blast_diagnostics.c
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: blast_diagnostics.c,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 18:13:28  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /* $Id: blast_diagnostics.c,v 1000.0 2004/06/01 18:13:28 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's offical duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Author: Ilya Dondoshansky
  35.  *
  36.  */
  37. /** @file blast_diagnostics.c
  38.  * Manipulating diagnostics data returned from BLAST
  39.  */
  40. static char const rcsid[] = 
  41.     "$Id: blast_diagnostics.c,v 1000.0 2004/06/01 18:13:28 gouriano Exp $";
  42. #include <algo/blast/core/blast_diagnostics.h>
  43. #include <algo/blast/core/blast_def.h>
  44. BlastDiagnostics* Blast_DiagnosticsFree(BlastDiagnostics* diagnostics)
  45. {
  46.    if (diagnostics) {
  47.       sfree(diagnostics->ungapped_stat);
  48.       sfree(diagnostics->gapped_stat);
  49.       sfree(diagnostics->cutoffs);
  50.       sfree(diagnostics);
  51.    }
  52.    return NULL;
  53. }
  54. BlastDiagnostics* Blast_DiagnosticsInit() 
  55. {
  56.    BlastDiagnostics* diagnostics = 
  57.       (BlastDiagnostics*) calloc(1, sizeof(BlastDiagnostics));
  58.    diagnostics->ungapped_stat = 
  59.       (BlastUngappedStats*) calloc(1, sizeof(BlastUngappedStats));
  60.    diagnostics->gapped_stat = 
  61.       (BlastGappedStats*) calloc(1, sizeof(BlastGappedStats));
  62.    diagnostics->cutoffs = 
  63.       (BlastRawCutoffs*) calloc(1, sizeof(BlastRawCutoffs));
  64.    return diagnostics;
  65. }
  66. void Blast_UngappedStatsUpdate(BlastUngappedStats* ungapped_stats, 
  67.                                Int4 total_hits, Int4 extended_hits,
  68.                                Int4 saved_hits)
  69. {
  70.    if (!ungapped_stats || total_hits == 0)
  71.       return;
  72.    ungapped_stats->lookup_hits += total_hits;
  73.    ++ungapped_stats->num_seqs_lookup_hits;
  74.    ungapped_stats->init_extends += extended_hits;
  75.    ungapped_stats->good_init_extends += saved_hits;
  76.    if (saved_hits > 0)
  77.       ++ungapped_stats->num_seqs_passed;
  78. }