format_guess.hpp
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上传日期:2007-06-13
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文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: format_guess.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/04/16 18:55:41  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef FORMATGUESS__HPP
  10. #define FORMATGUESS__HPP
  11. /*  $Id: format_guess.hpp,v 1000.1 2004/04/16 18:55:41 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Author: Anatoliy Kuznetsov
  37.  *
  38.  * File Description:  Different "fuzzy-logic" methods to identify file formats.
  39.  *
  40.  */
  41. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  42. BEGIN_NCBI_SCOPE
  43. //////////////////////////////////////////////////////////////////
  44. //
  45. // Class implements different ad-hoc unreliable file format 
  46. // identifications.
  47. //
  48. class NCBI_XUTIL_EXPORT CFormatGuess
  49. {
  50. public:
  51.     enum EFormat {
  52.         eUnknown = 0,
  53.         eBinaryASN,
  54.         eTextASN,
  55.         eFasta,
  56.         eXml
  57.     };
  58.     enum ESequenceType {
  59.         eUndefined,
  60.         eNucleotide,
  61.         eProtein
  62.     };
  63.     // Guess sequence type. Function calculates sequence alphabet and 
  64.     // identifies if the source belongs to nucleotide or protein sequence
  65.     static ESequenceType SequenceType(const char* str, unsigned length);
  66.     // Guess file format structure.
  67.     EFormat Format(const string& path);
  68.     EFormat Format(CNcbiIstream& input);
  69. };
  70. END_NCBI_SCOPE
  71. /*
  72.  * ===========================================================================
  73.  * $Log: format_guess.hpp,v $
  74.  * Revision 1000.1  2004/04/16 18:55:41  gouriano
  75.  * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.3
  76.  *
  77.  * Revision 1.3  2004/03/23 22:29:50  jcherry
  78.  * Added Format(CNcbiIstream& input)
  79.  *
  80.  * Revision 1.2  2003/05/13 15:16:13  kuznets
  81.  * added sequence type guessing function
  82.  *
  83.  * Revision 1.1  2003/05/08 19:45:55  kuznets
  84.  * Initial revision
  85.  *
  86.  * ===========================================================================
  87.  */
  88.  #endif