开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
alnvec_multi_model.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：4k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

alnvec_multi_model.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: alnvec_multi_model.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/12 18:23:19  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.4
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef GUI_WIDGETS_ALNMULTI___ALNVEC_MULTI_MODEL__HPP
  11. #define GUI_WIDGETS_ALNMULTI___ALNVEC_MULTI_MODEL__HPP
  13. /*  $Id: alnvec_multi_model.hpp,v 1000.0 2004/04/12 18:23:19 gouriano Exp $
  14.  * ===========================================================================
  15.  *
  16.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17.  *               National Center for Biotechnology Information
  18.  *
  19.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25.  *
  26.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32.  *  purpose.
  33.  *
  34.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35.  *
  36.  * ===========================================================================
  37.  *
  38.  * Authors:  Andrey Yazhuk
  39.  *
  40.  * File Description:
  41.  *  
  42.  */
  44. #include <corelib/ncbistl.hpp>
  45. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  46. #include <corelib/ncbiobj.hpp>
  48. #include <gui/widgets/aln_multiple/alnmulti_model.hpp>
  49. #include <gui/widgets/aln_multiple/align_row.hpp>
  50. #include <gui/widgets/aln_multiple/aln_scoring.hpp>
  51. #include <gui/widgets/aln_multiple/alnvec_multi_ds.hpp>
  54. BEGIN_NCBI_SCOPE
  57. ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  58. /// CAlnVecMultiModel - extension of CAlnMultiModel. Represents alignment model 
  59. /// for CAlnVec-based alignments and supports sequence-based scoring.
  61. class NCBI_GUIWIDGETS_ALNMULTIPLE_EXPORT CAlnVecMultiModel : public CAlnMultiModel
  62. {
  63. public:
  64.     CAlnVecMultiModel();
  65.     ~CAlnVecMultiModel();
  67.     virtual void SetDataSource(IAlnMultiDataSource* p_ds);
  68.     
  69.     virtual void    SetMasterRow(TNumrow new_row);
  70.     
  71.     /// @name Scoring Methods management functions
  72.     /// @{
  73.     typedef list<IScoringMethod*>    TMethods;
  74.     
  75.     //call this method before SetDataSource
  76.     void    EnableScoring(bool b_en);
  78.     bool    AddScoringMethod(IScoringMethod* method);
  79.     const   TMethods&        GetMethods();
  81.     bool    SetCurrentMethod(const string& name);
  82.     const IScoringMethod*    GetCurrentMethod() const;
  83.     /// @}
  85.     CAlnVecRow*     SetAlnVecRow(TNumrow row)
  86.     {
  87.         return dynamic_cast<CAlnVecRow*>(GetRow(row));
  88.     }
  89. protected:    
  90.     inline CAlnVecMultiDataSource*  x_GetAlnVecDS()
  91.     {
  92.         return dynamic_cast<CAlnVecMultiDataSource*>(m_pDataSource);
  93.     }
  94.     // factory method for creation IAlignRow instances
  95.     virtual IAlignRow*  x_CreateRow(TNumrow row);
  96.     
  97.     virtual void    x_UpdateOnDataChanged(); 
  98.     virtual void    x_UpdateOnCoordsChanged();
  99.     
  100. protected:
  101.     bool    m_bEnableScoring;
  102.     TMethods        m_Methods;  /// registered scoring methods
  103.     CScoreCache     m_ScoreCache;    
  104. };
  106. END_NCBI_SCOPE
  109. #endif  // GUI_WIDGETS_ALNMULTI___ALNVEC_MULTI_MODEL__HPP
  111. /*
  112.  * ===========================================================================
  113.  * $Log: alnvec_multi_model.hpp,v $
  114.  * Revision 1000.0  2004/04/12 18:23:19  gouriano
  115.  * PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.4
  116.  *
  117.  * Revision 1.4  2004/04/02 16:26:41  yazhuk
  118.  * Replaced UpdateOnCoordsChanged() with x_UpdateOnCoordsChanged(); added
  119.  * SetMasterRow(TNumrow)
  120.  *
  121.  * Revision 1.3  2004/03/24 19:18:06  yazhuk
  122.  * Introduced scoring enabling/disabling
  123.  *
  124.  * Revision 1.2  2004/03/18 17:05:58  yazhuk
  125.  * Redesigned Scoring Methods API
  126.  *
  127.  * Revision 1.1  2004/03/17 17:20:52  yazhuk
  128.  * Initial revision; factored out from CAlnVecMultiWidget
  129.  *
  130.  * ===========================================================================
  131.  */