seqgraphic_ds.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seqgraphic_ds.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/12 18:26:25  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef GUI_WIDGETS_SEQ_GRAPHIC___SEQGRAPHIC_DS__HPP
  10. #define GUI_WIDGETS_SEQ_GRAPHIC___SEQGRAPHIC_DS__HPP
  11. /*  $Id: seqgraphic_ds.hpp,v 1000.0 2004/04/12 18:26:25 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Vlad Lebedev
  37.  *
  38.  * File Description:
  39.  *   Data source for Graphic Sequence Widget 
  40.  *   (see <gui/widgets/seq_graphic/seqgraphic_widget.hpp>)
  41.  *
  42.  */
  43. #include <objmgr/scope.hpp>
  44. #include <objmgr/bioseq_handle.hpp>
  45. #include <objmgr/seq_vector.hpp>
  46. BEGIN_NCBI_SCOPE
  47. class NCBI_GUIWIDGETS_SEQGRAPHIC_EXPORT CSeqGraphicDataSource : public CObject
  48. {
  49. public:
  50.     CSeqGraphicDataSource(objects::CScope& scope, 
  51.                           const objects::CSeq_id& id);
  52.     virtual ~CSeqGraphicDataSource() { };
  53.     
  54.     virtual objects::CBioseq_Handle GetBioseqHandle(void) const;
  55.     virtual TSeqPos GetSequenceLength() const;
  56.     virtual void GetSequence(TSeqPos from, TSeqPos to,
  57.                              string& buffer) const;
  58. private:
  59.     objects::CBioseq_Handle   m_Handle;
  60.     CRef<objects::CSeqVector> m_SeqVector;
  61. };
  62. END_NCBI_SCOPE
  63. /*
  64.  * ===========================================================================
  65.  * $Log: seqgraphic_ds.hpp,v $
  66.  * Revision 1000.0  2004/04/12 18:26:25  gouriano
  67.  * PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.2
  68.  *
  69.  * Revision 1.2  2003/12/22 19:17:04  dicuccio
  70.  * Code reformatting
  71.  *
  72.  * Revision 1.1  2003/12/22 12:52:42  lebedev
  73.  * New files added
  74.  *
  75.  * ===========================================================================
  76.  */
  77. #endif  /* GUI_WIDGETS_SEQ_GRAPHIC___SEQGRAPHIC_DS__HPP */