生物技术

开发平台：
C/C++

blast_options_handle.cpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: blast_options_handle.cpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/06/01 18:05:45  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
/*  $Id: blast_options_handle.cpp,v 1000.3 2004/06/01 18:05:45 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *
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 *
 * Authors:  Christiam Camacho
 *
 */
/// @file blast_options_handle.cpp
/// Implementation for the CBlastOptionsHandle and the
/// CBlastOptionsFactory classes.
#include <ncbi_pch.hpp>
#include <algo/blast/api/blast_types.hpp>
#include <algo/blast/api/blast_exception.hpp>
#include <algo/blast/api/blast_options_handle.hpp>
#include <algo/blast/api/blast_prot_options.hpp>
#include <algo/blast/api/blastx_options.hpp>
#include <algo/blast/api/tblastn_options.hpp>
#include <algo/blast/api/rpstblastn_options.hpp>
#include <algo/blast/api/tblastx_options.hpp>
#include <algo/blast/api/blast_nucl_options.hpp>
#include <algo/blast/api/disc_nucl_options.hpp>
#include <algo/blast/api/blast_rps_options.hpp>
#include <algo/blast/api/psiblast_options.hpp>
/** @addtogroup AlgoBlast
 *
 * @{
 */
BEGIN_NCBI_SCOPE
BEGIN_SCOPE(blast)
CBlastOptionsHandle::CBlastOptionsHandle(EAPILocality locality)
{
    m_Opts.Reset(new CBlastOptions(locality));
}
void
CBlastOptionsHandle::SetDefaults()
{
    if (m_Opts->GetLocality() == CBlastOptions::eRemote) {
        return;
    }
    
    SetLookupTableDefaults();
    SetQueryOptionDefaults();
    SetInitialWordOptionsDefaults();
    SetGappedExtensionDefaults();
    SetScoringOptionsDefaults();
    SetHitSavingOptionsDefaults();
    SetEffectiveLengthsOptionsDefaults();
    SetSubjectSequenceOptionsDefaults();
}
CBlastOptionsHandle*
CBlastOptionsFactory::Create(EProgram program, EAPILocality locality) THROWS((CBlastException))
{
    CBlastOptionsHandle* retval = NULL;
    switch (program) {
    case eBlastn:
	{
		CBlastNucleotideOptionsHandle* opts = 
			new CBlastNucleotideOptionsHandle(locality);
		opts->SetTraditionalBlastnDefaults();
		retval = opts;
        break;
	}
    case eBlastp:
        retval = new CBlastProteinOptionsHandle(locality);
        break;
    case eBlastx:
        retval = new CBlastxOptionsHandle(locality);
        break;
    case eTblastn:
        retval = new CTBlastnOptionsHandle(locality);
        break;
    case eTblastx:
        retval = new CTBlastxOptionsHandle(locality);
        break;
    case eMegablast:
	{
		CBlastNucleotideOptionsHandle* opts = 
			new CBlastNucleotideOptionsHandle(locality);
		opts->SetTraditionalMegablastDefaults();
		retval = opts;
        break;
	}
    case eDiscMegablast:
        retval = new CDiscNucleotideOptionsHandle(locality);
        break;
    case eRPSBlast:
        retval = new CBlastRPSOptionsHandle(locality);
        break;
    case eRPSTblastn:
        retval = new CRPSTBlastnOptionsHandle(locality);
        break;
        
    case ePSIBlast:
        retval = new CPSIBlastOptionsHandle(locality);
        break;
        
    default:
        NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter,
        "CBlastOptionFactory cannot construct options handle: invalid program");
    }
    return retval;
}
END_SCOPE(blast)
END_NCBI_SCOPE
/* @} */
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: blast_options_handle.cpp,v $
 * Revision 1000.3  2004/06/01 18:05:45  gouriano
 * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
 *
 * Revision 1.8  2004/05/21 21:41:02  gorelenk
 * Added PCH ncbi_pch.hpp
 *
 * Revision 1.7  2004/05/17 20:19:55  ucko
 * Trivial compilation fixes.
 *
 * Revision 1.6  2004/05/17 19:42:23  bealer
 * - Add PSIBlast to factory.
 *
 * Revision 1.5  2004/04/16 14:26:39  papadopo
 * add handle construction for translated RPS blast
 *
 * Revision 1.4  2004/03/17 19:40:06  camacho
 * Correct @file doxygen directive
 *
 * Revision 1.3  2004/03/10 14:53:06  madden
 * Add case of eRPSBlast
 *
 * Revision 1.2  2004/01/16 21:51:35  bealer
 * - Changes for Blast4 API
 *
 * Revision 1.1  2003/11/26 18:23:59  camacho
 * +Blast Option Handle classes
 *
 * ===========================================================================
 */

						