生物技术

开发平台：
C/C++

matrix_freq_ratios.h：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: matrix_freq_ratios.h,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 18:08:14  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
#ifndef ALGO_BLAST_CORE___MATRIX_FREQ_RATIOS__H
#define ALGO_BLAST_CORE___MATRIX_FREQ_RATIOS__H
/*  $Id: matrix_freq_ratios.h,v 1000.1 2004/06/01 18:08:14 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
 *
 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
 *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
 *  the author's official duties as a United States Government employee and
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 *
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 *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
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 *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
 *  purpose.
 *
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 *
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 *
 * Author:  Christiam Camacho
 *
 */
/** @file matrix_freq_ratios.h
 *  Interface to retrieve the frequency ratios for various scoring matrices.
 *
 *  See explanation in p 2996 of Nucleic Acids Research, 2001, Vol 29, No 14.
 */
#include <algo/blast/core/blast_encoding.h>
#ifdef __cplusplus
extern "C" {
#endif
/** Stores the frequency ratios along with their bit scale factor */
typedef struct SFreqRatios {
    /** The actual frequency ratios */
    double**   data;
    /** Used to multiply the values in the above matrix to obtain scores in bit
     * units */
    int        bit_scale_factor;
} SFreqRatios;
/** Retrive the matrix's frequency ratios.
 * @param matrix_name Available options include:
 *          BLOSUM62
 *          BLOSUM62_20
 *          BLOSUM62_20A
 *          BLOSUM62_20B
 *          BLOSUM45
 *          BLOSUM80
 *          BLOSUM50
 *          BLOSUM90
 *          PAM30
 *          PAM70
 *          PAM250
 * @return NULL on error
 */
SFreqRatios*
_PSIMatrixFrequencyRatiosNew(const char* matrix_name);
/** Deallocate the frequency ratios structure */
SFreqRatios*
_PSIMatrixFrequencyRatiosFree(SFreqRatios* freq_ratios);
#ifdef __cplusplus
}
#endif
/*
 * ===========================================================================
 *
 * $Log: matrix_freq_ratios.h,v $
 * Revision 1000.1  2004/06/01 18:08:14  gouriano
 * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
 *
 * Revision 1.2  2004/05/06 15:28:11  camacho
 * Provide an interface to retrive the matrices' frequency ratios
 *
 *
 * ===========================================================================
 */
#endif /* !ALGO_BLAST_CORE__MATRIX_FREQ_RATIOS__H */

						