开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
objostrasnb.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：14k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

objostrasnb.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: objostrasnb.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2003/12/02 20:33:28  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [ORIGINAL] Dev-tree R1.43
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef OBJOSTRASNB__HPP
  11. #define OBJOSTRASNB__HPP
  13. /*  $Id: objostrasnb.hpp,v 1000.1 2003/12/02 20:33:28 gouriano Exp $
  14. * ===========================================================================
  15. *
  16. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17. *               National Center for Biotechnology Information
  18. *
  19. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25. *
  26. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32. *  purpose.
  33. *
  34. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35. *
  36. * ===========================================================================
  37. *
  38. * Author: Eugene Vasilchenko
  39. *
  40. * File Description:
  41. *   !!! PUT YOUR DESCRIPTION HERE !!!
  42. */
  44. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  45. #include <serial/objostr.hpp>
  46. #include <serial/objstrasnb.hpp>
  47. #include <stack>
  50. /** @addtogroup ObjStreamSupport
  51.  *
  52.  * @{
  53.  */
  56. BEGIN_NCBI_SCOPE
  58. class CObjectIStreamAsnBinary;
  60. class NCBI_XSERIAL_EXPORT CObjectOStreamAsnBinary : public CObjectOStream
  61. {
  62. public:
  63.     typedef CObjectStreamAsnBinaryDefs::TTag TTag;
  64.     typedef CObjectStreamAsnBinaryDefs::ETag ETag;
  65.     typedef CObjectStreamAsnBinaryDefs::EClass EClass;
  67.     CObjectOStreamAsnBinary(CNcbiOstream& out,
  68.                             EFixNonPrint how = eFNP_Default);
  69.     CObjectOStreamAsnBinary(CNcbiOstream& out,
  70.                             bool deleteOut,
  71.                             EFixNonPrint how = eFNP_Default);
  72.     virtual ~CObjectOStreamAsnBinary(void);
  74.     virtual void WriteEnum(const CEnumeratedTypeValues& values, 
  75.                            TEnumValueType value);
  76.     virtual void CopyEnum(const CEnumeratedTypeValues& values,
  77.                           CObjectIStream& in);
  79.     void WriteNull(void);
  80.     virtual void WriteAnyContentObject(const CAnyContentObject& obj);
  81.     virtual void CopyAnyContentObject(CObjectIStream& in);
  83.     void WriteByte(Uint1 byte);
  84.     void WriteBytes(const char* bytes, size_t size);
  86.     void WriteTag(EClass c, bool constructed, TTag index);
  87.     void WriteShortTag(EClass c, bool constructed, TTag index);
  88.     void WriteLongTag(EClass c, bool constructed, TTag index);
  89.     void WriteSysTag(ETag index);
  90.     void WriteClassTag(TTypeInfo typeInfo);
  92.     void WriteLength(size_t length);
  93.     void WriteShortLength(size_t length);
  94.     void WriteLongLength(size_t length);
  95.     void WriteIndefiniteLength(void);
  97.     void WriteEndOfContent(void);
  99.     EFixNonPrint FixNonPrint(EFixNonPrint how)
  100.         {
  101.             EFixNonPrint tmp = m_FixMethod;
  102.             m_FixMethod = how;
  103.             return tmp;
  104.         }
  106. protected:
  107.     virtual void WriteBool(bool data);
  108.     virtual void WriteChar(char data);
  109.     virtual void WriteInt4(Int4 data);
  110.     virtual void WriteUint4(Uint4 data);
  111.     virtual void WriteInt8(Int8 data);
  112.     virtual void WriteUint8(Uint8 data);
  113.     virtual void WriteFloat(float data);
  114.     virtual void WriteDouble(double data);
  115.     void WriteDouble2(double data, size_t digits);
  116.     virtual void WriteCString(const char* str);
  117.     virtual void WriteString(const string& s,
  118.                              EStringType type = eStringTypeVisible);
  119.     virtual void WriteStringStore(const string& s);
  120.     virtual void CopyString(CObjectIStream& in);
  121.     virtual void CopyStringStore(CObjectIStream& in);
  122.     void CopyStringValue(CObjectIStreamAsnBinary& in,
  123.                          bool checkVisible = false);
  125.     virtual void WriteNullPointer(void);
  126.     virtual void WriteObjectReference(TObjectIndex index);
  127.     virtual void WriteOtherBegin(TTypeInfo typeInfo);
  128.     virtual void WriteOtherEnd(TTypeInfo typeInfo);
  129.     virtual void WriteOther(TConstObjectPtr object, TTypeInfo typeInfo);
  131. #ifdef VIRTUAL_MID_LEVEL_IO
  132.     virtual void WriteContainer(const CContainerTypeInfo* containerType,
  133.                                 TConstObjectPtr containerPtr);
  135.     virtual void WriteClass(const CClassTypeInfo* objectType,
  136.                             TConstObjectPtr objectPtr);
  137.     virtual void WriteClassMember(const CMemberId& memberId,
  138.                                   TTypeInfo memberType,
  139.                                   TConstObjectPtr memberPtr);
  140.     virtual bool WriteClassMember(const CMemberId& memberId,
  141.                                   const CDelayBuffer& buffer);
  143.     virtual void WriteChoice(const CChoiceTypeInfo* choiceType,
  144.                              TConstObjectPtr choicePtr);
  145.     // COPY
  146.     virtual void CopyContainer(const CContainerTypeInfo* containerType,
  147.                                CObjectStreamCopier& copier);
  148.     virtual void CopyClassRandom(const CClassTypeInfo* objectType,
  149.                                  CObjectStreamCopier& copier);
  150.     virtual void CopyClassSequential(const CClassTypeInfo* objectType,
  151.                                      CObjectStreamCopier& copier);
  152.     virtual void CopyChoice(const CChoiceTypeInfo* choiceType,
  153.                             CObjectStreamCopier& copier);
  154. #endif
  155.     virtual void BeginContainer(const CContainerTypeInfo* containerType);
  156.     virtual void EndContainer(void);
  158.     virtual void BeginClass(const CClassTypeInfo* classInfo);
  159.     virtual void EndClass(void);
  160.     virtual void BeginClassMember(const CMemberId& id);
  161.     virtual void EndClassMember(void);
  163.     virtual void BeginChoiceVariant(const CChoiceTypeInfo* choiceType,
  164.                                     const CMemberId& id);
  165.     virtual void EndChoiceVariant(void);
  167.     virtual void BeginBytes(const ByteBlock& block);
  168.     virtual void WriteBytes(const ByteBlock& block,
  169.                             const char* bytes, size_t length);
  171.     virtual void BeginChars(const CharBlock& block);
  172.     virtual void WriteChars(const CharBlock& block,
  173.                             const char* chars, size_t length);
  175. #if HAVE_NCBI_C
  176.     friend class CObjectOStream::AsnIo;
  177. #endif
  179. private:
  181. #if CHECK_STREAM_INTEGRITY
  182.     size_t m_CurrentPosition;
  183.     enum ETagState {
  184.         eTagStart,
  185.         eTagValue,
  186.         eLengthStart,
  187.         eLengthValueFirst,
  188.         eLengthValue,
  189.         eData
  190.     };
  191.     ETagState m_CurrentTagState;
  192.     size_t m_CurrentTagPosition;
  193.     Uint1 m_CurrentTagCode;
  194.     size_t m_CurrentTagLengthSize;
  195.     size_t m_CurrentTagLength;
  196.     size_t m_CurrentTagLimit;
  197.     stack<size_t> m_Limits;
  199.     void StartTag(Uint1 code);
  200.     void EndTag(void);
  201.     void SetTagLength(size_t length);
  202. #endif
  203.     EFixNonPrint m_FixMethod; // method of fixing non-printable chars
  204. };
  207. /* @} */
  210. #include <serial/objostrasnb.inl>
  212. END_NCBI_SCOPE
  214. #endif  /* OBJOSTRASNB__HPP */
  218. /* ---------------------------------------------------------------------------
  219. * $Log: objostrasnb.hpp,v $
  220. * Revision 1000.1  2003/12/02 20:33:28  gouriano
  221. * PRODUCTION: UPGRADED [ORIGINAL] Dev-tree R1.43
  222. *
  223. * Revision 1.43  2003/11/26 19:59:39  vasilche
  224. * GetPosition() and GetDataFormat() methods now are implemented
  225. * in parent classes CObjectIStream and CObjectOStream to avoid
  226. * pure virtual method call in destructors.
  227. *
  228. * Revision 1.42  2003/08/13 15:47:02  gouriano
  229. * implemented serialization of AnyContent objects
  230. *
  231. * Revision 1.41  2003/05/22 20:08:42  gouriano
  232. * added UTF8 strings
  233. *
  234. * Revision 1.40  2003/04/15 16:18:31  siyan
  235. * Added doxygen support
  236. *
  237. * Revision 1.39  2002/12/23 18:38:51  dicuccio
  238. * Added WIn32 export specifier: NCBI_XSERIAL_EXPORT.
  239. * Moved all CVS logs to the end.
  240. *
  241. * Revision 1.38  2002/10/25 14:49:29  vasilche
  242. * NCBI C Toolkit compatibility code extracted to libxcser library.
  243. * Serial streams flags names were renamed to fXxx.
  244. *
  245. * Names of flags
  246. *
  247. * Revision 1.37  2001/10/17 20:41:20  grichenk
  248. * Added CObjectOStream::CharBlock class
  249. *
  250. * Revision 1.36  2001/06/07 20:36:31  grichenk
  251. * Fixed location of m_FixMethod member
  252. *
  253. * Revision 1.35  2001/06/07 17:12:46  grichenk
  254. * Redesigned checking and substitution of non-printable characters
  255. * in VisibleString
  256. *
  257. * Revision 1.34  2001/05/17 14:59:47  lavr
  258. * Typos corrected
  259. *
  260. * Revision 1.33  2000/12/15 21:28:48  vasilche
  261. * Moved some typedefs/enums from corelib/ncbistd.hpp.
  262. * Added flags to CObjectIStream/CObjectOStream: eFlagAllowNonAsciiChars.
  263. * TByte typedef replaced by Uint1.
  264. *
  265. * Revision 1.32  2000/12/15 15:38:01  vasilche
  266. * Added support of Int8 and long double.
  267. * Enum values now have type Int4 instead of long.
  268. *
  269. * Revision 1.31  2000/10/20 15:51:27  vasilche
  270. * Fixed data error processing.
  271. * Added interface for constructing container objects directly into output stream.
  272. * object.hpp, object.inl and object.cpp were split to
  273. * objectinfo.*, objecttype.*, objectiter.* and objectio.*.
  274. *
  275. * Revision 1.30  2000/10/04 19:18:54  vasilche
  276. * Fixed processing floating point data.
  277. *
  278. * Revision 1.29  2000/09/29 16:18:14  vasilche
  279. * Fixed binary format encoding/decoding on 64 bit compulers.
  280. * Implemented CWeakMap<> for automatic cleaning map entries.
  281. * Added cleaning local hooks via CWeakMap<>.
  282. * Renamed ReadTypeName -> ReadFileHeader, ENoTypeName -> ENoFileHeader.
  283. * Added some user interface methods to CObjectIStream, CObjectOStream and
  284. * CObjectStreamCopier.
  285. *
  286. * Revision 1.28  2000/09/18 20:00:07  vasilche
  287. * Separated CVariantInfo and CMemberInfo.
  288. * Implemented copy hooks.
  289. * All hooks now are stored in CTypeInfo/CMemberInfo/CVariantInfo.
  290. * Most type specific functions now are implemented via function pointers instead of virtual functions.
  291. *
  292. * Revision 1.27  2000/09/01 13:16:02  vasilche
  293. * Implemented class/container/choice iterators.
  294. * Implemented CObjectStreamCopier for copying data without loading into memory.
  295. *
  296. * Revision 1.26  2000/08/15 19:44:41  vasilche
  297. * Added Read/Write hooks:
  298. * CReadObjectHook/CWriteObjectHook for objects of specified type.
  299. * CReadClassMemberHook/CWriteClassMemberHook for specified members.
  300. * CReadChoiceVariantHook/CWriteChoiceVariant for specified choice variants.
  301. * CReadContainerElementHook/CWriteContainerElementsHook for containers.
  302. *
  303. * Revision 1.25  2000/07/03 18:42:36  vasilche
  304. * Added interface to typeinfo via CObjectInfo and CConstObjectInfo.
  305. * Reduced header dependency.
  306. *
  307. * Revision 1.24  2000/06/16 16:31:07  vasilche
  308. * Changed implementation of choices and classes info to allow use of the same classes in generated and user written classes.
  309. *
  310. * Revision 1.23  2000/06/07 19:45:43  vasilche
  311. * Some code cleaning.
  312. * Macros renaming in more clear way.
  313. * BEGIN_NAMED_*_INFO, ADD_*_MEMBER, ADD_NAMED_*_MEMBER.
  314. *
  315. * Revision 1.22  2000/06/01 19:06:57  vasilche
  316. * Added parsing of XML data.
  317. *
  318. * Revision 1.21  2000/05/24 20:08:14  vasilche
  319. * Implemented XML dump.
  320. *
  321. * Revision 1.20  2000/04/28 16:58:03  vasilche
  322. * Added classes CByteSource and CByteSourceReader for generic reading.
  323. * Added delayed reading of choice variants.
  324. *
  325. * Revision 1.19  2000/04/13 14:50:18  vasilche
  326. * Added CObjectIStream::Open() and CObjectOStream::Open() for easier use.
  327. *
  328. * Revision 1.18  2000/04/06 16:10:51  vasilche
  329. * Fixed bug with iterators in choices.
  330. * Removed unneeded calls to ReadExternalObject/WriteExternalObject.
  331. * Added output buffering to text ASN.1 data.
  332. *
  333. * Revision 1.17  2000/02/17 20:02:28  vasilche
  334. * Added some standard serialization exceptions.
  335. * Optimized text/binary ASN.1 reading.
  336. * Fixed wrong encoding of StringStore in ASN.1 binary format.
  337. * Optimized logic of object collection.
  338. *
  339. * Revision 1.16  2000/01/10 20:12:37  vasilche
  340. * Fixed duplicate argument names.
  341. * Fixed conflict between template and variable name.
  342. *
  343. * Revision 1.15  2000/01/10 19:46:32  vasilche
  344. * Fixed encoding/decoding of REAL type.
  345. * Fixed encoding/decoding of StringStore.
  346. * Fixed encoding/decoding of NULL type.
  347. * Fixed error reporting.
  348. * Reduced object map (only classes).
  349. *
  350. * Revision 1.14  1999/09/24 18:19:14  vasilche
  351. * Removed dependency on NCBI toolkit.
  352. *
  353. * Revision 1.13  1999/09/23 18:56:54  vasilche
  354. * Fixed bugs with overloaded methods in objistr*.hpp & objostr*.hpp
  355. *
  356. * Revision 1.12  1999/09/22 20:11:50  vasilche
  357. * Modified for compilation on IRIX native c++ compiler.
  358. *
  359. * Revision 1.11  1999/08/16 16:07:44  vasilche
  360. * Added ENUMERATED type.
  361. *
  362. * Revision 1.10  1999/07/26 18:31:31  vasilche
  363. * Implemented skipping of unused values.
  364. * Added more useful error report.
  365. *
  366. * Revision 1.9  1999/07/22 17:33:45  vasilche
  367. * Unified reading/writing of objects in all three formats.
  368. *
  369. * Revision 1.8  1999/07/21 14:20:00  vasilche
  370. * Added serialization of bool.
  371. *
  372. * Revision 1.7  1999/07/19 15:50:19  vasilche
  373. * Added interface to old ASN.1 routines.
  374. * Added naming of key/value in STL map.
  375. *
  376. * Revision 1.6  1999/07/09 16:32:54  vasilche
  377. * Added OCTET STRING write/read.
  378. *
  379. * Revision 1.5  1999/07/07 21:15:03  vasilche
  380. * Cleaned processing of string types (string, char*, const char*).
  381. *
  382. * Revision 1.4  1999/07/02 21:31:47  vasilche
  383. * Implemented reading from ASN.1 binary format.
  384. *
  385. * Revision 1.3  1999/07/01 17:55:21  vasilche
  386. * Implemented ASN.1 binary write.
  387. *
  388. * Revision 1.2  1999/06/30 16:04:33  vasilche
  389. * Added support for old ASN.1 structures.
  390. *
  391. * Revision 1.1  1999/06/24 14:44:42  vasilche
  392. * Added binary ASN.1 output.
  393. *
  394. *
  395. * ===========================================================================
  396. */