生物技术

开发平台：
C/C++

blastx_options.cpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: blastx_options.cpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:06:01  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
/*  $Id: blastx_options.cpp,v 1000.2 2004/06/01 18:06:01 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
 *
 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
 *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
 *  the author's official duties as a United States Government employee and
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 *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
 *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
 *
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 *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
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 *  purpose.
 *
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 *
 * ===========================================================================
 *
 * Authors:  Christiam Camacho
 *
 */
/// @file blastx_options.cpp
/// Implements the CBlastxOptionsHandle class.
#include <ncbi_pch.hpp>
#include <algo/blast/api/blastx_options.hpp>
#include <objects/seqloc/Na_strand.hpp>
/** @addtogroup AlgoBlast
 *
 * @{
 */
BEGIN_NCBI_SCOPE
BEGIN_SCOPE(blast)
CBlastxOptionsHandle::CBlastxOptionsHandle(EAPILocality locality)
    : CBlastProteinOptionsHandle(locality)
{
    if (m_Opts->GetLocality() == CBlastOptions::eRemote) {
        return;
    }
    SetDefaults();
    m_Opts->SetProgram(eBlastx);
}
void 
CBlastxOptionsHandle::SetLookupTableDefaults()
{
    CBlastProteinOptionsHandle::SetLookupTableDefaults();
    m_Opts->SetWordThreshold(BLAST_WORD_THRESHOLD_BLASTX);
}
void
CBlastxOptionsHandle::SetQueryOptionDefaults()
{
    CBlastProteinOptionsHandle::SetQueryOptionDefaults();
    m_Opts->SetStrandOption(objects::eNa_strand_both);
    m_Opts->SetQueryGeneticCode(BLAST_GENETIC_CODE);
}
void
CBlastxOptionsHandle::SetScoringOptionsDefaults()
{
    CBlastProteinOptionsHandle::SetScoringOptionsDefaults();
}
void
CBlastxOptionsHandle::SetHitSavingOptionsDefaults()
{
    CBlastProteinOptionsHandle::SetHitSavingOptionsDefaults();
    m_Opts->SetSumStatisticsMode();
}
END_SCOPE(blast)
END_NCBI_SCOPE
/* @} */
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: blastx_options.cpp,v $
 * Revision 1000.2  2004/06/01 18:06:01  gouriano
 * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
 *
 * Revision 1.4  2004/05/21 21:41:02  gorelenk
 * Added PCH ncbi_pch.hpp
 *
 * Revision 1.3  2004/03/19 15:13:34  camacho
 * Move to doxygen group AlgoBlast
 *
 * Revision 1.2  2004/01/16 21:49:26  bealer
 * - Add locality flag for Blast4 API
 *
 * Revision 1.1  2003/11/26 18:24:00  camacho
 * +Blast Option Handle classes
 *
 * ===========================================================================
 */

						