生物技术

开发平台：
C/C++

blast_input.cpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: blast_input.cpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/06/01 18:06:38  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.22
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
/*  $Id: blast_input.cpp,v 1000.3 2004/06/01 18:06:38 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *
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 *
 * Authors:  Christiam Camacho
 *
 */
/** @file blast_input.cpp
 * Reading FASTA from an input file
 */
static char const rcsid[] = 
    "$Id: blast_input.cpp,v 1000.3 2004/06/01 18:06:38 gouriano Exp $";
#include <ncbi_pch.hpp>
#include <serial/iterator.hpp>
#include <objmgr/util/sequence.hpp>
#include <objtools/readers/fasta.hpp>
#include <objtools/readers/reader_exception.hpp>
#include <objects/seq/Bioseq.hpp>
#include <objects/seqloc/Seq_loc.hpp>
#include <objects/seqloc/Seq_interval.hpp>
#include <objmgr/scope.hpp>
#include <algo/blast/api/blast_aux.hpp>
#include "blast_input.hpp"
BEGIN_NCBI_SCOPE
USING_SCOPE(objects);
BEGIN_SCOPE(blast)
TSeqLocVector
BLASTGetSeqLocFromStream(CNcbiIstream& in, CObjectManager& objmgr, 
                         ENa_strand strand, TSeqPos from, TSeqPos to, 
                         int *counter, bool get_lcase_mask)
{
    TSeqLocVector retval;
    CRef<CSeq_entry> seq_entry;
    vector<CConstRef<CSeq_loc> > lcase_mask;
    CRef<CScope> scope(new CScope(objmgr));
    scope->AddDefaults();
    if (get_lcase_mask) {
        if ( !(seq_entry = ReadFasta(in, fReadFasta_AllSeqIds, counter, 
                                     &lcase_mask)))
            NCBI_THROW(CObjReaderException, eInvalid, 
                       "Could not retrieve seq entry");
    } else {
        if ( !(seq_entry = ReadFasta(in, fReadFasta_AllSeqIds, counter)))
            NCBI_THROW(CObjReaderException, eInvalid, 
                       "Could not retrieve seq entry");
    }
    int index = 0;
    scope->AddTopLevelSeqEntry(*seq_entry);
    for (CTypeConstIterator<CBioseq> itr(ConstBegin(*seq_entry)); itr; ++itr) {
        CRef<CSeq_loc> seqloc(new CSeq_loc());
        TSeqPos seq_length = sequence::GetLength(*itr->GetId().front(), 
                                                scope)-1;
        if (to > 0 && to < seq_length)
            seqloc->SetInt().SetTo(to);
        else
            seqloc->SetInt().SetTo(seq_length);
        if (from > 0 && from < seq_length && from < to)
            seqloc->SetInt().SetFrom(from);
        else
            seqloc->SetInt().SetFrom(0);
        seqloc->SetInt().SetStrand(strand);
        seqloc->SetInt().SetId().Assign(*itr->GetId().front());
        //CRef<CScope> s(scope);
        SSeqLoc sl(seqloc, scope);
        if (get_lcase_mask) {
            sl.mask.Reset(lcase_mask[index++]);
        }
        retval.push_back(sl);
    }
    return retval;
}
END_SCOPE(blast)
END_NCBI_SCOPE

						