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sequtil_manip.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：5k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

sequtil_manip.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: sequtil_manip.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 15:35:57  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.1
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef UTIL_SEQUTIL___SEQUTIL_MANIP__HPP
  11. #define UTIL_SEQUTIL___SEQUTIL_MANIP__HPP
  13. /*  $Id: sequtil_manip.hpp,v 1000.0 2003/10/29 15:35:57 gouriano Exp $
  14.  * ===========================================================================
  15.  *
  16.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17.  *               National Center for Biotechnology Information
  18.  *
  19.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25.  *
  26.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32.  *  purpose.
  33.  *
  34.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35.  *
  36.  * ===========================================================================
  37.  *
  38.  * Author:  Mati Shomrat
  39.  *
  40.  * File Description:
  41.  *      Various sequnce manipulations
  42.  */   
  43. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  44. #include <corelib/ncbistr.hpp>
  45. #include <vector>
  47. #include <util/sequtil/sequtil.hpp>
  50. BEGIN_NCBI_SCOPE
  53. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  54. //
  55. // Sequence Manipulations
  56. //
  59. class NCBI_XUTIL_EXPORT CSeqManip
  60. {
  61. public:
  63.     // types
  64.     typedef CSeqUtil::TCoding   TCoding;
  65.  
  66.     // Reverse
  67.     static SIZE_TYPE Reverse(const string& src, TCoding src_coding,
  68.                              TSeqPos pos, TSeqPos length,
  69.                              string& dst);
  70.     static SIZE_TYPE Reverse(const vector<char>& src, TCoding src_coding,
  71.                              TSeqPos pos, TSeqPos length,
  72.                              vector<char>& dst);
  73.     static SIZE_TYPE Reverse(const char* src, TCoding src_coding,
  74.                              TSeqPos pos, TSeqPos length,
  75.                              char* dst);
  77.     // Complement
  78.     static SIZE_TYPE Complement(const string& src, TCoding src_coding,
  79.                                 TSeqPos pos, TSeqPos length,
  80.                                 string& dst);
  81.     static SIZE_TYPE Complement(const vector<char>& src, TCoding src_coding,
  82.                                 TSeqPos pos, TSeqPos length,
  83.                                 vector<char>& dst);
  84.     static SIZE_TYPE Complement(const char* src, TCoding src_coding,
  85.                                 TSeqPos pos, TSeqPos length,
  86.                                 char* dst);
  88.     // Reverse + Complement
  90.     // place result in an auxiliary container
  91.     static SIZE_TYPE ReverseComplement(const string& src, TCoding src_coding,
  92.                                        TSeqPos pos, TSeqPos length,
  93.                                        string& dst);
  94.     static SIZE_TYPE ReverseComplement(const vector<char>& src, TCoding src_coding,
  95.                                        TSeqPos pos, TSeqPos length,
  96.                                        vector<char>& dst);
  97.     static SIZE_TYPE ReverseComplement(const char* src, TCoding src_coding,
  98.                                        TSeqPos pos, TSeqPos length,
  99.                                        char* dst);
  101.     // in place operation
  102.     static SIZE_TYPE ReverseComplement(string& src, TCoding src_coding,
  103.                                 TSeqPos pos, TSeqPos length);
  104.     static SIZE_TYPE ReverseComplement(vector<char>& src, TCoding src_coding,
  105.                                 TSeqPos pos, TSeqPos length);
  106.     static SIZE_TYPE ReverseComplement(char* src, TCoding src_coding,
  107.                                 TSeqPos pos, TSeqPos length);
  108. };
  111. END_NCBI_SCOPE
  114. #endif  /* UTIL_SEQUTIL___SEQUTIL_MANIP__HPP */
  116.  /*
  117. * ===========================================================================
  118. *
  119. * $Log: sequtil_manip.hpp,v $
  120. * Revision 1000.0  2003/10/29 15:35:57  gouriano
  121. * PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.1
  122. *
  123. * Revision 1.1  2003/10/08 13:29:23  shomrat
  124. * Initial version.
  125. *
  126. *
  127. * ===========================================================================
  128. */