生物技术

开发平台：
C/C++

phy_node.cpp：源码内容
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 * PRODUCTION $Log: phy_node.cpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 18:09:38  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
 * PRODUCTION
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 */
/*  $Id: phy_node.cpp,v 1000.1 2004/06/01 18:09:38 gouriano Exp $
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 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
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 *  purpose.
 *
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 *
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 *
 * Authors:  Josh Cherry
 *
 * File Description:  Things for representing and manipulating
 *          phylogenetic trees
 *
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#include <ncbi_pch.hpp>
#include <algo/phy_tree/phy_node.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
static string s_EncodeLabel(const string& label);
// recursive function
void PrintNode(CNcbiOstream& os, const TPhyTreeNode& node)
{
    if (!node.IsLeaf()) {
        os << '(';
        for (TPhyTreeNode::TNodeList_CI it = node.SubNodeBegin();
             it != node.SubNodeEnd();  ++it) {
            if (it != node.SubNodeBegin()) {
                os << ", ";
            }
            PrintNode(os, **it);
        }
        os << ')';
    }
    if (node.IsLeaf() || !node.GetValue().GetLabel().empty()) {
        os << s_EncodeLabel(node.GetValue().GetLabel());
    }
    if (node.GetValue().IsSetDist()) {
        os << ':' << node.GetValue().GetDist();
    }
}
CNcbiOstream& operator<<(CNcbiOstream& os, const TPhyTreeNode& tree)
{
    PrintNode(os, tree);
    os << ';' << endl;
    return os;
};
void WriteNexusTree(CNcbiOstream& os, const TPhyTreeNode& tree,
                    const string& tree_name)
{
    os << "#nexusnnbegin trees;ntree " << tree_name << " = "
       << tree << "nend;" << endl;
};
// Encode a label for Newick format: enclose it in single quotes,
// but first escape any single quotes by doubling them.
// e.g., "This 'label'" -> "'This ''label'''"
static string s_EncodeLabel(const string& label) {
    if (label.find_first_of("'") == string::npos) {
        return ''' + label + ''';
    }
    string rv;
    rv.reserve(label.size() + 2);
    rv.append(1, ''');
    for (unsigned int i = 0;  i < label.size();  ++i) {
        rv.append(1, label[i]);
        if (label[i] == ''') {
            // "'" -> "''"
            rv.append(1, label[i]);
        }
    }
    rv.append(1, ''');
    return rv;
}
END_NCBI_SCOPE
/*
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 * $Log: phy_node.cpp,v $
 * Revision 1000.1  2004/06/01 18:09:38  gouriano
 * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
 *
 * Revision 1.4  2004/05/21 21:41:03  gorelenk
 * Added PCH ncbi_pch.hpp
 *
 * Revision 1.3  2004/02/11 21:50:23  jcherry
 * Added Nexus format output
 *
 * Revision 1.2  2004/02/10 17:01:42  dicuccio
 * Use basic_string::append() instead of push_back, as the latter isn't found on
 * MSVC
 *
 * Revision 1.1  2004/02/10 15:15:58  jcherry
 * Initial version
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