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tblastx_options.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：4k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

tblastx_options.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: tblastx_options.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:06:27  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: tblastx_options.cpp,v 1000.2 2004/06/01 18:06:27 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Authors:  Christiam Camacho
  36.  *
  37.  */
  39. /// @file tblastx_options.cpp
  40. /// Implements the CTBlastxOptionsHandle class.
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <algo/blast/api/tblastx_options.hpp>
  44. #include <objects/seqloc/Na_strand.hpp>
  45. #include "blast_setup.hpp"
  47. /** @addtogroup AlgoBlast
  48.  *
  49.  * @{
  50.  */
  53. BEGIN_NCBI_SCOPE
  54. BEGIN_SCOPE(blast)
  56. CTBlastxOptionsHandle::CTBlastxOptionsHandle(EAPILocality locality)
  57.     : CBlastProteinOptionsHandle(locality)
  58. {
  59.     if (m_Opts->GetLocality() == CBlastOptions::eRemote) {
  60.         return;
  61.     }
  62.     SetDefaults();
  63.     m_Opts->SetProgram(eTblastx);
  64. }
  66. void 
  67. CTBlastxOptionsHandle::SetLookupTableDefaults()
  68. {
  69.     CBlastProteinOptionsHandle::SetLookupTableDefaults();
  70.     m_Opts->SetWordThreshold(BLAST_WORD_THRESHOLD_TBLASTX);
  71. }
  73. void
  74. CTBlastxOptionsHandle::SetQueryOptionDefaults()
  75. {
  76.     CBlastProteinOptionsHandle::SetQueryOptionDefaults();
  77.     m_Opts->SetStrandOption(objects::eNa_strand_both);
  78.     m_Opts->SetQueryGeneticCode(BLAST_GENETIC_CODE);
  79. }
  81. void
  82. CTBlastxOptionsHandle::SetScoringOptionsDefaults()
  83. {
  84.     CBlastProteinOptionsHandle::SetScoringOptionsDefaults();
  85.     m_Opts->SetGappedMode(false);
  86. }
  88. void
  89. CTBlastxOptionsHandle::SetHitSavingOptionsDefaults()
  90. {
  91.     CBlastProteinOptionsHandle::SetHitSavingOptionsDefaults();
  92.     m_Opts->SetSumStatisticsMode();
  93. }
  95. void
  96. CTBlastxOptionsHandle::SetGappedExtensionDefaults()
  97. {
  98.     CBlastProteinOptionsHandle::SetGappedExtensionDefaults();
  99.     m_Opts->SetGapXDropoff(BLAST_GAP_X_DROPOFF_TBLASTX);
  100.     m_Opts->SetGapXDropoffFinal(BLAST_GAP_X_DROPOFF_FINAL_TBLASTX);
  101. }
  103. void
  104. CTBlastxOptionsHandle::SetSubjectSequenceOptionsDefaults()
  105. {
  106.     m_Opts->SetDbGeneticCode(BLAST_GENETIC_CODE);
  107. }
  109. END_SCOPE(blast)
  110. END_NCBI_SCOPE
  113. /* @} */
  116. /*
  117.  * ===========================================================================
  118.  * $Log: tblastx_options.cpp,v $
  119.  * Revision 1000.2  2004/06/01 18:06:27  gouriano
  120.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  121.  *
  122.  * Revision 1.5  2004/05/21 21:41:02  gorelenk
  123.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  124.  *
  125.  * Revision 1.4  2004/03/19 15:13:34  camacho
  126.  * Move to doxygen group AlgoBlast
  127.  *
  128.  * Revision 1.3  2004/01/16 21:49:27  bealer
  129.  * - Add locality flag for Blast4 API
  130.  *
  131.  * Revision 1.2  2003/12/03 16:42:33  dondosha
  132.  * SetDbGeneticCode takes care of setting both integer and string now
  133.  *
  134.  * Revision 1.1  2003/11/26 18:24:01  camacho
  135.  * +Blast Option Handle classes
  136.  *
  137.  * ===========================================================================
  138.  */