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alnvec_multi_ds.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：5k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

alnvec_multi_ds.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: alnvec_multi_ds.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.3  2004/04/12 18:16:01  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.7
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef GUI_WIDGETS_ALN_MULTIPLE___ALNVEC_MULTI_DS__HPP
  11. #define GUI_WIDGETS_ALN_MULTIPLE___ALNVEC_MULTI_DS__HPP
  13. /*  $Id: alnvec_multi_ds.hpp,v 1000.3 2004/04/12 18:16:01 gouriano Exp $
  14.  * ===========================================================================
  15.  *
  16.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17.  *               National Center for Biotechnology Information
  18.  *
  19.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25.  *
  26.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32.  *  purpose.
  33.  *
  34.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35.  *
  36.  * ===========================================================================
  37.  *
  38.  * Authors:  Andrey Yazhuk
  39.  *
  40.  * File Description:
  41.  *
  42.  */
  44. #include <gui/widgets/aln_multiple/alnmulti_ds.hpp>
  45. #include <gui/widgets/aln_multiple/alnvec_row_handle.hpp>
  47. BEGIN_NCBI_SCOPE
  49. /// CAlnVecMultiDataSource - implementation of IAlnMultiDataSource for CAlnVec-based
  50. /// alignments.
  51. class NCBI_GUIWIDGETS_ALNMULTIPLE_EXPORT CAlnVecMultiDataSource
  52.     : public CAlignDataSource,
  53.       public IAlnMultiDataSource
  54. {
  55. public:
  56.     typedef IAlnMultiDataSource::TNumrow TNumrow;
  58.     CAlnVecMultiDataSource();
  59.     ~CAlnVecMultiDataSource();
  61.     virtual int     GetConsensusRow() const;
  63.     virtual TNumrow  GetNumRows (void) const;    
  64.     virtual TSeqPos  GetAlnStart (void) const; 
  65.     virtual TSeqPos  GetAlnStop (void) const;
  66.      
  67.     virtual bool  IsSetAnchor (void) const;
  68.     virtual TNumrow  GetAnchor (void) const; 
  69.     virtual void  SetAnchor (TNumrow anchor); 
  70.     virtual void  UnsetAnchor (void);
  72.     virtual bool    CanGetId(TNumrow row) const;
  73.     virtual const CSeq_id&  GetSeqId(TNumrow row) const;    
  74.     virtual const objects::CBioseq_Handle& GetBioseqHandle (TNumrow row) const;
  76.     virtual TSignedSeqPos GetSeqPosFromAlnPos(TNumrow for_row, TSeqPos aln_pos,
  77.                                 ESearchDirection dir=TSearchDirection::eNone,
  78.                                 bool try_reverse_dir=true) const;
  79.     virtual TSignedSeqPos GetAlnPosFromSeqPos(TNumrow row, TSeqPos seq_pos, 
  80.                                 ESearchDirection dir=TSearchDirection::eNone,
  81.                                 bool try_reverse_dir=true) const;
  83.     virtual const IAlignRowHandle*  GetRowHandle(TNumrow row) const;
  86.     void  SetGapChar (TResidue gap_char);    
  87. protected:
  88.     typedef vector<CAlnVecRowHandle*>    THandleVector;
  89.     THandleVector    m_Handles;
  91.     virtual void x_ClearHandles();
  92.     virtual void x_CreateHandles();
  94. private:
  95.     // prohibit copying!
  96.     CAlnVecMultiDataSource(const CAlnVecMultiDataSource& ds);
  97.     CAlnVecMultiDataSource& operator=(const CAlnVecMultiDataSource& ds);
  98. };
  101. END_NCBI_SCOPE
  104. /*
  105.  * ===========================================================================
  106.  * $Log: alnvec_multi_ds.hpp,v $
  107.  * Revision 1000.3  2004/04/12 18:16:01  gouriano
  108.  * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.7
  109.  *
  110.  * Revision 1.7  2004/02/11 15:28:55  yazhuk
  111.  * Removed constructors with arguments
  112.  *
  113.  * Revision 1.6  2003/12/10 19:03:20  yazhuk
  114.  * Added const specifier to CanGetId() and GetSeqId().
  115.  *
  116.  * Revision 1.5  2003/12/10 17:03:48  yazhuk
  117.  * Changed row identification from mandatory CBioseqHandle to optional CSeq_id.
  118.  *
  119.  * Revision 1.4  2003/12/08 15:09:49  yazhuk
  120.  * Moved constructors bodies to .cpp
  121.  *
  122.  * Revision 1.3  2003/11/26 16:52:53  johnson
  123.  * switch IAlnMultiDataSource to use CAlnMap::ESearchDirection instead of it's
  124.  * own ESearchDirection
  125.  *
  126.  * Revision 1.2  2003/11/17 21:13:47  yazhuk
  127.  * Made SetGapChar() a non-virtual function
  128.  *
  129.  * Revision 1.1  2003/10/29 23:29:38  yazhuk
  130.  * Initial revision
  131.  *
  132.  * ===========================================================================
  133.  */
  135. #endif  // GUI_WIDGETS_ALN_MULTIPLE___ALNVEC_MULTI_DS__HPP