phi_extend.c
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: phi_extend.c,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:08:27  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /* $Id: phi_extend.c,v 1000.2 2004/06/01 18:08:27 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's offical duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Author: Ilya Dondoshansky
  35.  *
  36.  */
  37. /** @file phi_extend.c
  38.  * Word finder functions for PHI-BLAST
  39.  */
  40. static char const rcsid[] = 
  41.     "$Id: phi_extend.c,v 1000.2 2004/06/01 18:08:27 gouriano Exp $";
  42. #include <algo/blast/core/blast_def.h>
  43. #include <algo/blast/core/phi_lookup.h>
  44. #include <algo/blast/core/phi_extend.h>
  45. Int2 PHIBlastWordFinder(BLAST_SequenceBlk* subject, 
  46.         BLAST_SequenceBlk* query, LookupTableWrap* lookup_wrap,
  47.         Int4** matrix, const BlastInitialWordParameters* word_params,
  48.         Blast_ExtendWord* ewp, Uint4* query_offsets, Uint4* subject_offsets,
  49.         Int4 max_hits, BlastInitHitList* init_hitlist, 
  50.         BlastUngappedStats* ungapped_stats)
  51. {
  52.    PHILookupTable* lookup = (PHILookupTable*) lookup_wrap->lut;
  53.    Int4 hits=0;
  54.    Int4 totalhits=0;
  55.    Int4 first_offset = 0;
  56.    Int4 last_offset  = subject->length;
  57.    Int4 i;
  58.    while(first_offset < last_offset)
  59.    {
  60.       /* scan the subject sequence for hits */
  61.       hits = PHIBlastScanSubject(lookup_wrap, query, subject, &first_offset, 
  62.                 query_offsets, subject_offsets, max_hits);
  63.       totalhits += hits;
  64.       /* for each hit, */
  65.       for (i = 0; i < hits; ++i) {
  66.          /* do an extension */
  67.          BlastSaveInitHsp(init_hitlist, 
  68.             lookup->start_offsets[query_offsets[i]], subject_offsets[i], 
  69.             lookup->start_offsets[query_offsets[i]], subject_offsets[i], 
  70.             lookup->lengths[query_offsets[i]], 0);
  71.       } /* end for */
  72.    } /* end while */
  73.    Blast_UngappedStatsUpdate(ungapped_stats, totalhits, totalhits, totalhits);
  74.    return 0;
  75. }