto yyerrlab1;
  1085. /*--------------------------------------------------.
  1086. | yyerrlab1 -- error raised explicitly by an action |
  1087. `--------------------------------------------------*/
  1088. yyerrlab1:
  1089.   if (yyerrstatus == 3)
  1090.     {
  1091.       /* If just tried and failed to reuse lookahead token after an
  1092.  error, discard it.  */
  1094.       /* return failure if at end of input */
  1095.       if (yychar == YYEOF)
  1096. YYABORT;
  1097.       YYDPRINTF ((stderr, "Discarding token %d (%s).n",
  1098.   yychar, yytname[yychar1]));
  1099.       yychar = YYEMPTY;
  1100.     }
  1102.   /* Else will try to reuse lookahead token after shifting the error
  1103.      token.  */
  1105.   yyerrstatus = 3; /* Each real token shifted decrements this */
  1107.   goto yyerrhandle;
  1110. /*-------------------------------------------------------------------.
  1111. | yyerrdefault -- current state does not do anything special for the |
  1112. | error token.                                                       |
  1113. `-------------------------------------------------------------------*/
  1114. yyerrdefault:
  1115. #if 0
  1116.   /* This is wrong; only states that explicitly want error tokens
  1117.      should shift them.  */
  1119.   /* If its default is to accept any token, ok.  Otherwise pop it.  */
  1120.   yyn = yydefact[yystate];
  1121.   if (yyn)
  1122.     goto yydefault;
  1123. #endif
  1126. /*---------------------------------------------------------------.
  1127. | yyerrpop -- pop the current state because it cannot handle the |
  1128. | error token                                                    |
  1129. `---------------------------------------------------------------*/
  1130. yyerrpop:
  1131.   if (yyssp == yyss)
  1132.     YYABORT;
  1133.   yyvsp--;
  1134.   yystate = *--yyssp;
  1135. #if YYLSP_NEEDED
  1136.   yylsp--;
  1137. #endif
  1139. #if YYDEBUG
  1140.   if (yydebug)
  1141.     {
  1142.       short *yyssp1 = yyss - 1;
  1143.       YYFPRINTF (stderr, "Error: state stack now");
  1144.       while (yyssp1 != yyssp)
  1145. YYFPRINTF (stderr, " %d", *++yyssp1);
  1146.       YYFPRINTF (stderr, "n");
  1147.     }
  1148. #endif
  1150. /*--------------.
  1151. | yyerrhandle.  |
  1152. `--------------*/
  1153. yyerrhandle:
  1154.   yyn = yypact[yystate];
  1155.   if (yyn == YYFLAG)
  1156.     goto yyerrdefault;
  1158.   yyn += YYTERROR;
  1159.   if (yyn < 0 || yyn > YYLAST || yycheck[yyn] != YYTERROR)
  1160.     goto yyerrdefault;
  1162.   yyn = yytable[yyn];
  1163.   if (yyn < 0)
  1164.     {
  1165.       if (yyn == YYFLAG)
  1166. goto yyerrpop;
  1167.       yyn = -yyn;
  1168.       goto yyreduce;
  1169.     }
  1170.   else if (yyn == 0)
  1171.     goto yyerrpop;
  1173.   if (yyn == YYFINAL)
  1174.     YYACCEPT;
  1176.   YYDPRINTF ((stderr, "Shifting error token, "));
  1178.   *++yyvsp = yylval;
  1179. #if YYLSP_NEEDED
  1180.   *++yylsp = yylloc;
  1181. #endif
  1183.   yystate = yyn;
  1184.   goto yynewstate;
  1187. /*-------------------------------------.
  1188. | yyacceptlab -- YYACCEPT comes here.  |
  1189. `-------------------------------------*/
  1190. yyacceptlab:
  1191.   yyresult = 0;
  1192.   goto yyreturn;
  1194. /*-----------------------------------.
  1195. | yyabortlab -- YYABORT comes here.  |
  1196. `-----------------------------------*/
  1197. yyabortlab:
  1198.   yyresult = 1;
  1199.   goto yyreturn;
  1201. /*---------------------------------------------.
  1202. | yyoverflowab -- parser overflow comes here.  |
  1203. `---------------------------------------------*/
  1204. yyoverflowlab:
  1205.   yyerror ("parser stack overflow");
  1206.   yyresult = 2;
  1207.   /* Fall through.  */
  1209. yyreturn:
  1210. #ifndef yyoverflow
  1211.   if (yyss != yyssa)
  1212.     YYSTACK_FREE (yyss);
  1213. #endif
  1214.   return yyresult;
  1215. }
  1216. #line 117 "newick.ypp"
  1219. void yyerror(const char *s)
  1220. {
  1221.     if (g_Tree) {
  1222.         delete g_Tree;
  1223.     } else {
  1224.         // delete only those nodes that are nobody's children
  1225.         vector<TPhyTreeNode*> del_list;
  1226.         ITERATE (vector<TPhyTreeNode*>, iter, g_NodeList) {
  1227.             if (!(*iter)->GetParent()) {
  1228.                 del_list.push_back(*iter);
  1229.             }
  1230.         }
  1231.         ITERATE (vector<TPhyTreeNode*>, iter, del_list) {
  1232.             delete *iter;
  1233.         }
  1234.     }
  1235.     g_NodeList.clear();
  1236.     throw runtime_error(string("error parsing Newick format tree file:  ")
  1237.                         + s);
  1238. }
  1240. void newick_flex_reset(void);
  1242. BEGIN_NCBI_SCOPE
  1244. TPhyTreeNode *ReadNewickTree(CNcbiIstream& is)
  1245. {
  1246.     g_NewickIstr = &is;
  1247.     g_Tree = 0;
  1248.     g_NodeList.clear();
  1249.     newick_flex_reset();
  1250.     yyparse();
  1251.     if (!g_Tree) {
  1252.         yyerror("unknown");
  1253.     }
  1254.     g_NodeList.clear();
  1255.     return g_Tree;
  1256. }
  1258. END_NCBI_SCOPE
  1261. /*
  1262.  * ===========================================================================
  1263.  * $Log: newick.tab.cpp,v $
  1264.  * Revision 1000.1  2004/06/01 18:09:32  gouriano
  1265.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  1266.  *
  1267.  * ===========================================================================
  1268.  */