aln_table_ds.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: aln_table_ds.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/16 19:22:30  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.1
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef GUI_WIDGETS_ALN_TABLE___ALN_TABLE_DS__HPP
  10. #define GUI_WIDGETS_ALN_TABLE___ALN_TABLE_DS__HPP
  11. /*  $Id: aln_table_ds.hpp,v 1000.0 2004/04/16 19:22:30 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Mike DiCuccio
  37.  *
  38.  * File Description:
  39.  *
  40.  */
  41. #include <objmgr/scope.hpp>
  42. #include <objects/seqalign/Seq_align.hpp>
  43. BEGIN_NCBI_SCOPE
  44. struct SAlnProxy
  45. {
  46.     CConstRef<objects::CSeq_align> align;
  47.     mutable CRef<objects::CScope> scope;
  48. };
  49. class NCBI_GUIWIDGETS_ALNCROSSALN_EXPORT CAlnTableDS : public CObject
  50. {
  51. public:
  52.     typedef SAlnProxy TAlnProxy;
  53.     typedef list<TAlnProxy> TAlignments;
  54.     CAlnTableDS(objects::CScope& scope,
  55.                 const objects::CSeq_loc& loc);
  56.     CAlnTableDS(objects::CScope& scope,
  57.                 const objects::CSeq_annot& annot);
  58.     CAlnTableDS(objects::CScope& scope,
  59.                 const objects::CSeq_align& align);
  60.     CAlnTableDS(objects::CScope& scope,
  61.                 const objects::CSeq_align_set& aligns);
  62.     CAlnTableDS(objects::CScope& scope,
  63.                 const list< CConstRef<objects::CSeq_align> >& aligns);
  64.     void Add(objects::CScope& scope, const objects::CSeq_align& aln);
  65.     const TAlignments& GetAlignments(void) const;
  66. private:
  67.     TAlignments m_Alignments;
  68. };
  69. END_NCBI_SCOPE
  70. /*
  71.  * ===========================================================================
  72.  * $Log: aln_table_ds.hpp,v $
  73.  * Revision 1000.0  2004/04/16 19:22:30  gouriano
  74.  * PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.1
  75.  *
  76.  * Revision 1.1  2004/04/16 15:57:04  dicuccio
  77.  * Initial revision
  78.  *
  79.  * ===========================================================================
  80.  */
  81. #endif  // GUI_WIDGETS_ALN_TABLE___ALN_TABLE_DS__HPP