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gapinfo.c
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：3k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

gapinfo.c：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: gapinfo.c,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 18:07:59  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /* $Id: gapinfo.c,v 1000.1 2004/06/01 18:07:59 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's offical duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author: Ilya Dondoshansky
  36.  *
  37.  */
  39. /** @file gapinfo.c
  40.  * Initialization and freeing of structures for gapped alignment
  41.  */
  44. static char const rcsid[] = 
  45.     "$Id: gapinfo.c,v 1000.1 2004/06/01 18:07:59 gouriano Exp $";
  47. #include <algo/blast/core/gapinfo.h>
  49. GapStateArrayStruct* 
  50. GapStateFree(GapStateArrayStruct* state_struct)
  52. {
  53. GapStateArrayStruct* next;
  55. while (state_struct)
  56. {
  57. next = state_struct->next;
  58. sfree(state_struct->state_array);
  59. sfree(state_struct);
  60. state_struct = next;
  62. }
  64. return NULL;
  65. }
  67. /*
  68. Allocates an EditScriptPtr and puts it on the end of
  69. the chain of EditScriptPtr's.  Returns a pointer to the
  70. new one.
  72. */
  73. GapEditScript* 
  74. GapEditScriptNew(GapEditScript* old)
  76. {
  77. GapEditScript* new;
  79. new = (GapEditScript*) calloc(1, sizeof(GapEditScript));
  81. if (old == NULL)
  82. return new;
  84. while (old->next != NULL)
  85. {
  86. old = old->next;
  87. }
  89. old->next = new;
  91. return new;
  92. }
  94. GapEditScript*
  95. GapEditScriptDelete(GapEditScript* old)
  96. {
  97. GapEditScript* next;
  99. while (old)
  100. {
  101. next = old->next;
  102. sfree(old);
  103. old = next;
  104. }
  105. return old;
  106. }
  108. GapEditBlock*
  109. GapEditBlockNew(Int4 start1, Int4 start2)
  111. {
  112. GapEditBlock* edit_block;
  114. edit_block = (GapEditBlock*) calloc(1, sizeof(GapEditBlock));
  115. edit_block->start1 = start1;
  116. edit_block->start2 = start2;
  118. return edit_block;
  119. }
  121. GapEditBlock*
  122. GapEditBlockDelete(GapEditBlock* edit_block)
  124. {
  125. if (edit_block == NULL)
  126. return NULL;
  128. edit_block->esp = GapEditScriptDelete(edit_block->esp);
  130. sfree(edit_block);
  132. return edit_block;
  133. }