开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
blast_encoding.c
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：5k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

blast_encoding.c：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: blast_encoding.c,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 18:07:06  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /* $Id: blast_encoding.c,v 1000.1 2004/06/01 18:07:06 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author:  Christiam Camacho
  36.  *
  37.  */
  39. /** @file blast_encoding.c
  40.  * Definitions of static arrays defined in blast_encoding.h.
  41.  * @sa blast_encoding.h
  42.  */
  44. static char const rcsid[] =
  45.     "$Id: blast_encoding.c,v 1000.1 2004/06/01 18:07:06 gouriano Exp $";
  47. #include <algo/blast/core/blast_encoding.h>
  49. const Uint1 NCBI4NA_TO_BLASTNA[BLASTNA_SIZE] = {
  50.     15,     /* Gap, 0 */
  51.      0,     /* A,   1 */
  52.      1,     /* C,   2 */
  53.      6,     /* M,   3 */
  54.      2,     /* G,   4 */
  55.      4,     /* R,   5 */
  56.      9,     /* S,   6 */
  57.     13,     /* V,   7 */
  58.      3,     /* T,   8 */
  59.      8,     /* W,   9 */
  60.      5,     /* Y,  10 */
  61.     12,     /* H,  11 */
  62.      7,     /* K,  12 */
  63.     11,     /* D,  13 */
  64.     10,     /* B,  14 */
  65.     14      /* N,  15 */
  66. };
  68. const Uint1 BLASTNA_TO_NCBI4NA[BLASTNA_SIZE] = {
  69.      1,     /* A, 0 */
  70.      2,     /* C, 1 */
  71.      4,     /* G, 2 */
  72.      8,     /* T, 3 */
  73.      5,     /* R, 4 */
  74.     10,     /* Y, 5 */
  75.      3,     /* M, 6 */
  76.     12,     /* K, 7 */
  77.      9,     /* W, 8 */
  78.      6,     /* S, 9 */
  79.     14,     /* B, 10 */
  80.     13,     /* D, 11 */
  81.     11,     /* H, 12 */
  82.      7,     /* V, 13 */
  83.     15,     /* N, 14 */
  84.      0      /* Gap, 15 */
  85. };
  87. const Uint1 IUPACNA_TO_BLASTNA[128]={
  88. 15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,
  89. 15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,
  90. 15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,
  91. 15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,
  92. 15, 0,10, 1,11,15,15, 2,12,15,15, 7,15, 6,14,15,
  93. 15,15, 4, 9, 3,15,13, 8,15, 5,15,15,15,15,15,15,
  94. 15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,
  95. 15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15,15};
  97. const Uint1 IUPACNA_TO_NCBI4NA[128]={
  98.  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  99.  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  100.  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  101.  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  102.  0, 1,14, 2,13, 0, 0, 4,11, 0, 0,12, 0, 3,15, 0,
  103.  0, 0, 5, 6, 8, 0, 7, 9, 0,10, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  104.  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  105.  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
  107. const Uint1 AMINOACID_TO_NCBISTDAA[128] = {
  108.  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  109.  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  110.  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,25, 0, 0, 0, 0, 0,
  111.  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  112.  0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 0,10,11,12,13, 0,
  113. 14,15,16,17,18,24,19,20,21,22,23, 0, 0, 0, 0, 0,
  114.  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  115.  0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
  117. /*
  118.  * ===========================================================================
  119.  * $Log: blast_encoding.c,v $
  120.  * Revision 1000.1  2004/06/01 18:07:06  gouriano
  121.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  122.  *
  123.  * Revision 1.2  2004/05/19 14:52:02  camacho
  124.  * 1. Added doxygen tags to enable doxygen processing of algo/blast/core
  125.  * 2. Standardized copyright, CVS $Id string, $Log and rcsid formatting and i
  126.  *    location
  127.  * 3. Added use of @todo doxygen keyword
  128.  *
  129.  * Revision 1.1  2004/04/07 03:10:56  camacho
  130.  * Initial revision
  131.  *
  132.  * ===========================================================================
  133.  */