raw_scoremat.h
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: raw_scoremat.h,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/02/12 21:58:46  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CORE_001] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef UTIL_TABLES___SCOREMAT__H
  10. #define UTIL_TABLES___SCOREMAT__H
  11. /*  $Id: raw_scoremat.h,v 1000.1 2004/02/12 21:58:46 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Author:  Aaron Ucko
  37.  *
  38.  */
  39. /** @file scoremat.h
  40.  ** Protein alignment score matrices; shared between the two toolkits.
  41.  **/
  42. #include <util/tables/tables_export.h>
  43. #ifdef __cplusplus
  44. extern "C" {
  45. #endif
  46. /** data types */
  47. typedef signed char TNCBIScore;
  48. typedef struct SNCBIPackedScoreMatrix {
  49.     const char*       symbols;  /**< order of residues */
  50.     const TNCBIScore* scores;   /**< strlen(symbols) x strlen(symbols) */
  51.     TNCBIScore        defscore; /**< score for unknown residues */
  52. } SNCBIPackedScoreMatrix;
  53. /** These two functions aren't very fast, but avoid the memory and time
  54.  ** overhead of unpacking.
  55.  ** Residues (aa, aa1, aa2) may be either NCBIstdaa, NCBIeaa, or
  56.  ** lowercase NCBIeaa, though matrices generally don't cover U.
  57.  **/
  58. extern NCBI_TABLES_EXPORT
  59. int        NCBISM_GetIndex(const SNCBIPackedScoreMatrix* sm, int aa);
  60. extern NCBI_TABLES_EXPORT
  61. TNCBIScore NCBISM_GetScore(const SNCBIPackedScoreMatrix* sm,
  62.                            int aa1, int aa2);
  63. /** Recommended approach: unpack and index directly. */
  64. #define NCBI_FSM_DIM 128
  65. typedef struct SNCBIFullScoreMatrix {
  66.     TNCBIScore s[NCBI_FSM_DIM][NCBI_FSM_DIM];
  67. } SNCBIFullScoreMatrix;
  68. extern NCBI_TABLES_EXPORT
  69. void NCBISM_Unpack(const SNCBIPackedScoreMatrix* psm,
  70.                    SNCBIFullScoreMatrix* fsm);
  71. /** The standard matrices. */
  72. extern NCBI_TABLES_EXPORT const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Blosum45;
  73. extern NCBI_TABLES_EXPORT const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Blosum62;
  74. extern NCBI_TABLES_EXPORT const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Blosum80;
  75. extern NCBI_TABLES_EXPORT const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Pam30;
  76. extern NCBI_TABLES_EXPORT const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Pam70;
  77. extern NCBI_TABLES_EXPORT const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Pam250;
  78. #ifdef __cplusplus
  79. }
  80. #endif
  81. /*
  82. * ===========================================================================
  83. *
  84. * $Log: raw_scoremat.h,v $
  85. * Revision 1000.1  2004/02/12 21:58:46  gouriano
  86. * PRODUCTION: UPGRADED [CORE_001] Dev-tree R1.2
  87. *
  88. * Revision 1.2  2003/12/29 21:25:50  ucko
  89. * +PAM250
  90. *
  91. * Revision 1.1  2003/08/21 19:48:19  ucko
  92. * Add tables library (shared with C) for raw score matrices, etc.
  93. *
  94. *
  95. * ===========================================================================
  96. */
  97. #endif  /* UTIL_TABLES___SCOREMAT__H */