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blast_nucl_options.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：9k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

blast_nucl_options.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: blast_nucl_options.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:05:41  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.11
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: blast_nucl_options.cpp,v 1000.2 2004/06/01 18:05:41 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Authors:  Christiam Camacho
  36.  *
  37.  */
  39. /// @file blast_nucl_options.cpp
  40. /// Implements the CBlastNucleotideOptionsHandle class.
  42. #include <ncbi_pch.hpp>
  43. #include <algo/blast/core/blast_encoding.h>
  44. #include <algo/blast/api/blast_nucl_options.hpp>
  45. #include <objects/seqloc/Na_strand.hpp>
  46. #include "blast_setup.hpp"
  48. /** @addtogroup AlgoBlast
  49.  *
  50.  * @{
  51.  */
  54. BEGIN_NCBI_SCOPE
  55. BEGIN_SCOPE(blast)
  57. CBlastNucleotideOptionsHandle::CBlastNucleotideOptionsHandle(EAPILocality locality)
  58.     : CBlastOptionsHandle(locality)
  59. {
  60.     SetDefaults();
  61. }
  63. void
  64. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetDefaults()
  65. {
  66.     SetTraditionalMegablastDefaults();
  67.     m_Opts->SetProgram(eBlastn);
  68. }
  70. void
  71. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetTraditionalBlastnDefaults()
  72. {
  73.     if (m_Opts->GetLocality() == CBlastOptions::eRemote) {
  74.         return;
  75.     }
  76.     SetQueryOptionDefaults();
  77.     SetLookupTableDefaults();
  78.     // NB: Initial word defaults must be set after lookup table defaults, 
  79.     // because default scanning stride depends on the lookup table type.
  80.     SetInitialWordOptionsDefaults();
  81.     SetGappedExtensionDefaults();
  82.     SetScoringOptionsDefaults();
  83.     SetHitSavingOptionsDefaults();
  84.     SetEffectiveLengthsOptionsDefaults();
  85. }
  87. void
  88. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetTraditionalMegablastDefaults()
  89. {
  90.     if (m_Opts->GetLocality() == CBlastOptions::eRemote) {
  91.         return;
  92.     }
  93.     SetQueryOptionDefaults();
  94.     SetMBLookupTableDefaults();
  95.     // NB: Initial word defaults must be set after lookup table defaults, 
  96.     // because default scanning stride depends on the lookup table type.
  97.     SetMBInitialWordOptionsDefaults();
  98.     SetMBGappedExtensionDefaults();
  99.     SetMBScoringOptionsDefaults();
  100.     SetHitSavingOptionsDefaults();
  101.     SetEffectiveLengthsOptionsDefaults();
  102. }
  104. void 
  105. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetLookupTableDefaults()
  106. {
  107.     SetLookupTableType(NA_LOOKUP_TABLE);
  108.     SetWordSize(BLAST_WORDSIZE_NUCL);
  109.     m_Opts->SetWordThreshold(BLAST_WORD_THRESHOLD_BLASTN);
  110.     SetAlphabetSize(BLASTNA_SIZE);
  112.     unsigned int stride = CalculateBestStride(GetWordSize(), 
  113.                                               BLAST_VARWORD_NUCL, 
  114.                                               GetLookupTableType());
  115.     SetScanStep(stride);
  116. }
  118. void 
  119. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetMBLookupTableDefaults()
  120. {
  121.     SetLookupTableType(MB_LOOKUP_TABLE);
  122.     SetWordSize(BLAST_WORDSIZE_MEGABLAST);
  123.     m_Opts->SetWordThreshold(BLAST_WORD_THRESHOLD_MEGABLAST);
  124.     m_Opts->SetMBMaxPositions(INT4_MAX);
  125.     SetAlphabetSize(BLASTNA_SIZE);
  127.     // Note: stride makes no sense in the context of eRight extension 
  128.     // method
  129.     unsigned int stride = CalculateBestStride(GetWordSize(), 
  130.                                               BLAST_VARWORD_MEGABLAST, 
  131.                                               GetLookupTableType());
  132.     SetScanStep(stride);
  133. }
  135. void
  136. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetQueryOptionDefaults()
  137. {
  138.     SetFilterString("D");
  139.     SetStrandOption(objects::eNa_strand_both);
  140. }
  142. void
  143. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetInitialWordOptionsDefaults()
  144. {
  145.     SetXDropoff(BLAST_UNGAPPED_X_DROPOFF_NUCL);
  146.     SetWindowSize(BLAST_WINDOW_SIZE_NUCL);
  147.     SetSeedContainerType(eDiagArray);
  148.     SetVariableWordSize(BLAST_VARWORD_NUCL);
  149.     SetSeedExtensionMethod(eRightAndLeft);
  150.     SetUngappedExtension();
  151. }
  153. void
  154. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetMBInitialWordOptionsDefaults()
  155. {
  156.     SetWindowSize(BLAST_WINDOW_SIZE_NUCL);
  157.     SetSeedContainerType(eDiagArray);
  158.     SetVariableWordSize(BLAST_VARWORD_MEGABLAST);
  159.     SetSeedExtensionMethod(eRightAndLeft);
  160. }
  162. void
  163. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetGappedExtensionDefaults()
  164. {
  165.     SetGapXDropoff(BLAST_GAP_X_DROPOFF_NUCL);
  166.     SetGapXDropoffFinal(BLAST_GAP_X_DROPOFF_FINAL_NUCL);
  167.     SetGapTrigger(BLAST_GAP_TRIGGER_NUCL);
  168.     SetGapExtnAlgorithm(eDynProgExt);
  169. }
  171. void
  172. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetMBGappedExtensionDefaults()
  173. {
  174.     SetGapXDropoff(BLAST_GAP_X_DROPOFF_NUCL);
  175.     SetGapXDropoffFinal(BLAST_GAP_X_DROPOFF_FINAL_NUCL);
  176.     SetGapTrigger(BLAST_GAP_TRIGGER_NUCL);
  177.     SetGapExtnAlgorithm(eGreedyWithTracebackExt);
  178. }
  181. void
  182. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetScoringOptionsDefaults()
  183. {
  184.     SetMatrixName(NULL);
  185.     SetMatrixPath(FindMatrixPath(GetMatrixName(), false).c_str());
  186.     SetGapOpeningCost(BLAST_GAP_OPEN_NUCL);
  187.     SetGapExtensionCost(BLAST_GAP_EXTN_NUCL);
  188.     SetMatchReward(BLAST_REWARD);
  189.     SetMismatchPenalty(BLAST_PENALTY);
  190.     SetGappedMode();
  192.     // set out-of-frame options to invalid? values
  193.     m_Opts->SetOutOfFrameMode(false);
  194.     m_Opts->SetFrameShiftPenalty(INT2_MAX);
  195.     m_Opts->SetDecline2AlignPenalty(INT2_MAX);
  196. }
  198. void
  199. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetMBScoringOptionsDefaults()
  200. {
  201.     SetMatrixName(NULL);
  202.     SetMatrixPath(FindMatrixPath(GetMatrixName(), false).c_str());
  203.     SetGapOpeningCost(BLAST_GAP_OPEN_MEGABLAST);
  204.     SetGapExtensionCost(BLAST_GAP_EXTN_MEGABLAST);
  205.     SetMatchReward(BLAST_REWARD);
  206.     SetMismatchPenalty(BLAST_PENALTY);
  207.     SetGappedMode();
  209.     // set out-of-frame options to invalid? values
  210.     m_Opts->SetOutOfFrameMode(false);
  211.     m_Opts->SetFrameShiftPenalty(INT2_MAX);
  212.     m_Opts->SetDecline2AlignPenalty(INT2_MAX);
  213. }
  214. void
  215. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetHitSavingOptionsDefaults()
  216. {
  217.     SetHitlistSize(500);
  218.     SetPrelimHitlistSize(550);
  219.     SetEvalueThreshold(BLAST_EXPECT_VALUE);
  220.     SetPercentIdentity(0);
  221.     // set some default here, allow INT4MAX to mean infinity
  222.     SetMaxNumHspPerSequence(0); 
  223.     // this is never used... altough it could be calculated
  224.     //m_Opts->SetTotalHspLimit(FIXME);
  226.     SetCutoffScore(0); // will be calculated based on evalue threshold,
  227.     // effective lengths and Karlin-Altschul params in BLAST_Cutoffs_simple
  228.     // and passed to the engine in the params structure
  230.     // not applicable
  231.     m_Opts->SetRequiredStart(0);
  232.     m_Opts->SetRequiredEnd(0);
  233. }
  235. void
  236. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetEffectiveLengthsOptionsDefaults()
  237. {
  238.     SetDbLength(0);
  239.     SetDbSeqNum(1);
  240.     SetEffectiveSearchSpace(0);
  241.     SetUseRealDbSize();
  242. }
  244. void
  245. CBlastNucleotideOptionsHandle::SetSubjectSequenceOptionsDefaults()
  246. {}
  248. END_SCOPE(blast)
  249. END_NCBI_SCOPE
  252. /* @} */
  255. /*
  256.  * ===========================================================================
  257.  * $Log: blast_nucl_options.cpp,v $
  258.  * Revision 1000.2  2004/06/01 18:05:41  gouriano
  259.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.11
  260.  *
  261.  * Revision 1.11  2004/05/21 21:41:02  gorelenk
  262.  * Added PCH ncbi_pch.hpp
  263.  *
  264.  * Revision 1.10  2004/05/17 15:32:39  madden
  265.  * Int algorithm_type replaced with enum EBlastPrelimGapExt
  266.  *
  267.  * Revision 1.9  2004/04/07 03:06:15  camacho
  268.  * Added blast_encoding.[hc], refactoring blast_stat.[hc]
  269.  *
  270.  * Revision 1.8  2004/03/22 20:15:26  dondosha
  271.  * Set final x-dropoff for MB extension defaults
  272.  *
  273.  * Revision 1.7  2004/03/19 15:13:34  camacho
  274.  * Move to doxygen group AlgoBlast
  275.  *
  276.  * Revision 1.6  2004/03/17 19:15:28  dondosha
  277.  * Corrected order of defaults setting, so scanning stride is set properly
  278.  *
  279.  * Revision 1.5  2004/03/11 17:27:12  camacho
  280.  * Fix incorrect doxygen file directive
  281.  *
  282.  * Revision 1.4  2004/02/17 23:53:31  dondosha
  283.  * Added setting of preliminary hitlist size
  284.  *
  285.  * Revision 1.3  2004/02/10 19:47:46  dondosha
  286.  * Added SetMBGappedExtensionDefaults method; corrected megablast defaults setting
  287.  *
  288.  * Revision 1.2  2004/01/16 21:49:26  bealer
  289.  * - Add locality flag for Blast4 API
  290.  *
  291.  * Revision 1.1  2003/11/26 18:23:59  camacho
  292.  * +Blast Option Handle classes
  293.  *
  294.  * ===========================================================================
  295.  */