开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
matrix_freq_ratios.c
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：44k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

matrix_freq_ratios.c：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: matrix_freq_ratios.c,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 18:13:58  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. static char const rcsid[] =
  11.     "$Id: matrix_freq_ratios.c,v 1000.0 2004/06/01 18:13:58 gouriano Exp $";
  12. /* ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Author:  Christiam Camacho
  37.  *
  38.  */
  40. /** @file matrix_freq_ratios.c
  41.  *  Definitions for various scoring matrices' frequency ratios.
  42.  */
  43.     
  44. #include <algo/blast/core/blast_def.h>
  45. #include "matrix_freq_ratios.h"
  46. #include "blast_psi_priv.h"
  48. /*underlying frequency ratios for BLOSUM62 as determined by Stephen Altschul;
  49.   Stephen and Jorja Henikoff used different number for B,Z,X*/
  50. static const double BLOSUM62_FREQRATIOS[BLASTAA_SIZE][BLASTAA_SIZE] = {
  51.  {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000,
  52.   0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000,
  53.   0.000, 0.000, 0.000, 0.250},
  54.  {0.000, 3.903, 0.565, 0.868, 0.545, 0.741, 0.465, 1.057, 0.569, 0.632, 0.775,
  55.   0.602, 0.723, 0.588, 0.754, 0.757, 0.613, 1.472, 0.984, 0.936, 0.416, 0.750,
  56.   0.543, 0.747, 0.000, 0.250},
  57.  {0.000, 0.565, 4.438, 0.345, 4.743, 1.335, 0.324, 0.739, 0.925, 0.334, 0.855,
  58.   0.297, 0.405, 4.071, 0.554, 0.944, 0.703, 1.058, 0.826, 0.351, 0.253, 0.750,
  59.   0.409, 1.184, 0.000, 0.250}, 
  60.  {0.000, 0.868, 0.345, 19.577, 0.301, 0.286, 0.439, 0.420, 0.355, 0.653, 0.349,
  61.   0.642, 0.611, 0.398, 0.380, 0.366, 0.309, 0.738, 0.741, 0.756, 0.450, 0.750,
  62.   0.434, 0.317, 0.000, 0.250},
  63.  {0.000, 0.545, 4.743, 0.301, 7.398, 1.688, 0.299, 0.634, 0.679, 0.339, 0.784,
  64.   0.287, 0.346, 1.554, 0.599, 0.897, 0.573, 0.913, 0.695, 0.337, 0.232, 0.750,
  65.   0.346, 1.382, 0.000, 0.250},
  66.  {0.000, 0.741, 1.335, 0.286, 1.688, 5.470, 0.331, 0.481, 0.960, 0.331, 1.308,
  67.   0.373, 0.500, 0.911, 0.679, 1.902, 0.961, 0.950, 0.741, 0.429, 0.374, 0.750,
  68.   0.496, 4.090, 0.000, 0.250},
  69.  {0.000, 0.465, 0.324, 0.439, 0.299, 0.331, 8.129, 0.341, 0.652, 0.946, 0.344,
  70.   1.155, 1.004, 0.354, 0.287, 0.334, 0.381, 0.440, 0.482, 0.745, 1.374, 0.750,
  71.   2.769, 0.332, 0.000, 0.250}, 
  72.  {0.000, 1.057, 0.739, 0.420, 0.634, 0.481, 0.341, 6.876, 0.493, 0.275, 0.589,
  73.   0.284, 0.396, 0.864, 0.477, 0.539, 0.450, 0.904, 0.579, 0.337, 0.422, 0.750,
  74.   0.349, 0.503, 0.000, 0.250},
  75.  {0.000, 0.569, 0.925, 0.355, 0.679, 0.960, 0.652, 0.493, 13.506, 0.326, 0.779,
  76.   0.381, 0.584, 1.222, 0.473, 1.168, 0.917, 0.737, 0.557, 0.339, 0.444, 0.750,
  77.   1.798, 1.040, 0.000, 0.250},
  78.  {0.000, 0.632, 0.334, 0.653, 0.339, 0.331, 0.946, 0.275, 0.326, 3.998, 0.396,
  79.   1.694, 1.478, 0.328, 0.385, 0.383, 0.355, 0.443, 0.780, 2.417, 0.409, 0.750,
  80.   0.630, 0.351, 0.000, 0.250}, 
  81.  {0.000, 0.775, 0.855, 0.349, 0.784, 1.308, 0.344, 0.589, 0.779, 0.396, 4.764,
  82.   0.428, 0.625, 0.940, 0.704, 1.554, 2.077, 0.932, 0.793, 0.457, 0.359, 0.750,
  83.   0.532, 1.403, 0.000, 0.250},
  84.  {0.000, 0.602, 0.297, 0.642, 0.287, 0.373, 1.155, 0.284, 0.381, 1.694, 0.428,
  85.   3.797, 1.994, 0.310, 0.371, 0.477, 0.474, 0.429, 0.660, 1.314, 0.568, 0.750,
  86.   0.692, 0.413, 0.000, 0.250},
  87.  {0.000, 0.723, 0.405, 0.611, 0.346, 0.500, 1.004, 0.396, 0.584, 1.478, 0.625,
  88.   1.994, 6.481, 0.474, 0.424, 0.864, 0.623, 0.599, 0.794, 1.269, 0.610, 0.750,
  89.   0.708, 0.641, 0.000, 0.250},
  90.  {0.000, 0.588, 4.071, 0.398, 1.554, 0.911, 0.354, 0.864, 1.222, 0.328, 0.940,
  91.   0.310, 0.474, 7.094, 0.500, 1.001, 0.859, 1.232, 0.984, 0.369, 0.278, 0.750,
  92.   0.486, 0.946, 0.000, 0.250},
  93.  {0.000, 0.754, 0.554, 0.380, 0.599, 0.679, 0.287, 0.477, 0.473, 0.385, 0.704,
  94.   0.371, 0.424, 0.500, 12.838, 0.641, 0.481, 0.755, 0.689, 0.443, 0.282, 0.750,
  95.   0.363, 0.664, 0.000, 0.250},
  96.  {0.000, 0.757, 0.944, 0.366, 0.897, 1.902, 0.334, 0.539, 1.168, 0.383, 1.554,
  97.   0.477, 0.864, 1.001, 0.641, 6.244, 1.406, 0.966, 0.791, 0.467, 0.509, 0.750,
  98.   0.611, 3.582, 0.000, 0.250},
  99.  {0.000, 0.613, 0.703, 0.309, 0.573, 0.961, 0.381, 0.450, 0.917, 0.355, 2.077,
  100.   0.474, 0.623, 0.859, 0.481, 1.406, 6.666, 0.767, 0.678, 0.420, 0.395, 0.750,
  101.   0.556, 1.133, 0.000, 0.250},
  102.  {0.000, 1.472, 1.058, 0.738, 0.913, 0.950, 0.440, 0.904, 0.737, 0.443, 0.932,
  103.   0.429, 0.599, 1.232, 0.755, 0.966, 0.767, 3.843, 1.614, 0.565, 0.385, 0.750,
  104.   0.557, 0.956, 0.000, 0.250},
  105.  {0.000, 0.984, 0.826, 0.741, 0.695, 0.741, 0.482, 0.579, 0.557, 0.780, 0.793,
  106.   0.660, 0.794, 0.984, 0.689, 0.791, 0.678, 1.614, 4.832, 0.981, 0.431, 0.750,
  107.   0.573, 0.761, 0.000, 0.250},
  108.  {0.000, 0.936, 0.351, 0.756, 0.337, 0.429, 0.745, 0.337, 0.339, 2.417, 0.457,
  109.   1.314, 1.269, 0.369, 0.443, 0.467, 0.420, 0.565, 0.981, 3.692, 0.374, 0.750,
  110.   0.658, 0.444, 0.000, 0.250},
  111.  {0.000, 0.416, 0.253, 0.450, 0.232, 0.374, 1.374, 0.422, 0.444, 0.409, 0.359,
  112.   0.568, 0.610, 0.278, 0.282, 0.509, 0.395, 0.385, 0.431, 0.374, 38.108, 0.750,
  113.   2.110, 0.426, 0.000, 0.250},
  114.  {0.000, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750,
  115.   0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750,
  116.   0.750, 0.750, 0.000, 0.250},
  117.  {0.000, 0.543, 0.409, 0.434, 0.346, 0.496, 2.769, 0.349, 1.798, 0.630, 0.532,
  118.   0.692, 0.708, 0.486, 0.363, 0.611, 0.556, 0.557, 0.573, 0.658, 2.110, 0.750,
  119.   9.832, 0.541, 0.000, 0.250},
  120.  {0.000, 0.747, 1.184, 0.317, 1.382, 4.090, 0.332, 0.503, 1.040, 0.351, 1.403,
  121.   0.413, 0.641, 0.946, 0.664, 3.582, 1.133, 0.956, 0.761, 0.444, 0.426, 0.750,
  122.   0.541, 3.893, 0.000, 0.250},
  123.  {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000,
  124.   0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000,
  125.   0.000, 0.000, 0.000, 0.250}, 
  126.  {0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250,
  127.   0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250, 0.250,
  128.   0.250, 0.250, 0.250, 1.333}, 
  129. };
  131. static const double PAM30_FREQRATIOS[BLASTAA_SIZE][BLASTAA_SIZE] = {
  132. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.003},
  133. {0.000, 7.789, 0.302, 0.108, 0.317, 0.453, 0.057, 0.576, 0.083, 0.199, 0.095, 0.115, 0.189, 0.285, 0.593, 0.235, 0.091, 0.875, 0.827, 0.477, 0.010, 0.750, 0.070, 0.358, 0.000, 0.003},
  134. {0.000, 0.302, 8.118, 0.015, 8.456, 1.472, 0.027, 0.338, 0.664, 0.126, 0.441, 0.049, 0.034, 7.726, 0.102, 0.368, 0.082, 0.604, 0.353, 0.067, 0.032, 0.750, 0.114, 0.991, 0.000, 0.003},
  135. {0.000, 0.108, 0.015, 27.591, 0.008, 0.008, 0.012, 0.042, 0.078, 0.119, 0.008, 0.006, 0.009, 0.024, 0.063, 0.008, 0.068, 0.379, 0.068, 0.132, 0.005, 0.750, 0.258, 0.008, 0.000, 0.003},
  136. {0.000, 0.317, 8.456, 0.008, 14.236, 2.342, 0.006, 0.326, 0.271, 0.080, 0.220, 0.014, 0.023, 1.756, 0.068, 0.427, 0.029, 0.286, 0.200, 0.065, 0.005, 0.750, 0.020, 1.508, 0.000, 0.003},
  137. {0.000, 0.453, 1.472, 0.008, 2.343, 13.663, 0.008, 0.232, 0.181, 0.150, 0.226, 0.043, 0.092, 0.464, 0.153, 1.507, 0.043, 0.226, 0.130, 0.110, 0.003, 0.750, 0.057, 8.365, 0.000, 0.003},
  138. {0.000, 0.057, 0.027, 0.012, 0.006, 0.008, 21.408, 0.044, 0.132, 0.473, 0.009, 0.416, 0.250, 0.051, 0.036, 0.011, 0.042, 0.114, 0.051, 0.067, 0.213, 0.750, 1.786, 0.009, 0.000, 0.003},
  139. {0.000, 0.576, 0.338, 0.042, 0.326, 0.232, 0.044, 9.314, 0.048, 0.024, 0.086, 0.028, 0.057, 0.351, 0.122, 0.094, 0.040, 0.553, 0.135, 0.149, 0.006, 0.750, 0.009, 0.172, 0.000, 0.003},
  140. {0.000, 0.083, 0.664, 0.078, 0.271, 0.181, 0.132, 0.048, 22.927, 0.044, 0.120, 0.123, 0.028, 1.119, 0.248, 1.359, 0.587, 0.132, 0.086, 0.115, 0.081, 0.750, 0.324, 0.695, 0.000, 0.003},
  141. {0.000, 0.199, 0.126, 0.119, 0.080, 0.150, 0.473, 0.024, 0.044, 18.632, 0.127, 0.643, 0.793, 0.179, 0.053, 0.070, 0.159, 0.097, 0.444, 1.938, 0.009, 0.750, 0.119, 0.115, 0.000, 0.003},
  142. {0.000, 0.095, 0.441, 0.008, 0.220, 0.226, 0.009, 0.086, 0.120, 0.127, 9.988, 0.061, 0.563, 0.697, 0.106, 0.384, 1.111, 0.260, 0.336, 0.046, 0.018, 0.750, 0.042, 0.295, 0.000, 0.003},
  143. {0.000, 0.115, 0.049, 0.006, 0.014, 0.043, 0.416, 0.028, 0.123, 0.643, 0.061, 10.019, 1.242, 0.090, 0.090, 0.185, 0.053, 0.058, 0.103, 0.463, 0.127, 0.750, 0.095, 0.105, 0.000, 0.003},
  144. {0.000, 0.189, 0.034, 0.009, 0.023, 0.092, 0.250, 0.057, 0.028, 0.792, 0.563, 1.242, 46.604, 0.047, 0.065, 0.272, 0.243, 0.161, 0.263, 0.631, 0.013, 0.750, 0.021, 0.171, 0.000, 0.003},
  145. {0.000, 0.285, 7.726, 0.024, 1.756, 0.464, 0.051, 0.351, 1.119, 0.179, 0.697, 0.090, 0.047, 14.647, 0.142, 0.299, 0.144, 0.972, 0.531, 0.070, 0.064, 0.750, 0.223, 0.392, 0.000, 0.003},
  146. {0.000, 0.593, 0.102, 0.063, 0.068, 0.153, 0.036, 0.122, 0.248, 0.053, 0.106, 0.090, 0.065, 0.142, 15.809, 0.376, 0.270, 0.571, 0.240, 0.140, 0.009, 0.750, 0.010, 0.251, 0.000, 0.003},
  147. {0.000, 0.235, 0.368, 0.008, 0.427, 1.507, 0.011, 0.094, 1.360, 0.070, 0.384, 0.185, 0.272, 0.299, 0.376, 18.136, 0.585, 0.168, 0.150, 0.103, 0.012, 0.750, 0.017, 8.754, 0.000, 0.003},
  148. {0.000, 0.091, 0.082, 0.068, 0.029, 0.043, 0.042, 0.040, 0.587, 0.159, 1.111, 0.053, 0.243, 0.144, 0.270, 0.585, 18.926, 0.355, 0.106, 0.074, 0.517, 0.750, 0.030, 0.279, 0.000, 0.003},
  149. {0.000, 0.875, 0.604, 0.379, 0.286, 0.226, 0.114, 0.553, 0.132, 0.097, 0.260, 0.058, 0.161, 0.972, 0.571, 0.168, 0.355, 9.028, 1.145, 0.118, 0.179, 0.750, 0.097, 0.200, 0.000, 0.003},
  150. {0.000, 0.827, 0.353, 0.068, 0.200, 0.130, 0.051, 0.135, 0.086, 0.444, 0.336, 0.103, 0.263, 0.531, 0.240, 0.150, 0.106, 1.145, 11.695, 0.391, 0.013, 0.750, 0.112, 0.139, 0.000, 0.003},
  151. {0.000, 0.477, 0.067, 0.132, 0.065, 0.110, 0.067, 0.149, 0.115, 1.938, 0.046, 0.463, 0.631, 0.070, 0.141, 0.103, 0.074, 0.118, 0.391, 11.609, 0.005, 0.750, 0.081, 0.107, 0.000, 0.003},
  152. {0.000, 0.010, 0.032, 0.005, 0.005, 0.003, 0.213, 0.006, 0.081, 0.009, 0.018, 0.127, 0.013, 0.064, 0.009, 0.012, 0.517, 0.179, 0.013, 0.005, 88.722, 0.750, 0.173, 0.007, 0.000, 0.003},
  153. {0.000, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.000, 0.003},
  154. {0.000, 0.070, 0.114, 0.258, 0.020, 0.057, 1.786, 0.009, 0.324, 0.119, 0.042, 0.095, 0.021, 0.223, 0.010, 0.017, 0.030, 0.097, 0.112, 0.081, 0.173, 0.750, 28.442, 0.039, 0.000, 0.003},
  155. {0.000, 0.358, 0.991, 0.008, 1.508, 8.365, 0.009, 0.172, 0.695, 0.115, 0.295, 0.105, 0.171, 0.392, 0.251, 8.754, 0.279, 0.200, 0.139, 0.107, 0.007, 0.750, 0.039, 8.535, 0.000, 0.003},
  156. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.003},
  157. {0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 0.003, 1.333},
  158. };
  160. static const double PAM70_FREQRATIOS[BLASTAA_SIZE][BLASTAA_SIZE] = {
  161. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.002},
  162. {0.000, 4.900, 0.605, 0.242, 0.619, 0.771, 0.135, 1.015, 0.221, 0.434, 0.249, 0.250, 0.376, 0.589, 1.030, 0.466, 0.227, 1.350, 1.327, 0.809, 0.043, 0.750, 0.154, 0.638, 0.000, 0.002},
  163. {0.000, 0.605, 5.422, 0.066, 5.890, 2.249, 0.079, 0.649, 1.099, 0.253, 0.778, 0.120, 0.140, 4.879, 0.274, 0.790, 0.253, 0.955, 0.654, 0.185, 0.078, 0.750, 0.223, 1.613, 0.000, 0.002},
  164. {0.000, 0.242, 0.066, 24.836, 0.040, 0.039, 0.055, 0.116, 0.165, 0.246, 0.038, 0.030, 0.044, 0.097, 0.159, 0.039, 0.151, 0.665, 0.186, 0.274, 0.022, 0.750, 0.523, 0.039, 0.000, 0.002},
  165. {0.000, 0.618, 5.890, 0.040, 8.900, 3.357, 0.034, 0.639, 0.600, 0.193, 0.484, 0.064, 0.103, 2.400, 0.213, 0.922, 0.139, 0.600, 0.442, 0.173, 0.026, 0.750, 0.080, 2.296, 0.000, 0.002},
  166. {0.000, 0.771, 2.249, 0.039, 3.357, 8.654, 0.038, 0.492, 0.480, 0.284, 0.466, 0.117, 0.212, 0.965, 0.347, 2.258, 0.179, 0.479, 0.338, 0.247, 0.019, 0.750, 0.119, 5.867, 0.000, 0.002},
  167. {0.000, 0.135, 0.079, 0.055, 0.034, 0.038, 17.455, 0.100, 0.277, 0.846, 0.041, 0.824, 0.508, 0.131, 0.089, 0.052, 0.099, 0.216, 0.138, 0.208, 0.452, 0.750, 3.378, 0.044, 0.000, 0.002},
  168. {0.000, 1.015, 0.649, 0.116, 0.639, 0.492, 0.100, 7.309, 0.145, 0.107, 0.210, 0.081, 0.144, 0.660, 0.308, 0.237, 0.122, 0.964, 0.370, 0.313, 0.027, 0.750, 0.044, 0.381, 0.000, 0.002},
  169. {0.000, 0.221, 1.099, 0.165, 0.600, 0.480, 0.277, 0.145, 16.422, 0.140, 0.335, 0.259, 0.122, 1.677, 0.493, 2.188, 1.058, 0.327, 0.230, 0.233, 0.186, 0.750, 0.611, 1.224, 0.000, 0.002},
  170. {0.000, 0.434, 0.253, 0.246, 0.193, 0.284, 0.846, 0.107, 0.140, 11.749, 0.266, 1.192, 1.369, 0.322, 0.160, 0.189, 0.301, 0.254, 0.761, 3.004, 0.044, 0.750, 0.281, 0.242, 0.000, 0.002},
  171. {0.000, 0.249, 0.778, 0.038, 0.484, 0.466, 0.041, 0.210, 0.335, 0.266, 7.610, 0.153, 0.948, 1.119, 0.256, 0.722, 1.937, 0.520, 0.620, 0.139, 0.079, 0.750, 0.101, 0.578, 0.000, 0.002},
  172. {0.000, 0.250, 0.120, 0.030, 0.064, 0.117, 0.824, 0.081, 0.259, 1.192, 0.153, 8.228, 2.130, 0.185, 0.199, 0.351, 0.137, 0.149, 0.240, 0.908, 0.267, 0.750, 0.239, 0.219, 0.000, 0.002},
  173. {0.000, 0.376, 0.140, 0.044, 0.103, 0.212, 0.508, 0.144, 0.122, 1.369, 0.948, 2.129, 28.592, 0.182, 0.176, 0.486, 0.488, 0.319, 0.498, 1.133, 0.060, 0.750, 0.097, 0.332, 0.000, 0.002},
  174. {0.000, 0.589, 4.879, 0.097, 2.400, 0.965, 0.131, 0.660, 1.677, 0.322, 1.119, 0.185, 0.182, 7.754, 0.344, 0.637, 0.387, 1.366, 0.899, 0.199, 0.138, 0.750, 0.390, 0.822, 0.000, 0.002},
  175. {0.000, 1.030, 0.274, 0.159, 0.213, 0.347, 0.089, 0.308, 0.493, 0.160, 0.256, 0.199, 0.176, 0.344, 11.871, 0.684, 0.527, 0.979, 0.531, 0.307, 0.042, 0.750, 0.047, 0.494, 0.000, 0.002},
  176. {0.000, 0.466, 0.790, 0.039, 0.923, 2.258, 0.052, 0.237, 2.188, 0.189, 0.722, 0.351, 0.486, 0.637, 0.684, 11.469, 1.024, 0.373, 0.329, 0.232, 0.055, 0.750, 0.074, 6.272, 0.000, 0.002},
  177. {0.000, 0.227, 0.253, 0.151, 0.139, 0.179, 0.099, 0.122, 1.058, 0.301, 1.937, 0.137, 0.488, 0.387, 0.527, 1.024, 13.660, 0.610, 0.284, 0.176, 0.991, 0.750, 0.086, 0.547, 0.000, 0.002},
  178. {0.000, 1.350, 0.955, 0.665, 0.600, 0.479, 0.216, 0.964, 0.327, 0.254, 0.520, 0.149, 0.319, 1.366, 0.979, 0.373, 0.610, 5.204, 1.695, 0.303, 0.324, 0.750, 0.208, 0.433, 0.000, 0.002},
  179. {0.000, 1.327, 0.654, 0.186, 0.442, 0.338, 0.138, 0.370, 0.230, 0.761, 0.620, 0.240, 0.498, 0.899, 0.531, 0.329, 0.284, 1.695, 7.337, 0.719, 0.055, 0.750, 0.228, 0.334, 0.000, 0.002},
  180. {0.000, 0.809, 0.185, 0.275, 0.173, 0.247, 0.208, 0.313, 0.233, 3.003, 0.139, 0.908, 1.133, 0.199, 0.307, 0.232, 0.176, 0.303, 0.719, 8.211, 0.027, 0.750, 0.181, 0.240, 0.000, 0.002},
  181. {0.000, 0.043, 0.078, 0.022, 0.026, 0.019, 0.452, 0.027, 0.186, 0.044, 0.079, 0.267, 0.060, 0.138, 0.042, 0.055, 0.991, 0.324, 0.054, 0.027, 80.645, 0.750, 0.377, 0.035, 0.000, 0.002},
  182. {0.000, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.000, 0.002},
  183. {0.000, 0.154, 0.223, 0.523, 0.080, 0.119, 3.379, 0.044, 0.611, 0.281, 0.101, 0.239, 0.097, 0.390, 0.047, 0.074, 0.086, 0.208, 0.228, 0.181, 0.377, 0.750, 23.141, 0.099, 0.000, 0.002},
  184. {0.000, 0.638, 1.613, 0.039, 2.296, 5.867, 0.044, 0.381, 1.224, 0.242, 0.578, 0.219, 0.332, 0.822, 0.494, 6.272, 0.547, 0.433, 0.334, 0.240, 0.035, 0.750, 0.099, 6.043, 0.000, 0.002},
  185. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.002},
  186. {0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 0.002, 1.333},
  187. };
  189. static const double BLOSUM45_FREQRATIOS[BLASTAA_SIZE][BLASTAA_SIZE] = {
  190. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.290},
  191. {0.000, 2.950, 0.735, 0.800, 0.689, 0.825, 0.587, 1.080, 0.654, 0.747, 0.786, 0.712, 0.821, 0.789, 0.709, 0.867, 0.700, 1.300, 1.001, 1.010, 0.565, 0.750, 0.639, 0.841, 0.000, 0.290},
  192. {0.000, 0.735, 3.260, 0.600, 3.594, 1.300, 0.496, 0.886, 1.088, 0.497, 1.023, 0.472, 0.580, 2.862, 0.686, 0.992, 0.829, 1.053, 0.985, 0.520, 0.381, 0.750, 0.627, 1.182, 0.000, 0.290},
  193. {0.000, 0.800, 0.600, 17.090, 0.533, 0.545, 0.602, 0.557, 0.491, 0.543, 0.547, 0.673, 0.604, 0.680, 0.411, 0.486, 0.472, 0.797, 0.822, 0.715, 0.334, 0.750, 0.489, 0.523, 0.000, 0.290},
  194. {0.000, 0.689, 3.594, 0.533, 5.356, 1.643, 0.431, 0.740, 0.976, 0.440, 0.942, 0.463, 0.494, 1.502, 0.724, 0.958, 0.771, 0.929, 0.876, 0.494, 0.373, 0.750, 0.645, 1.381, 0.000, 0.290},
  195. {0.000, 0.825, 1.300, 0.545, 1.643, 3.873, 0.498, 0.576, 0.962, 0.485, 1.277, 0.571, 0.615, 0.893, 0.911, 1.531, 1.011, 0.912, 0.833, 0.555, 0.519, 0.750, 0.617, 2.978, 0.000, 0.290},
  196. {0.000, 0.587, 0.496, 0.602, 0.431, 0.498, 5.748, 0.480, 0.679, 1.064, 0.529, 1.303, 1.063, 0.572, 0.451, 0.444, 0.590, 0.610, 0.716, 0.953, 1.355, 0.750, 2.185, 0.477, 0.000, 0.290},
  197. {0.000, 1.080, 0.886, 0.557, 0.740, 0.576, 0.480, 5.071, 0.662, 0.416, 0.678, 0.450, 0.585, 1.059, 0.702, 0.687, 0.570, 1.058, 0.693, 0.479, 0.591, 0.750, 0.549, 0.619, 0.000, 0.290},
  198. {0.000, 0.654, 1.088, 0.491, 0.976, 0.962, 0.679, 0.662, 9.512, 0.453, 0.890, 0.670, 0.918, 1.220, 0.661, 1.151, 0.973, 0.854, 0.706, 0.457, 0.452, 0.750, 1.472, 1.034, 0.000, 0.290},
  199. {0.000, 0.747, 0.497, 0.543, 0.440, 0.485, 1.064, 0.416, 0.453, 3.233, 0.532, 1.596, 1.455, 0.564, 0.610, 0.578, 0.488, 0.618, 0.848, 2.176, 0.565, 0.750, 0.906, 0.521, 0.000, 0.290},
  200. {0.000, 0.786, 1.023, 0.547, 0.942, 1.277, 0.529, 0.678, 0.890, 0.532, 3.327, 0.554, 0.738, 1.119, 0.781, 1.330, 1.943, 0.890, 0.885, 0.592, 0.562, 0.750, 0.737, 1.297, 0.000, 0.290},
  201. {0.000, 0.712, 0.472, 0.673, 0.463, 0.571, 1.303, 0.450, 0.670, 1.596, 0.554, 2.997, 1.731, 0.484, 0.478, 0.642, 0.601, 0.556, 0.781, 1.334, 0.671, 0.750, 0.965, 0.598, 0.000, 0.290},
  202. {0.000, 0.821, 0.580, 0.604, 0.494, 0.615, 1.063, 0.585, 0.918, 1.455, 0.738, 1.731, 4.114, 0.682, 0.644, 0.941, 0.776, 0.660, 0.860, 1.236, 0.634, 0.750, 1.023, 0.739, 0.000, 0.290},
  203. {0.000, 0.789, 2.862, 0.680, 1.502, 0.893, 0.572, 1.059, 1.220, 0.564, 1.119, 0.484, 0.682, 4.478, 0.640, 1.032, 0.898, 1.200, 1.115, 0.552, 0.390, 0.750, 0.606, 0.946, 0.000, 0.290},
  204. {0.000, 0.709, 0.686, 0.411, 0.724, 0.911, 0.451, 0.702, 0.661, 0.610, 0.781, 0.478, 0.644, 0.640, 8.819, 0.716, 0.582, 0.750, 0.856, 0.540, 0.525, 0.750, 0.479, 0.836, 0.000, 0.290},
  205. {0.000, 0.867, 0.992, 0.486, 0.958, 1.531, 0.444, 0.687, 1.151, 0.578, 1.330, 0.642, 0.941, 1.032, 0.716, 4.407, 1.329, 1.092, 0.781, 0.547, 0.645, 0.750, 0.829, 2.630, 0.000, 0.290},
  206. {0.000, 0.700, 0.829, 0.472, 0.771, 1.011, 0.590, 0.570, 0.973, 0.488, 1.943, 0.601, 0.776, 0.898, 0.582, 1.329, 4.747, 0.799, 0.715, 0.578, 0.580, 0.750, 0.807, 1.132, 0.000, 0.290},
  207. {0.000, 1.300, 1.053, 0.797, 0.929, 0.912, 0.610, 1.058, 0.854, 0.618, 0.890, 0.556, 0.660, 1.200, 0.750, 1.092, 0.799, 2.782, 1.472, 0.728, 0.428, 0.750, 0.706, 0.981, 0.000, 0.290},
  208. {0.000, 1.001, 0.985, 0.822, 0.876, 0.833, 0.716, 0.693, 0.706, 0.848, 0.885, 0.781, 0.860, 1.115, 0.856, 0.781, 0.715, 1.472, 3.139, 1.040, 0.454, 0.750, 0.744, 0.813, 0.000, 0.290},
  209. {0.000, 1.010, 0.520, 0.715, 0.494, 0.555, 0.953, 0.479, 0.457, 2.176, 0.592, 1.334, 1.236, 0.552, 0.540, 0.547, 0.578, 0.728, 1.040, 2.871, 0.473, 0.750, 0.809, 0.552, 0.000, 0.290},
  210. {0.000, 0.565, 0.381, 0.334, 0.373, 0.519, 1.355, 0.591, 0.452, 0.565, 0.562, 0.671, 0.634, 0.390, 0.525, 0.645, 0.580, 0.428, 0.454, 0.473, 29.702, 0.750, 1.801, 0.567, 0.000, 0.290},
  211. {0.000, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.000, 0.290},
  212. {0.000, 0.639, 0.627, 0.489, 0.645, 0.617, 2.185, 0.549, 1.472, 0.906, 0.737, 0.965, 1.023, 0.606, 0.479, 0.829, 0.807, 0.706, 0.744, 0.809, 1.801, 0.750, 5.753, 0.698, 0.000, 0.290},
  213. {0.000, 0.841, 1.182, 0.523, 1.381, 2.978, 0.477, 0.619, 1.034, 0.521, 1.297, 0.598, 0.739, 0.946, 0.836, 2.630, 1.132, 0.981, 0.813, 0.552, 0.567, 0.750, 0.698, 2.845, 0.000, 0.290},
  214. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.290},
  215. {0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 1.333},
  216. };
  218. static const double BLOSUM80_FREQRATIOS[BLASTAA_SIZE][BLASTAA_SIZE] = {
  219. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.140},
  220. {0.000, 4.773, 0.477, 0.732, 0.451, 0.703, 0.397, 0.957, 0.514, 0.543, 0.723, 0.505, 0.625, 0.510, 0.771, 0.696, 0.555, 1.535, 0.980, 0.866, 0.309, 0.750, 0.436, 0.700, 0.000, 0.140},
  221. {0.000, 0.477, 5.362, 0.252, 5.759, 1.269, 0.252, 0.639, 0.830, 0.234, 0.793, 0.221, 0.310, 4.868, 0.428, 0.850, 0.609, 0.948, 0.743, 0.268, 0.179, 0.750, 0.307, 1.109, 0.000, 0.140},
  222. {0.000, 0.732, 0.252, 20.702, 0.214, 0.180, 0.395, 0.272, 0.221, 0.581, 0.241, 0.493, 0.499, 0.300, 0.269, 0.295, 0.233, 0.576, 0.602, 0.634, 0.302, 0.750, 0.308, 0.224, 0.000, 0.140},
  223. {0.000, 0.451, 5.759, 0.214, 9.106, 1.635, 0.234, 0.541, 0.594, 0.214, 0.677, 0.197, 0.252, 1.584, 0.452, 0.763, 0.477, 0.774, 0.611, 0.245, 0.145, 0.750, 0.245, 1.303, 0.000, 0.140},
  224. {0.000, 0.703, 1.269, 0.180, 1.635, 6.995, 0.249, 0.399, 0.901, 0.264, 1.195, 0.276, 0.429, 0.811, 0.581, 1.906, 0.832, 0.845, 0.685, 0.369, 0.241, 0.750, 0.333, 5.054, 0.000, 0.140},
  225. {0.000, 0.397, 0.252, 0.395, 0.234, 0.249, 9.486, 0.249, 0.572, 0.841, 0.283, 1.114, 0.893, 0.273, 0.237, 0.285, 0.287, 0.369, 0.445, 0.649, 1.089, 0.750, 2.780, 0.263, 0.000, 0.140},
  226. {0.000, 0.957, 0.639, 0.272, 0.541, 0.399, 0.249, 7.882, 0.387, 0.184, 0.483, 0.210, 0.286, 0.761, 0.347, 0.425, 0.377, 0.784, 0.492, 0.251, 0.264, 0.750, 0.230, 0.409, 0.000, 0.140},
  227. {0.000, 0.514, 0.830, 0.221, 0.594, 0.901, 0.572, 0.387, 16.070, 0.258, 0.740, 0.314, 0.432, 1.124, 0.420, 1.316, 0.925, 0.661, 0.540, 0.289, 0.390, 0.750, 1.819, 1.059, 0.000, 0.140},
  228. {0.000, 0.543, 0.234, 0.581, 0.214, 0.264, 0.841, 0.184, 0.258, 4.868, 0.313, 1.665, 1.512, 0.258, 0.286, 0.309, 0.299, 0.379, 0.701, 2.496, 0.343, 0.750, 0.539, 0.281, 0.000, 0.140},
  229. {0.000, 0.723, 0.793, 0.241, 0.677, 1.195, 0.283, 0.483, 0.740, 0.313, 6.326, 0.357, 0.534, 0.938, 0.597, 1.524, 2.192, 0.820, 0.736, 0.370, 0.241, 0.750, 0.408, 1.320, 0.000, 0.140},
  230. {0.000, 0.505, 0.221, 0.493, 0.197, 0.276, 1.114, 0.210, 0.314, 1.665, 0.357, 4.463, 2.123, 0.250, 0.303, 0.407, 0.363, 0.368, 0.561, 1.220, 0.439, 0.750, 0.581, 0.326, 0.000, 0.140},
  231. {0.000, 0.625, 0.310, 0.499, 0.252, 0.429, 0.893, 0.286, 0.432, 1.512, 0.534, 2.123, 8.883, 0.382, 0.362, 0.887, 0.506, 0.498, 0.758, 1.224, 0.561, 0.750, 0.550, 0.603, 0.000, 0.140},
  232. {0.000, 0.510, 4.868, 0.300, 1.584, 0.811, 0.273, 0.761, 1.124, 0.258, 0.938, 0.250, 0.382, 8.963, 0.398, 0.958, 0.773, 1.165, 0.908, 0.297, 0.221, 0.750, 0.385, 0.867, 0.000, 0.140},
  233. {0.000, 0.771, 0.428, 0.269, 0.452, 0.581, 0.237, 0.347, 0.420, 0.286, 0.597, 0.303, 0.362, 0.398, 15.155, 0.538, 0.446, 0.652, 0.560, 0.370, 0.178, 0.750, 0.258, 0.565, 0.000, 0.140},
  234. {0.000, 0.696, 0.850, 0.295, 0.763, 1.906, 0.285, 0.425, 1.316, 0.309, 1.524, 0.407, 0.887, 0.958, 0.538, 8.340, 1.394, 0.859, 0.724, 0.411, 0.408, 0.750, 0.462, 4.360, 0.000, 0.140},
  235. {0.000, 0.555, 0.609, 0.233, 0.477, 0.832, 0.287, 0.377, 0.925, 0.299, 2.192, 0.363, 0.506, 0.773, 0.446, 1.394, 8.245, 0.695, 0.598, 0.354, 0.294, 0.750, 0.418, 1.046, 0.000, 0.140},
  236. {0.000, 1.535, 0.948, 0.576, 0.774, 0.845, 0.369, 0.784, 0.661, 0.379, 0.820, 0.368, 0.498, 1.165, 0.652, 0.859, 0.695, 5.106, 1.663, 0.494, 0.271, 0.750, 0.462, 0.850, 0.000, 0.140},
  237. {0.000, 0.980, 0.743, 0.602, 0.611, 0.685, 0.445, 0.492, 0.540, 0.701, 0.736, 0.561, 0.758, 0.908, 0.560, 0.724, 0.598, 1.663, 6.205, 0.891, 0.285, 0.750, 0.474, 0.700, 0.000, 0.140},
  238. {0.000, 0.866, 0.268, 0.634, 0.245, 0.369, 0.649, 0.251, 0.289, 2.496, 0.370, 1.220, 1.224, 0.297, 0.370, 0.411, 0.354, 0.494, 0.891, 4.584, 0.342, 0.750, 0.489, 0.385, 0.000, 0.140},
  239. {0.000, 0.309, 0.179, 0.302, 0.145, 0.241, 1.089, 0.264, 0.390, 0.343, 0.241, 0.439, 0.561, 0.221, 0.178, 0.408, 0.294, 0.271, 0.285, 0.342, 41.552, 0.750, 2.036, 0.304, 0.000, 0.140},
  240. {0.000, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.000, 0.140},
  241. {0.000, 0.436, 0.307, 0.308, 0.245, 0.333, 2.780, 0.230, 1.819, 0.539, 0.408, 0.581, 0.550, 0.385, 0.258, 0.462, 0.418, 0.462, 0.474, 0.489, 2.036, 0.750, 12.194, 0.382, 0.000, 0.140},
  242. {0.000, 0.700, 1.109, 0.224, 1.303, 5.054, 0.263, 0.409, 1.059, 0.281, 1.320, 0.326, 0.603, 0.867, 0.565, 4.360, 1.046, 0.850, 0.700, 0.385, 0.304, 0.750, 0.382, 4.789, 0.000, 0.140},
  243. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.140},
  244. {0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 0.140, 1.333},
  245. };
  247. static const double BLOSUM50_FREQRATIOS[BLASTAA_SIZE][BLASTAA_SIZE] = {
  248. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.290},
  249. {0.000, 3.273, 0.687, 0.888, 0.660, 0.797, 0.546, 1.101, 0.641, 0.715, 0.748, 0.657, 0.854, 0.720, 0.715, 0.820, 0.668, 1.364, 0.967, 0.982, 0.464, 0.750, 0.596, 0.806, 0.000, 0.290},
  250. {0.000, 0.687, 3.676, 0.507, 4.021, 1.319, 0.384, 0.848, 1.118, 0.407, 0.968, 0.391, 0.516, 3.269, 0.661, 0.998, 0.759, 1.061, 0.955, 0.446, 0.339, 0.750, 0.556, 1.196, 0.000, 0.290},
  251. {0.000, 0.888, 0.507, 18.231, 0.428, 0.456, 0.565, 0.524, 0.517, 0.587, 0.460, 0.650, 0.681, 0.601, 0.403, 0.481, 0.428, 0.830, 0.818, 0.809, 0.312, 0.750, 0.539, 0.466, 0.000, 0.290},
  252. {0.000, 0.660, 4.021, 0.428, 6.112, 1.658, 0.337, 0.745, 0.884, 0.370, 0.890, 0.373, 0.435, 1.558, 0.710, 0.967, 0.678, 0.921, 0.825, 0.432, 0.307, 0.750, 0.504, 1.394, 0.000, 0.290},
  253. {0.000, 0.797, 1.319, 0.456, 1.658, 4.437, 0.456, 0.540, 0.911, 0.416, 1.331, 0.478, 0.605, 0.920, 0.839, 1.671, 0.976, 0.882, 0.819, 0.479, 0.548, 0.750, 0.652, 3.380, 0.000, 0.290},
  254. {0.000, 0.546, 0.384, 0.565, 0.337, 0.456, 6.636, 0.414, 0.755, 0.990, 0.445, 1.262, 1.052, 0.439, 0.376, 0.417, 0.462, 0.553, 0.570, 0.860, 1.348, 0.750, 2.424, 0.441, 0.000, 0.290},
  255. {0.000, 1.101, 0.848, 0.524, 0.745, 0.540, 0.414, 5.792, 0.601, 0.370, 0.655, 0.377, 0.519, 0.969, 0.620, 0.641, 0.517, 0.999, 0.636, 0.403, 0.505, 0.750, 0.467, 0.579, 0.000, 0.290},
  256. {0.000, 0.641, 1.118, 0.517, 0.884, 0.911, 0.755, 0.601, 10.449, 0.411, 0.946, 0.547, 0.760, 1.394, 0.582, 1.209, 0.982, 0.823, 0.653, 0.414, 0.475, 0.750, 1.570, 1.025, 0.000, 0.290},
  257. {0.000, 0.715, 0.407, 0.587, 0.370, 0.416, 0.990, 0.370, 0.411, 3.411, 0.468, 1.697, 1.438, 0.451, 0.511, 0.503, 0.435, 0.546, 0.861, 2.313, 0.522, 0.750, 0.826, 0.449, 0.000, 0.290},
  258. {0.000, 0.748, 0.968, 0.460, 0.890, 1.331, 0.445, 0.655, 0.946, 0.468, 3.881, 0.479, 0.685, 1.060, 0.764, 1.419, 2.065, 0.893, 0.845, 0.523, 0.462, 0.750, 0.668, 1.365, 0.000, 0.290},
  259. {0.000, 0.657, 0.391, 0.650, 0.373, 0.478, 1.262, 0.377, 0.547, 1.697, 0.479, 3.328, 1.790, 0.413, 0.444, 0.563, 0.554, 0.511, 0.759, 1.324, 0.602, 0.750, 0.858, 0.511, 0.000, 0.290},
  260. {0.000, 0.854, 0.516, 0.681, 0.435, 0.605, 1.052, 0.519, 0.760, 1.438, 0.685, 1.790, 4.816, 0.612, 0.545, 0.960, 0.678, 0.682, 0.882, 1.213, 0.761, 0.750, 0.918, 0.741, 0.000, 0.290},
  261. {0.000, 0.720, 3.269, 0.601, 1.558, 0.920, 0.439, 0.969, 1.394, 0.451, 1.060, 0.413, 0.612, 5.285, 0.604, 1.035, 0.854, 1.224, 1.109, 0.463, 0.376, 0.750, 0.617, 0.964, 0.000, 0.290},
  262. {0.000, 0.715, 0.661, 0.403, 0.710, 0.839, 0.376, 0.620, 0.582, 0.511, 0.764, 0.444, 0.545, 0.604, 10.204, 0.750, 0.519, 0.759, 0.749, 0.524, 0.420, 0.750, 0.468, 0.805, 0.000, 0.290},
  263. {0.000, 0.820, 0.998, 0.481, 0.967, 1.671, 0.417, 0.641, 1.209, 0.503, 1.419, 0.563, 0.960, 1.035, 0.750, 4.697, 1.357, 1.069, 0.810, 0.557, 0.715, 0.750, 0.742, 2.828, 0.000, 0.290},
  264. {0.000, 0.668, 0.759, 0.428, 0.678, 0.976, 0.462, 0.517, 0.982, 0.435, 2.065, 0.554, 0.678, 0.854, 0.519, 1.357, 5.378, 0.804, 0.737, 0.512, 0.529, 0.750, 0.727, 1.122, 0.000, 0.290},
  265. {0.000, 1.364, 1.061, 0.830, 0.921, 0.882, 0.553, 0.999, 0.823, 0.546, 0.893, 0.511, 0.682, 1.224, 0.759, 1.069, 0.804, 3.143, 1.497, 0.679, 0.392, 0.750, 0.651, 0.953, 0.000, 0.290},
  266. {0.000, 0.967, 0.955, 0.818, 0.825, 0.819, 0.570, 0.636, 0.653, 0.861, 0.845, 0.759, 0.882, 1.109, 0.749, 0.810, 0.737, 1.497, 3.553, 1.060, 0.503, 0.750, 0.691, 0.816, 0.000, 0.290},
  267. {0.000, 0.982, 0.446, 0.809, 0.432, 0.479, 0.860, 0.403, 0.414, 2.313, 0.523, 1.324, 1.213, 0.463, 0.524, 0.557, 0.512, 0.679, 1.060, 3.118, 0.485, 0.750, 0.727, 0.509, 0.000, 0.290},
  268. {0.000, 0.464, 0.339, 0.312, 0.307, 0.548, 1.348, 0.505, 0.475, 0.522, 0.462, 0.602, 0.761, 0.376, 0.420, 0.715, 0.529, 0.392, 0.503, 0.485, 31.361, 0.750, 1.765, 0.612, 0.000, 0.290},
  269. {0.000, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.000, 0.290},
  270. {0.000, 0.596, 0.556, 0.539, 0.504, 0.652, 2.424, 0.467, 1.570, 0.826, 0.668, 0.858, 0.918, 0.617, 0.468, 0.742, 0.727, 0.651, 0.691, 0.727, 1.765, 0.750, 6.893, 0.686, 0.000, 0.290},
  271. {0.000, 0.806, 1.196, 0.466, 1.394, 3.380, 0.441, 0.579, 1.025, 0.449, 1.365, 0.511, 0.741, 0.964, 0.805, 2.828, 1.122, 0.953, 0.816, 0.509, 0.612, 0.750, 0.686, 3.169, 0.000, 0.290},
  272. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.290},
  273. {0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 0.290, 1.333},
  274. };
  276. static const double BLOSUM90_FREQRATIOS[BLASTAA_SIZE][BLASTAA_SIZE] = {
  277. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.120},
  278. {0.000, 4.773, 0.477, 0.732, 0.451, 0.703, 0.397, 0.957, 0.514, 0.543, 0.723, 0.505, 0.625, 0.510, 0.771, 0.696, 0.555, 1.535, 0.980, 0.866, 0.309, 0.707, 0.436, 0.700, 0.000, 0.120},
  279. {0.000, 0.477, 5.362, 0.252, 5.759, 1.269, 0.252, 0.639, 0.830, 0.234, 0.793, 0.221, 0.310, 4.868, 0.428, 0.850, 0.609, 0.948, 0.743, 0.268, 0.179, 0.707, 0.307, 1.109, 0.000, 0.120},
  280. {0.000, 0.732, 0.252, 20.702, 0.214, 0.180, 0.395, 0.272, 0.221, 0.581, 0.241, 0.493, 0.499, 0.300, 0.269, 0.295, 0.233, 0.576, 0.602, 0.634, 0.302, 0.707, 0.308, 0.224, 0.000, 0.120},
  281. {0.000, 0.451, 5.759, 0.214, 9.106, 1.635, 0.234, 0.541, 0.594, 0.214, 0.677, 0.197, 0.252, 1.584, 0.452, 0.763, 0.477, 0.774, 0.611, 0.245, 0.145, 0.707, 0.245, 1.303, 0.000, 0.120},
  282. {0.000, 0.703, 1.269, 0.180, 1.635, 6.995, 0.249, 0.399, 0.901, 0.264, 1.195, 0.276, 0.429, 0.811, 0.581, 1.906, 0.832, 0.845, 0.685, 0.369, 0.241, 0.707, 0.333, 5.054, 0.000, 0.120},
  283. {0.000, 0.397, 0.252, 0.395, 0.234, 0.249, 9.486, 0.249, 0.572, 0.841, 0.283, 1.114, 0.893, 0.273, 0.237, 0.285, 0.287, 0.369, 0.445, 0.649, 1.089, 0.707, 2.780, 0.263, 0.000, 0.120},
  284. {0.000, 0.957, 0.639, 0.272, 0.541, 0.399, 0.249, 7.882, 0.387, 0.184, 0.483, 0.210, 0.286, 0.761, 0.347, 0.425, 0.377, 0.784, 0.492, 0.251, 0.264, 0.707, 0.230, 0.409, 0.000, 0.120},
  285. {0.000, 0.514, 0.830, 0.221, 0.594, 0.901, 0.572, 0.387, 16.070, 0.258, 0.740, 0.314, 0.432, 1.124, 0.420, 1.316, 0.925, 0.661, 0.540, 0.289, 0.390, 0.707, 1.819, 1.059, 0.000, 0.120},
  286. {0.000, 0.543, 0.234, 0.581, 0.214, 0.264, 0.841, 0.184, 0.258, 4.868, 0.313, 1.665, 1.512, 0.258, 0.286, 0.309, 0.299, 0.379, 0.701, 2.496, 0.343, 0.707, 0.539, 0.281, 0.000, 0.120},
  287. {0.000, 0.723, 0.793, 0.241, 0.677, 1.195, 0.283, 0.483, 0.740, 0.313, 6.326, 0.357, 0.534, 0.938, 0.597, 1.524, 2.192, 0.820, 0.736, 0.370, 0.241, 0.707, 0.408, 1.320, 0.000, 0.120},
  288. {0.000, 0.505, 0.221, 0.493, 0.197, 0.276, 1.114, 0.210, 0.314, 1.665, 0.357, 4.463, 2.123, 0.250, 0.303, 0.407, 0.363, 0.368, 0.561, 1.220, 0.439, 0.707, 0.581, 0.326, 0.000, 0.120},
  289. {0.000, 0.625, 0.310, 0.499, 0.252, 0.429, 0.893, 0.286, 0.432, 1.512, 0.534, 2.123, 8.883, 0.382, 0.362, 0.887, 0.506, 0.498, 0.758, 1.224, 0.561, 0.707, 0.550, 0.603, 0.000, 0.120},
  290. {0.000, 0.510, 4.868, 0.300, 1.584, 0.811, 0.273, 0.761, 1.124, 0.258, 0.938, 0.250, 0.382, 8.963, 0.398, 0.958, 0.773, 1.165, 0.908, 0.297, 0.221, 0.707, 0.385, 0.867, 0.000, 0.120},
  291. {0.000, 0.771, 0.428, 0.269, 0.452, 0.581, 0.237, 0.347, 0.420, 0.286, 0.597, 0.303, 0.362, 0.398, 15.155, 0.538, 0.446, 0.652, 0.560, 0.370, 0.178, 0.707, 0.258, 0.565, 0.000, 0.120},
  292. {0.000, 0.696, 0.850, 0.295, 0.763, 1.906, 0.285, 0.425, 1.316, 0.309, 1.524, 0.407, 0.887, 0.958, 0.538, 8.340, 1.394, 0.859, 0.724, 0.411, 0.408, 0.707, 0.462, 4.360, 0.000, 0.120},
  293. {0.000, 0.555, 0.609, 0.233, 0.477, 0.832, 0.287, 0.377, 0.925, 0.299, 2.192, 0.363, 0.506, 0.773, 0.446, 1.394, 8.245, 0.695, 0.598, 0.354, 0.294, 0.707, 0.418, 1.046, 0.000, 0.120},
  294. {0.000, 1.535, 0.948, 0.576, 0.774, 0.845, 0.369, 0.784, 0.661, 0.379, 0.820, 0.368, 0.498, 1.165, 0.652, 0.859, 0.695, 5.106, 1.663, 0.494, 0.271, 0.707, 0.462, 0.850, 0.000, 0.120},
  295. {0.000, 0.980, 0.743, 0.602, 0.611, 0.685, 0.445, 0.492, 0.540, 0.701, 0.736, 0.561, 0.758, 0.908, 0.560, 0.724, 0.598, 1.663, 6.205, 0.891, 0.285, 0.707, 0.474, 0.700, 0.000, 0.120},
  296. {0.000, 0.866, 0.268, 0.634, 0.245, 0.369, 0.649, 0.251, 0.289, 2.496, 0.370, 1.220, 1.224, 0.297, 0.370, 0.411, 0.354, 0.494, 0.891, 4.584, 0.342, 0.707, 0.489, 0.385, 0.000, 0.120},
  297. {0.000, 0.309, 0.179, 0.302, 0.145, 0.241, 1.089, 0.264, 0.390, 0.343, 0.241, 0.439, 0.561, 0.221, 0.178, 0.408, 0.294, 0.271, 0.285, 0.342, 41.552, 0.707, 2.036, 0.304, 0.000, 0.120},
  298. {0.000, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.707, 0.000, 0.120},
  299. {0.000, 0.436, 0.307, 0.308, 0.245, 0.333, 2.780, 0.230, 1.819, 0.539, 0.408, 0.581, 0.550, 0.385, 0.258, 0.462, 0.418, 0.462, 0.474, 0.489, 2.036, 0.707, 12.194, 0.382, 0.000, 0.120},
  300. {0.000, 0.700, 1.109, 0.224, 1.303, 5.054, 0.263, 0.409, 1.059, 0.281, 1.320, 0.326, 0.603, 0.867, 0.565, 4.360, 1.046, 0.850, 0.700, 0.385, 0.304, 0.707, 0.382, 4.789, 0.000, 0.120},
  301. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.120},
  302. {0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 0.120, 1.333},
  303. };
  305. static const double PAM250_FREQRATIOS[BLASTAA_SIZE][BLASTAA_SIZE] = {
  306. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.170},
  307. {0.000, 1.516, 1.056, 0.627, 1.070, 1.075, 0.446, 1.339, 0.732, 0.889, 0.766, 0.646, 0.770, 1.040, 1.294, 0.903, 0.701, 1.290, 1.317, 1.045, 0.264, 0.750, 0.450, 1.000, 0.000, 0.170},
  308. {0.000, 1.056, 1.843, 0.365, 2.052, 1.825, 0.354, 1.119, 1.297, 0.617, 1.130, 0.453, 0.605, 1.600, 0.846, 1.339, 0.862, 1.117, 1.032, 0.638, 0.297, 0.750, 0.486, 1.613, 0.000, 0.170},
  309. {0.000, 0.627, 0.365, 15.630, 0.307, 0.295, 0.371, 0.459, 0.452, 0.588, 0.286, 0.248, 0.299, 0.433, 0.527, 0.289, 0.430, 0.990, 0.601, 0.639, 0.169, 0.750, 1.078, 0.293, 0.000, 0.170},
  310. {0.000, 1.070, 2.052, 0.307, 2.433, 2.197, 0.274, 1.147, 1.173, 0.580, 1.020, 0.398, 0.548, 1.610, 0.806, 1.461, 0.743, 1.069, 0.968, 0.612, 0.213, 0.750, 0.369, 1.877, 0.000, 0.170},
  311. {0.000, 1.075, 1.825, 0.295, 2.197, 2.414, 0.287, 1.044, 1.165, 0.626, 0.988, 0.464, 0.614, 1.393, 0.880, 1.771, 0.782, 0.999, 0.914, 0.660, 0.201, 0.750, 0.372, 2.134, 0.000, 0.170},
  312. {0.000, 0.446, 0.354, 0.371, 0.274, 0.287, 8.028, 0.332, 0.659, 1.262, 0.298, 1.518, 1.043, 0.447, 0.351, 0.343, 0.359, 0.478, 0.488, 0.766, 1.077, 0.750, 4.975, 0.311, 0.000, 0.170},
  313. {0.000, 1.339, 1.119, 0.459, 1.147, 1.044, 0.332, 2.991, 0.616, 0.557, 0.678, 0.395, 0.525, 1.087, 0.894, 0.757, 0.555, 1.278, 0.999, 0.735, 0.200, 0.750, 0.300, 0.919, 0.000, 0.170},
  314. {0.000, 0.732, 1.297, 0.452, 1.173, 1.165, 0.660, 0.616, 4.475, 0.571, 0.990, 0.620, 0.610, 1.440, 0.947, 1.962, 1.431, 0.830, 0.741, 0.597, 0.544, 0.750, 0.979, 1.512, 0.000, 0.170},
  315. {0.000, 0.889, 0.617, 0.588, 0.580, 0.626, 1.262, 0.557, 0.571, 2.830, 0.641, 1.749, 1.650, 0.660, 0.627, 0.625, 0.629, 0.723, 1.017, 2.338, 0.303, 0.750, 0.800, 0.626, 0.000, 0.170},
  316. {0.000, 0.766, 1.130, 0.286, 1.020, 0.988, 0.298, 0.678, 0.990, 0.641, 2.926, 0.519, 1.100, 1.258, 0.770, 1.184, 2.182, 0.962, 0.996, 0.570, 0.451, 0.750, 0.360, 1.073, 0.000, 0.170},
  317. {0.000, 0.646, 0.453, 0.248, 0.398, 0.464, 1.518, 0.395, 0.620, 1.749, 0.519, 3.930, 2.338, 0.516, 0.556, 0.665, 0.501, 0.524, 0.677, 1.532, 0.647, 0.750, 0.815, 0.551, 0.000, 0.170},
  318. {0.000, 0.770, 0.605, 0.299, 0.548, 0.614, 1.043, 0.525, 0.609, 1.650, 1.100, 2.338, 4.404, 0.670, 0.621, 0.796, 0.905, 0.699, 0.873, 1.510, 0.375, 0.750, 0.568, 0.693, 0.000, 0.170},
  319. {0.000, 1.040, 1.600, 0.433, 1.610, 1.393, 0.447, 1.087, 1.440, 0.660, 1.258, 0.516, 0.671, 1.588, 0.893, 1.197, 1.000, 1.173, 1.107, 0.668, 0.394, 0.750, 0.621, 1.307, 0.000, 0.170},
  320. {0.000, 1.294, 0.846, 0.527, 0.806, 0.880, 0.351, 0.894, 0.946, 0.627, 0.770, 0.556, 0.621, 0.893, 3.841, 1.055, 0.960, 1.243, 1.076, 0.758, 0.275, 0.750, 0.321, 0.956, 0.000, 0.170},
  321. {0.000, 0.903, 1.339, 0.290, 1.462, 1.772, 0.343, 0.757, 1.962, 0.625, 1.184, 0.665, 0.796, 1.197, 1.056, 2.541, 1.335, 0.890, 0.833, 0.649, 0.335, 0.750, 0.395, 2.107, 0.000, 0.170},
  322. {0.000, 0.701, 0.862, 0.430, 0.743, 0.782, 0.359, 0.555, 1.430, 0.629, 2.182, 0.501, 0.905, 1.000, 0.960, 1.335, 4.078, 0.928, 0.820, 0.561, 1.652, 0.750, 0.379, 1.023, 0.000, 0.170},
  323. {0.000, 1.290, 1.117, 0.990, 1.069, 0.999, 0.478, 1.278, 0.830, 0.722, 0.962, 0.524, 0.699, 1.173, 1.244, 0.890, 0.928, 1.441, 1.362, 0.799, 0.566, 0.750, 0.520, 0.951, 0.000, 0.170},
  324. {0.000, 1.317, 1.032, 0.601, 0.968, 0.914, 0.488, 0.999, 0.741, 1.016, 0.996, 0.677, 0.873, 1.107, 1.075, 0.833, 0.820, 1.362, 1.806, 1.068, 0.306, 0.750, 0.530, 0.879, 0.000, 0.170},
  325. {0.000, 1.045, 0.638, 0.639, 0.612, 0.660, 0.766, 0.735, 0.597, 2.338, 0.570, 1.532, 1.511, 0.668, 0.758, 0.649, 0.561, 0.799, 1.068, 2.698, 0.237, 0.750, 0.566, 0.656, 0.000, 0.170},
  326. {0.000, 0.264, 0.297, 0.169, 0.213, 0.201, 1.077, 0.200, 0.544, 0.303, 0.450, 0.647, 0.375, 0.394, 0.275, 0.335, 1.651, 0.566, 0.306, 0.237, 52.679, 0.750, 0.970, 0.259, 0.000, 0.170},
  327. {0.000, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.750, 0.000, 0.170},
  328. {0.000, 0.450, 0.486, 1.078, 0.369, 0.372, 4.976, 0.300, 0.979, 0.800, 0.360, 0.815, 0.568, 0.621, 0.321, 0.395, 0.379, 0.520, 0.530, 0.566, 0.970, 0.750, 10.338, 0.382, 0.000, 0.170},
  329. {0.000, 1.000, 1.613, 0.293, 1.877, 2.134, 0.311, 0.919, 1.512, 0.626, 1.073, 0.551, 0.693, 1.307, 0.956, 2.107, 1.023, 0.951, 0.879, 0.656, 0.259, 0.750, 0.382, 2.122, 0.000, 0.170},
  330. {0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.000, 0.170},
  331. {0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 0.170, 1.333},    
  332. };
  334. #define BLOSUM62_20A_SCALE_MULTIPLIER 0.9666
  335. #define BLOSUM62_20B_SCALE_MULTIPLIER 0.9344
  337. SFreqRatios*
  338. _PSIMatrixFrequencyRatiosNew(const char* matrix_name)
  339. {
  340.     unsigned int i, j;          /* loop indices */
  341.     SFreqRatios* retval = NULL; /* the return value */
  343.     ASSERT(matrix_name);
  345.     if ( !(retval = (SFreqRatios*) malloc(sizeof(SFreqRatios)))) {
  346.         return NULL;
  347.     }
  349.     retval->data = (double**) _PSIAllocateMatrix(BLASTAA_SIZE, BLASTAA_SIZE, 
  350.                                                  sizeof(double));
  351.     if ( !retval->data ) {
  352.         return _PSIMatrixFrequencyRatiosFree(retval);
  353.     }
  355.     if ( !strcmp(matrix_name, "BLOSUM62") ||
  356.          !strcmp(matrix_name, "BLOSUM62_20")) {
  357.         for (i = 0; i < BLASTAA_SIZE; i++) {
  358.             for (j = 0; j < BLASTAA_SIZE; j++) {
  359.                 retval->data[i][j] = BLOSUM62_FREQRATIOS[i][j];
  360.             }
  361.         }
  362.         retval->bit_scale_factor = 2;
  363.     } else if ( !strcmp(matrix_name, "BLOSUM62_20A")) {
  364.         for (i = 0; i < BLASTAA_SIZE; i++) {
  365.             for (j = 0; j < BLASTAA_SIZE; j++) {
  366.                 retval->data[i][j] = 
  367.                     BLOSUM62_20A_SCALE_MULTIPLIER * BLOSUM62_FREQRATIOS[i][j];
  368.             }
  369.         }
  370.         retval->bit_scale_factor = 2;
  371.     } else if ( !strcmp(matrix_name, "BLOSUM62_20B")) {
  372.         for (i = 0; i < BLASTAA_SIZE; i++) {
  373.             for (j = 0; j < BLASTAA_SIZE; j++) {
  374.                 retval->data[i][j] =
  375.                     BLOSUM62_20B_SCALE_MULTIPLIER * BLOSUM62_FREQRATIOS[i][j];
  376.             }
  377.         }
  378.         retval->bit_scale_factor = 2;
  379.     } else if ( !strcmp(matrix_name, "BLOSUM45") ) {
  380.         for (i = 0; i < BLASTAA_SIZE; i++) {
  381.             for (j = 0; j < BLASTAA_SIZE; j++) {
  382.                 retval->data[i][j] = BLOSUM45_FREQRATIOS[i][j];
  383.             }
  384.         }
  385.         retval->bit_scale_factor = 3;
  386.     } else if ( !strcmp(matrix_name, "BLOSUM80") ) {
  387.         for (i = 0; i < BLASTAA_SIZE; i++) {
  388.             for (j = 0; j < BLASTAA_SIZE; j++) {
  389.                 retval->data[i][j] = BLOSUM80_FREQRATIOS[i][j];
  390.             }
  391.         }
  392.         retval->bit_scale_factor = 2;
  393.     } else if ( !strcmp(matrix_name, "BLOSUM50") ) {
  394.         for (i = 0; i < BLASTAA_SIZE; i++) {
  395.             for (j = 0; j < BLASTAA_SIZE; j++) {
  396.                 retval->data[i][j] = BLOSUM50_FREQRATIOS[i][j];
  397.             }
  398.         }
  399.         retval->bit_scale_factor = 2;
  400.     } else if ( !strcmp(matrix_name, "BLOSUM90") ) {
  401.         for (i = 0; i < BLASTAA_SIZE; i++) {
  402.             for (j = 0; j < BLASTAA_SIZE; j++) {
  403.                 retval->data[i][j] = BLOSUM90_FREQRATIOS[i][j];
  404.             }
  405.         }
  406.         retval->bit_scale_factor = 2;
  407.     } else if ( !strcmp(matrix_name, "PAM30") ) {
  408.         for (i = 0; i < BLASTAA_SIZE; i++) {
  409.             for (j = 0; j < BLASTAA_SIZE; j++) {
  410.                 retval->data[i][j] = PAM30_FREQRATIOS[i][j];
  411.             }
  412.         }
  413.         retval->bit_scale_factor = 2;
  414.     } else if ( !strcmp(matrix_name, "PAM70") ) {
  415.         for (i = 0; i < BLASTAA_SIZE; i++) {
  416.             for (j = 0; j < BLASTAA_SIZE; j++) {
  417.                 retval->data[i][j] = PAM70_FREQRATIOS[i][j];
  418.             }
  419.         }
  420.         retval->bit_scale_factor = 2;
  421.     } else if ( !strcmp(matrix_name, "PAM250") ) {
  422.         for (i = 0; i < BLASTAA_SIZE; i++) {
  423.             for (j = 0; j < BLASTAA_SIZE; j++) {
  424.                 retval->data[i][j] = PAM250_FREQRATIOS[i][j];
  425.             }
  426.         }
  427.         retval->bit_scale_factor = 2;
  428.     } else {
  429.         retval = _PSIMatrixFrequencyRatiosFree(retval);
  430.     }
  432.     return retval;
  433. }
  435. SFreqRatios*
  436. _PSIMatrixFrequencyRatiosFree(SFreqRatios* freq_ratios)
  437. {
  438.     if ( !freq_ratios )
  439.         return NULL;
  441.     if (freq_ratios->data) {
  442.         _PSIDeallocateMatrix((void**) freq_ratios->data, BLASTAA_SIZE);
  443.     }
  445.     sfree(freq_ratios);
  446.     return NULL;
  447. }
  449. /*
  450.  * ===========================================================================
  451.  *
  452.  * $Log: matrix_freq_ratios.c,v $
  453.  * Revision 1000.0  2004/06/01 18:13:58  gouriano
  454.  * PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  455.  *
  456.  * Revision 1.2  2004/05/13 14:56:05  camacho
  457.  * Fix for retrieving frequency ratios matrices
  458.  *
  459.  * Revision 1.1  2004/05/06 15:26:54  camacho
  460.  * Initial revision
  461.  *
  462.  *
  463.  * ===========================================================================
  464.  */