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disc_nucl_options.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：4k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

disc_nucl_options.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: disc_nucl_options.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:06:10  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: disc_nucl_options.cpp,v 1000.2 2004/06/01 18:06:10 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Authors:  Christiam Camacho
  36.  *
  37.  */
  39. /// @file disc_nucl_options.cpp
  40. /// Implements the CDiscNucleotideOptionsHandle class.
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <algo/blast/api/disc_nucl_options.hpp>
  44. #include <objects/seqloc/Na_strand.hpp>
  45. #include "blast_setup.hpp"
  47. /** @addtogroup AlgoBlast
  48.  *
  49.  * @{
  50.  */
  53. BEGIN_NCBI_SCOPE
  54. BEGIN_SCOPE(blast)
  56. CDiscNucleotideOptionsHandle::CDiscNucleotideOptionsHandle(EAPILocality locality)
  57.     : CBlastNucleotideOptionsHandle(locality)
  58. {
  59.     if (m_Opts->GetLocality() == CBlastOptions::eRemote) {
  60.         return;
  61.     }
  62.     SetDefaults();
  63.     m_Opts->SetProgram(eBlastn);
  64. }
  66. void 
  67. CDiscNucleotideOptionsHandle::SetMBLookupTableDefaults()
  68. {
  69.     CBlastNucleotideOptionsHandle::SetMBLookupTableDefaults();
  70.     SetTemplateType(0);
  71.     SetTemplateLength(21);
  72.     SetWordSize(BLAST_WORDSIZE_NUCL);
  73.     SetScanStep(4);
  74. }
  76. void 
  77. CDiscNucleotideOptionsHandle::SetMBInitialWordOptionsDefaults()
  78. {
  79.     SetXDropoff(BLAST_UNGAPPED_X_DROPOFF_NUCL);
  80.     SetWindowSize(BLAST_WINDOW_SIZE_DISC);
  81.     SetSeedContainerType(eDiagArray);
  82.     SetVariableWordSize(BLAST_VARWORD_NUCL);
  83.     SetSeedExtensionMethod(eRight);
  84.     SetUngappedExtension();
  85. }
  87. void
  88. CDiscNucleotideOptionsHandle::SetMBGappedExtensionDefaults()
  89. {
  90.     SetGapXDropoff(BLAST_GAP_X_DROPOFF_NUCL);
  91.     SetGapXDropoffFinal(BLAST_GAP_X_DROPOFF_FINAL_NUCL);
  92.     SetGapTrigger(BLAST_GAP_TRIGGER_NUCL);
  93.     SetGapExtnAlgorithm(eDynProgExt);
  94. }
  96. void
  97. CDiscNucleotideOptionsHandle::SetMBScoringOptionsDefaults()
  98. {
  99.     CBlastNucleotideOptionsHandle::SetScoringOptionsDefaults();
  100. }
  102. void
  103. CDiscNucleotideOptionsHandle::SetTraditionalBlastnDefaults()
  104. {
  105.     NCBI_THROW(CBlastException, eNotSupported, 
  106.    "Blastn uses a seed extension method incompatible with discontiguous nuclotide blast");
  107. }
  109. END_SCOPE(blast)
  110. END_NCBI_SCOPE
  113. /* @} */
  116. /*
  117.  * ===========================================================================
  118.  * $Log: disc_nucl_options.cpp,v $
  119.  * Revision 1000.2  2004/06/01 18:06:10  gouriano
  120.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
  121.  *
  122.  * Revision 1.8  2004/05/21 21:41:02  gorelenk
  123.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  124.  *
  125.  * Revision 1.7  2004/05/17 15:32:39  madden
  126.  * Int algorithm_type replaced with enum EBlastPrelimGapExt
  127.  *
  128.  * Revision 1.6  2004/03/22 20:14:22  dondosha
  129.  * Make dynamic programming gapped extension default for discontiguous megablast
  130.  *
  131.  * Revision 1.5  2004/03/19 15:13:34  camacho
  132.  * Move to doxygen group AlgoBlast
  133.  *
  134.  * Revision 1.4  2004/03/17 21:48:32  dondosha
  135.  * Added custom SetMBInitialWordOptionsDefaults and SetMBGappedExtensionDefaults methods
  136.  *
  137.  * Revision 1.3  2004/02/03 18:36:10  dondosha
  138.  * Reset the stride to 4 in SetMBLookupTableDefaults
  139.  *
  140.  * Revision 1.2  2004/01/16 21:54:52  bealer
  141.  * - Blast4 API changes.
  142.  *
  143.  * Revision 1.1  2003/11/26 18:24:01  camacho
  144.  * +Blast Option Handle classes
  145.  *
  146.  * ===========================================================================
  147.  */