开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
blast2seq.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：23k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

blast2seq.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: blast2seq.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.5  2004/06/01 18:06:32  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.46
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: blast2seq.cpp,v 1000.5 2004/06/01 18:06:32 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Authors:  Christiam Camacho
  36.  *
  37.  */
  39. /** @file blast2seq.cpp
  40.  * Main driver for blast2sequences C++ interface
  41.  */
  43. static char const rcsid[] = 
  44.     "$Id: blast2seq.cpp,v 1000.5 2004/06/01 18:06:32 gouriano Exp $";
  46. #include <ncbi_pch.hpp>
  47. #include <corelib/ncbiapp.hpp>
  48. #include <corelib/ncbienv.hpp>
  49. #include <corelib/ncbiargs.hpp>
  51. #include <serial/iterator.hpp>
  53. #include <objmgr/object_manager.hpp>
  54. #include <objmgr/scope.hpp>
  55. #include <objmgr/seq_vector.hpp>
  56. #include <objtools/data_loaders/genbank/gbloader.hpp>
  57. #include <objmgr/util/sequence.hpp>
  59. #include <corelib/ncbitime.hpp>
  60. #include <objtools/readers/fasta.hpp>
  62. #include <algo/blast/api/bl2seq.hpp>
  63. #include <algo/blast/api/blast_options.hpp>
  64. #include <algo/blast/api/blast_nucl_options.hpp>
  65. #include "blast_input.hpp"
  67. #include <objects/seqalign/Seq_align_set.hpp>
  69. USING_NCBI_SCOPE;
  70. USING_SCOPE(blast);
  71. USING_SCOPE(objects);
  74. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  75. /// CBlast2seqApplication: command line blast2sequences application
  76. /// @todo Implement formatting
  77. /// @todo refactor command line options, so that only those relevant to a
  78. /// particular program are shown (e.g: cvs -H command). This should be
  79. /// reusable by all BLAST command line clients
  81. class CBlast2seqApplication : public CNcbiApplication
  82. {
  83. private:
  84.     virtual void Init(void);
  85.     virtual int  Run(void);
  86.     virtual void Exit(void);
  88.     void InitObjMgr(void);
  89.     EProgram GetBlastProgramNum(const string& prog);
  90.     CBlastOptionsHandle* ProcessCommandLineArgs() THROWS((CBlastException));
  92. #ifndef NDEBUG
  93.     FILE* GetOutputFilePtr(void); // needed for debugging only
  94. #endif
  96.     CRef<CObjectManager>    m_ObjMgr;
  97.     CRef<CScope>            m_Scope;
  98. };
  100. void CBlast2seqApplication::Init(void)
  101. {
  102.     HideStdArgs(fHideLogfile | fHideConffile | fHideVersion);
  103.     auto_ptr<CArgDescriptions> arg_desc(new CArgDescriptions);
  105.     arg_desc->SetUsageContext(GetArguments().GetProgramBasename(),
  106.                               "Compares 2 sequence using the BLAST algorithm");
  108.     // Program type
  109.     arg_desc->AddKey("program", "p", "Type of BLAST program",
  110.             CArgDescriptions::eString);
  111.     arg_desc->SetConstraint
  112.         ("program", &(*new CArgAllow_Strings, 
  113.                 "blastp", "blastn", "blastx", "tblastn", "tblastx"));
  115.     // Query sequence
  116.     arg_desc->AddDefaultKey("query", "q", "Query file name",
  117.             CArgDescriptions::eInputFile, "-", CArgDescriptions::fPreOpen);
  119.     // Subject(s) sequence(s)
  120.     arg_desc->AddKey("subject", "s", "Subject(s) file name",
  121.             CArgDescriptions::eInputFile, CArgDescriptions::fPreOpen);
  123.     // Copied from blast_app
  124.     arg_desc->AddDefaultKey("strand", "strand", 
  125.         "Query strands to search: 1 forward, 2 reverse, 0,3 both",
  126.         CArgDescriptions::eInteger, "0");
  127.     arg_desc->SetConstraint("strand", new CArgAllow_Integers(0,3));
  128.     arg_desc->AddDefaultKey("filter", "filter", "Filtering option",
  129.                             CArgDescriptions::eString, "T");
  130.     arg_desc->AddDefaultKey("lcase", "lcase", "Should lower case be masked?",
  131.                             CArgDescriptions::eBoolean, "F");
  132.     arg_desc->AddDefaultKey("lookup", "lookup", 
  133.         "Type of lookup table: 0 default, 1 megablast",
  134.         CArgDescriptions::eInteger, "0");
  135.     arg_desc->AddDefaultKey("matrix", "matrix", "Scoring matrix name",
  136.                             CArgDescriptions::eString, "BLOSUM62");
  137.     arg_desc->AddDefaultKey("mismatch", "penalty", "Penalty score for a mismatch",
  138.                             CArgDescriptions::eInteger, "0");
  139.     arg_desc->AddDefaultKey("match", "reward", "Reward score for a match",
  140.                             CArgDescriptions::eInteger, "0");
  141.     arg_desc->AddDefaultKey("word", "wordsize", "Word size",
  142.                             CArgDescriptions::eInteger, "0");
  143.     arg_desc->AddDefaultKey("templen", "templen", 
  144.         "Discontiguous word template length",
  145.         CArgDescriptions::eInteger, "0");
  146.     arg_desc->SetConstraint("templen", 
  147.                             &(*new CArgAllow_Strings, "0", "16", "18", "21"));
  149.     arg_desc->AddDefaultKey("templtype", "templtype", 
  150.         "Discontiguous word template type",
  151.         CArgDescriptions::eInteger, "0");
  152.     arg_desc->SetConstraint("templtype", new CArgAllow_Integers(0,2));
  153.     arg_desc->AddDefaultKey("thresh", "threshold", 
  154.         "Score threshold for neighboring words",
  155.         CArgDescriptions::eInteger, "0");
  156.     arg_desc->AddDefaultKey("window","window", "Window size for two-hit extension",
  157.                             CArgDescriptions::eInteger, "0");
  158.     arg_desc->AddDefaultKey("scantype", "scantype", 
  159.         "Method for scanning the database: 0 traditional, 1 AG",
  160.         CArgDescriptions::eInteger, "1");
  161.     arg_desc->SetConstraint("scantype", new CArgAllow_Integers(0,1));
  163.     arg_desc->AddDefaultKey("varword", "varword", 
  164.         "Should variable word size be used?",
  165.         CArgDescriptions::eBoolean, "F");
  166.     arg_desc->AddDefaultKey("stride","stride", "Database scanning stride",
  167.                             CArgDescriptions::eInteger, "0");
  168.     arg_desc->AddDefaultKey("xungap", "xungapped", 
  169.         "X-dropoff value for ungapped extensions",
  170.         CArgDescriptions::eDouble, "0");
  171.     arg_desc->AddDefaultKey("ungapped", "ungapped", 
  172.         "Perform only an ungapped alignment search?",
  173.         CArgDescriptions::eBoolean, "F");
  174.     arg_desc->AddDefaultKey("greedy", "greedy", 
  175.         "Use greedy algorithm for gapped extensions: 0 no, 1 one-step, 2 two-step, 3 two-step with ungapped",
  176.         CArgDescriptions::eInteger, "0");
  177.     arg_desc->AddDefaultKey("gopen", "gapopen", "Penalty for opening a gap",
  178.                             CArgDescriptions::eInteger, "0");
  179.     arg_desc->AddDefaultKey("gext", "gapext", "Penalty for extending a gap",
  180.                             CArgDescriptions::eInteger, "0");
  181.     arg_desc->AddDefaultKey("xgap", "xdrop", 
  182.         "X-dropoff value for preliminary gapped extensions",
  183.         CArgDescriptions::eDouble, "0");
  184.     arg_desc->AddDefaultKey("xfinal", "xfinal", 
  185.         "X-dropoff value for final gapped extensions with traceback",
  186.         CArgDescriptions::eDouble, "0");
  187.     arg_desc->AddDefaultKey("evalue", "evalue", 
  188.         "E-value threshold for saving hits",
  189.         CArgDescriptions::eDouble, "0");
  190.     arg_desc->AddDefaultKey("searchsp", "searchsp", 
  191.         "Virtual search space to be used for statistical calculations",
  192.         CArgDescriptions::eDouble, "0");
  193.     arg_desc->AddDefaultKey("perc", "percident", 
  194.         "Percentage of identities cutoff for saving hits",
  195.         CArgDescriptions::eDouble, "0");
  196.     arg_desc->AddDefaultKey("descr", "descriptions",
  197.         "How many matching sequence descriptions to show?",
  198.         CArgDescriptions::eInteger, "500");
  199.     arg_desc->AddDefaultKey("align", "alignments", 
  200.         "How many matching sequence alignments to show?",
  201.         CArgDescriptions::eInteger, "250");
  202.     arg_desc->AddDefaultKey("out", "out", "File name for writing output",
  203.         CArgDescriptions::eOutputFile, "-", CArgDescriptions::fPreOpen);
  204.     arg_desc->AddDefaultKey("format", "format", 
  205.         "How to format the results?",
  206.         CArgDescriptions::eInteger, "0");
  207.     arg_desc->AddDefaultKey("html", "html", "Produce HTML output?",
  208.                             CArgDescriptions::eBoolean, "F");
  209.     arg_desc->AddDefaultKey("gencode", "gencode", "Query genetic code",
  210.                             CArgDescriptions::eInteger, "0");
  211.     arg_desc->AddDefaultKey("dbgencode", "dbgencode", "Database genetic code",
  212.                             CArgDescriptions::eInteger, "0");
  213.     arg_desc->AddDefaultKey("maxintron", "maxintron", 
  214.                             "Longest allowed intron length for linking HSPs",
  215.                             CArgDescriptions::eInteger, "0");
  216.     arg_desc->AddDefaultKey("frameshift", "frameshift",
  217.                             "Frame shift penalty (blastx only)",
  218.                             CArgDescriptions::eInteger, "0");
  219.     arg_desc->AddOptionalKey("asnout", "seqalignasn", 
  220.         "File name for writing the seqalign results in ASN.1 form",
  221.         CArgDescriptions::eOutputFile);
  223.     // Debug parameters
  224.     arg_desc->AddFlag("trace", "Tracing enabled?", true);
  226.     SetupArgDescriptions(arg_desc.release());
  227. }
  229. void 
  230. CBlast2seqApplication::InitObjMgr(void)
  231. {
  232.     m_ObjMgr.Reset(new CObjectManager);
  233.     m_ObjMgr->RegisterDataLoader(*new CGBDataLoader, CObjectManager::eDefault);
  234. }
  236. EProgram
  237. CBlast2seqApplication::GetBlastProgramNum(const string& prog)
  238. {
  239.     if (prog == "blastp")
  240.         return eBlastp;
  241.     if (prog == "blastn")
  242.         return eBlastn;
  243.     if (prog == "blastx")
  244.         return eBlastx;
  245.     if (prog == "tblastn")
  246.         return eTblastn;
  247.     if (prog == "tblastx")
  248.         return eTblastx;
  249.     return eBlastProgramMax;
  250. }
  252. CBlastOptionsHandle*
  253. CBlast2seqApplication::ProcessCommandLineArgs() THROWS((CBlastException))
  254. {
  255.     CArgs args = GetArgs();
  257.     EProgram prog = GetBlastProgramNum(args["program"].AsString());
  258.     CBlastOptionsHandle* retval = CBlastOptionsFactory::Create(prog);
  259.     if ( !retval ) {
  260.         NCBI_THROW(CBlastException, eOutOfMemory, "");
  261.     }
  262.     CBlastOptions& opt = retval->SetOptions();
  264.     if (args["strand"].AsInteger()) {
  265.         switch (args["strand"].AsInteger()) {
  266.         case 1: opt.SetStrandOption(eNa_strand_plus); break;
  267.         case 2: opt.SetStrandOption(eNa_strand_minus); break;
  268.         case 3: opt.SetStrandOption(eNa_strand_both); break;
  269.         default: abort();
  270.         }
  271.     }
  273.     opt.SetFilterString(args["filter"].AsString().c_str());
  274.     // FIXME: Handle lcase masking
  276.     if (args["lookup"].AsInteger()) {
  277.         opt.SetLookupTableType(args["lookup"].AsInteger());
  278.     }
  279.     if (args["matrix"]) {
  280.         opt.SetMatrixName(args["matrix"].AsString().c_str());
  281.     }
  282.     if (args["mismatch"].AsInteger()) {
  283.         opt.SetMismatchPenalty(args["mismatch"].AsInteger());
  284.     }
  285.     if (args["match"].AsInteger()) {
  286.         opt.SetMatchReward(args["match"].AsInteger());
  287.     }
  288.     if (args["word"].AsInteger()) {
  289.         opt.SetWordSize(args["word"].AsInteger());
  290.     }
  291.     if (args["templen"].AsInteger()) {
  292.         opt.SetMBTemplateLength(args["templen"].AsInteger());
  293.     }
  294.     if (args["templtype"].AsInteger()) {
  295.         opt.SetMBTemplateType(args["templtype"].AsInteger());
  296.     }
  297.     if (args["thresh"].AsInteger()) {
  298.         opt.SetWordThreshold(args["thresh"].AsInteger());
  299.     }
  300.     if (args["window"].AsInteger()) {
  301.         opt.SetWindowSize(args["window"].AsInteger());
  302.     }
  304.     // The next 3 apply to nucleotide searches only
  305.     string program = args["program"].AsString();
  306.     if (program == "blastn") {
  307.         // Setting seed extension method involves changing the scanning 
  308.         // stride as well, which is handled in the derived 
  309.         // CBlastNucleotideOptionsHandle class, but not in the base
  310.         // CBlastOptionsHandle class.
  311.         CBlastNucleotideOptionsHandle* opts_handle = 
  312.             dynamic_cast<CBlastNucleotideOptionsHandle*>(retval);
  313.         if (!args["templen"].AsInteger()) {
  314.             opt.SetVariableWordSize(args["varword"].AsBoolean());
  315.             switch(args["scantype"].AsInteger()) {
  316.             case 1:
  317.                 opts_handle->SetSeedExtensionMethod(eRightAndLeft);
  318.                 break;
  319.             default:
  320.                 opts_handle->SetSeedExtensionMethod(eRight);
  321.                 break;
  322.             }
  323.         } else {
  324.             // Discontiguous Mega BLAST: only one extension method.
  325.             opts_handle->SetSeedExtensionMethod(eRight); 
  326.         }
  327.         // Override the scan step value if it is set by user
  328.         if (args["stride"].AsInteger()) {
  329.             opt.SetScanStep(args["stride"].AsInteger());
  330.         }
  331.     }
  333.     if (args["xungap"].AsDouble()) {
  334.         opt.SetXDropoff(args["xungap"].AsDouble());
  335.     }
  337.     if (args["ungapped"].AsBoolean()) {
  338.         opt.SetGappedMode(false);
  339.     }
  341.     if (args["gopen"].AsInteger()) {
  342.         opt.SetGapOpeningCost(args["gopen"].AsInteger());
  343.     }
  344.     if (args["gext"].AsInteger()) {
  345.         opt.SetGapExtensionCost(args["gext"].AsInteger());
  346.     }
  348.     switch (args["greedy"].AsInteger()) {
  349.     case 1: /* Immediate greedy gapped extension with traceback */
  350.         opt.SetGapExtnAlgorithm(eGreedyWithTracebackExt);
  351.         opt.SetUngappedExtension(false);
  352.         break;
  353.     case 2: /* Two-step greedy extension, no ungapped extension */
  354.         opt.SetGapExtnAlgorithm(eGreedyExt);
  355.         opt.SetUngappedExtension(false);
  356.         break;
  357.     case 3: /* Two-step greedy extension after ungapped extension*/
  358.         opt.SetGapExtnAlgorithm(eGreedyExt);
  359.         break;
  360.     default: break;
  361.     }
  364.     if (args["xgap"].AsDouble()) {
  365.         opt.SetGapXDropoff(args["xgap"].AsDouble());
  366.     }
  367.     if (args["xfinal"].AsDouble()) {
  368.         opt.SetGapXDropoffFinal(args["xfinal"].AsDouble());
  369.     }
  371.     if (args["evalue"].AsDouble()) {
  372.         opt.SetEvalueThreshold(args["evalue"].AsDouble());
  373.     }
  375.     if (args["searchsp"].AsDouble()) {
  376.         opt.SetEffectiveSearchSpace((Int8) args["searchsp"].AsDouble());
  377.     }
  378.     if (args["perc"].AsDouble()) {
  379.         opt.SetPercentIdentity(args["perc"].AsDouble());
  380.     }
  382.     if (args["gencode"].AsInteger()) {
  383.         opt.SetQueryGeneticCode(args["gencode"].AsInteger());
  384.     }
  385.     if (args["dbgencode"].AsInteger()) {
  386.         opt.SetDbGeneticCode(args["dbgencode"].AsInteger());
  387.     }
  389.     if (args["maxintron"].AsInteger()) {
  390.         opt.SetLongestIntronLength(args["maxintron"].AsInteger());
  391.     }
  392.     if (args["frameshift"].AsInteger()) {
  393.         opt.SetFrameShiftPenalty(args["frameshift"].AsInteger());
  394.         opt.SetOutOfFrameMode();
  395.     }
  397.     return retval;
  398. }
  400. #ifndef NDEBUG
  401. FILE*
  402. CBlast2seqApplication::GetOutputFilePtr(void)
  403. {
  404.     FILE *retval = NULL;
  406.     if (GetArgs()["out"].AsString() == "-")
  407.         retval = stdout;    
  408.     else
  409.         retval = fopen((char *)GetArgs()["out"].AsString().c_str(), "a");
  411.     ASSERT(retval);
  412.     return retval;
  413. }
  414. #endif
  416. /*****************************************************************************/
  418. int CBlast2seqApplication::Run(void)
  419. {
  420.     try {
  421.         InitObjMgr();
  422.         int counter = 0;
  423.         const CArgs args = GetArgs();
  424.         Uint1 program_number;
  426.         if (args["trace"])
  427.             SetDiagTrace(eDT_Enable);
  429.         BlastProgram2Number(args["program"].AsString().c_str(), 
  430.                             &program_number);
  431.         EProgram program = static_cast<EProgram>(program_number);
  432.         ENa_strand query_strand = eNa_strand_unknown;
  433.         ENa_strand subject_strand = eNa_strand_unknown;
  435.         if (program == eBlastn || program == eBlastx) { 
  436.             int cmdline_strand = args["strand"].AsInteger();
  438.             if (cmdline_strand == 1)
  439.                 query_strand = eNa_strand_plus;
  440.             else if (cmdline_strand == 2)
  441.                 query_strand = eNa_strand_minus;
  442.             else
  443.                 query_strand = eNa_strand_both;
  444.          }
  446.         if (program == eBlastn ||
  447.             program == eTblastn ||
  448.             program == eTblastx)
  449.             subject_strand = eNa_strand_plus;
  451.         // Retrieve input sequences
  452.         TSeqLocVector query_loc = 
  453.             BLASTGetSeqLocFromStream(args["query"].AsInputFile(), *m_ObjMgr,
  454.               query_strand, 0, 0, &counter, args["lcase"].AsBoolean());
  456.         TSeqLocVector subject_loc = 
  457.             BLASTGetSeqLocFromStream(args["subject"].AsInputFile(), *m_ObjMgr,
  458.               subject_strand, 0, 0, &counter);
  460.         CBlastOptionsHandle& opt_handle = *ProcessCommandLineArgs();
  462. #ifndef NDEBUG
  463.         CStopWatch sw;
  464.         sw.Start();
  465. #endif
  467.         CBl2Seq blaster(query_loc, subject_loc, opt_handle);
  468.         TSeqAlignVector seqalignv = blaster.Run();
  470. #ifndef NDEBUG
  471.         double t = sw.Elapsed();
  472.         cerr << "CBl2seq run took " << t << " seconds" << endl;
  473.         if (seqalignv.size() == 0) {
  474.             cerr << "Returned NULL SeqAlign!" << endl;
  475.             exit(1);
  476.         }
  477. #endif
  479.         // Our poor man's formatting ...  
  480.         if (args["asnout"]) {
  481.             auto_ptr<CObjectOStream> asnout(
  482.                 CObjectOStream::Open(args["asnout"].AsString(), eSerial_AsnText));
  483.             for (unsigned int index = 0; index < seqalignv.size(); ++index)
  484.                 *asnout << *seqalignv[index];
  485.         }
  487.     } catch (const CException& e) {
  488.         cerr << e.what() << endl;
  489.     }
  491.     return 0;
  492. }
  494. void CBlast2seqApplication::Exit(void)
  495. {
  496.     SetDiagStream(0);
  497. }
  500. int main(int argc, const char* argv[])
  501. {
  502.     return CBlast2seqApplication().AppMain(argc, argv, 0, eDS_Default, 0);
  503. }
  506. /*
  507.  * ===========================================================================
  508.  * $Log: blast2seq.cpp,v $
  509.  * Revision 1000.5  2004/06/01 18:06:32  gouriano
  510.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.46
  511.  *
  512.  * Revision 1.46  2004/05/21 21:41:02  gorelenk
  513.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  514.  *
  515.  * Revision 1.45  2004/05/19 14:52:02  camacho
  516.  * 1. Added doxygen tags to enable doxygen processing of algo/blast/core
  517.  * 2. Standardized copyright, CVS $Id string, $Log and rcsid formatting and i
  518.  *    location
  519.  * 3. Added use of @todo doxygen keyword
  520.  *
  521.  * Revision 1.44  2004/05/17 15:33:57  madden
  522.  * Int algorithm_type replaced with enum EBlastPrelimGapExt
  523.  *
  524.  * Revision 1.43  2004/04/30 15:56:31  papadopo
  525.  * Plus/minus/both strands are acceptable for any blast program
  526.  * that takes a nucleotide query
  527.  *
  528.  * Revision 1.42  2004/04/23 13:51:56  papadopo
  529.  * handle strands for blastx correctly
  530.  *
  531.  * Revision 1.41  2004/04/19 21:35:23  papadopo
  532.  * explicitly calculate strands for input sequences
  533.  *
  534.  * Revision 1.40  2004/03/26 18:50:32  camacho
  535.  * Use CException::what() in catch block
  536.  *
  537.  * Revision 1.39  2004/03/17 20:09:08  dondosha
  538.  * Use CBlastNucleotideOptionsHandle method to set both extension method and scan step, instead of directly calling CalculateBestStride
  539.  *
  540.  * Revision 1.38  2004/03/11 17:27:41  camacho
  541.  * Minor change to avoid confusing doxygen
  542.  *
  543.  * Revision 1.37  2004/03/09 18:55:34  dondosha
  544.  * Fix: set out-of-frame mode boolean option in addition to the frame shift penalty
  545.  *
  546.  * Revision 1.36  2004/02/13 03:31:51  camacho
  547.  * 1. Use CBlastOptionsHandle class (still needs some work)
  548.  * 2. Remove dead code, clean up, add @todo doxygen tags
  549.  *
  550.  * Revision 1.35  2004/01/05 18:50:27  vasilche
  551.  * Fixed path to include files.
  552.  *
  553.  * Revision 1.34  2003/12/31 20:05:58  dondosha
  554.  * For discontiguous megablast, set extension method and scanning stride correctly
  555.  *
  556.  * Revision 1.33  2003/12/09 15:13:58  camacho
  557.  * Use difference scopes for queries and subjects
  558.  *
  559.  * Revision 1.32  2003/12/04 17:07:51  camacho
  560.  * Remove yet another unused variable
  561.  *
  562.  * Revision 1.31  2003/11/26 18:36:45  camacho
  563.  * Renaming blast_option*pp -> blast_options*pp
  564.  *
  565.  * Revision 1.30  2003/11/26 18:24:32  camacho
  566.  * +Blast Option Handle classes
  567.  *
  568.  * Revision 1.29  2003/11/03 15:20:39  camacho
  569.  * Make multiple query processing the default for Run().
  570.  *
  571.  * Revision 1.28  2003/10/27 20:52:29  dondosha
  572.  * Made greedy option an integer, to specify number of extension stages
  573.  *
  574.  * Revision 1.27  2003/10/24 20:55:30  camacho
  575.  * Rename GetDefaultStride
  576.  *
  577.  * Revision 1.26  2003/10/22 16:48:09  dondosha
  578.  * Changed "ag" option to "scantype";
  579.  * Use function from core library to calculate default value of stride if AG
  580.  * scanning method is used.
  581.  *
  582.  * Revision 1.25  2003/10/21 22:15:33  camacho
  583.  * Rearranging of C options structures, fix seed extension method
  584.  *
  585.  * Revision 1.24  2003/10/21 17:34:34  camacho
  586.  * Renaming of gap open/extension accessors/mutators
  587.  *
  588.  * Revision 1.23  2003/10/17 18:22:28  dondosha
  589.  * Use separate variables for different initial word extension options
  590.  *
  591.  * Revision 1.22  2003/10/08 15:27:02  camacho
  592.  * Remove unnecessary conditional
  593.  *
  594.  * Revision 1.21  2003/10/07 17:37:10  dondosha
  595.  * Lower case mask is now a boolean argument in call to BLASTGetSeqLocFromStream
  596.  *
  597.  * Revision 1.20  2003/09/26 21:36:29  dondosha
  598.  * Show results for all queries in multi-query case
  599.  *
  600.  * Revision 1.19  2003/09/26 15:42:23  dondosha
  601.  * Added second argument to SetExtendWordMethod, so bit can be set or unset
  602.  *
  603.  * Revision 1.18  2003/09/11 17:46:16  camacho
  604.  * Changed CBlastOption -> CBlastOptions
  605.  *
  606.  * Revision 1.17  2003/09/09 15:43:43  ucko
  607.  * Fix #include directive for blast_input.hpp.
  608.  *
  609.  * Revision 1.16  2003/09/05 18:24:28  camacho
  610.  * Restoring printing of SeqAlign, fix setting of default word extension method
  611.  *
  612.  * Revision 1.15  2003/08/28 23:17:20  camacho
  613.  * Add processing of command-line options
  614.  *
  615.  * Revision 1.14  2003/08/19 20:36:44  dondosha
  616.  * EProgram enum type is no longer part of CBlastOptions class
  617.  *
  618.  * Revision 1.13  2003/08/18 20:58:57  camacho
  619.  * Added blast namespace, removed *__.hpp includes
  620.  *
  621.  * Revision 1.12  2003/08/18 17:07:42  camacho
  622.  * Introduce new SSeqLoc structure (replaces pair<CSeq_loc, CScope>).
  623.  * Change in function to read seqlocs from files.
  624.  *
  625.  * Revision 1.11  2003/08/15 16:03:00  dondosha
  626.  * TSeqLoc and TSeqLocVector types no longer belong to class CBl2Seq, but are common to all BLAST applications
  627.  *
  628.  * Revision 1.10  2003/08/11 20:16:43  camacho
  629.  * Change return type of BLASTGetSeqLocFromStream and fix namespaces
  630.  *
  631.  * Revision 1.9  2003/08/11 15:26:30  dondosha
  632.  * BLASTGetSeqLocFromStream function moved to blast_input.cpp
  633.  *
  634.  * Revision 1.8  2003/08/08 20:46:08  camacho
  635.  * Fix to use new ReadFasta arguments
  636.  *
  637.  * Revision 1.7  2003/08/08 20:24:31  dicuccio
  638.  * Adjustments for Unix build: rename 'ncmimath' -> 'ncbi_math'; fix #include in demo app
  639.  *
  640.  * Revision 1.6  2003/08/01 22:38:31  camacho
  641.  * Added conditional compilation to write seqaligns
  642.  *
  643.  * Revision 1.5  2003/07/30 16:33:31  madden
  644.  * Remove C toolkit dependencies
  645.  *
  646.  * Revision 1.4  2003/07/16 20:25:34  camacho
  647.  * Added dummy features argument to C formatter
  648.  *
  649.  * Revision 1.3  2003/07/14 21:53:32  camacho
  650.  * Minor
  651.  *
  652.  * Revision 1.2  2003/07/11 21:22:57  camacho
  653.  * Use same command line option as blast to display seqalign
  654.  *
  655.  * Revision 1.1  2003/07/10 18:35:58  camacho
  656.  * Initial revision
  657.  *
  658.  * ===========================================================================
  659.  */