开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
remote_blast.cpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：23k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

remote_blast.cpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: remote_blast.cpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 18:06:16  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.13
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /*  $Id: remote_blast.cpp,v 1000.1 2004/06/01 18:06:16 gouriano Exp $
  11. * ===========================================================================
  12. *
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. *
  33. * ===========================================================================
  34. *
  35. * Author:  Kevin Bealer
  36. *
  37. * ===========================================================================
  38. */
  40. /// @file remote_blast.cpp
  41. /// Queueing and Polling code for Remote Blast API.
  43. #include <ncbi_pch.hpp>
  44. #include <corelib/ncbi_system.hpp>
  45. #include <algo/blast/api/remote_blast.hpp>
  47. #include <objects/blast/blastclient.hpp>
  48. #include <objects/blast/blast__.hpp>
  49. #include <objects/scoremat/scoremat__.hpp>
  51. #if defined(NCBI_OS_UNIX)
  52. #include <unistd.h>
  53. #endif
  55. /** @addtogroup AlgoBlast
  56.  *
  57.  * @{
  58.  */
  60. BEGIN_NCBI_SCOPE
  61. USING_SCOPE(objects);
  62. BEGIN_SCOPE(blast)
  64. // Static functions
  65. template <class T>
  66. void
  67. s_Output(CNcbiOstream & os, CRef<T> t)
  68. {
  69.     auto_ptr<CObjectOStream> x(CObjectOStream::Open(eSerial_AsnText, os));
  70.     *x << *t;
  71.     os.flush();
  72. }
  74. typedef list< CRef<CBlast4_error> > TErrorList;
  76. static bool
  77. s_SearchPending(CRef<CBlast4_reply> reply)
  78. {
  79.     const list< CRef<CBlast4_error> > & errors = reply->GetErrors();
  80.     
  81.     TErrorList::const_iterator i;
  82.     
  83.     for(i = errors.begin(); i != errors.end(); i++) {
  84.         if ((*i)->GetCode() == eBlast4_error_code_search_pending) {
  85.             return true;
  86.         }
  87.     }
  88.     return false;
  89. }
  91. void CRemoteBlast::x_SearchErrors(CRef<CBlast4_reply> reply)
  92. {
  93.     const list< CRef<CBlast4_error> > & errors = reply->GetErrors();
  94.     
  95.     TErrorList::const_iterator i;
  96.     
  97.     for(i = errors.begin(); i != errors.end(); i++) {
  98.         string msg;
  99.         
  100.         if ((*i)->CanGetMessage() && (! (*i)->GetMessage().empty())) {
  101.             msg = ": ";
  102.             msg += (*i)->GetMessage();
  103.         }
  104.         
  105.         switch((*i)->GetCode()) {
  106.         case eBlast4_error_code_conversion_warning:
  107.             m_Warn.push_back(string("Warning: conversion_warning") + msg);
  108.             break;
  109.             
  110.         case eBlast4_error_code_internal_error:
  111.             m_Errs.push_back(string("Error: internal_error") + msg);
  112.             break;
  113.             
  114.         case eBlast4_error_code_not_implemented:
  115.             m_Errs.push_back(string("Error: not_implemented") + msg);
  116.             break;
  117.             
  118.         case eBlast4_error_code_not_allowed:
  119.             m_Errs.push_back(string("Error: not_allowed") + msg);
  120.             break;
  121.             
  122.         case eBlast4_error_code_bad_request:
  123.             m_Errs.push_back(string("Error: bad_request") + msg);
  124.             break;
  125.             
  126.         case eBlast4_error_code_bad_request_id:
  127.             m_Errs.push_back(string("Error: bad_request_id") + msg);
  128.             break;
  129.         }
  130.     }
  131. }
  135. // CBlast4Option methods
  137. void CRemoteBlast::x_CheckConfig(void)
  138. {
  139.     // If not configured, throw an exception - the associated string
  140.     // will contain a list of the missing pieces.
  141.     
  142.     if (0 != m_NeedConfig) {
  143.         string cfg("Configuration required:");
  144.         
  145.         if (eProgram & m_NeedConfig) {
  146.             cfg += " <program>";
  147.         }
  148.         
  149.         if (eService & m_NeedConfig) {
  150.             cfg += " <service>";
  151.         }
  152.         
  153.         if (eQueries & m_NeedConfig) {
  154.             cfg += " <queries>";
  155.         }
  156.         
  157.         if (eSubject & m_NeedConfig) {
  158.             cfg += " <subject>";
  159.         }
  160.         
  161.         NCBI_THROW(CBlastException, eInternal, cfg.c_str());
  162.     }
  163. }
  165. CRef<CBlast4_reply>
  166. CRemoteBlast::x_SendRequest(CRef<CBlast4_request_body> body)
  167. {
  168.     // If not configured, throw.
  169.     x_CheckConfig();
  170.     
  171.     // Create the request; optionally echo it
  172.     
  173.     CRef<CBlast4_request> request(new CBlast4_request);
  174.     request->SetBody(*body);
  175.     
  176.     if (eDebug == m_Verbose) {
  177.         s_Output(NcbiCout, request);
  178.     }
  179.     
  180.     // submit to server, get reply; optionally echo it
  181.     
  182.     CRef<CBlast4_reply> reply(new CBlast4_reply);
  183.     
  184.     try {
  185.         //throw some_kind_of_nothing();
  186.         CBlast4Client().Ask(*request, *reply);
  187.     }
  188.     catch(const CEofException&) {
  189.         ERR_POST(Error << "No response from server, cannot "
  190.                  "complete request.");
  191.         
  192. #if defined(NCBI_OS_UNIX)
  193.         // Use _exit() to avoid coredump.
  194.         _exit(-1);
  195. #else
  196.         exit(-1);
  197. #endif
  198.     }
  199.     
  200.     if (eDebug == m_Verbose) {
  201.         s_Output(NcbiCout, reply);
  202.     }
  203.     
  204.     return reply;
  205. }
  207. CRef<CBlast4_reply>
  208. CRemoteBlast::x_GetSearchResults(void)
  209. {
  210.     CRef<CBlast4_get_search_results_request>
  211.         gsrr(new CBlast4_get_search_results_request);
  212.     
  213.     gsrr->SetRequest_id(m_RID);
  214.     
  215.     CRef<CBlast4_request_body> body(new CBlast4_request_body);
  216.     body->SetGet_search_results(*gsrr);
  217.     
  218.     return x_SendRequest(body);
  219. }
  221. // Pre:  start, wait, or done
  222. // Post: failed or done
  224. // Returns: true if done
  226. bool CRemoteBlast::SubmitSync(int seconds)
  227. {
  228.     // eFailed: no work to do, already an error.
  229.     // eDone:   already done, just return.
  230.     
  231.     EImmediacy immed = ePollAsync;
  232.     
  233.     switch(x_GetState()) {
  234.     case eStart:
  235.         x_SubmitSearch();
  236.         if (! m_Errs.empty()) {
  237.             break;
  238.         }
  239.         immed = ePollImmed;
  240.         // fall through
  241.         
  242.     case eWait:
  243.         x_PollUntilDone(immed, seconds);
  244.         break;
  245.     }
  246.     
  247.     return (x_GetState() == eDone);
  248. }
  252. // Pre:  start
  253. // Post: failed, wait or done
  255. // Returns: true if no error so far
  257. bool CRemoteBlast::Submit(void)
  258. {
  259.     switch(x_GetState()) {
  260.     case eStart:
  261.         x_SubmitSearch();
  262.     }
  263.     
  264.     return m_Errs.empty();
  265. }
  267. // Pre:  start, wait or done
  268. // Post: wait or done
  270. // Returns: true if done
  272. bool CRemoteBlast::CheckDone(void)
  273. {
  274.     switch(x_GetState()) {
  275.     case eFailed:
  276.     case eDone:
  277.         break;
  278.         
  279.     case eStart:
  280.         Submit();
  281.         break;
  282.         
  283.     case eWait:
  284.         x_CheckResults();
  285.     }
  286.     
  287.     return (x_GetState() == eDone);
  288. }
  290. CRemoteBlast::TGSRR * CRemoteBlast::x_GetGSRR(void)
  291. {
  292.     TGSRR* rv = NULL;
  293.     
  294.     if (SubmitSync() &&
  295.         m_Reply.NotEmpty() &&
  296.         m_Reply->CanGetBody() &&
  297.         m_Reply->GetBody().IsGet_search_results()) {
  298.         
  299.         rv = & (m_Reply->SetBody().SetGet_search_results());
  300.     }
  301.     
  302.     return rv;
  303. }
  305. CRef<objects::CSeq_align_set> CRemoteBlast::GetAlignments(void)
  306. {
  307.     CRef<objects::CSeq_align_set> rv;
  308.     
  309.     TGSRR * gsrr = x_GetGSRR();
  310.     
  311.     if (gsrr && gsrr->CanGetAlignments()) {
  312.         rv = & (gsrr->SetAlignments());
  313.     }
  314.     
  315.     return rv;
  316. }
  318. CRef<objects::CBlast4_phi_alignments> CRemoteBlast::GetPhiAlignments(void)
  319. {
  320.     CRef<objects::CBlast4_phi_alignments> rv;
  321.     
  322.     TGSRR * gsrr = x_GetGSRR();
  323.     
  324.     if (gsrr && gsrr->CanGetPhi_alignments()) {
  325.         rv = & (gsrr->SetPhi_alignments());
  326.     }
  327.     
  328.     return rv;
  329. }
  331. CRef<objects::CBlast4_mask> CRemoteBlast::GetMask(void)
  332. {
  333.     CRef<objects::CBlast4_mask> rv;
  334.     
  335.     TGSRR * gsrr = x_GetGSRR();
  336.     
  337.     if (gsrr && gsrr->CanGetMask()) {
  338.         rv = & (gsrr->SetMask());
  339.     }
  340.     
  341.     return rv;
  342. }
  344. list< CRef<objects::CBlast4_ka_block > > CRemoteBlast::GetKABlocks(void)
  345. { 
  346.     list< CRef<objects::CBlast4_ka_block > > rv;
  347.         
  348.     TGSRR * gsrr = x_GetGSRR();
  349.     
  350.     if (gsrr && gsrr->CanGetKa_blocks()) {
  351.         rv = (gsrr->SetKa_blocks());
  352.     }
  353.     
  354.     return rv;
  355. }
  357. list< string > CRemoteBlast::GetSearchStats(void)
  358. {
  359.     list< string > rv;
  360.     
  361.     TGSRR * gsrr = x_GetGSRR();
  362.     
  363.     if (gsrr && gsrr->CanGetSearch_stats()) {
  364.         rv = (gsrr->SetSearch_stats());
  365.     }
  366.     
  367.     return rv;
  368. }
  370. CRef<objects::CScore_matrix_parameters> CRemoteBlast::GetPSSM(void)
  371. {
  372.     CRef<objects::CScore_matrix_parameters> rv;
  373.     
  374.     TGSRR * gsrr = x_GetGSRR();
  375.     
  376.     if (gsrr && gsrr->CanGetPssm()) {
  377.         rv = & (gsrr->SetPssm());
  378.     }
  379.     
  380.     return rv;
  381. }
  384. // Internal CRemoteBlast methods
  386. int CRemoteBlast::x_GetState(void)
  387. {
  388.     // CBlast4Option states:
  389.     
  390.     // 0. start  (no rid, no errors)
  391.     // 1. failed (errors)
  392.     // 2. wait   (has rid, no errors, still pending)
  393.     // 3. done   (has rid, no errors, not pending)
  394.     
  395.     int rv = 0;
  396.     
  397.     if (! m_Errs.empty()) {
  398.         rv = eFailed;
  399.     } else if (m_RID.empty()) {
  400.         rv = eStart;
  401.     } else if (m_Pending) {
  402.         rv = eWait;
  403.     } else {
  404.         rv = eDone;
  405.     }
  406.     
  407.     return rv;
  408. }
  410. void CRemoteBlast::x_SubmitSearch(void)
  411. {
  412.     if (m_QSR.Empty()) {
  413.         m_Errs.push_back("No request exists and no RID was specified.");
  414.         return;
  415.     }
  416.     
  417.     x_SetAlgoOpts();
  418.     
  419.     CRef<CBlast4_request_body> body(new CBlast4_request_body);
  420.     body->SetQueue_search(*m_QSR);
  421.     
  422.     CRef<CBlast4_reply> reply;
  423.     
  424.     try {
  425.         reply = x_SendRequest(body);
  426.     }
  427.     catch(const CEofException&) {
  428.         m_Errs.push_back("No response from server, cannot complete request.");
  429.         return;
  430.     }
  431.     
  432.     if (reply->CanGetBody()  &&
  433.         reply->GetBody().GetQueue_search().CanGetRequest_id()) {
  434.         
  435.         m_RID = reply->GetBody().GetQueue_search().GetRequest_id();
  436.     }
  437.     
  438.     x_SearchErrors(reply);
  439.     
  440.     if (m_Errs.empty()) {
  441.         m_Pending = true;
  442.     }
  443. }
  445. void CRemoteBlast::x_CheckResults(void)
  446. {
  447.     if (! m_Errs.empty()) {
  448.         m_Pending = false;
  449.     }
  450.     
  451.     if (! m_Pending) {
  452.         return;
  453.     }
  454.     
  455.     CRef<CBlast4_reply> r;
  456.     
  457.     bool try_again = true;
  458.     
  459.     while(try_again) {
  460.         try {
  461.             r = x_GetSearchResults();
  462.             m_Pending = s_SearchPending(r);
  463.             try_again = false;
  464.         }
  465.         catch(const CEofException&) {
  466.             --m_ErrIgn;
  467.             
  468.             if (m_ErrIgn == 0) {
  469.                 m_Errs.push_back("No response from server, "
  470.                                  "cannot complete request.");
  471.                 return;
  472.             }
  473.             
  474.             SleepSec(10);
  475.         }
  476.     }
  477.     
  478.     if (! m_Pending) {
  479.         x_SearchErrors(r);
  480.         
  481.         if (! m_Errs.empty()) {
  482.             return;
  483.         } else if (r->CanGetBody() && r->GetBody().IsGet_search_results()) {
  484.             m_Reply = r;
  485.         } else {
  486.             m_Errs.push_back("Results were not a get-search-results reply");
  487.         }
  488.     }
  489. }
  491. // The input here is a hint as to whether the request might be ready.
  492. // If the flag is true, then we are polling immediately after
  493. // submission.  In this case, the results will not be ready, and so we
  494. // skip the first results check to reduce net traffic.  If the flag is
  495. // false, then the user is using the asynchronous interface, and we do
  496. // not know how long it has been since the request was submitted.  In
  497. // this case, we check the results before sleeping.
  498. //
  499. // If this was always set to 'true' then async mode would -always-
  500. // sleep.  This is undesireable in the case where (for example) 100
  501. // requests are batched together - the mandatory sleeps would add to a
  502. // total of 1000 seconds, more than a quarter hour.
  503. //
  504. // If it were always specified as 'false', then synchronous mode would
  505. // shoot off an immediate 'check results' as soon as the "submit"
  506. // returned, which creates unnecessary traffic.
  507. //
  508. // Futher optimizations are no doubt possible.
  510. void CRemoteBlast::x_PollUntilDone(EImmediacy immed, int timeout)
  511. {
  512.     if (eDebug == m_Verbose)
  513.         cout << "polling " << 0 << endl;
  514.     
  515.     // Configuration - internal for now
  516.     
  517.     double start_sec = 10.0;
  518.     double increment = 1.30;
  519.     double max_sleep = 300.0;
  520.     double max_time  = timeout;
  521.     
  522.     if (eDebug == m_Verbose)
  523.         cout << "polling " << start_sec << "/" << increment << "/" << max_sleep << "/" << max_time << "/" << endl;
  524.     
  525.     // End config
  526.     
  527.     double sleep_next = start_sec;
  528.     double sleep_totl = 0.0;
  529.     
  530.     if (eDebug == m_Verbose)
  531.         cout << "line " << __LINE__ << " sleep next " << sleep_next << " sleep totl " << sleep_totl << endl;
  532.     
  533.     if (ePollAsync == immed) {
  534.         x_CheckResults();
  535.     }
  536.     
  537.     while (m_Pending && (sleep_totl < max_time)) {
  538.         if (eDebug == m_Verbose)
  539.             cout << " about to sleep " << sleep_next << endl;
  540.         
  541.         double max_left = max_time - sleep_totl;
  542.         
  543.         // Don't oversleep
  544.         if (sleep_next > max_left) {
  545.             sleep_next = max_left;
  546.             
  547.             // But never sleep less than 2
  548.             if (sleep_next < 2.0)
  549.                 sleep_next = 2.0;
  550.         }
  551.         
  552.         SleepSec(int(sleep_next));
  553.         sleep_totl += sleep_next;
  554.         
  555.         if (eDebug == m_Verbose)
  556.             cout << " done, total = " << sleep_totl << endl;
  557.         
  558.         if (sleep_next < max_sleep) {
  559.             sleep_next *= increment;
  560.             if (sleep_next > max_sleep) {
  561.                 sleep_next = max_sleep;
  562.             }
  563.         }
  564.         
  565.         if (eDebug == m_Verbose)
  566.             cout << " next sleep time = " << sleep_next << endl;
  567.         
  568.         x_CheckResults();
  569.     }
  570. }
  572. void CRemoteBlast::x_Init(CBlastOptionsHandle * opts_handle,
  573.                           const char          * program,
  574.                           const char          * service)
  575. {
  576.     if (! (opts_handle && program && service)) {
  577.         if (! opts_handle) {
  578.             NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter,
  579.                        "NULL argument specified: options handle");
  580.         }
  581.         if (! program) {
  582.             NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter,
  583.                        "NULL argument specified: program");
  584.         }
  585.         NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter,
  586.                    "NULL argument specified: service");
  587.     }
  588.     
  589.     m_CBOH.Reset( opts_handle );
  590.     m_ErrIgn     = 5;
  591.     m_Pending    = false;
  592.     m_Verbose    = eSilent;
  593.     m_NeedConfig = eNeedAll;
  594.     
  595.     m_QSR.Reset(new objects::CBlast4_queue_search_request);
  596.     
  597.     m_QSR->SetProgram(program);
  598.     m_QSR->SetService(service);
  599.     
  600.     m_NeedConfig = ENeedConfig(m_NeedConfig & ~(eProgram | eService));
  601.     
  602.     if (! (opts_handle && opts_handle->SetOptions().GetBlast4AlgoOpts())) {
  603.         // This happens if you do not specify eRemote for the
  604.         // CBlastOptions subclass constructor.
  605.         
  606.         NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter,
  607.                    "CRemoteBlast: No remote API options.");
  608.     }
  609. }
  611. void CRemoteBlast::x_Init(const string & RID)
  612. {
  613.     if (RID.empty()) {
  614.         NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter,
  615.                    "Empty RID string specified");
  616.     }
  617.     
  618.     m_RID        = RID;
  619.     m_ErrIgn     = 5;
  620.     m_Pending    = true;
  621.     m_Verbose    = eSilent;
  622.     m_NeedConfig = eNoConfig;
  623. }
  625. void CRemoteBlast::x_SetAlgoOpts(void)
  626. {
  627.     CBlast4_parameters * algo_opts =
  628.         m_CBOH->SetOptions().GetBlast4AlgoOpts();
  629.     
  630.     m_QSR->SetAlgorithm_options().Set() = *algo_opts;
  631. }
  633. // the "int" version is not actually used (no program options need it.)
  634. void CRemoteBlast::x_SetOneParam(const char * name, const int * x)
  635. {
  636.     CRef<objects::CBlast4_value> v(new objects::CBlast4_value);
  637.     v->SetInteger(*x);
  638.         
  639.     CRef<objects::CBlast4_parameter> p(new objects::CBlast4_parameter);
  640.     p->SetName(name);
  641.     p->SetValue(*v);
  642.         
  643.     m_QSR->SetProgram_options().Set().push_back(p);
  644. }
  646. void CRemoteBlast::x_SetOneParam(const char * name, const list<int> * x)
  647. {
  648.     CRef<objects::CBlast4_value> v(new objects::CBlast4_value);
  649.     v->SetInteger_list() = *x;
  650.         
  651.     CRef<objects::CBlast4_parameter> p(new objects::CBlast4_parameter);
  652.     p->SetName(name);
  653.     p->SetValue(*v);
  654.         
  655.     m_QSR->SetProgram_options().Set().push_back(p);
  656. }
  658. void CRemoteBlast::x_SetOneParam(const char * name, const char ** x)
  659. {
  660.     CRef<objects::CBlast4_value> v(new objects::CBlast4_value);
  661.     v->SetString().assign((x && (*x)) ? (*x) : "");
  662.         
  663.     CRef<objects::CBlast4_parameter> p(new objects::CBlast4_parameter);
  664.     p->SetName(name);
  665.     p->SetValue(*v);
  666.         
  667.     m_QSR->SetProgram_options().Set().push_back(p);
  668. }
  670. void CRemoteBlast::x_SetOneParam(const char * name, objects::CScore_matrix_parameters * matrix)
  671. {
  672.     CRef<objects::CBlast4_value> v(new objects::CBlast4_value);
  673.     v->SetMatrix(*matrix);
  674.         
  675.     CRef<objects::CBlast4_parameter> p(new objects::CBlast4_parameter);
  676.     p->SetName(name);
  677.     p->SetValue(*v);
  678.         
  679.     m_QSR->SetProgram_options().Set().push_back(p);
  680. }
  682. void CRemoteBlast::SetQueries(CRef<objects::CBioseq_set> bioseqs)
  683. {
  684.     if (bioseqs.Empty()) {
  685.         NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter,
  686.                    "Empty reference for query.");
  687.     }
  688.     
  689.     CRef<objects::CBlast4_queries> queries_p(new objects::CBlast4_queries);
  690.     queries_p->SetBioseq_set(*bioseqs);
  691.     
  692.     m_QSR->SetQueries(*queries_p);
  693.     m_NeedConfig = ENeedConfig(m_NeedConfig & (~ eQueries));
  694. }
  696. void CRemoteBlast::SetQueries(list< CRef<objects::CSeq_loc> > & seqlocs)
  697. {
  698.     if (seqlocs.empty()) {
  699.         NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter,
  700.                    "Empty list for query.");
  701.     }
  702.     
  703.     CRef<objects::CBlast4_queries> queries_p(new objects::CBlast4_queries);
  704.     queries_p->SetSeq_loc_list() = seqlocs;
  705.     
  706.     m_QSR->SetQueries(*queries_p);
  707.     m_NeedConfig = ENeedConfig(m_NeedConfig & (~ eQueries));
  708. }
  710. void CRemoteBlast::SetQueries(CRef<objects::CScore_matrix_parameters> pssm)
  711. {
  712.     if (pssm.Empty()) {
  713.         NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter,
  714.                    "Empty reference for query pssm.");
  715.     }
  716.     
  717.     if (! pssm->GetMatrix().CanGetQuery()) {
  718.         NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter,
  719.                    "Empty reference for pssm component pssm.matrix.query.");
  720.     }
  721.     
  722.     string psi_program("blastp");
  723.     string old_service("plain");
  724.     string new_service("psi");
  725.     
  726.     if (m_QSR->GetProgram() != psi_program) {
  727.         NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter,
  728.                    "PSI-Blast is only supported for blastp.");
  729.     }
  730.     
  731.     if (m_QSR->GetService().empty()) {
  732.         NCBI_THROW(CBlastException, eInternal,
  733.                    "Internal error: service is not set.");
  734.     }
  735.     
  736.     if ((m_QSR->GetService() != old_service) &&
  737.         (m_QSR->GetService() != new_service)) {
  738.         
  739.         // Allowing "psi" allows the matrix to be set, then replaced.
  740.         
  741.         NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter,
  742.                    string("PSI-Blast cannot also be ") +
  743.                    m_QSR->GetService() + ".");
  744.     }
  745.     
  746.     CRef<objects::CBlast4_queries> queries_p(new objects::CBlast4_queries);
  747.     queries_p->SetPssm(*pssm);
  748.     
  749.     m_QSR->SetQueries(*queries_p);
  750.     m_NeedConfig = ENeedConfig(m_NeedConfig & (~ eQueries));
  751.     
  752.     m_QSR->SetService(new_service);
  753. }
  755. void CRemoteBlast::SetDatabase(const char * x)
  756. {
  757.     if (!x) {
  758.         NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter,
  759.                    "NULL specified for database.");
  760.     }
  761.         
  762.     CRef<objects::CBlast4_subject> subject_p(new objects::CBlast4_subject);
  763.     subject_p->SetDatabase(x);
  764.     m_QSR->SetSubject(*subject_p);
  765.     m_NeedConfig = ENeedConfig(m_NeedConfig & (~ eSubject));
  766. }
  768. string CRemoteBlast::GetErrors(void)
  769. {
  770.     if (m_Errs.empty()) {
  771.         return string();
  772.     }
  773.     
  774.     string rvalue = m_Errs[0];
  775.     
  776.     for(unsigned i = 1; i<m_Errs.size(); i++) {
  777.         rvalue += "n";
  778.         rvalue += m_Errs[i];
  779.     }
  780.     
  781.     return rvalue;
  782. }
  784. string CRemoteBlast::GetWarnings(void)
  785. {
  786.     if (m_Warn.empty()) {
  787.         return string();
  788.     }
  789.     
  790.     string rvalue = m_Warn[0];
  791.     
  792.     for(unsigned i = 1; i<m_Warn.size(); i++) {
  793.         rvalue += "n";
  794.         rvalue += m_Warn[i];
  795.     }
  796.     
  797.     return rvalue;
  798. }
  800. END_SCOPE(blast)
  801. END_NCBI_SCOPE
  803. /* @} */
  805. /*
  806. * ===========================================================================
  807. *
  808. * $Log: remote_blast.cpp,v $
  809. * Revision 1000.1  2004/06/01 18:06:16  gouriano
  810. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.13
  811. *
  812. * Revision 1.13  2004/05/21 21:41:02  gorelenk
  813. * Added PCH ncbi_pch.hpp
  814. *
  815. * Revision 1.12  2004/05/12 19:26:49  bealer
  816. * - Additional checking for PSSM queries.
  817. * - PSSM query now implies service="psi".
  818. *
  819. * Revision 1.11  2004/05/10 15:10:08  bealer
  820. * - Error processing problem: messages should be treated as optional.
  821. *
  822. * Revision 1.10  2004/05/05 17:39:46  dicuccio
  823. * Fixed syntax error on MSVC6
  824. *
  825. * Revision 1.9  2004/05/05 15:35:30  bealer
  826. * - Features:
  827. *   - Add PSSM queries (for PSI-Blast) and seq-loc-list.
  828. *   - Add GetWarnings() mechanism.
  829. *   - Add PSSM queries (for PSI-Blast).
  830. *   - Add seq-loc-list queries (allows multiple identifier base queries, or
  831. *     one query based on identifier plus interval.
  832. *   - Add GetPSSM() to retrieve results of PSI-Blast run.
  833. *
  834. * - Other changes:
  835. *   - Move some static functions into class.
  836. *   - Rework error processing to split out warnings.
  837. *   - Changes to error text formats.
  838. *   - Seperate some common code into x_GetGSSR() util method.
  839. *   - De-inlined several methods.
  840. *
  841. * Revision 1.8  2004/04/12 16:35:25  bealer
  842. * - Fix CheckDone problem in CRemoteBlast.
  843. * - Add more parameter checking and exception throwing.
  844. *
  845. * Revision 1.7  2004/03/23 22:29:42  bealer
  846. * - Verify that CRemoteBlast objects are configured properly.
  847. *
  848. * Revision 1.6  2004/03/19 19:22:55  camacho
  849. * Move to doxygen group AlgoBlast, add missing CVS logs at EOF
  850. *
  851. * Revision 1.5  2004/03/12 22:07:03  camacho
  852. * Remove unused variables
  853. *
  854. * Revision 1.4  2004/02/26 22:24:46  gorelenk
  855. * Include for <unistd.h> moved to be after
  856. * #include <corelib/ncbi_system.hpp>.
  857. *
  858. * Revision 1.3  2004/02/26 17:07:40  gorelenk
  859. * Added #if defined(NCBI_OS_UNIX) for #include <unistd.h>.
  860. *
  861. * Revision 1.2  2004/02/18 18:28:51  bealer
  862. * - Fix verbosity tests.
  863. *
  864. * Revision 1.1  2004/02/18 17:30:57  bealer
  865. * - Change blast4_options.* to remote_blast.*, plus changes.
  866. *
  867. * Revision 1.6  2004/02/09 22:35:37  bealer
  868. * - Delay examination of CBlastOptionsHandle object until Submit() action.
  869. *
  870. * Revision 1.5  2004/02/06 00:16:39  bealer
  871. * - Add RID capability.
  872. * - Detect lack of eRemote flag.
  873. *
  874. * Revision 1.4  2004/02/05 19:20:39  bealer
  875. * - Add retry capability to API code.
  876. *
  877. * Revision 1.3  2004/02/05 00:37:43  bealer
  878. * - Polling optimization.
  879. *
  880. * Revision 1.2  2004/02/04 22:31:14  bealer
  881. * - Add async interface to Blast4 API.
  882. * - Clean up, simplify code and interfaces.
  883. * - Add state-based logic to promote robustness.
  884. *
  885. * Revision 1.1  2004/01/16 20:37:55  bealer
  886. * - Add CBlast4Options class (Blast 4 API)
  887. *
  888. *
  889. * ===========================================================================
  890. */